# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.76194 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.049 0.028 0.043 0.063 0.130 0.045 0.594 2 G 0.065 0.083 0.043 0.059 0.092 0.100 0.070 0.487 3 H 0.087 0.086 0.032 0.045 0.067 0.100 0.074 0.510 4 H 0.097 0.096 0.039 0.046 0.065 0.105 0.068 0.483 5 H 0.095 0.099 0.038 0.038 0.067 0.093 0.110 0.460 6 H 0.115 0.085 0.041 0.025 0.038 0.106 0.109 0.482 7 H 0.130 0.065 0.052 0.039 0.036 0.102 0.071 0.505 8 H 0.277 0.041 0.020 0.014 0.028 0.077 0.049 0.494 9 S 0.303 0.013 0.008 0.008 0.016 0.076 0.054 0.524 10 H 0.020 0.005 0.008 0.016 0.018 0.125 0.017 0.792 11 M 0.005 0.010 0.007 0.015 0.027 0.127 0.016 0.793 12 L 0.011 0.021 0.011 0.021 0.023 0.125 0.030 0.757 13 P 0.469 0.182 0.004 0.006 0.005 0.031 0.186 0.118 14 P 0.235 0.135 0.012 0.005 0.009 0.073 0.183 0.349 15 E 0.084 0.079 0.033 0.014 0.021 0.095 0.106 0.569 16 Q 0.125 0.069 0.034 0.010 0.022 0.103 0.150 0.486 17 W 0.042 0.061 0.038 0.028 0.023 0.121 0.193 0.494 18 S 0.024 0.465 0.013 0.015 0.024 0.054 0.056 0.348 19 H 0.035 0.756 0.004 0.004 0.006 0.022 0.040 0.134 20 T 0.008 0.570 0.015 0.009 0.010 0.021 0.275 0.091 21 T 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.011 22 V 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 23 R 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 24 N 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 25 A 0.002 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 26 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 27 K 0.017 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.019 28 D 0.012 0.862 0.005 0.001 0.001 0.007 0.058 0.054 29 L 0.034 0.818 0.009 0.001 0.001 0.013 0.069 0.055 30 L 0.132 0.253 0.043 0.001 0.002 0.027 0.432 0.110 31 K 0.128 0.262 0.012 0.002 0.003 0.059 0.066 0.468 32 D 0.064 0.145 0.019 0.002 0.003 0.067 0.067 0.632 33 M 0.045 0.104 0.067 0.005 0.005 0.148 0.174 0.452 34 N 0.102 0.342 0.014 0.003 0.006 0.091 0.061 0.380 35 Q 0.088 0.525 0.008 0.002 0.004 0.038 0.023 0.312 36 S 0.088 0.435 0.041 0.007 0.011 0.071 0.082 0.268 37 S 0.164 0.317 0.041 0.011 0.019 0.083 0.114 0.251 38 L 0.282 0.109 0.051 0.012 0.024 0.072 0.123 0.327 39 A 0.216 0.039 0.025 0.011 0.019 0.098 0.107 0.483 40 K 0.031 0.024 0.014 0.010 0.017 0.125 0.035 0.744 41 E 0.014 0.022 0.014 0.008 0.015 0.112 0.039 0.776 42 C 0.071 0.063 0.029 0.037 0.032 0.135 0.126 0.507 43 P 0.164 0.090 0.017 0.010 0.015 0.089 0.146 0.468 44 L 0.092 0.120 0.028 0.014 0.016 0.104 0.098 0.529 45 S 0.062 0.301 0.031 0.011 0.026 0.088 0.051 0.430 46 Q 0.081 0.124 0.058 0.023 0.043 0.104 0.171 0.397 47 S 0.036 0.073 0.091 0.056 0.088 0.085 0.296 0.275 48 M 0.032 0.188 0.082 0.062 0.108 0.086 0.123 0.319 49 I 0.044 0.250 0.067 0.052 0.075 0.070 0.116 0.326 50 S 0.039 0.144 0.095 0.069 0.119 0.065 0.202 0.267 51 S 0.047 0.066 0.104 0.078 0.106 0.077 0.260 0.262 52 I 0.040 0.031 0.138 0.095 0.091 0.103 0.214 0.287 53 V 0.075 0.048 0.097 0.059 0.079 0.143 0.071 0.428 54 N 0.095 0.096 0.033 0.022 0.040 0.122 0.087 0.506 55 S 0.045 0.063 0.044 0.031 0.080 0.142 0.137 0.458 56 T 0.027 0.050 0.081 0.077 0.147 0.123 0.109 0.385 57 Y 0.036 0.058 0.113 0.124 0.206 0.088 0.089 0.286 58 Y 0.042 0.027 0.073 0.096 0.143 0.075 0.201 0.341 59 A 0.017 0.056 0.086 0.168 0.239 0.066 0.067 0.302 60 N 0.031 0.173 0.051 0.098 0.161 0.073 0.085 0.328 61 V 0.016 0.134 0.062 0.126 0.118 0.079 0.115 0.350 62 S 0.100 0.559 0.022 0.019 0.024 0.033 0.122 0.120 63 A 0.158 0.497 0.024 0.009 0.013 0.038 0.064 0.198 64 A 0.039 0.630 0.012 0.009 0.012 0.034 0.026 0.238 65 K 0.036 0.563 0.012 0.004 0.010 0.042 0.068 0.266 66 C 0.126 0.443 0.024 0.004 0.005 0.036 0.212 0.151 67 Q 0.161 0.518 0.008 0.010 0.007 0.044 0.080 0.173 68 E 0.031 0.594 0.008 0.003 0.005 0.041 0.045 0.273 69 F 0.013 0.822 0.005 0.001 0.003 0.020 0.043 0.094 70 G 0.026 0.722 0.009 0.004 0.006 0.017 0.158 0.058 71 R 0.015 0.825 0.007 0.005 0.007 0.014 0.064 0.063 72 W 0.027 0.792 0.021 0.006 0.010 0.015 0.056 0.073 73 Y 0.048 0.788 0.023 0.006 0.008 0.011 0.058 0.057 74 K 0.062 0.652 0.010 0.007 0.017 0.026 0.048 0.178 75 H 0.066 0.188 0.029 0.014 0.019 0.062 0.244 0.379 76 F 0.092 0.211 0.045 0.021 0.022 0.077 0.207 0.325 77 K 0.038 0.241 0.016 0.019 0.023 0.087 0.035 0.540 78 K 0.017 0.180 0.019 0.006 0.013 0.058 0.027 0.681 79 T 0.301 0.391 0.007 0.003 0.004 0.022 0.142 0.129 80 K 0.213 0.213 0.016 0.006 0.007 0.066 0.069 0.410 81 D 0.075 0.075 0.024 0.010 0.016 0.079 0.046 0.676 82 M 0.078 0.024 0.032 0.007 0.015 0.107 0.124 0.613 83 M 0.061 0.016 0.051 0.016 0.017 0.153 0.107 0.580