# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.105 0.055 0.116 0.610 2 G 0.053 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.172 0.078 0.097 0.528 3 H 0.052 0.034 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.107 0.079 0.101 0.601 4 H 0.066 0.067 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.172 0.115 0.097 0.458 5 H 0.060 0.097 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.112 0.094 0.503 6 H 0.054 0.107 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.127 0.096 0.496 7 H 0.105 0.080 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.110 0.096 0.517 8 H 0.236 0.098 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.074 0.083 0.449 9 S 0.285 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.061 0.089 0.491 10 H 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.017 0.159 0.744 11 M 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.008 0.171 0.779 12 L 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.105 0.025 0.245 0.595 13 P 0.581 0.149 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.072 0.034 0.155 14 P 0.258 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.391 0.057 0.222 15 E 0.033 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.182 0.120 0.534 16 Q 0.084 0.053 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.170 0.095 0.474 17 W 0.033 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.161 0.175 0.460 18 S 0.038 0.416 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.068 0.071 0.337 19 H 0.022 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.018 0.111 20 T 0.008 0.294 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.554 0.027 0.086 21 T 0.006 0.847 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.090 0.010 0.037 22 V 0.012 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.010 23 R 0.011 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 0.001 0.013 24 N 0.012 0.797 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.130 0.005 0.048 25 A 0.003 0.858 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 0.007 0.043 26 L 0.003 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.008 27 K 0.020 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.004 0.038 28 D 0.012 0.853 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.088 29 L 0.020 0.872 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.011 0.042 30 L 0.027 0.461 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.382 0.034 0.085 31 K 0.109 0.329 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.037 0.412 32 D 0.105 0.227 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.214 0.041 0.401 33 M 0.030 0.075 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.597 0.085 0.201 34 N 0.056 0.292 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.159 0.103 0.379 35 Q 0.038 0.489 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 0.043 0.395 36 S 0.042 0.621 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.060 0.033 0.223 37 S 0.138 0.513 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.135 0.026 0.143 38 L 0.403 0.241 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.084 0.041 0.212 39 A 0.272 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.026 0.063 0.578 40 K 0.012 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.120 0.804 41 E 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.018 0.136 0.801 42 C 0.078 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.107 0.149 0.513 43 P 0.190 0.120 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.191 0.086 0.392 44 L 0.122 0.222 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.148 0.103 0.379 45 S 0.105 0.206 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.075 0.112 0.462 46 Q 0.046 0.216 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.183 0.086 0.363 47 S 0.023 0.181 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.358 0.107 0.238 48 M 0.039 0.305 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.140 0.097 0.298 49 I 0.107 0.329 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.076 0.077 0.259 50 S 0.052 0.083 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.238 0.172 0.080 0.354 51 S 0.024 0.032 0.014 0.002 0.022 0.010 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.323 0.178 0.090 0.284 52 I 0.025 0.010 0.020 0.002 0.039 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.287 0.145 0.116 0.343 53 V 0.173 0.035 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.140 0.097 0.322 54 N 0.141 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.064 0.128 0.522 55 S 0.026 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.064 0.141 0.504 56 T 0.012 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.099 0.131 0.476 57 Y 0.028 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.449 0.083 0.070 0.263 58 Y 0.051 0.040 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.012 0.004 0.002 0.002 0.390 0.117 0.075 0.288 59 A 0.013 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.022 0.007 0.003 0.447 0.068 0.062 0.298 60 N 0.027 0.128 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.294 0.057 0.086 0.388 61 V 0.012 0.152 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.266 0.045 0.120 0.398 62 S 0.127 0.627 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.072 0.027 0.103 63 A 0.216 0.583 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.030 0.023 0.118 64 A 0.051 0.626 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.033 0.039 0.197 65 K 0.108 0.452 0.029 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.076 0.045 0.228 66 C 0.154 0.149 0.164 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.306 0.039 0.157 67 Q 0.499 0.059 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.028 0.046 0.320 68 E 0.050 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.019 0.068 0.764 69 F 0.027 0.174 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.041 0.091 0.602 70 G 0.037 0.395 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.041 0.065 0.416 71 R 0.029 0.315 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.109 0.064 0.335 72 W 0.039 0.595 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.072 0.029 0.172 73 Y 0.112 0.612 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.064 0.056 0.022 0.120 74 K 0.046 0.571 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.113 0.047 0.028 0.178 75 H 0.043 0.117 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.158 0.414 0.045 0.204 76 F 0.076 0.167 0.022 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.333 0.056 0.201 77 K 0.111 0.116 0.033 0.003 0.008 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.076 0.109 0.383 78 K 0.022 0.069 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.027 0.069 0.728 79 T 0.312 0.155 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.113 0.050 0.332 80 K 0.243 0.080 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.069 0.079 0.488 81 D 0.054 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.037 0.109 0.728 82 M 0.051 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.035 0.117 0.722 83 M 0.056 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.049 0.136 0.660