Improbizer will display the results in parts. First it will display the profiles (consensus sequences with the probability of each base at each position) individually as they are calculated. The position of a profile in a sequence is indicated by upper case. The strength of the profile match is indicated by the score on the left. There will be a delay during this phase as each profile is calculated. Second Improbizer will display all profiles at one over each sequence. Each profile has it's own color and the stronger the profile matches the darker it will appear in the sequence. Finally there will be a graphic summary of all the profiles at the end, using the same color conventions.
Looking for 3 motifs in 96 sequences. Longest sequence is 50 bases.
Settings are use location; 2 occurrences per sequence; right align; training weights Kentish; initial motif size 5; restrain expansionist tendencies 2.000000; number of sequences in initial scan 20; background model Markov+1; background data Worm Intron 3';
Searching for starting profiles .................... 6.3270 @ 43.00 sd 1.00 TTTTCAG t 0.472 0.718 0.893 0.525 0.327 0.007 0.003 c 0.206 0.111 0.049 0.155 0.651 0.003 0.003 a 0.270 0.108 0.049 0.218 0.019 0.987 0.003 g 0.052 0.063 0.009 0.102 0.003 0.003 0.990 8.18 AH10.5a ttctctctctctcctactattttttgaatctgtgtgttttgtcTCTGCAG 7.26 B0207.12 atactcatgtccatttccccgaatcaaatgctttttgtcttttTGTTCAG 3.11 B0272.5 ttcctttttgtccttttgtattgaatgtatgtgtgttatgtgtTCTAAAG 5.37 B0302.1 ctttcaaaccatttgtattttccctccgagacccatgttttctGTCACAG 7.77 B0336.9 ctatataatttaaaaattattaattgatttaattaattttgaaTATTCAG 7.79 B0350.2a ccatattatgttaaccccccaaaacatactcaccgtcgattttTTTGCAG 4.16 B0495.8 actccgattattaaaattaataatcaaaagaaaaaccactgaaATGTTAG 6.17 B0496.3 cttcccattccacttctcctcttaactaccactctatctcgttTATTTAG 7.00 C02C6.1a gtcaacaagtcagaataaaacctaaaactaacgtgtaccaaccACTCTAG 5.69 C06A8.1 tgtcagtatcaaagaacaagttgtccaaatcataattgttacgTTCCTAG 6.34 C07A12.7 ttgtgaagatcattgttgtgaagcgcatacatatagtgttgtgAATTCAG 8.29 C07B5.1 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