# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.042 0.004 0.046 0.027 0.039 0.115 0.006 0.001 0.050 0.594 2 G 0.062 0.057 0.003 0.065 0.028 0.054 0.121 0.006 0.001 0.045 0.559 3 H 0.060 0.052 0.002 0.041 0.030 0.043 0.112 0.006 0.001 0.053 0.601 4 H 0.079 0.093 0.004 0.045 0.051 0.052 0.099 0.007 0.001 0.062 0.508 5 H 0.090 0.095 0.003 0.039 0.027 0.040 0.100 0.008 0.001 0.116 0.480 6 H 0.087 0.128 0.004 0.038 0.021 0.032 0.125 0.009 0.002 0.069 0.485 7 H 0.140 0.075 0.037 0.030 0.025 0.028 0.081 0.020 0.018 0.054 0.491 8 H 0.470 0.035 0.004 0.018 0.010 0.018 0.059 0.016 0.002 0.022 0.346 9 S 0.322 0.009 0.001 0.014 0.008 0.017 0.064 0.008 0.001 0.052 0.505 10 H 0.017 0.002 0.001 0.047 0.009 0.020 0.098 0.001 0.001 0.019 0.787 11 M 0.003 0.002 0.001 0.025 0.008 0.025 0.117 0.001 0.001 0.012 0.807 12 L 0.006 0.008 0.001 0.015 0.056 0.012 0.108 0.001 0.001 0.011 0.782 13 P 0.598 0.252 0.001 0.005 0.004 0.003 0.015 0.035 0.001 0.022 0.065 14 P 0.228 0.207 0.002 0.007 0.005 0.009 0.074 0.021 0.001 0.136 0.311 15 E 0.039 0.220 0.008 0.013 0.016 0.031 0.062 0.003 0.001 0.103 0.502 16 Q 0.129 0.119 0.004 0.018 0.036 0.046 0.093 0.008 0.001 0.168 0.378 17 W 0.019 0.122 0.007 0.030 0.018 0.020 0.179 0.004 0.001 0.274 0.327 18 S 0.019 0.585 0.002 0.005 0.014 0.017 0.030 0.005 0.001 0.057 0.267 19 H 0.015 0.802 0.001 0.002 0.004 0.006 0.019 0.002 0.001 0.019 0.131 20 T 0.007 0.484 0.002 0.010 0.013 0.021 0.032 0.002 0.001 0.353 0.077 21 T 0.002 0.910 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.052 0.020 22 V 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.006 23 R 0.009 0.915 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.038 0.023 24 N 0.004 0.881 0.003 0.003 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.048 0.048 25 A 0.009 0.930 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.023 0.022 26 L 0.014 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.004 27 K 0.020 0.888 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.042 0.035 28 D 0.013 0.884 0.010 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.018 0.060 29 L 0.037 0.805 0.016 0.003 0.001 0.001 0.019 0.014 0.001 0.054 0.048 30 L 0.043 0.458 0.068 0.005 0.001 0.002 0.039 0.024 0.020 0.282 0.057 31 K 0.122 0.494 0.006 0.004 0.002 0.002 0.042 0.015 0.002 0.055 0.255 32 D 0.085 0.235 0.009 0.009 0.003 0.004 0.054 0.009 0.001 0.140 0.450 33 M 0.015 0.068 0.008 0.018 0.003 0.007 0.117 0.004 0.001 0.436 0.321 34 N 0.048 0.327 0.006 0.008 0.004 0.006 0.093 0.015 0.002 0.106 0.384 35 Q 0.088 0.387 0.003 0.004 0.005 0.003 0.041 0.017 0.001 0.021 0.430 36 S 0.087 0.617 0.007 0.007 0.003 0.004 0.034 0.016 0.002 0.020 0.202 37 S 0.200 0.278 0.026 0.011 0.007 0.014 0.062 0.022 0.007 0.064 0.308 38 L 0.282 0.142 0.018 0.019 0.014 0.027 0.070 0.020 0.005 0.060 0.342 39 A 0.147 0.021 0.004 0.015 0.012 0.021 0.090 0.007 0.001 0.067 0.614 40 K 0.028 0.012 0.003 0.044 0.035 0.059 0.129 0.002 0.001 0.041 0.648 41 E 0.008 0.008 0.001 0.017 0.013 0.031 0.086 0.001 0.001 0.057 0.776 42 C 0.025 0.016 0.003 0.028 0.051 0.031 0.153 0.003 0.001 0.048 0.641 43 P 0.256 0.064 0.002 0.037 0.014 0.022 0.097 0.009 0.001 0.117 0.380 44 L 0.059 0.076 0.002 0.017 0.009 0.011 0.111 0.006 0.001 0.071 0.638 45 S 0.052 0.322 0.002 0.016 0.007 0.011 0.073 0.012 0.001 0.036 0.469 46 Q 0.050 0.210 0.002 0.020 0.022 0.042 0.071 0.005 0.001 0.279 0.298 47 S 0.016 0.135 0.005 0.032 0.040 0.044 0.070 0.002 0.001 0.448 0.207 48 M 0.045 0.260 0.006 0.031 0.053 0.059 0.083 0.009 0.001 0.187 0.266 49 I 0.058 0.321 0.007 0.031 0.045 0.060 0.083 0.018 0.001 0.077 0.298 50 S 0.034 0.252 0.005 0.046 0.037 0.102 0.077 0.008 0.001 0.115 0.322 51 S 0.042 0.119 0.007 0.046 0.064 0.113 0.097 0.004 0.002 0.236 0.269 52 I 0.031 0.042 0.011 0.052 0.056 0.083 0.117 0.005 0.002 0.371 0.230 53 V 0.035 0.065 0.012 0.064 0.071 0.094 0.148 0.008 0.004 0.149 0.351 54 N 0.141 0.091 0.006 0.024 0.031 0.045 0.117 0.013 0.002 0.070 0.460 55 S 0.047 0.091 0.004 0.033 0.037 0.087 0.157 0.008 0.001 0.060 0.475 56 T 0.026 0.049 0.006 0.046 0.044 0.144 0.164 0.005 0.002 0.095 0.419 57 Y 0.020 0.046 0.004 0.077 0.132 0.278 0.094 0.005 0.001 0.065 0.278 58 Y 0.035 0.032 0.003 0.058 0.098 0.157 0.092 0.004 0.001 0.108 0.413 59 A 0.010 0.027 0.002 0.099 0.169 0.218 0.066 0.001 0.001 0.056 0.351 60 N 0.022 0.101 0.002 0.071 0.092 0.176 0.079 0.003 0.001 0.039 0.413 61 V 0.019 0.128 0.006 0.063 0.133 0.110 0.076 0.004 0.002 0.036 0.423 62 S 0.108 0.526 0.010 0.023 0.051 0.045 0.026 0.020 0.004 0.049 0.138 63 A 0.328 0.427 0.002 0.008 0.012 0.017 0.025 0.019 0.001 0.028 0.136 64 A 0.050 0.534 0.007 0.016 0.021 0.018 0.045 0.004 0.001 0.039 0.264 65 K 0.034 0.616 0.003 0.014 0.007 0.017 0.029 0.004 0.001 0.051 0.223 66 C 0.075 0.598 0.014 0.006 0.006 0.007 0.029 0.016 0.003 0.157 0.088 67 Q 0.131 0.525 0.004 0.009 0.016 0.011 0.037 0.006 0.001 0.104 0.154 68 E 0.037 0.575 0.004 0.007 0.005 0.007 0.032 0.003 0.001 0.076 0.253 69 F 0.013 0.742 0.002 0.007 0.003 0.008 0.039 0.007 0.001 0.034 0.145 70 G 0.013 0.803 0.002 0.006 0.005 0.013 0.018 0.003 0.001 0.061 0.075 71 R 0.010 0.696 0.004 0.007 0.021 0.023 0.024 0.001 0.001 0.112 0.101 72 W 0.019 0.739 0.006 0.014 0.010 0.011 0.028 0.007 0.001 0.079 0.085 73 Y 0.040 0.764 0.008 0.006 0.011 0.017 0.018 0.021 0.001 0.045 0.069 74 K 0.039 0.606 0.007 0.009 0.021 0.026 0.030 0.004 0.001 0.067 0.189 75 H 0.023 0.098 0.005 0.012 0.015 0.043 0.049 0.002 0.001 0.609 0.144 76 F 0.033 0.166 0.011 0.021 0.034 0.046 0.119 0.010 0.003 0.302 0.255 77 K 0.071 0.170 0.013 0.024 0.052 0.053 0.078 0.011 0.004 0.060 0.465 78 K 0.045 0.127 0.007 0.012 0.026 0.031 0.059 0.005 0.003 0.021 0.663 79 T 0.216 0.194 0.012 0.011 0.013 0.016 0.061 0.029 0.005 0.033 0.410 80 K 0.369 0.059 0.009 0.009 0.008 0.011 0.070 0.013 0.003 0.041 0.409 81 D 0.089 0.038 0.003 0.012 0.007 0.016 0.082 0.004 0.001 0.034 0.714 82 M 0.045 0.022 0.002 0.022 0.014 0.019 0.105 0.003 0.001 0.029 0.739 83 M 0.069 0.029 0.004 0.031 0.027 0.029 0.122 0.005 0.001 0.059 0.623