# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.76194 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.025 0.475 0.015 0.019 0.051 0.005 0.002 0.036 0.074 0.026 0.162 0.081 2 G 0.019 0.024 0.463 0.015 0.020 0.065 0.005 0.002 0.041 0.080 0.056 0.074 0.135 3 H 0.016 0.026 0.383 0.015 0.055 0.116 0.005 0.003 0.029 0.101 0.092 0.045 0.114 4 H 0.011 0.017 0.370 0.019 0.052 0.092 0.004 0.002 0.028 0.142 0.120 0.089 0.055 5 H 0.009 0.025 0.402 0.005 0.065 0.086 0.002 0.002 0.019 0.125 0.133 0.026 0.100 6 H 0.005 0.027 0.468 0.010 0.059 0.084 0.002 0.001 0.017 0.149 0.098 0.043 0.036 7 H 0.005 0.029 0.388 0.011 0.082 0.067 0.001 0.001 0.009 0.198 0.126 0.033 0.049 8 H 0.003 0.027 0.409 0.005 0.128 0.094 0.001 0.001 0.006 0.106 0.173 0.010 0.038 9 S 0.003 0.012 0.250 0.008 0.343 0.095 0.001 0.001 0.004 0.080 0.176 0.011 0.017 10 H 0.002 0.010 0.206 0.002 0.242 0.062 0.001 0.001 0.007 0.103 0.330 0.021 0.013 11 M 0.002 0.051 0.272 0.002 0.124 0.029 0.001 0.001 0.006 0.103 0.369 0.005 0.037 12 L 0.001 0.051 0.537 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.342 0.019 0.030 0.005 13 P 0.001 0.010 0.916 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.003 0.001 0.008 14 P 0.001 0.011 0.183 0.005 0.479 0.087 0.001 0.001 0.002 0.046 0.180 0.002 0.004 15 E 0.001 0.003 0.040 0.003 0.589 0.110 0.001 0.001 0.002 0.024 0.224 0.002 0.002 16 Q 0.001 0.012 0.100 0.002 0.440 0.252 0.001 0.001 0.007 0.051 0.110 0.009 0.014 17 W 0.005 0.053 0.278 0.005 0.099 0.297 0.002 0.002 0.032 0.069 0.077 0.017 0.062 18 S 0.005 0.035 0.281 0.012 0.040 0.338 0.001 0.001 0.017 0.112 0.090 0.041 0.025 19 H 0.002 0.011 0.090 0.005 0.029 0.650 0.001 0.001 0.008 0.064 0.104 0.006 0.029 20 T 0.001 0.003 0.043 0.003 0.012 0.834 0.001 0.001 0.002 0.036 0.050 0.008 0.007 21 T 0.002 0.002 0.044 0.001 0.009 0.888 0.001 0.001 0.002 0.013 0.014 0.007 0.017 22 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.870 0.001 0.001 0.001 0.004 0.107 0.001 0.001 33 M 0.001 0.001 0.042 0.001 0.015 0.771 0.001 0.001 0.001 0.032 0.137 0.001 0.001 34 N 0.001 0.003 0.209 0.001 0.033 0.556 0.001 0.001 0.001 0.068 0.127 0.001 0.002 35 Q 0.001 0.002 0.088 0.001 0.035 0.804 0.001 0.001 0.001 0.037 0.031 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.055 0.875 0.001 0.001 0.001 0.014 0.033 0.001 0.001 37 S 0.001 0.002 0.023 0.001 0.123 0.789 0.001 0.001 0.001 0.011 0.048 0.001 0.001 38 L 0.001 0.002 0.033 0.001 0.093 0.812 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 0.001 0.002 39 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.107 0.732 0.001 0.001 0.001 0.007 0.130 0.001 0.001 40 K 0.001 0.002 0.024 0.001 0.093 0.574 0.001 0.001 0.001 0.013 0.293 0.001 0.001 41 E 0.001 0.009 0.060 0.001 0.126 0.452 0.001 0.001 0.001 0.064 0.279 0.001 0.006 42 C 0.001 0.010 0.556 0.001 0.008 0.065 0.001 0.001 0.003 0.299 0.049 0.006 0.003 43 P 0.001 0.007 0.808 0.001 0.019 0.048 0.001 0.001 0.003 0.058 0.051 0.001 0.004 44 L 0.001 0.008 0.169 0.001 0.188 0.299 0.001 0.001 0.004 0.060 0.266 0.002 0.003 45 S 0.001 0.005 0.159 0.001 0.171 0.455 0.001 0.001 0.004 0.057 0.142 0.001 0.003 46 Q 0.001 0.004 0.065 0.001 0.130 0.725 0.001 0.001 0.004 0.031 0.034 0.002 0.003 47 S 0.001 0.008 0.088 0.004 0.076 0.694 0.001 0.001 0.006 0.030 0.074 0.004 0.014 48 M 0.004 0.007 0.058 0.005 0.066 0.768 0.001 0.001 0.007 0.023 0.041 0.008 0.014 49 I 0.014 0.004 0.064 0.008 0.045 0.740 0.003 0.002 0.021 0.025 0.023 0.012 0.040 50 S 0.035 0.003 0.058 0.022 0.062 0.670 0.003 0.004 0.008 0.020 0.057 0.024 0.034 51 S 0.047 0.003 0.024 0.007 0.034 0.728 0.005 0.004 0.009 0.014 0.067 0.027 0.029 52 I 0.070 0.005 0.029 0.005 0.028 0.665 0.011 0.010 0.016 0.017 0.064 0.016 0.066 53 V 0.065 0.009 0.121 0.025 0.024 0.401 0.010 0.009 0.024 0.055 0.118 0.083 0.055 54 N 0.016 0.005 0.167 0.026 0.015 0.139 0.003 0.003 0.016 0.182 0.330 0.033 0.063 55 S 0.005 0.003 0.113 0.013 0.010 0.057 0.001 0.001 0.005 0.312 0.436 0.022 0.022 56 T 0.038 0.007 0.179 0.033 0.042 0.088 0.005 0.004 0.017 0.201 0.255 0.043 0.087 57 Y 0.137 0.010 0.107 0.019 0.027 0.083 0.036 0.020 0.060 0.120 0.081 0.167 0.132 58 Y 0.234 0.011 0.125 0.045 0.020 0.057 0.061 0.032 0.037 0.036 0.041 0.056 0.247 59 A 0.285 0.007 0.096 0.026 0.010 0.041 0.046 0.011 0.037 0.033 0.021 0.312 0.074 60 N 0.192 0.014 0.166 0.027 0.009 0.060 0.027 0.006 0.038 0.046 0.033 0.075 0.309 61 V 0.123 0.014 0.284 0.015 0.011 0.058 0.019 0.005 0.049 0.050 0.015 0.188 0.169 62 S 0.050 0.012 0.435 0.029 0.019 0.082 0.009 0.003 0.028 0.062 0.030 0.062 0.177 63 A 0.018 0.006 0.078 0.005 0.094 0.659 0.002 0.001 0.006 0.036 0.039 0.018 0.038 64 A 0.003 0.002 0.020 0.004 0.069 0.805 0.001 0.001 0.001 0.014 0.070 0.005 0.006 65 K 0.005 0.004 0.038 0.001 0.090 0.736 0.001 0.001 0.001 0.017 0.087 0.008 0.014 66 C 0.002 0.003 0.038 0.001 0.045 0.858 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.002 0.016 67 Q 0.005 0.004 0.033 0.005 0.103 0.739 0.001 0.001 0.001 0.014 0.071 0.018 0.007 68 E 0.005 0.003 0.021 0.003 0.079 0.673 0.001 0.001 0.001 0.017 0.170 0.005 0.023 69 F 0.003 0.002 0.022 0.005 0.027 0.623 0.001 0.001 0.001 0.034 0.267 0.004 0.011 70 G 0.006 0.002 0.139 0.006 0.010 0.448 0.001 0.001 0.002 0.127 0.220 0.018 0.022 71 R 0.032 0.006 0.130 0.013 0.012 0.557 0.001 0.001 0.004 0.034 0.029 0.132 0.050 72 W 0.036 0.003 0.016 0.001 0.009 0.723 0.004 0.002 0.005 0.005 0.013 0.015 0.168 73 Y 0.014 0.001 0.009 0.017 0.015 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.011 0.006 74 K 0.024 0.001 0.007 0.013 0.027 0.853 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.017 0.024 75 H 0.029 0.002 0.021 0.009 0.033 0.758 0.001 0.001 0.001 0.009 0.058 0.017 0.063 76 F 0.017 0.002 0.043 0.005 0.023 0.795 0.001 0.001 0.002 0.016 0.045 0.022 0.030 77 K 0.011 0.003 0.059 0.003 0.021 0.769 0.001 0.001 0.002 0.022 0.041 0.040 0.028 78 K 0.005 0.007 0.057 0.002 0.022 0.775 0.001 0.001 0.001 0.027 0.053 0.012 0.038 79 T 0.002 0.005 0.208 0.004 0.025 0.631 0.001 0.001 0.002 0.048 0.049 0.008 0.017 80 K 0.001 0.002 0.105 0.004 0.057 0.688 0.001 0.001 0.002 0.038 0.089 0.007 0.007 81 D 0.001 0.005 0.101 0.002 0.085 0.528 0.001 0.001 0.002 0.042 0.215 0.007 0.011 82 M 0.002 0.010 0.178 0.003 0.094 0.465 0.001 0.001 0.005 0.062 0.156 0.007 0.017 83 M 0.002 0.014 0.547 0.003 0.026 0.185 0.001 0.001 0.014 0.119 0.046 0.023 0.019