# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.083 0.146 0.279 0.010 0.048 0.011 0.096 0.011 0.006 0.050 0.040 0.082 0.003 0.045 0.014 2 G 0.026 0.067 0.125 0.308 0.015 0.088 0.012 0.010 0.061 0.043 0.035 0.062 0.074 0.007 0.005 0.060 3 H 0.140 0.046 0.123 0.355 0.020 0.068 0.014 0.015 0.007 0.004 0.057 0.040 0.087 0.005 0.009 0.011 4 H 0.013 0.091 0.204 0.362 0.015 0.087 0.009 0.019 0.008 0.007 0.032 0.054 0.072 0.003 0.007 0.015 5 H 0.026 0.064 0.072 0.319 0.030 0.195 0.014 0.017 0.011 0.010 0.053 0.042 0.117 0.006 0.006 0.018 6 H 0.025 0.085 0.109 0.195 0.031 0.128 0.022 0.025 0.009 0.007 0.157 0.053 0.124 0.010 0.010 0.013 7 H 0.020 0.129 0.101 0.217 0.006 0.088 0.006 0.051 0.012 0.009 0.057 0.140 0.122 0.003 0.022 0.018 8 H 0.025 0.038 0.047 0.105 0.012 0.241 0.010 0.009 0.013 0.011 0.081 0.089 0.267 0.014 0.007 0.029 9 S 0.020 0.028 0.049 0.039 0.011 0.096 0.032 0.011 0.002 0.002 0.247 0.087 0.322 0.028 0.018 0.009 10 H 0.007 0.067 0.052 0.057 0.002 0.021 0.017 0.029 0.007 0.003 0.095 0.231 0.320 0.008 0.054 0.029 11 M 0.034 0.066 0.115 0.114 0.002 0.008 0.013 0.003 0.038 0.004 0.006 0.024 0.164 0.012 0.014 0.383 12 L 0.045 0.023 0.672 0.143 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.054 0.001 0.007 0.019 13 P 0.002 0.002 0.035 0.010 0.002 0.892 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.040 0.001 0.001 0.001 14 P 0.001 0.016 0.001 0.005 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.927 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 15 E 0.002 0.053 0.002 0.010 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.883 0.027 0.003 0.003 0.002 16 Q 0.006 0.013 0.264 0.027 0.001 0.008 0.045 0.002 0.002 0.001 0.007 0.015 0.469 0.006 0.046 0.089 17 W 0.012 0.023 0.592 0.048 0.002 0.012 0.033 0.003 0.001 0.002 0.008 0.010 0.164 0.004 0.008 0.079 18 S 0.038 0.033 0.080 0.057 0.003 0.365 0.008 0.011 0.002 0.009 0.028 0.036 0.309 0.002 0.007 0.014 19 H 0.006 0.016 0.013 0.013 0.002 0.179 0.003 0.002 0.003 0.003 0.449 0.036 0.263 0.003 0.001 0.008 20 T 0.005 0.081 0.013 0.023 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.117 0.547 0.200 0.001 0.003 0.002 21 T 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.147 0.775 0.001 0.001 0.004 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.023 0.885 0.001 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.131 0.860 0.001 0.001 0.001 24 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.001 0.003 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.012 0.003 0.008 32 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.812 0.107 0.021 0.044 33 M 0.002 0.004 0.069 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.676 0.023 0.102 0.069 34 N 0.006 0.004 0.022 0.002 0.001 0.044 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.803 0.005 0.022 0.055 35 Q 0.025 0.020 0.024 0.003 0.001 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.224 0.012 0.595 0.018 0.007 0.052 36 S 0.011 0.031 0.019 0.006 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.048 0.393 0.440 0.002 0.014 0.004 37 S 0.002 0.006 0.019 0.004 0.001 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.044 0.042 0.830 0.003 0.003 0.012 38 L 0.001 0.010 0.009 0.005 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.041 0.105 0.793 0.005 0.003 0.003 39 A 0.001 0.003 0.014 0.005 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.012 0.040 0.893 0.004 0.008 0.005 40 K 0.001 0.004 0.011 0.011 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.898 0.006 0.006 0.025 41 E 0.019 0.030 0.110 0.055 0.001 0.003 0.030 0.001 0.005 0.001 0.003 0.012 0.393 0.060 0.022 0.254 42 C 0.015 0.007 0.426 0.047 0.003 0.032 0.064 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.331 0.004 0.032 0.028 43 P 0.012 0.026 0.073 0.021 0.019 0.358 0.032 0.006 0.001 0.004 0.080 0.008 0.316 0.013 0.003 0.028 44 L 0.018 0.129 0.010 0.052 0.004 0.025 0.005 0.030 0.004 0.002 0.467 0.114 0.110 0.013 0.009 0.007 45 S 0.008 0.096 0.056 0.036 0.003 0.037 0.011 0.008 0.021 0.005 0.028 0.370 0.250 0.005 0.037 0.029 46 Q 0.029 0.015 0.175 0.050 0.001 0.020 0.010 0.004 0.006 0.003 0.089 0.023 0.520 0.002 0.009 0.045 47 S 0.020 0.059 0.096 0.069 0.001 0.119 0.008 0.001 0.002 0.001 0.021 0.237 0.357 0.001 0.002 0.007 48 M 0.012 0.037 0.057 0.161 0.005 0.080 0.006 0.004 0.001 0.001 0.147 0.035 0.433 0.005 0.002 0.014 49 I 0.004 0.048 0.065 0.185 0.005 0.050 0.008 0.004 0.002 0.001 0.032 0.113 0.471 0.004 0.006 0.004 50 S 0.003 0.039 0.040 0.164 0.002 0.031 0.007 0.004 0.003 0.001 0.016 0.029 0.633 0.003 0.008 0.018 51 S 0.012 0.023 0.045 0.245 0.004 0.041 0.011 0.002 0.004 0.001 0.031 0.021 0.515 0.006 0.006 0.034 52 I 0.022 0.043 0.162 0.154 0.031 0.048 0.056 0.003 0.002 0.001 0.018 0.030 0.364 0.020 0.008 0.039 53 V 0.011 0.085 0.132 0.296 0.041 0.046 0.049 0.031 0.003 0.003 0.018 0.018 0.162 0.043 0.029 0.034 54 N 0.011 0.034 0.045 0.084 0.009 0.424 0.012 0.040 0.013 0.018 0.025 0.016 0.203 0.003 0.034 0.029 55 S 0.035 0.176 0.042 0.060 0.002 0.033 0.005 0.009 0.026 0.011 0.406 0.034 0.111 0.003 0.004 0.043 56 T 0.129 0.084 0.102 0.118 0.003 0.037 0.009 0.003 0.010 0.002 0.032 0.357 0.091 0.004 0.007 0.012 57 Y 0.014 0.039 0.530 0.107 0.002 0.038 0.009 0.003 0.002 0.001 0.027 0.029 0.172 0.002 0.006 0.019 58 Y 0.008 0.099 0.166 0.438 0.011 0.045 0.016 0.002 0.003 0.001 0.016 0.026 0.146 0.004 0.002 0.018 59 A 0.016 0.040 0.109 0.654 0.003 0.035 0.003 0.009 0.001 0.001 0.013 0.012 0.091 0.001 0.005 0.007 60 N 0.011 0.028 0.087 0.483 0.026 0.213 0.008 0.003 0.007 0.007 0.018 0.012 0.077 0.004 0.001 0.016 61 V 0.018 0.081 0.052 0.582 0.004 0.041 0.001 0.022 0.001 0.001 0.089 0.018 0.080 0.001 0.005 0.004 62 S 0.002 0.035 0.016 0.100 0.005 0.540 0.002 0.003 0.005 0.009 0.020 0.110 0.145 0.001 0.001 0.006 63 A 0.006 0.005 0.005 0.012 0.007 0.136 0.008 0.002 0.001 0.001 0.461 0.023 0.326 0.006 0.001 0.001 64 A 0.001 0.148 0.013 0.025 0.001 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 0.054 0.541 0.169 0.001 0.019 0.003 65 K 0.003 0.005 0.007 0.015 0.001 0.024 0.003 0.001 0.009 0.002 0.005 0.043 0.780 0.009 0.006 0.088 66 C 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.021 0.008 0.913 0.001 0.002 0.003 67 Q 0.001 0.009 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.057 0.888 0.001 0.001 0.003 68 E 0.004 0.002 0.003 0.009 0.004 0.007 0.017 0.001 0.002 0.001 0.011 0.026 0.457 0.431 0.002 0.022 69 F 0.001 0.006 0.065 0.006 0.001 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.006 0.010 0.642 0.001 0.247 0.005 70 G 0.001 0.002 0.015 0.005 0.001 0.011 0.005 0.001 0.002 0.004 0.010 0.012 0.856 0.001 0.001 0.077 71 R 0.059 0.006 0.004 0.014 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.037 0.811 0.001 0.001 0.002 72 W 0.001 0.024 0.009 0.011 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.101 0.803 0.003 0.001 0.005 73 Y 0.001 0.002 0.010 0.010 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.915 0.002 0.005 0.002 74 K 0.001 0.007 0.005 0.010 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.013 0.921 0.002 0.002 0.004 75 H 0.005 0.010 0.009 0.026 0.001 0.009 0.010 0.001 0.002 0.001 0.005 0.039 0.785 0.047 0.007 0.044 76 F 0.004 0.005 0.080 0.015 0.001 0.008 0.046 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.758 0.010 0.040 0.019 77 K 0.004 0.028 0.088 0.033 0.001 0.017 0.015 0.004 0.001 0.001 0.019 0.011 0.681 0.008 0.013 0.077 78 K 0.059 0.046 0.084 0.149 0.007 0.042 0.023 0.007 0.008 0.005 0.025 0.035 0.365 0.055 0.011 0.077 79 T 0.015 0.046 0.125 0.046 0.010 0.152 0.047 0.008 0.002 0.002 0.050 0.032 0.401 0.016 0.032 0.016 80 K 0.007 0.081 0.074 0.048 0.006 0.058 0.022 0.021 0.004 0.003 0.218 0.053 0.335 0.016 0.020 0.031 81 D 0.028 0.071 0.046 0.081 0.007 0.051 0.016 0.013 0.017 0.005 0.058 0.268 0.280 0.014 0.020 0.027 82 M 0.027 0.033 0.133 0.051 0.026 0.034 0.078 0.008 0.008 0.004 0.064 0.051 0.351 0.053 0.022 0.057 83 M 0.023 0.048 0.181 0.085 0.020 0.040 0.070 0.044 0.005 0.004 0.043 0.058 0.235 0.032 0.077 0.035