# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.023 0.711 0.005 0.005 0.013 0.001 0.001 0.029 0.067 0.008 0.099 0.032 2 G 0.004 0.019 0.698 0.006 0.008 0.021 0.002 0.001 0.037 0.067 0.024 0.027 0.087 3 H 0.006 0.030 0.478 0.010 0.060 0.100 0.003 0.002 0.032 0.108 0.084 0.027 0.061 4 H 0.006 0.018 0.410 0.016 0.077 0.108 0.003 0.002 0.037 0.122 0.098 0.062 0.041 5 H 0.006 0.024 0.406 0.004 0.096 0.109 0.002 0.002 0.026 0.107 0.114 0.021 0.083 6 H 0.004 0.026 0.460 0.010 0.078 0.113 0.002 0.001 0.022 0.125 0.094 0.034 0.032 7 H 0.005 0.029 0.376 0.010 0.096 0.087 0.001 0.001 0.010 0.179 0.127 0.033 0.046 8 H 0.003 0.027 0.421 0.005 0.128 0.097 0.001 0.001 0.006 0.099 0.164 0.009 0.040 9 S 0.003 0.012 0.266 0.007 0.326 0.105 0.001 0.001 0.004 0.082 0.168 0.011 0.016 10 H 0.002 0.009 0.196 0.002 0.240 0.070 0.001 0.001 0.006 0.098 0.347 0.017 0.012 11 M 0.002 0.046 0.254 0.002 0.127 0.035 0.001 0.001 0.005 0.103 0.390 0.005 0.030 12 L 0.001 0.048 0.562 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.321 0.019 0.026 0.005 13 P 0.001 0.011 0.911 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.058 0.004 0.001 0.009 14 P 0.001 0.011 0.203 0.005 0.456 0.095 0.001 0.001 0.003 0.051 0.170 0.002 0.004 15 E 0.001 0.003 0.039 0.002 0.588 0.126 0.001 0.001 0.002 0.024 0.211 0.002 0.002 16 Q 0.001 0.012 0.091 0.002 0.431 0.270 0.001 0.001 0.007 0.047 0.120 0.006 0.012 17 W 0.004 0.048 0.265 0.005 0.104 0.316 0.002 0.002 0.030 0.077 0.085 0.017 0.043 18 S 0.004 0.032 0.282 0.009 0.041 0.358 0.001 0.001 0.015 0.115 0.092 0.026 0.022 19 H 0.002 0.011 0.090 0.004 0.032 0.666 0.001 0.001 0.007 0.063 0.102 0.005 0.019 20 T 0.001 0.003 0.036 0.002 0.013 0.858 0.001 0.001 0.002 0.030 0.045 0.005 0.005 21 T 0.001 0.002 0.038 0.001 0.010 0.905 0.001 0.001 0.002 0.012 0.014 0.004 0.010 22 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.907 0.001 0.001 0.001 0.003 0.070 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 0.817 0.001 0.001 0.001 0.003 0.151 0.001 0.001 33 M 0.001 0.001 0.065 0.001 0.017 0.749 0.001 0.001 0.001 0.048 0.118 0.001 0.001 34 N 0.001 0.004 0.312 0.001 0.036 0.445 0.001 0.001 0.001 0.069 0.130 0.001 0.001 35 Q 0.001 0.003 0.104 0.001 0.052 0.779 0.001 0.001 0.001 0.035 0.024 0.001 0.001 36 S 0.001 0.001 0.022 0.001 0.081 0.841 0.001 0.001 0.001 0.014 0.039 0.001 0.001 37 S 0.001 0.002 0.027 0.001 0.168 0.725 0.001 0.001 0.001 0.012 0.062 0.001 0.001 38 L 0.001 0.002 0.051 0.001 0.114 0.776 0.001 0.001 0.002 0.010 0.043 0.001 0.002 39 A 0.001 0.002 0.025 0.001 0.138 0.700 0.001 0.001 0.001 0.009 0.124 0.001 0.001 40 K 0.001 0.002 0.026 0.001 0.115 0.527 0.001 0.001 0.001 0.014 0.314 0.001 0.001 41 E 0.001 0.009 0.064 0.001 0.139 0.414 0.001 0.001 0.002 0.070 0.295 0.001 0.006 42 C 0.001 0.010 0.555 0.001 0.009 0.065 0.001 0.001 0.003 0.295 0.053 0.006 0.002 43 P 0.001 0.008 0.774 0.001 0.024 0.061 0.001 0.001 0.004 0.063 0.059 0.001 0.005 44 L 0.001 0.009 0.167 0.001 0.173 0.315 0.001 0.001 0.004 0.064 0.262 0.002 0.003 45 S 0.001 0.006 0.162 0.001 0.160 0.465 0.001 0.001 0.004 0.057 0.139 0.001 0.003 46 Q 0.001 0.004 0.069 0.001 0.122 0.725 0.001 0.001 0.004 0.033 0.035 0.003 0.004 47 S 0.001 0.008 0.089 0.004 0.077 0.689 0.001 0.001 0.006 0.030 0.076 0.005 0.014 48 M 0.004 0.006 0.057 0.005 0.065 0.770 0.001 0.001 0.007 0.023 0.041 0.007 0.014 49 I 0.013 0.004 0.063 0.008 0.045 0.744 0.003 0.002 0.020 0.024 0.023 0.012 0.039 50 S 0.034 0.003 0.057 0.022 0.063 0.673 0.003 0.004 0.008 0.020 0.057 0.023 0.033 51 S 0.046 0.003 0.024 0.007 0.035 0.733 0.005 0.004 0.009 0.014 0.066 0.026 0.028 52 I 0.066 0.005 0.029 0.005 0.029 0.671 0.010 0.010 0.016 0.017 0.063 0.016 0.064 53 V 0.062 0.010 0.122 0.023 0.024 0.405 0.010 0.009 0.024 0.055 0.120 0.080 0.054 54 N 0.015 0.005 0.173 0.024 0.016 0.143 0.003 0.003 0.016 0.182 0.327 0.033 0.061 55 S 0.005 0.003 0.113 0.012 0.011 0.061 0.001 0.001 0.005 0.307 0.442 0.019 0.020 56 T 0.031 0.007 0.177 0.031 0.046 0.093 0.004 0.003 0.015 0.202 0.276 0.038 0.075 57 Y 0.117 0.011 0.117 0.019 0.031 0.093 0.031 0.018 0.057 0.131 0.094 0.153 0.128 58 Y 0.207 0.012 0.140 0.044 0.023 0.064 0.055 0.030 0.038 0.042 0.046 0.057 0.242 59 A 0.261 0.009 0.108 0.027 0.011 0.046 0.043 0.011 0.038 0.037 0.024 0.307 0.077 60 N 0.175 0.015 0.175 0.027 0.010 0.065 0.025 0.006 0.039 0.050 0.036 0.075 0.302 61 V 0.111 0.015 0.293 0.016 0.012 0.062 0.018 0.005 0.048 0.056 0.018 0.177 0.169 62 S 0.045 0.013 0.443 0.028 0.020 0.083 0.008 0.003 0.027 0.066 0.033 0.064 0.167 63 A 0.017 0.006 0.082 0.005 0.093 0.654 0.002 0.001 0.006 0.037 0.041 0.018 0.039 64 A 0.003 0.002 0.022 0.004 0.067 0.805 0.001 0.001 0.002 0.015 0.068 0.006 0.006 65 K 0.004 0.004 0.039 0.001 0.087 0.737 0.001 0.001 0.001 0.017 0.086 0.007 0.014 66 C 0.002 0.003 0.039 0.001 0.045 0.856 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.002 0.016 67 Q 0.005 0.004 0.033 0.004 0.101 0.744 0.001 0.001 0.001 0.014 0.070 0.018 0.007 68 E 0.005 0.003 0.021 0.003 0.076 0.676 0.001 0.001 0.001 0.017 0.169 0.005 0.023 69 F 0.003 0.002 0.022 0.005 0.028 0.624 0.001 0.001 0.001 0.034 0.264 0.004 0.012 70 G 0.007 0.002 0.142 0.006 0.010 0.435 0.001 0.001 0.002 0.129 0.224 0.020 0.024 71 R 0.036 0.006 0.138 0.014 0.013 0.524 0.001 0.001 0.004 0.035 0.030 0.142 0.056 72 W 0.046 0.003 0.019 0.002 0.010 0.666 0.005 0.002 0.006 0.006 0.015 0.019 0.203 73 Y 0.024 0.001 0.013 0.024 0.019 0.875 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 0.018 0.010 74 K 0.042 0.001 0.009 0.019 0.034 0.790 0.002 0.001 0.002 0.006 0.031 0.026 0.036 75 H 0.048 0.002 0.026 0.012 0.036 0.680 0.001 0.001 0.002 0.011 0.063 0.028 0.091 76 F 0.031 0.003 0.055 0.007 0.027 0.714 0.001 0.001 0.002 0.019 0.053 0.035 0.053 77 K 0.021 0.005 0.078 0.005 0.026 0.654 0.001 0.001 0.003 0.027 0.052 0.079 0.049 78 K 0.010 0.009 0.077 0.004 0.030 0.665 0.001 0.001 0.002 0.032 0.078 0.021 0.071 79 T 0.004 0.008 0.263 0.008 0.030 0.472 0.001 0.001 0.003 0.075 0.087 0.020 0.028 80 K 0.003 0.005 0.221 0.007 0.054 0.409 0.001 0.001 0.003 0.087 0.177 0.015 0.019 81 D 0.003 0.009 0.217 0.005 0.078 0.295 0.001 0.001 0.005 0.086 0.259 0.016 0.025 82 M 0.005 0.018 0.342 0.005 0.070 0.233 0.001 0.001 0.011 0.107 0.153 0.019 0.037 83 M 0.004 0.018 0.647 0.004 0.019 0.082 0.001 0.001 0.020 0.105 0.034 0.032 0.034