# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.048 0.037 0.042 0.053 0.140 0.049 0.583 2 G 0.108 0.124 0.033 0.038 0.067 0.097 0.083 0.451 3 H 0.070 0.136 0.023 0.023 0.035 0.097 0.057 0.559 4 H 0.095 0.202 0.041 0.035 0.048 0.101 0.073 0.404 5 H 0.096 0.112 0.044 0.022 0.029 0.088 0.196 0.413 6 H 0.080 0.109 0.037 0.017 0.020 0.106 0.226 0.405 7 H 0.125 0.090 0.062 0.021 0.027 0.091 0.144 0.440 8 H 0.282 0.055 0.012 0.012 0.019 0.077 0.037 0.506 9 S 0.170 0.013 0.013 0.009 0.014 0.067 0.085 0.629 10 H 0.028 0.018 0.011 0.012 0.018 0.135 0.027 0.750 11 M 0.007 0.007 0.009 0.006 0.012 0.123 0.011 0.825 12 L 0.020 0.016 0.020 0.014 0.008 0.149 0.025 0.748 13 P 0.616 0.138 0.007 0.003 0.003 0.034 0.050 0.149 14 P 0.381 0.146 0.010 0.003 0.004 0.051 0.106 0.300 15 E 0.040 0.130 0.031 0.007 0.019 0.105 0.091 0.577 16 Q 0.056 0.059 0.030 0.010 0.028 0.112 0.130 0.575 17 W 0.025 0.062 0.032 0.033 0.028 0.155 0.212 0.452 18 S 0.027 0.501 0.017 0.006 0.014 0.053 0.094 0.290 19 H 0.026 0.650 0.009 0.005 0.010 0.043 0.049 0.209 20 T 0.010 0.401 0.031 0.018 0.012 0.036 0.348 0.144 21 T 0.006 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.035 0.008 22 V 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 23 R 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 24 N 0.004 0.932 0.002 0.001 0.001 0.002 0.055 0.006 25 A 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 26 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 27 K 0.005 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.010 28 D 0.004 0.961 0.006 0.001 0.001 0.002 0.015 0.011 29 L 0.050 0.882 0.017 0.001 0.001 0.004 0.031 0.015 30 L 0.152 0.436 0.060 0.002 0.001 0.020 0.240 0.089 31 K 0.141 0.350 0.019 0.001 0.001 0.031 0.063 0.395 32 D 0.172 0.069 0.020 0.001 0.001 0.059 0.176 0.502 33 M 0.021 0.028 0.020 0.002 0.002 0.118 0.388 0.421 34 N 0.030 0.120 0.008 0.002 0.003 0.092 0.060 0.685 35 Q 0.058 0.372 0.009 0.002 0.002 0.064 0.023 0.470 36 S 0.084 0.579 0.016 0.006 0.005 0.055 0.048 0.207 37 S 0.159 0.384 0.052 0.011 0.012 0.061 0.083 0.238 38 L 0.332 0.195 0.028 0.013 0.019 0.062 0.076 0.274 39 A 0.446 0.037 0.052 0.010 0.012 0.063 0.096 0.284 40 K 0.029 0.030 0.013 0.013 0.020 0.100 0.023 0.771 41 E 0.006 0.008 0.015 0.004 0.011 0.065 0.017 0.875 42 C 0.065 0.039 0.040 0.044 0.033 0.164 0.078 0.537 43 P 0.191 0.063 0.027 0.017 0.019 0.115 0.126 0.443 44 L 0.084 0.166 0.016 0.008 0.011 0.083 0.083 0.549 45 S 0.065 0.381 0.019 0.009 0.019 0.083 0.046 0.379 46 Q 0.057 0.238 0.021 0.014 0.026 0.064 0.187 0.393 47 S 0.010 0.163 0.045 0.028 0.035 0.067 0.529 0.124 48 M 0.015 0.514 0.039 0.021 0.031 0.045 0.194 0.142 49 I 0.030 0.641 0.023 0.030 0.038 0.037 0.070 0.130 50 S 0.024 0.408 0.041 0.035 0.055 0.041 0.227 0.169 51 S 0.027 0.370 0.054 0.048 0.083 0.040 0.283 0.096 52 I 0.029 0.130 0.079 0.062 0.096 0.060 0.381 0.162 53 V 0.048 0.126 0.085 0.080 0.077 0.080 0.294 0.211 54 N 0.079 0.204 0.032 0.036 0.071 0.075 0.099 0.403 55 S 0.054 0.136 0.028 0.032 0.093 0.099 0.051 0.508 56 T 0.021 0.073 0.069 0.092 0.160 0.111 0.096 0.377 57 Y 0.032 0.095 0.049 0.144 0.201 0.082 0.067 0.330 58 Y 0.025 0.067 0.060 0.147 0.180 0.069 0.093 0.359 59 A 0.015 0.160 0.054 0.160 0.181 0.064 0.063 0.303 60 N 0.040 0.307 0.051 0.102 0.161 0.051 0.068 0.221 61 V 0.032 0.322 0.047 0.139 0.114 0.047 0.053 0.246 62 S 0.038 0.719 0.015 0.028 0.048 0.019 0.045 0.088 63 A 0.053 0.749 0.009 0.014 0.017 0.019 0.052 0.088 64 A 0.023 0.680 0.016 0.036 0.027 0.028 0.059 0.131 65 K 0.039 0.581 0.011 0.022 0.030 0.027 0.134 0.157 66 C 0.132 0.442 0.024 0.015 0.021 0.035 0.208 0.122 67 Q 0.253 0.385 0.010 0.026 0.024 0.039 0.060 0.204 68 E 0.041 0.154 0.006 0.009 0.013 0.054 0.028 0.695 69 F 0.018 0.392 0.011 0.014 0.039 0.095 0.045 0.385 70 G 0.063 0.468 0.020 0.032 0.056 0.048 0.075 0.238 71 R 0.041 0.442 0.026 0.113 0.064 0.048 0.069 0.198 72 W 0.022 0.689 0.020 0.024 0.033 0.025 0.038 0.150 73 Y 0.057 0.591 0.034 0.043 0.051 0.029 0.064 0.132 74 K 0.087 0.389 0.035 0.076 0.057 0.037 0.067 0.252 75 H 0.060 0.147 0.024 0.035 0.055 0.045 0.352 0.283 76 F 0.072 0.208 0.022 0.037 0.050 0.080 0.243 0.289 77 K 0.045 0.125 0.016 0.066 0.063 0.081 0.067 0.536 78 K 0.021 0.054 0.006 0.012 0.013 0.065 0.023 0.806 79 T 0.276 0.249 0.010 0.017 0.019 0.056 0.124 0.249 80 K 0.256 0.079 0.011 0.018 0.018 0.085 0.072 0.463 81 D 0.097 0.037 0.010 0.014 0.020 0.081 0.080 0.661 82 M 0.032 0.027 0.014 0.021 0.033 0.129 0.060 0.685 83 M 0.037 0.021 0.019 0.028 0.057 0.119 0.057 0.663