# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.019 0.004 0.048 0.046 0.094 0.089 0.002 0.001 0.006 0.637 2 G 0.040 0.014 0.003 0.048 0.035 0.066 0.121 0.002 0.001 0.006 0.666 3 H 0.072 0.017 0.004 0.045 0.027 0.056 0.110 0.002 0.001 0.004 0.662 4 H 0.071 0.032 0.003 0.066 0.043 0.072 0.144 0.002 0.001 0.008 0.559 5 H 0.052 0.026 0.004 0.038 0.020 0.039 0.127 0.002 0.001 0.004 0.689 6 H 0.096 0.042 0.005 0.059 0.036 0.085 0.070 0.002 0.001 0.006 0.599 7 H 0.044 0.027 0.003 0.031 0.023 0.044 0.116 0.002 0.001 0.007 0.702 8 H 0.055 0.033 0.004 0.016 0.016 0.035 0.160 0.003 0.001 0.005 0.673 9 S 0.138 0.092 0.003 0.020 0.027 0.053 0.063 0.002 0.001 0.005 0.596 10 H 0.124 0.127 0.003 0.014 0.034 0.049 0.098 0.004 0.001 0.008 0.539 11 M 0.320 0.064 0.011 0.009 0.008 0.022 0.114 0.008 0.001 0.007 0.436 12 L 0.575 0.060 0.017 0.010 0.011 0.032 0.055 0.004 0.001 0.004 0.232 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.987 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.996 15 E 0.040 0.004 0.001 0.004 0.006 0.019 0.171 0.001 0.001 0.002 0.753 16 Q 0.671 0.040 0.001 0.005 0.005 0.008 0.055 0.001 0.001 0.006 0.210 17 W 0.294 0.238 0.006 0.020 0.016 0.024 0.047 0.002 0.001 0.005 0.347 18 S 0.103 0.231 0.007 0.041 0.034 0.040 0.119 0.002 0.001 0.006 0.416 19 H 0.084 0.138 0.004 0.024 0.010 0.023 0.056 0.002 0.001 0.006 0.652 20 T 0.042 0.153 0.006 0.013 0.007 0.011 0.231 0.002 0.001 0.005 0.531 21 T 0.024 0.120 0.004 0.008 0.002 0.004 0.292 0.002 0.001 0.003 0.541 22 V 0.018 0.694 0.006 0.014 0.003 0.011 0.039 0.001 0.001 0.001 0.212 23 R 0.006 0.830 0.001 0.004 0.002 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 0.121 24 N 0.013 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.089 25 A 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 26 L 0.005 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 27 K 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 28 D 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 29 L 0.024 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.017 30 L 0.013 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 31 K 0.016 0.927 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.037 32 D 0.096 0.767 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.069 33 M 0.173 0.692 0.021 0.002 0.001 0.001 0.002 0.061 0.001 0.001 0.050 34 N 0.072 0.618 0.066 0.007 0.002 0.002 0.014 0.042 0.001 0.001 0.175 35 Q 0.110 0.261 0.109 0.016 0.001 0.003 0.034 0.031 0.001 0.003 0.432 36 S 0.161 0.246 0.042 0.016 0.002 0.003 0.136 0.012 0.001 0.003 0.378 37 S 0.093 0.160 0.014 0.015 0.003 0.006 0.126 0.007 0.001 0.018 0.559 38 L 0.072 0.235 0.065 0.024 0.006 0.015 0.221 0.004 0.001 0.005 0.353 39 A 0.098 0.346 0.007 0.026 0.014 0.022 0.168 0.005 0.001 0.006 0.310 40 K 0.157 0.476 0.003 0.010 0.011 0.017 0.054 0.016 0.001 0.003 0.253 41 E 0.257 0.436 0.017 0.010 0.005 0.016 0.028 0.037 0.001 0.002 0.191 42 C 0.357 0.217 0.035 0.028 0.016 0.021 0.024 0.025 0.001 0.003 0.273 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.990 44 L 0.024 0.014 0.009 0.026 0.014 0.030 0.118 0.002 0.001 0.002 0.762 45 S 0.149 0.047 0.002 0.042 0.012 0.025 0.171 0.002 0.001 0.007 0.543 46 Q 0.136 0.079 0.004 0.047 0.010 0.018 0.116 0.003 0.001 0.007 0.580 47 S 0.091 0.122 0.006 0.069 0.016 0.020 0.145 0.002 0.001 0.007 0.521 48 M 0.129 0.151 0.007 0.076 0.023 0.041 0.143 0.003 0.001 0.010 0.417 49 I 0.087 0.316 0.014 0.071 0.031 0.051 0.118 0.003 0.001 0.007 0.302 50 S 0.045 0.401 0.006 0.048 0.047 0.069 0.076 0.004 0.001 0.004 0.299 51 S 0.069 0.437 0.004 0.051 0.047 0.072 0.042 0.007 0.001 0.003 0.268 52 I 0.043 0.526 0.009 0.041 0.080 0.062 0.044 0.007 0.001 0.002 0.187 53 V 0.052 0.542 0.008 0.051 0.090 0.077 0.052 0.007 0.001 0.003 0.118 54 N 0.058 0.520 0.006 0.036 0.088 0.108 0.035 0.010 0.001 0.003 0.137 55 S 0.158 0.262 0.006 0.036 0.039 0.085 0.027 0.025 0.001 0.011 0.351 56 T 0.280 0.086 0.088 0.027 0.023 0.029 0.237 0.011 0.001 0.008 0.211 57 Y 0.216 0.090 0.039 0.054 0.111 0.092 0.130 0.008 0.001 0.011 0.249 58 Y 0.070 0.075 0.036 0.063 0.135 0.222 0.081 0.004 0.001 0.005 0.309 59 A 0.026 0.047 0.006 0.058 0.291 0.328 0.053 0.002 0.001 0.002 0.187 60 N 0.035 0.041 0.002 0.039 0.152 0.294 0.071 0.004 0.001 0.002 0.360 61 V 0.033 0.058 0.005 0.032 0.244 0.347 0.035 0.001 0.001 0.002 0.243 62 S 0.008 0.041 0.002 0.027 0.115 0.254 0.210 0.001 0.001 0.002 0.340 63 A 0.034 0.096 0.003 0.042 0.059 0.156 0.082 0.001 0.001 0.007 0.520 64 A 0.027 0.316 0.002 0.014 0.046 0.060 0.194 0.001 0.001 0.006 0.333 65 K 0.162 0.303 0.003 0.006 0.010 0.021 0.276 0.004 0.001 0.007 0.206 66 C 0.154 0.678 0.005 0.005 0.004 0.016 0.006 0.008 0.001 0.001 0.123 67 Q 0.034 0.684 0.015 0.007 0.021 0.017 0.027 0.005 0.001 0.002 0.187 68 E 0.069 0.487 0.018 0.005 0.018 0.008 0.047 0.015 0.001 0.002 0.331 69 F 0.110 0.683 0.004 0.004 0.005 0.019 0.012 0.018 0.001 0.001 0.144 70 G 0.179 0.439 0.009 0.008 0.005 0.012 0.012 0.019 0.001 0.005 0.313 71 R 0.073 0.391 0.120 0.013 0.021 0.013 0.075 0.005 0.001 0.002 0.287 72 W 0.018 0.415 0.008 0.014 0.020 0.021 0.072 0.003 0.001 0.001 0.427 73 Y 0.019 0.695 0.002 0.018 0.020 0.050 0.015 0.001 0.001 0.001 0.180 74 K 0.008 0.864 0.001 0.004 0.029 0.021 0.011 0.001 0.001 0.001 0.061 75 H 0.055 0.752 0.002 0.003 0.010 0.012 0.023 0.007 0.001 0.001 0.134 76 F 0.088 0.832 0.003 0.002 0.005 0.012 0.003 0.009 0.001 0.001 0.046 77 K 0.049 0.810 0.011 0.005 0.019 0.013 0.008 0.008 0.001 0.001 0.076 78 K 0.051 0.612 0.030 0.005 0.017 0.011 0.020 0.023 0.001 0.001 0.230 79 T 0.136 0.597 0.013 0.008 0.012 0.033 0.014 0.024 0.001 0.001 0.162 80 K 0.096 0.275 0.009 0.010 0.012 0.019 0.019 0.016 0.001 0.003 0.542 81 D 0.047 0.121 0.033 0.010 0.010 0.013 0.140 0.008 0.001 0.003 0.617 82 M 0.283 0.210 0.014 0.023 0.017 0.025 0.109 0.007 0.001 0.006 0.307 83 M 0.131 0.407 0.010 0.021 0.023 0.029 0.068 0.008 0.001 0.004 0.301