# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.76194 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.123 0.410 0.266 0.082 0.048 0.030 0.013 0.001 0.023 0.001 0.001 2 G 0.114 0.139 0.199 0.080 0.185 0.066 0.076 0.054 0.027 0.058 0.001 3 H 0.198 0.294 0.213 0.143 0.069 0.036 0.016 0.003 0.024 0.003 0.001 4 H 0.217 0.243 0.198 0.155 0.073 0.040 0.029 0.006 0.030 0.007 0.001 5 H 0.217 0.231 0.191 0.141 0.087 0.050 0.036 0.007 0.030 0.007 0.002 6 H 0.303 0.227 0.179 0.134 0.059 0.040 0.022 0.004 0.026 0.005 0.002 7 H 0.353 0.151 0.194 0.168 0.045 0.039 0.024 0.004 0.018 0.005 0.001 8 H 0.313 0.160 0.190 0.162 0.052 0.040 0.038 0.008 0.029 0.007 0.002 9 S 0.538 0.095 0.157 0.122 0.026 0.017 0.022 0.004 0.013 0.005 0.003 10 H 0.478 0.078 0.146 0.202 0.020 0.019 0.035 0.003 0.014 0.003 0.001 11 M 0.188 0.126 0.202 0.358 0.026 0.043 0.034 0.004 0.014 0.002 0.003 12 L 0.018 0.306 0.568 0.006 0.015 0.018 0.009 0.001 0.055 0.003 0.001 13 P 0.022 0.007 0.912 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.010 0.002 0.012 14 P 0.861 0.001 0.110 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 15 E 0.862 0.008 0.034 0.076 0.004 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 16 Q 0.470 0.047 0.060 0.379 0.006 0.015 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 17 W 0.531 0.114 0.177 0.088 0.017 0.023 0.028 0.002 0.018 0.001 0.001 18 S 0.532 0.096 0.115 0.154 0.020 0.039 0.027 0.002 0.010 0.002 0.001 19 H 0.685 0.050 0.063 0.121 0.027 0.019 0.020 0.003 0.009 0.003 0.001 20 T 0.828 0.040 0.051 0.045 0.015 0.009 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 21 T 0.823 0.055 0.037 0.047 0.015 0.014 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 22 V 0.919 0.031 0.020 0.014 0.005 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 23 R 0.981 0.004 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.981 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.964 0.003 0.003 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.989 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.954 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.981 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.964 0.002 0.002 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.780 0.005 0.010 0.185 0.002 0.004 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 33 M 0.613 0.024 0.046 0.277 0.004 0.008 0.019 0.001 0.008 0.001 0.001 34 N 0.462 0.033 0.088 0.171 0.014 0.045 0.164 0.006 0.013 0.004 0.001 35 Q 0.705 0.041 0.071 0.129 0.008 0.024 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 36 S 0.869 0.015 0.037 0.052 0.006 0.008 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 37 S 0.912 0.012 0.017 0.039 0.006 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 38 L 0.858 0.026 0.018 0.080 0.005 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 39 A 0.823 0.046 0.033 0.064 0.013 0.004 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 40 K 0.681 0.102 0.066 0.093 0.017 0.010 0.017 0.001 0.014 0.001 0.001 41 E 0.298 0.096 0.228 0.286 0.015 0.041 0.020 0.001 0.012 0.001 0.002 42 C 0.041 0.289 0.345 0.009 0.033 0.010 0.006 0.001 0.263 0.003 0.001 43 P 0.211 0.004 0.703 0.009 0.002 0.034 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 44 L 0.667 0.035 0.150 0.107 0.010 0.017 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 45 S 0.572 0.063 0.137 0.125 0.037 0.028 0.017 0.007 0.010 0.004 0.001 46 Q 0.548 0.094 0.134 0.144 0.024 0.023 0.018 0.002 0.012 0.001 0.001 47 S 0.549 0.172 0.115 0.065 0.044 0.021 0.013 0.002 0.018 0.001 0.001 48 M 0.501 0.213 0.142 0.059 0.038 0.027 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 49 I 0.489 0.286 0.114 0.057 0.021 0.018 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 50 S 0.459 0.224 0.085 0.071 0.110 0.014 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 51 S 0.346 0.303 0.084 0.080 0.128 0.019 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 52 I 0.239 0.376 0.185 0.081 0.035 0.057 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 53 V 0.302 0.273 0.188 0.122 0.026 0.053 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 54 N 0.172 0.082 0.159 0.197 0.081 0.086 0.165 0.013 0.029 0.016 0.001 55 S 0.370 0.092 0.091 0.257 0.059 0.031 0.056 0.017 0.016 0.009 0.001 56 T 0.333 0.261 0.129 0.156 0.056 0.020 0.021 0.004 0.017 0.003 0.001 57 Y 0.207 0.415 0.161 0.072 0.063 0.040 0.017 0.003 0.020 0.002 0.001 58 Y 0.137 0.451 0.222 0.061 0.041 0.048 0.011 0.001 0.026 0.001 0.001 59 A 0.151 0.404 0.179 0.063 0.121 0.030 0.011 0.003 0.036 0.003 0.001 60 N 0.090 0.239 0.326 0.063 0.084 0.124 0.031 0.002 0.037 0.002 0.001 61 V 0.209 0.461 0.191 0.054 0.041 0.023 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 62 S 0.261 0.241 0.211 0.063 0.102 0.072 0.015 0.002 0.028 0.004 0.001 63 A 0.742 0.070 0.078 0.041 0.034 0.017 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 64 A 0.887 0.029 0.031 0.034 0.007 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 65 K 0.699 0.039 0.061 0.125 0.027 0.017 0.018 0.002 0.010 0.001 0.001 66 C 0.734 0.052 0.083 0.077 0.014 0.015 0.009 0.001 0.013 0.001 0.001 67 Q 0.946 0.009 0.026 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.970 0.003 0.006 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 F 0.536 0.008 0.016 0.425 0.002 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 70 G 0.669 0.009 0.045 0.016 0.015 0.006 0.146 0.074 0.003 0.017 0.001 71 R 0.903 0.036 0.024 0.025 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 W 0.890 0.027 0.021 0.036 0.013 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 73 Y 0.917 0.020 0.021 0.027 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 K 0.964 0.005 0.009 0.014 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 H 0.849 0.014 0.015 0.106 0.006 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 76 F 0.635 0.038 0.042 0.236 0.010 0.010 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 77 K 0.821 0.036 0.066 0.037 0.007 0.009 0.016 0.001 0.007 0.001 0.001 78 K 0.684 0.037 0.096 0.128 0.009 0.028 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 79 T 0.470 0.092 0.170 0.159 0.018 0.038 0.008 0.001 0.043 0.001 0.001 80 K 0.916 0.008 0.045 0.020 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.855 0.014 0.018 0.074 0.007 0.009 0.018 0.002 0.002 0.001 0.001 82 M 0.591 0.060 0.046 0.262 0.011 0.009 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 83 M 0.497 0.163 0.152 0.092 0.027 0.017 0.025 0.002 0.023 0.001 0.001