# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.76194 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.043 0.017 0.003 0.006 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.142 0.014 0.073 0.630 2 G 0.036 0.040 0.005 0.002 0.014 0.021 0.012 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.005 0.004 0.002 0.194 0.013 0.082 0.551 3 H 0.033 0.026 0.009 0.001 0.004 0.005 0.005 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.099 0.012 0.070 0.714 4 H 0.054 0.041 0.008 0.002 0.002 0.003 0.004 0.004 0.005 0.005 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.207 0.016 0.141 0.497 5 H 0.062 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.016 0.099 0.657 6 H 0.081 0.062 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.017 0.083 0.630 7 H 0.064 0.044 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.022 0.178 0.588 8 H 0.127 0.044 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.025 0.120 0.620 9 S 0.095 0.107 0.009 0.001 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.011 0.101 0.602 10 H 0.095 0.069 0.006 0.001 0.004 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.013 0.094 0.641 11 M 0.210 0.074 0.010 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.025 0.109 0.504 12 L 0.210 0.105 0.029 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.021 0.054 0.431 13 P 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.975 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 E 0.050 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.005 0.097 0.761 16 Q 0.372 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.013 0.045 0.475 17 W 0.331 0.158 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.006 0.061 0.348 18 S 0.083 0.237 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.009 0.189 0.406 19 H 0.069 0.174 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.020 0.056 0.611 20 T 0.057 0.170 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.014 0.336 0.379 21 T 0.123 0.142 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.019 0.260 0.404 22 V 0.039 0.659 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 0.052 0.210 23 R 0.018 0.657 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.004 0.119 0.172 24 N 0.015 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.034 0.164 25 A 0.015 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.065 26 L 0.018 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.033 27 K 0.009 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 28 D 0.004 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.038 29 L 0.021 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.039 30 L 0.028 0.935 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 31 K 0.021 0.890 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.067 32 D 0.052 0.812 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.003 0.092 33 M 0.155 0.723 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.003 0.075 34 N 0.076 0.525 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.073 0.254 35 Q 0.052 0.255 0.156 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.030 0.051 0.436 36 S 0.091 0.315 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.067 0.486 37 S 0.149 0.293 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.151 0.358 38 L 0.171 0.566 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.013 0.031 0.186 39 A 0.121 0.605 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.009 0.043 0.156 40 K 0.199 0.495 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.024 0.025 0.199 41 E 0.317 0.376 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.057 0.011 0.190 42 C 0.253 0.252 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.021 0.052 0.303 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 L 0.006 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.045 0.908 45 S 0.231 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.012 0.112 0.558 46 Q 0.327 0.125 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.010 0.100 0.371 47 S 0.081 0.409 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 0.075 0.392 48 M 0.052 0.594 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.006 0.083 0.198 49 I 0.052 0.722 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.008 0.037 0.123 50 S 0.044 0.763 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.010 0.024 0.095 51 S 0.056 0.781 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.035 0.017 0.014 0.087 52 I 0.131 0.605 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.107 0.027 0.018 0.088 53 V 0.098 0.586 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.094 0.023 0.027 0.118 54 N 0.092 0.428 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.037 0.029 0.208 55 S 0.147 0.211 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.060 0.050 0.361 56 T 0.157 0.056 0.103 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.041 0.117 0.420 57 Y 0.106 0.042 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 0.020 0.185 0.386 58 Y 0.078 0.040 0.020 0.004 0.012 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.386 0.016 0.083 0.351 59 A 0.036 0.022 0.007 0.003 0.011 0.013 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.625 0.006 0.061 0.194 60 N 0.021 0.022 0.005 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.374 0.006 0.071 0.480 61 V 0.029 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.526 0.006 0.060 0.337 62 S 0.012 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.004 0.350 0.403 63 A 0.039 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.012 0.081 0.486 64 A 0.035 0.082 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.006 0.190 0.608 65 K 0.093 0.125 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 0.353 0.385 66 C 0.126 0.610 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.028 0.210 67 Q 0.051 0.736 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.008 0.028 0.124 68 E 0.046 0.721 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.014 0.020 0.176 69 F 0.050 0.812 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.003 0.099 70 G 0.137 0.590 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.064 0.008 0.164 71 R 0.067 0.296 0.291 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.022 0.078 0.211 72 W 0.048 0.272 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.018 0.038 0.504 73 Y 0.096 0.487 0.007 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.013 0.026 0.249 74 K 0.071 0.441 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.016 0.050 0.333 75 H 0.104 0.484 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.025 0.050 0.282 76 F 0.114 0.654 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.014 0.018 0.152 77 K 0.076 0.514 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.016 0.050 0.272 78 K 0.105 0.310 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.028 0.072 0.447 79 T 0.168 0.492 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.020 0.036 0.242 80 K 0.044 0.401 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.013 0.047 0.468 81 D 0.029 0.269 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.086 0.579 82 M 0.342 0.276 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.050 0.081 0.221 83 M 0.179 0.636 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.012 0.017 0.116