# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.76194 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.045 0.108 0.099 0.108 0.008 0.069 0.056 0.005 0.002 0.008 0.007 0.017 0.018 0.106 0.029 0.068 0.044 0.072 0.080 0.005 2 G 0.033 0.041 0.083 0.097 0.187 0.008 0.061 0.049 0.006 0.002 0.007 0.007 0.019 0.015 0.057 0.040 0.073 0.054 0.063 0.093 0.005 3 H 0.032 0.039 0.053 0.055 0.190 0.008 0.084 0.047 0.006 0.002 0.008 0.007 0.016 0.016 0.060 0.054 0.123 0.049 0.079 0.069 0.004 4 H 0.024 0.025 0.116 0.094 0.081 0.009 0.087 0.053 0.005 0.002 0.005 0.005 0.013 0.013 0.120 0.019 0.097 0.048 0.063 0.116 0.003 5 H 0.020 0.022 0.042 0.049 0.214 0.009 0.100 0.040 0.003 0.001 0.004 0.004 0.008 0.008 0.028 0.048 0.120 0.057 0.099 0.122 0.002 6 H 0.008 0.010 0.058 0.055 0.057 0.011 0.095 0.056 0.004 0.002 0.003 0.003 0.007 0.009 0.088 0.029 0.239 0.057 0.083 0.127 0.002 7 H 0.007 0.010 0.053 0.036 0.110 0.015 0.158 0.073 0.004 0.002 0.004 0.003 0.007 0.007 0.045 0.037 0.163 0.054 0.080 0.130 0.001 8 H 0.005 0.007 0.037 0.042 0.059 0.008 0.099 0.051 0.007 0.003 0.002 0.002 0.005 0.008 0.051 0.042 0.174 0.070 0.170 0.156 0.001 9 S 0.006 0.005 0.031 0.024 0.102 0.010 0.194 0.041 0.005 0.003 0.003 0.002 0.006 0.008 0.054 0.023 0.220 0.064 0.081 0.116 0.001 10 H 0.003 0.003 0.061 0.036 0.037 0.025 0.325 0.019 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.038 0.012 0.128 0.101 0.080 0.117 0.001 11 M 0.002 0.002 0.018 0.012 0.125 0.005 0.254 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.016 0.051 0.072 0.207 0.141 0.076 0.001 12 L 0.001 0.001 0.063 0.026 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.016 0.015 0.021 0.160 0.650 0.001 13 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.029 0.004 0.134 0.782 0.001 14 P 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.862 0.010 0.014 0.047 0.001 15 E 0.001 0.001 0.016 0.006 0.009 0.020 0.650 0.165 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.040 0.030 0.021 0.024 0.001 16 Q 0.002 0.002 0.015 0.011 0.039 0.022 0.341 0.212 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.017 0.007 0.111 0.127 0.049 0.035 0.001 17 W 0.005 0.003 0.069 0.034 0.046 0.007 0.137 0.176 0.006 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.025 0.021 0.205 0.056 0.080 0.114 0.001 18 S 0.003 0.005 0.033 0.031 0.037 0.004 0.143 0.136 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.008 0.222 0.039 0.095 0.209 0.001 19 H 0.001 0.002 0.008 0.009 0.031 0.004 0.091 0.273 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.013 0.378 0.049 0.040 0.084 0.001 20 T 0.001 0.001 0.008 0.006 0.004 0.004 0.046 0.679 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.184 0.016 0.015 0.023 0.001 21 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.020 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.012 0.011 0.011 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.825 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.157 0.003 0.002 0.002 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.009 0.006 0.002 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.879 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.008 0.009 0.004 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.065 0.708 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.009 0.009 0.009 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.329 0.424 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.033 0.022 0.020 0.001 33 M 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.010 0.119 0.305 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.218 0.088 0.098 0.117 0.001 34 N 0.001 0.001 0.007 0.004 0.013 0.008 0.071 0.306 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.145 0.132 0.120 0.158 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.013 0.009 0.011 0.007 0.053 0.264 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.012 0.428 0.029 0.063 0.082 0.001 36 S 0.001 0.001 0.009 0.006 0.011 0.013 0.105 0.568 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.006 0.137 0.024 0.036 0.059 0.001 37 S 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.018 0.074 0.654 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.004 0.157 0.017 0.020 0.018 0.001 38 L 0.001 0.001 0.007 0.007 0.008 0.014 0.125 0.578 0.018 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.007 0.143 0.023 0.024 0.019 0.001 39 A 0.003 0.003 0.009 0.006 0.018 0.018 0.229 0.397 0.017 0.007 0.001 0.001 0.002 0.003 0.013 0.004 0.164 0.023 0.049 0.035 0.001 40 K 0.001 0.001 0.012 0.015 0.013 0.029 0.357 0.180 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.228 0.046 0.030 0.055 0.001 41 E 0.001 0.001 0.004 0.004 0.040 0.017 0.563 0.059 0.011 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.011 0.103 0.090 0.045 0.037 0.001 42 C 0.001 0.001 0.022 0.025 0.004 0.003 0.014 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.058 0.046 0.290 0.478 0.001 43 P 0.001 0.001 0.007 0.006 0.074 0.003 0.013 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.059 0.099 0.096 0.170 0.410 0.001 44 L 0.001 0.001 0.023 0.022 0.009 0.007 0.045 0.119 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.047 0.014 0.542 0.019 0.063 0.077 0.001 45 S 0.001 0.002 0.014 0.009 0.022 0.012 0.302 0.377 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.020 0.013 0.095 0.038 0.038 0.044 0.001 46 Q 0.004 0.004 0.025 0.021 0.024 0.012 0.117 0.431 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.032 0.011 0.193 0.039 0.037 0.029 0.001 47 S 0.009 0.007 0.014 0.017 0.052 0.010 0.071 0.578 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.019 0.025 0.073 0.035 0.033 0.035 0.001 48 M 0.018 0.025 0.029 0.030 0.033 0.013 0.066 0.430 0.004 0.002 0.003 0.002 0.006 0.009 0.059 0.011 0.176 0.027 0.035 0.024 0.001 49 I 0.025 0.034 0.025 0.031 0.051 0.010 0.074 0.470 0.008 0.002 0.005 0.003 0.012 0.011 0.021 0.029 0.125 0.014 0.025 0.021 0.004 50 S 0.069 0.066 0.027 0.035 0.045 0.013 0.073 0.382 0.012 0.004 0.006 0.004 0.010 0.021 0.040 0.008 0.116 0.020 0.031 0.015 0.003 51 S 0.059 0.061 0.028 0.043 0.078 0.015 0.081 0.345 0.017 0.004 0.009 0.008 0.024 0.034 0.018 0.024 0.088 0.018 0.020 0.016 0.010 52 I 0.068 0.081 0.027 0.052 0.103 0.015 0.059 0.214 0.013 0.006 0.009 0.008 0.019 0.039 0.042 0.035 0.089 0.045 0.049 0.019 0.008 53 V 0.071 0.085 0.066 0.093 0.082 0.006 0.049 0.072 0.018 0.006 0.011 0.011 0.026 0.032 0.063 0.030 0.113 0.041 0.070 0.046 0.009 54 N 0.086 0.081 0.052 0.055 0.143 0.006 0.089 0.037 0.014 0.004 0.009 0.008 0.018 0.026 0.039 0.038 0.093 0.048 0.060 0.085 0.007 55 S 0.027 0.042 0.047 0.064 0.089 0.004 0.120 0.020 0.006 0.003 0.006 0.006 0.014 0.019 0.069 0.033 0.257 0.055 0.045 0.066 0.006 56 T 0.034 0.054 0.067 0.042 0.096 0.006 0.236 0.022 0.004 0.002 0.012 0.011 0.024 0.023 0.064 0.045 0.131 0.045 0.031 0.045 0.007 57 Y 0.053 0.072 0.101 0.067 0.111 0.005 0.090 0.035 0.004 0.001 0.010 0.012 0.025 0.034 0.078 0.055 0.046 0.064 0.062 0.062 0.011 58 Y 0.090 0.106 0.048 0.050 0.288 0.003 0.031 0.024 0.006 0.001 0.017 0.019 0.038 0.043 0.053 0.047 0.034 0.039 0.033 0.019 0.010 59 A 0.097 0.099 0.121 0.104 0.092 0.005 0.030 0.027 0.008 0.001 0.020 0.022 0.056 0.045 0.141 0.020 0.028 0.012 0.022 0.037 0.011 60 N 0.086 0.098 0.035 0.074 0.241 0.006 0.054 0.039 0.005 0.001 0.016 0.018 0.036 0.032 0.049 0.049 0.035 0.034 0.043 0.042 0.008 61 V 0.046 0.061 0.082 0.084 0.103 0.007 0.036 0.071 0.005 0.001 0.013 0.012 0.027 0.026 0.142 0.044 0.081 0.044 0.047 0.062 0.006 62 S 0.031 0.041 0.059 0.045 0.116 0.009 0.054 0.189 0.007 0.001 0.006 0.006 0.015 0.011 0.053 0.034 0.069 0.035 0.076 0.139 0.003 63 A 0.022 0.023 0.035 0.058 0.091 0.006 0.040 0.198 0.009 0.002 0.004 0.004 0.010 0.008 0.034 0.017 0.336 0.023 0.038 0.039 0.001 64 A 0.010 0.011 0.017 0.020 0.031 0.018 0.148 0.504 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.024 0.004 0.133 0.019 0.018 0.030 0.001 65 K 0.008 0.007 0.012 0.015 0.021 0.016 0.132 0.529 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.074 0.076 0.048 0.043 0.001 66 C 0.004 0.005 0.009 0.008 0.040 0.005 0.043 0.586 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.194 0.028 0.032 0.028 0.001 67 Q 0.001 0.002 0.007 0.006 0.004 0.003 0.026 0.796 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.119 0.006 0.009 0.012 0.001 68 E 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.006 0.061 0.659 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.215 0.008 0.006 0.009 0.001 69 F 0.002 0.002 0.004 0.008 0.006 0.003 0.101 0.696 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.118 0.019 0.015 0.017 0.001 70 G 0.002 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.012 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.033 0.010 0.006 0.001 71 R 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.006 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.003 0.003 0.003 0.001 72 W 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.027 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.003 0.002 0.002 0.001 73 Y 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.023 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.006 0.004 0.002 0.001 74 K 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.022 0.780 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.007 0.003 0.003 0.001 75 H 0.003 0.003 0.003 0.005 0.009 0.011 0.189 0.608 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.095 0.030 0.015 0.010 0.001 76 F 0.003 0.003 0.006 0.008 0.013 0.009 0.099 0.516 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.125 0.096 0.059 0.040 0.001 77 K 0.002 0.002 0.007 0.007 0.013 0.012 0.083 0.466 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.292 0.048 0.023 0.032 0.001 78 K 0.002 0.002 0.013 0.013 0.021 0.030 0.204 0.372 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.153 0.062 0.046 0.051 0.001 79 T 0.002 0.003 0.010 0.016 0.034 0.007 0.067 0.262 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.145 0.076 0.190 0.141 0.001 80 K 0.002 0.002 0.027 0.018 0.019 0.006 0.029 0.345 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 0.364 0.037 0.040 0.069 0.001 81 D 0.004 0.004 0.014 0.014 0.033 0.030 0.187 0.448 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.008 0.090 0.046 0.054 0.042 0.001 82 M 0.004 0.006 0.016 0.017 0.029 0.021 0.207 0.315 0.011 0.003 0.002 0.002 0.004 0.007 0.032 0.008 0.177 0.050 0.049 0.041 0.001 83 M 0.006 0.006 0.047 0.039 0.043 0.009 0.121 0.268 0.009 0.003 0.002 0.001 0.004 0.007 0.027 0.032 0.160 0.055 0.081 0.078 0.001