# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.76194 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.038 0.185 0.399 0.012 0.047 0.021 0.046 0.005 0.002 0.047 0.016 0.071 0.002 0.046 0.007 2 G 0.010 0.090 0.133 0.287 0.033 0.168 0.018 0.016 0.026 0.026 0.019 0.043 0.070 0.007 0.004 0.051 3 H 0.098 0.055 0.055 0.381 0.042 0.071 0.014 0.035 0.012 0.006 0.116 0.026 0.058 0.011 0.010 0.010 4 H 0.014 0.129 0.162 0.315 0.012 0.089 0.009 0.034 0.024 0.008 0.029 0.080 0.057 0.003 0.015 0.019 5 H 0.050 0.068 0.116 0.316 0.022 0.134 0.023 0.013 0.020 0.012 0.050 0.029 0.095 0.005 0.006 0.042 6 H 0.060 0.082 0.190 0.262 0.023 0.097 0.020 0.026 0.010 0.006 0.070 0.039 0.083 0.007 0.010 0.018 7 H 0.021 0.147 0.115 0.235 0.017 0.155 0.017 0.027 0.013 0.009 0.045 0.075 0.080 0.008 0.013 0.023 8 H 0.028 0.085 0.063 0.143 0.027 0.215 0.014 0.028 0.016 0.010 0.120 0.088 0.119 0.009 0.013 0.022 9 S 0.033 0.098 0.085 0.115 0.030 0.085 0.030 0.019 0.014 0.006 0.178 0.117 0.122 0.028 0.020 0.022 10 H 0.044 0.109 0.117 0.216 0.003 0.050 0.010 0.038 0.012 0.004 0.059 0.106 0.138 0.004 0.055 0.036 11 M 0.037 0.121 0.252 0.220 0.002 0.016 0.013 0.001 0.026 0.003 0.004 0.009 0.036 0.002 0.003 0.254 12 L 0.051 0.015 0.640 0.255 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.008 13 P 0.001 0.002 0.018 0.013 0.001 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 14 P 0.001 0.050 0.002 0.019 0.002 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.897 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 15 E 0.002 0.041 0.002 0.038 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.891 0.006 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.020 0.034 0.432 0.086 0.003 0.028 0.030 0.004 0.005 0.001 0.012 0.026 0.237 0.004 0.021 0.057 17 W 0.017 0.027 0.382 0.162 0.008 0.048 0.023 0.008 0.003 0.003 0.032 0.013 0.215 0.005 0.010 0.044 18 S 0.013 0.035 0.038 0.059 0.003 0.570 0.006 0.009 0.003 0.003 0.020 0.044 0.181 0.002 0.004 0.010 19 H 0.004 0.020 0.012 0.014 0.003 0.110 0.003 0.002 0.003 0.002 0.597 0.028 0.192 0.001 0.002 0.008 20 T 0.005 0.047 0.012 0.015 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.100 0.617 0.179 0.001 0.002 0.003 21 T 0.003 0.006 0.017 0.011 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.132 0.758 0.001 0.002 0.007 22 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.038 0.884 0.001 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.112 0.879 0.001 0.001 0.001 24 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.001 0.005 30 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.008 0.003 0.001 31 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.007 0.007 0.013 32 D 0.006 0.007 0.008 0.003 0.001 0.006 0.029 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.478 0.260 0.016 0.170 33 M 0.016 0.009 0.140 0.006 0.001 0.008 0.054 0.004 0.001 0.001 0.017 0.008 0.405 0.023 0.260 0.049 34 N 0.009 0.032 0.055 0.007 0.003 0.188 0.035 0.006 0.003 0.006 0.027 0.053 0.417 0.032 0.028 0.100 35 Q 0.047 0.035 0.022 0.014 0.001 0.016 0.005 0.007 0.003 0.002 0.429 0.040 0.321 0.007 0.024 0.029 36 S 0.008 0.028 0.032 0.009 0.001 0.031 0.004 0.002 0.003 0.001 0.026 0.505 0.327 0.005 0.006 0.012 37 S 0.008 0.024 0.034 0.014 0.001 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.068 0.031 0.757 0.002 0.008 0.021 38 L 0.006 0.027 0.051 0.031 0.002 0.014 0.008 0.001 0.002 0.001 0.033 0.093 0.695 0.006 0.007 0.023 39 A 0.008 0.013 0.079 0.039 0.002 0.016 0.018 0.001 0.001 0.001 0.009 0.031 0.753 0.008 0.007 0.015 40 K 0.009 0.033 0.090 0.114 0.002 0.028 0.016 0.005 0.002 0.001 0.016 0.012 0.609 0.006 0.011 0.048 41 E 0.021 0.112 0.233 0.240 0.003 0.012 0.028 0.002 0.010 0.002 0.007 0.011 0.156 0.006 0.007 0.151 42 C 0.037 0.008 0.313 0.159 0.007 0.163 0.042 0.004 0.002 0.004 0.011 0.012 0.216 0.005 0.005 0.012 43 P 0.012 0.066 0.079 0.059 0.031 0.349 0.016 0.019 0.002 0.002 0.151 0.022 0.155 0.021 0.007 0.009 44 L 0.009 0.077 0.007 0.091 0.005 0.033 0.003 0.022 0.005 0.003 0.439 0.211 0.069 0.004 0.015 0.006 45 S 0.011 0.110 0.059 0.062 0.006 0.053 0.014 0.006 0.017 0.005 0.021 0.348 0.221 0.010 0.010 0.046 46 Q 0.045 0.017 0.171 0.093 0.002 0.018 0.016 0.007 0.004 0.002 0.081 0.021 0.468 0.002 0.022 0.031 47 S 0.018 0.025 0.121 0.072 0.003 0.166 0.008 0.003 0.004 0.004 0.025 0.123 0.399 0.003 0.003 0.021 48 M 0.021 0.070 0.040 0.156 0.006 0.046 0.006 0.004 0.003 0.002 0.187 0.038 0.398 0.003 0.005 0.015 49 I 0.007 0.053 0.104 0.209 0.003 0.031 0.006 0.003 0.004 0.002 0.017 0.194 0.350 0.003 0.005 0.009 50 S 0.007 0.021 0.080 0.151 0.001 0.034 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 0.653 0.001 0.003 0.018 51 S 0.015 0.035 0.115 0.308 0.003 0.027 0.006 0.002 0.002 0.001 0.037 0.017 0.386 0.002 0.003 0.039 52 I 0.016 0.035 0.203 0.264 0.062 0.053 0.055 0.003 0.002 0.001 0.013 0.039 0.199 0.038 0.003 0.014 53 V 0.007 0.062 0.143 0.250 0.030 0.108 0.047 0.059 0.002 0.002 0.018 0.010 0.195 0.022 0.032 0.014 54 N 0.008 0.086 0.039 0.116 0.008 0.299 0.009 0.037 0.040 0.017 0.056 0.023 0.148 0.005 0.035 0.073 55 S 0.133 0.103 0.043 0.073 0.004 0.048 0.011 0.005 0.021 0.010 0.268 0.086 0.114 0.006 0.006 0.068 56 T 0.091 0.196 0.246 0.132 0.004 0.027 0.013 0.006 0.005 0.001 0.031 0.147 0.062 0.007 0.017 0.015 57 Y 0.022 0.048 0.363 0.259 0.005 0.073 0.015 0.007 0.005 0.002 0.019 0.031 0.114 0.003 0.013 0.021 58 Y 0.028 0.085 0.261 0.468 0.009 0.021 0.016 0.003 0.004 0.001 0.011 0.010 0.049 0.002 0.003 0.028 59 A 0.021 0.011 0.100 0.743 0.003 0.048 0.002 0.006 0.002 0.002 0.010 0.010 0.036 0.001 0.002 0.004 60 N 0.008 0.064 0.131 0.536 0.028 0.141 0.006 0.003 0.007 0.003 0.008 0.014 0.036 0.002 0.001 0.011 61 V 0.014 0.028 0.033 0.716 0.008 0.050 0.002 0.016 0.001 0.001 0.076 0.017 0.034 0.001 0.002 0.001 62 S 0.001 0.037 0.014 0.064 0.006 0.683 0.001 0.005 0.004 0.004 0.012 0.093 0.072 0.001 0.001 0.003 63 A 0.003 0.005 0.002 0.012 0.009 0.032 0.003 0.002 0.001 0.001 0.800 0.012 0.115 0.003 0.001 0.002 64 A 0.001 0.059 0.007 0.009 0.001 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 0.778 0.092 0.001 0.009 0.002 65 K 0.002 0.011 0.016 0.018 0.001 0.014 0.008 0.001 0.006 0.003 0.011 0.036 0.782 0.002 0.003 0.089 66 C 0.007 0.001 0.025 0.003 0.001 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.901 0.003 0.002 0.003 67 Q 0.001 0.013 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 0.047 0.870 0.001 0.003 0.004 68 E 0.001 0.003 0.002 0.004 0.007 0.017 0.015 0.001 0.001 0.001 0.033 0.150 0.606 0.153 0.001 0.004 69 F 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.022 0.018 0.822 0.001 0.114 0.002 70 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.907 0.001 0.001 0.058 71 R 0.021 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.948 0.001 0.001 0.003 72 W 0.001 0.004 0.021 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.931 0.001 0.001 0.006 73 Y 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.965 0.002 0.001 0.003 74 K 0.001 0.004 0.007 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.932 0.002 0.003 0.004 75 H 0.001 0.007 0.013 0.010 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.889 0.009 0.002 0.037 76 F 0.004 0.002 0.027 0.008 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.899 0.007 0.005 0.009 77 K 0.005 0.031 0.059 0.021 0.001 0.015 0.013 0.003 0.001 0.001 0.021 0.021 0.753 0.009 0.016 0.032 78 K 0.011 0.035 0.037 0.061 0.002 0.029 0.006 0.005 0.003 0.003 0.025 0.066 0.635 0.010 0.014 0.061 79 T 0.006 0.007 0.032 0.014 0.005 0.084 0.013 0.001 0.002 0.001 0.021 0.037 0.727 0.028 0.005 0.016 80 K 0.006 0.017 0.017 0.014 0.001 0.008 0.005 0.005 0.001 0.001 0.146 0.025 0.715 0.007 0.024 0.007 81 D 0.005 0.039 0.012 0.016 0.002 0.025 0.007 0.004 0.005 0.003 0.015 0.221 0.573 0.023 0.014 0.038 82 M 0.019 0.015 0.056 0.021 0.009 0.009 0.097 0.003 0.003 0.001 0.032 0.013 0.537 0.081 0.028 0.076 83 M 0.016 0.022 0.219 0.035 0.006 0.022 0.114 0.015 0.003 0.002 0.013 0.024 0.336 0.019 0.113 0.038