# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.76194 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.049 0.063 0.048 0.085 0.071 0.010 0.600 2 G 0.050 0.044 0.071 0.055 0.102 0.139 0.011 0.529 3 H 0.114 0.044 0.071 0.046 0.072 0.112 0.019 0.522 4 H 0.099 0.061 0.070 0.047 0.070 0.130 0.015 0.509 5 H 0.079 0.038 0.044 0.034 0.057 0.104 0.014 0.630 6 H 0.077 0.043 0.044 0.032 0.060 0.087 0.011 0.647 7 H 0.050 0.024 0.028 0.026 0.034 0.125 0.009 0.704 8 H 0.085 0.030 0.022 0.024 0.041 0.099 0.012 0.687 9 S 0.138 0.071 0.032 0.033 0.059 0.089 0.013 0.566 10 H 0.153 0.044 0.021 0.037 0.035 0.090 0.018 0.601 11 M 0.256 0.053 0.028 0.039 0.050 0.077 0.033 0.464 12 L 0.235 0.052 0.044 0.049 0.076 0.083 0.016 0.445 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 15 E 0.091 0.005 0.011 0.013 0.023 0.139 0.007 0.711 16 Q 0.589 0.021 0.010 0.013 0.013 0.063 0.012 0.278 17 W 0.249 0.152 0.030 0.027 0.042 0.064 0.006 0.429 18 S 0.091 0.169 0.029 0.036 0.068 0.148 0.007 0.452 19 H 0.074 0.133 0.024 0.014 0.045 0.061 0.010 0.639 20 T 0.051 0.155 0.018 0.012 0.022 0.198 0.012 0.531 21 T 0.086 0.174 0.015 0.006 0.010 0.276 0.014 0.418 22 V 0.025 0.764 0.013 0.002 0.007 0.035 0.002 0.151 23 R 0.006 0.866 0.004 0.001 0.004 0.023 0.001 0.094 24 N 0.007 0.903 0.002 0.001 0.002 0.025 0.002 0.059 25 A 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 26 L 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 27 K 0.006 0.966 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.018 28 D 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.027 29 L 0.020 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.018 30 L 0.029 0.941 0.003 0.001 0.001 0.006 0.006 0.015 31 K 0.078 0.848 0.006 0.001 0.001 0.005 0.018 0.044 32 D 0.094 0.794 0.006 0.001 0.001 0.006 0.025 0.073 33 M 0.114 0.733 0.014 0.001 0.001 0.011 0.031 0.095 34 N 0.084 0.631 0.052 0.004 0.003 0.058 0.032 0.137 35 Q 0.110 0.433 0.118 0.006 0.009 0.060 0.027 0.236 36 S 0.049 0.413 0.021 0.005 0.006 0.100 0.017 0.387 37 S 0.111 0.307 0.026 0.007 0.009 0.163 0.026 0.352 38 L 0.075 0.639 0.017 0.008 0.011 0.055 0.009 0.184 39 A 0.109 0.599 0.024 0.017 0.019 0.065 0.013 0.155 40 K 0.178 0.516 0.014 0.022 0.022 0.025 0.029 0.193 41 E 0.229 0.414 0.017 0.012 0.021 0.015 0.064 0.229 42 C 0.279 0.233 0.041 0.037 0.038 0.042 0.026 0.305 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 L 0.021 0.024 0.062 0.026 0.059 0.133 0.006 0.670 45 S 0.226 0.078 0.045 0.010 0.019 0.139 0.012 0.470 46 Q 0.225 0.168 0.037 0.013 0.023 0.083 0.016 0.436 47 S 0.117 0.270 0.043 0.010 0.018 0.082 0.008 0.452 48 M 0.123 0.268 0.033 0.014 0.025 0.120 0.011 0.406 49 I 0.071 0.489 0.030 0.016 0.039 0.070 0.010 0.275 50 S 0.045 0.656 0.014 0.011 0.026 0.041 0.007 0.201 51 S 0.053 0.695 0.010 0.006 0.013 0.021 0.007 0.194 52 I 0.069 0.775 0.015 0.007 0.010 0.022 0.007 0.094 53 V 0.043 0.797 0.030 0.015 0.017 0.019 0.007 0.071 54 N 0.033 0.769 0.027 0.016 0.026 0.015 0.013 0.102 55 S 0.133 0.482 0.053 0.019 0.035 0.027 0.045 0.207 56 T 0.185 0.210 0.098 0.033 0.029 0.081 0.068 0.296 57 Y 0.127 0.089 0.177 0.076 0.047 0.131 0.034 0.319 58 Y 0.040 0.054 0.219 0.129 0.144 0.092 0.011 0.312 59 A 0.029 0.035 0.229 0.159 0.178 0.069 0.007 0.295 60 N 0.030 0.033 0.140 0.113 0.202 0.071 0.007 0.404 61 V 0.033 0.038 0.150 0.130 0.224 0.053 0.005 0.368 62 S 0.012 0.053 0.053 0.086 0.127 0.277 0.005 0.387 63 A 0.030 0.082 0.062 0.032 0.138 0.165 0.009 0.482 64 A 0.017 0.166 0.020 0.013 0.029 0.393 0.007 0.355 65 K 0.104 0.182 0.009 0.006 0.010 0.382 0.022 0.285 66 C 0.027 0.872 0.004 0.002 0.006 0.013 0.002 0.073 67 Q 0.013 0.909 0.005 0.003 0.007 0.009 0.002 0.053 68 E 0.015 0.819 0.004 0.003 0.005 0.020 0.006 0.130 69 F 0.044 0.877 0.006 0.002 0.006 0.008 0.012 0.046 70 G 0.104 0.810 0.007 0.004 0.006 0.006 0.015 0.048 71 R 0.054 0.607 0.059 0.010 0.008 0.043 0.015 0.205 72 W 0.037 0.465 0.029 0.007 0.008 0.043 0.014 0.397 73 Y 0.070 0.681 0.016 0.010 0.034 0.019 0.007 0.162 74 K 0.022 0.668 0.016 0.010 0.011 0.027 0.004 0.242 75 H 0.033 0.682 0.011 0.006 0.008 0.036 0.007 0.217 76 F 0.090 0.796 0.007 0.005 0.014 0.010 0.007 0.071 77 K 0.028 0.812 0.006 0.005 0.008 0.007 0.006 0.128 78 K 0.039 0.604 0.020 0.006 0.011 0.070 0.020 0.230 79 T 0.134 0.624 0.025 0.006 0.014 0.030 0.025 0.142 80 K 0.037 0.684 0.013 0.004 0.008 0.011 0.007 0.236 81 D 0.027 0.323 0.018 0.005 0.007 0.176 0.015 0.429 82 M 0.293 0.313 0.028 0.007 0.012 0.094 0.039 0.213 83 M 0.223 0.580 0.010 0.006 0.009 0.028 0.018 0.125