# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.013 0.078 0.070 0.080 0.005 0.059 0.051 0.004 0.001 0.004 0.004 0.009 0.009 0.084 0.035 0.119 0.052 0.126 0.182 0.003 2 G 0.008 0.010 0.050 0.052 0.125 0.010 0.071 0.077 0.005 0.001 0.003 0.003 0.005 0.008 0.051 0.040 0.108 0.081 0.115 0.175 0.003 3 H 0.008 0.008 0.046 0.050 0.112 0.008 0.070 0.064 0.006 0.001 0.003 0.003 0.006 0.008 0.064 0.055 0.207 0.059 0.113 0.107 0.002 4 H 0.008 0.008 0.077 0.070 0.066 0.017 0.135 0.095 0.004 0.001 0.003 0.003 0.007 0.008 0.075 0.021 0.131 0.050 0.081 0.138 0.002 5 H 0.006 0.007 0.027 0.042 0.143 0.008 0.102 0.070 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.035 0.058 0.135 0.084 0.130 0.133 0.002 6 H 0.005 0.005 0.060 0.052 0.069 0.005 0.071 0.074 0.005 0.001 0.003 0.002 0.005 0.006 0.094 0.027 0.207 0.075 0.105 0.129 0.001 7 H 0.004 0.005 0.044 0.032 0.081 0.015 0.128 0.143 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.039 0.036 0.134 0.058 0.110 0.151 0.001 8 H 0.003 0.004 0.027 0.036 0.096 0.010 0.142 0.100 0.010 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.029 0.036 0.183 0.114 0.107 0.090 0.001 9 S 0.003 0.003 0.040 0.026 0.056 0.011 0.182 0.061 0.016 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.055 0.025 0.204 0.071 0.107 0.124 0.001 10 H 0.002 0.003 0.041 0.047 0.028 0.098 0.236 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.016 0.172 0.050 0.068 0.154 0.001 11 M 0.003 0.003 0.009 0.013 0.137 0.009 0.272 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.038 0.103 0.166 0.160 0.055 0.001 12 L 0.001 0.001 0.078 0.052 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 0.004 0.023 0.029 0.180 0.561 0.001 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.004 0.130 0.824 0.001 14 P 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.870 0.049 0.014 0.028 0.001 15 E 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.109 0.622 0.182 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.040 0.005 0.007 0.019 0.001 16 Q 0.001 0.002 0.008 0.011 0.020 0.017 0.428 0.238 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.054 0.079 0.082 0.029 0.001 17 W 0.004 0.004 0.028 0.035 0.041 0.005 0.046 0.167 0.003 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.034 0.042 0.138 0.081 0.188 0.172 0.001 18 S 0.005 0.004 0.027 0.037 0.045 0.005 0.082 0.163 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.029 0.022 0.148 0.034 0.145 0.240 0.001 19 H 0.002 0.002 0.016 0.015 0.044 0.004 0.064 0.273 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.025 0.313 0.048 0.082 0.075 0.001 20 T 0.002 0.002 0.016 0.014 0.010 0.006 0.053 0.646 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.148 0.014 0.026 0.035 0.001 21 T 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.003 0.021 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.035 0.008 0.014 0.017 0.001 22 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.010 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.102 0.005 0.004 0.003 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.864 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.006 0.002 0.002 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.843 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.089 0.015 0.009 0.005 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 0.841 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.003 0.002 0.003 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.115 0.653 0.049 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.101 0.021 0.004 0.006 0.001 33 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.134 0.412 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.230 0.030 0.064 0.088 0.001 34 N 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.013 0.184 0.325 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.151 0.147 0.065 0.071 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.011 0.007 0.012 0.011 0.109 0.268 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.027 0.280 0.087 0.071 0.069 0.001 36 S 0.001 0.002 0.017 0.014 0.015 0.012 0.085 0.364 0.016 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.007 0.233 0.028 0.107 0.067 0.001 37 S 0.001 0.001 0.011 0.006 0.021 0.016 0.078 0.497 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.017 0.176 0.047 0.050 0.054 0.001 38 L 0.001 0.001 0.008 0.006 0.014 0.011 0.118 0.386 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.021 0.237 0.076 0.026 0.040 0.001 39 A 0.001 0.001 0.011 0.011 0.011 0.016 0.248 0.318 0.029 0.006 0.002 0.001 0.002 0.006 0.021 0.016 0.189 0.024 0.044 0.041 0.001 40 K 0.001 0.002 0.014 0.015 0.013 0.102 0.318 0.225 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.014 0.100 0.045 0.044 0.067 0.001 41 E 0.002 0.002 0.010 0.013 0.036 0.009 0.306 0.041 0.011 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.016 0.028 0.211 0.130 0.099 0.069 0.001 42 C 0.001 0.001 0.018 0.013 0.016 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.016 0.029 0.025 0.387 0.444 0.001 43 P 0.001 0.001 0.023 0.005 0.043 0.003 0.016 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.029 0.388 0.157 0.077 0.167 0.001 44 L 0.001 0.003 0.040 0.029 0.028 0.032 0.117 0.187 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.048 0.036 0.233 0.030 0.080 0.121 0.001 45 S 0.001 0.003 0.016 0.022 0.038 0.023 0.229 0.290 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.038 0.020 0.107 0.039 0.049 0.110 0.001 46 Q 0.003 0.004 0.021 0.025 0.031 0.007 0.129 0.271 0.005 0.001 0.003 0.001 0.004 0.004 0.042 0.035 0.234 0.064 0.050 0.064 0.002 47 S 0.011 0.013 0.026 0.035 0.053 0.008 0.102 0.396 0.007 0.001 0.005 0.005 0.011 0.017 0.023 0.033 0.098 0.029 0.072 0.053 0.002 48 M 0.012 0.013 0.031 0.017 0.043 0.006 0.050 0.576 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.019 0.019 0.122 0.028 0.030 0.014 0.001 49 I 0.022 0.025 0.027 0.025 0.022 0.007 0.023 0.661 0.005 0.002 0.002 0.004 0.007 0.010 0.020 0.007 0.097 0.008 0.018 0.007 0.001 50 S 0.015 0.037 0.011 0.026 0.022 0.011 0.037 0.702 0.005 0.004 0.001 0.003 0.006 0.015 0.026 0.008 0.046 0.007 0.007 0.010 0.001 51 S 0.020 0.043 0.016 0.040 0.029 0.013 0.038 0.641 0.008 0.003 0.002 0.003 0.007 0.014 0.034 0.008 0.058 0.008 0.005 0.009 0.002 52 I 0.073 0.073 0.032 0.044 0.063 0.011 0.058 0.426 0.020 0.005 0.006 0.007 0.012 0.023 0.031 0.013 0.067 0.014 0.010 0.008 0.004 53 V 0.128 0.089 0.079 0.097 0.059 0.012 0.070 0.138 0.037 0.013 0.005 0.009 0.022 0.034 0.041 0.011 0.103 0.016 0.017 0.016 0.004 54 N 0.052 0.063 0.043 0.095 0.100 0.013 0.123 0.070 0.041 0.027 0.005 0.008 0.015 0.032 0.051 0.021 0.102 0.038 0.033 0.063 0.006 55 S 0.021 0.034 0.041 0.071 0.133 0.007 0.087 0.045 0.018 0.012 0.004 0.004 0.008 0.012 0.056 0.029 0.143 0.083 0.055 0.132 0.005 56 T 0.031 0.044 0.059 0.044 0.204 0.006 0.082 0.046 0.009 0.003 0.007 0.005 0.010 0.012 0.039 0.040 0.142 0.091 0.046 0.074 0.005 57 Y 0.078 0.113 0.105 0.123 0.127 0.008 0.081 0.039 0.004 0.002 0.007 0.008 0.022 0.019 0.039 0.026 0.061 0.039 0.043 0.050 0.007 58 Y 0.114 0.128 0.059 0.071 0.219 0.004 0.044 0.038 0.004 0.001 0.016 0.015 0.031 0.018 0.033 0.031 0.045 0.030 0.056 0.027 0.016 59 A 0.138 0.140 0.126 0.133 0.080 0.004 0.020 0.039 0.003 0.001 0.011 0.016 0.043 0.016 0.081 0.015 0.036 0.014 0.031 0.037 0.014 60 N 0.111 0.128 0.039 0.066 0.249 0.002 0.025 0.059 0.003 0.001 0.021 0.018 0.035 0.013 0.027 0.031 0.039 0.027 0.050 0.031 0.025 61 V 0.112 0.132 0.110 0.092 0.106 0.002 0.021 0.082 0.002 0.001 0.009 0.011 0.027 0.007 0.093 0.020 0.067 0.028 0.030 0.041 0.008 62 S 0.067 0.094 0.070 0.098 0.147 0.005 0.040 0.180 0.004 0.001 0.006 0.006 0.013 0.007 0.026 0.023 0.054 0.022 0.066 0.065 0.008 63 A 0.053 0.035 0.057 0.083 0.088 0.006 0.027 0.169 0.011 0.002 0.004 0.004 0.007 0.006 0.055 0.011 0.296 0.023 0.036 0.025 0.003 64 A 0.010 0.012 0.021 0.022 0.027 0.019 0.150 0.458 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 0.005 0.207 0.010 0.011 0.018 0.001 65 K 0.003 0.007 0.009 0.020 0.029 0.012 0.198 0.504 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.099 0.046 0.014 0.032 0.001 66 C 0.003 0.004 0.008 0.014 0.043 0.003 0.060 0.554 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.131 0.049 0.046 0.038 0.001 67 Q 0.003 0.003 0.036 0.019 0.011 0.011 0.027 0.626 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.195 0.007 0.015 0.019 0.001 68 E 0.003 0.003 0.004 0.017 0.033 0.020 0.168 0.386 0.031 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.255 0.022 0.013 0.013 0.001 69 F 0.001 0.003 0.007 0.020 0.014 0.007 0.227 0.395 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.009 0.124 0.019 0.028 0.103 0.001 70 G 0.001 0.003 0.006 0.011 0.034 0.003 0.066 0.481 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.144 0.164 0.029 0.033 0.001 71 R 0.003 0.004 0.031 0.023 0.016 0.007 0.024 0.648 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.143 0.012 0.026 0.028 0.001 72 W 0.003 0.007 0.005 0.010 0.050 0.006 0.070 0.687 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.093 0.013 0.014 0.015 0.001 73 Y 0.004 0.007 0.015 0.029 0.010 0.004 0.040 0.727 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.082 0.012 0.022 0.014 0.001 74 K 0.003 0.005 0.007 0.013 0.023 0.006 0.039 0.722 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.119 0.014 0.012 0.013 0.001 75 H 0.002 0.005 0.007 0.013 0.019 0.007 0.101 0.687 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.080 0.018 0.013 0.016 0.001 76 F 0.005 0.007 0.012 0.025 0.048 0.005 0.064 0.540 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 0.159 0.028 0.032 0.036 0.001 77 K 0.005 0.005 0.025 0.031 0.037 0.013 0.106 0.462 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.139 0.039 0.042 0.055 0.001 78 K 0.005 0.005 0.016 0.034 0.097 0.011 0.123 0.217 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.011 0.265 0.043 0.054 0.081 0.001 79 T 0.003 0.004 0.022 0.040 0.075 0.004 0.094 0.132 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.013 0.085 0.057 0.197 0.230 0.001 80 K 0.001 0.001 0.022 0.017 0.043 0.002 0.026 0.078 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.577 0.052 0.057 0.090 0.001 81 D 0.001 0.002 0.012 0.018 0.053 0.022 0.312 0.223 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.111 0.056 0.063 0.086 0.001 82 M 0.002 0.004 0.027 0.035 0.052 0.010 0.199 0.186 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.014 0.174 0.099 0.081 0.081 0.001 83 M 0.007 0.009 0.045 0.058 0.088 0.009 0.103 0.200 0.005 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.029 0.019 0.113 0.078 0.121 0.100 0.001