# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.76194 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.583 0.189 0.111 0.073 0.034 0.010 0.001 2 G 0.590 0.232 0.106 0.051 0.016 0.005 0.001 3 H 0.484 0.216 0.153 0.097 0.038 0.012 0.001 4 H 0.509 0.239 0.131 0.080 0.031 0.009 0.001 5 H 0.531 0.263 0.110 0.060 0.027 0.009 0.001 6 H 0.422 0.220 0.164 0.121 0.056 0.017 0.001 7 H 0.555 0.254 0.112 0.052 0.021 0.005 0.001 8 H 0.464 0.263 0.144 0.083 0.034 0.010 0.001 9 S 0.371 0.200 0.176 0.146 0.080 0.024 0.002 10 H 0.526 0.286 0.111 0.050 0.021 0.006 0.001 11 M 0.411 0.302 0.161 0.085 0.031 0.010 0.001 12 L 0.198 0.141 0.211 0.239 0.155 0.052 0.004 13 P 0.433 0.292 0.143 0.080 0.041 0.011 0.001 14 P 0.523 0.281 0.110 0.057 0.022 0.006 0.001 15 E 0.390 0.265 0.148 0.111 0.068 0.017 0.001 16 Q 0.345 0.357 0.168 0.086 0.034 0.010 0.001 17 W 0.113 0.113 0.217 0.283 0.207 0.062 0.005 18 S 0.327 0.315 0.200 0.102 0.041 0.013 0.001 19 H 0.253 0.229 0.230 0.179 0.080 0.026 0.002 20 T 0.405 0.309 0.164 0.085 0.029 0.008 0.001 21 T 0.134 0.208 0.236 0.232 0.132 0.051 0.006 22 V 0.056 0.061 0.084 0.160 0.302 0.282 0.055 23 R 0.080 0.206 0.286 0.256 0.123 0.046 0.003 24 N 0.181 0.312 0.255 0.161 0.065 0.023 0.002 25 A 0.035 0.065 0.131 0.251 0.280 0.204 0.033 26 L 0.036 0.055 0.093 0.186 0.319 0.271 0.041 27 K 0.150 0.294 0.266 0.179 0.082 0.027 0.002 28 D 0.277 0.393 0.185 0.094 0.039 0.011 0.001 29 L 0.050 0.080 0.137 0.280 0.295 0.147 0.011 30 L 0.088 0.137 0.226 0.254 0.222 0.069 0.003 31 K 0.321 0.326 0.205 0.102 0.037 0.009 0.001 32 D 0.473 0.314 0.128 0.058 0.022 0.005 0.001 33 M 0.323 0.212 0.188 0.178 0.078 0.019 0.001 34 N 0.487 0.270 0.138 0.068 0.029 0.007 0.001 35 Q 0.555 0.269 0.106 0.050 0.015 0.004 0.001 36 S 0.488 0.249 0.144 0.080 0.031 0.007 0.001 37 S 0.352 0.338 0.189 0.089 0.025 0.007 0.001 38 L 0.112 0.114 0.173 0.257 0.231 0.103 0.010 39 A 0.135 0.164 0.220 0.237 0.168 0.070 0.006 40 K 0.266 0.292 0.208 0.142 0.066 0.024 0.002 41 E 0.383 0.291 0.154 0.104 0.047 0.019 0.003 42 C 0.150 0.123 0.158 0.241 0.201 0.111 0.016 43 P 0.361 0.291 0.158 0.095 0.058 0.030 0.006 44 L 0.157 0.122 0.172 0.233 0.178 0.108 0.030 45 S 0.285 0.257 0.161 0.121 0.100 0.061 0.016 46 Q 0.174 0.127 0.130 0.176 0.170 0.161 0.062 47 S 0.211 0.140 0.127 0.147 0.153 0.144 0.077 48 M 0.126 0.114 0.132 0.177 0.169 0.173 0.109 49 I 0.093 0.066 0.069 0.110 0.170 0.261 0.230 50 S 0.135 0.133 0.113 0.134 0.172 0.197 0.116 51 S 0.119 0.129 0.129 0.170 0.175 0.177 0.101 52 I 0.065 0.066 0.089 0.160 0.198 0.272 0.150 53 V 0.065 0.083 0.106 0.179 0.236 0.239 0.093 54 N 0.094 0.118 0.168 0.204 0.200 0.162 0.054 55 S 0.214 0.230 0.193 0.182 0.108 0.061 0.012 56 T 0.286 0.322 0.205 0.116 0.044 0.021 0.005 57 Y 0.055 0.074 0.111 0.229 0.294 0.202 0.036 58 Y 0.072 0.136 0.181 0.234 0.197 0.154 0.026 59 A 0.073 0.082 0.121 0.234 0.240 0.215 0.036 60 N 0.204 0.328 0.262 0.132 0.054 0.018 0.002 61 V 0.056 0.065 0.099 0.221 0.279 0.239 0.041 62 S 0.129 0.242 0.226 0.185 0.147 0.065 0.006 63 A 0.119 0.173 0.218 0.283 0.144 0.058 0.005 64 A 0.509 0.336 0.091 0.036 0.022 0.006 0.001 65 K 0.188 0.254 0.226 0.210 0.085 0.033 0.004 66 C 0.084 0.083 0.175 0.233 0.301 0.113 0.010 67 Q 0.354 0.370 0.169 0.076 0.024 0.006 0.001 68 E 0.259 0.223 0.192 0.167 0.113 0.042 0.004 69 F 0.139 0.141 0.163 0.209 0.199 0.133 0.015 70 G 0.340 0.260 0.188 0.127 0.066 0.018 0.001 71 R 0.356 0.364 0.178 0.077 0.020 0.005 0.001 72 W 0.086 0.115 0.162 0.232 0.271 0.125 0.010 73 Y 0.083 0.114 0.194 0.287 0.228 0.088 0.004 74 K 0.422 0.377 0.139 0.045 0.014 0.003 0.001 75 H 0.285 0.303 0.243 0.135 0.028 0.006 0.001 76 F 0.136 0.087 0.163 0.276 0.250 0.085 0.003 77 K 0.562 0.286 0.104 0.036 0.011 0.002 0.001 78 K 0.722 0.230 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001 79 T 0.553 0.235 0.113 0.066 0.027 0.005 0.001 80 K 0.546 0.218 0.131 0.073 0.025 0.005 0.001 81 D 0.763 0.186 0.037 0.010 0.004 0.001 0.001 82 M 0.552 0.192 0.125 0.089 0.032 0.009 0.001 83 M 0.671 0.184 0.075 0.040 0.021 0.007 0.001