# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.190 0.312 0.240 0.136 0.047 0.033 0.016 0.001 0.024 0.001 0.001 2 G 0.201 0.104 0.200 0.082 0.178 0.042 0.062 0.056 0.016 0.058 0.001 3 H 0.213 0.300 0.249 0.098 0.070 0.033 0.011 0.002 0.020 0.003 0.001 4 H 0.216 0.287 0.201 0.104 0.085 0.049 0.027 0.004 0.021 0.005 0.001 5 H 0.211 0.250 0.190 0.114 0.103 0.062 0.031 0.009 0.022 0.007 0.001 6 H 0.315 0.204 0.201 0.111 0.052 0.057 0.026 0.004 0.025 0.005 0.001 7 H 0.400 0.122 0.163 0.141 0.049 0.051 0.034 0.006 0.026 0.006 0.001 8 H 0.439 0.109 0.131 0.147 0.050 0.047 0.040 0.008 0.020 0.007 0.001 9 S 0.568 0.079 0.128 0.155 0.022 0.019 0.013 0.003 0.009 0.003 0.002 10 H 0.599 0.084 0.095 0.152 0.025 0.012 0.018 0.004 0.006 0.003 0.002 11 M 0.199 0.127 0.189 0.289 0.029 0.056 0.065 0.007 0.033 0.002 0.004 12 L 0.007 0.122 0.674 0.005 0.008 0.009 0.002 0.001 0.172 0.001 0.001 13 P 0.009 0.002 0.971 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 14 P 0.755 0.001 0.213 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 15 E 0.780 0.025 0.041 0.112 0.008 0.013 0.006 0.009 0.005 0.001 0.001 16 Q 0.482 0.138 0.102 0.205 0.016 0.024 0.017 0.002 0.013 0.001 0.001 17 W 0.557 0.138 0.140 0.090 0.021 0.025 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 18 S 0.448 0.102 0.141 0.177 0.046 0.049 0.017 0.003 0.015 0.002 0.001 19 H 0.604 0.051 0.084 0.137 0.031 0.039 0.036 0.005 0.011 0.002 0.001 20 T 0.864 0.038 0.041 0.029 0.012 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 21 T 0.896 0.032 0.027 0.014 0.014 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.963 0.014 0.008 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.973 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.971 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.963 0.002 0.007 0.022 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.743 0.005 0.009 0.213 0.001 0.011 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 33 M 0.523 0.019 0.077 0.351 0.003 0.005 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 34 N 0.393 0.024 0.109 0.142 0.022 0.056 0.230 0.010 0.011 0.004 0.001 35 Q 0.615 0.072 0.097 0.132 0.015 0.047 0.009 0.002 0.011 0.001 0.001 36 S 0.857 0.023 0.059 0.038 0.008 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 S 0.871 0.010 0.019 0.055 0.015 0.019 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 38 L 0.876 0.012 0.018 0.070 0.005 0.008 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 39 A 0.864 0.021 0.025 0.069 0.008 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 40 K 0.849 0.028 0.044 0.046 0.006 0.014 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 41 E 0.559 0.051 0.076 0.264 0.007 0.024 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 42 C 0.051 0.157 0.413 0.011 0.027 0.023 0.008 0.001 0.308 0.001 0.001 43 P 0.345 0.003 0.575 0.016 0.001 0.025 0.007 0.001 0.002 0.001 0.025 44 L 0.644 0.049 0.113 0.149 0.015 0.012 0.006 0.006 0.004 0.001 0.001 45 S 0.461 0.119 0.139 0.144 0.050 0.047 0.021 0.004 0.012 0.003 0.001 46 Q 0.521 0.170 0.129 0.095 0.020 0.039 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 47 S 0.626 0.130 0.086 0.070 0.060 0.015 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 48 M 0.675 0.082 0.062 0.066 0.071 0.028 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 49 I 0.786 0.082 0.069 0.027 0.005 0.018 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 50 S 0.830 0.060 0.029 0.038 0.027 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 51 S 0.685 0.127 0.042 0.039 0.070 0.018 0.012 0.002 0.004 0.001 0.001 52 I 0.527 0.193 0.123 0.054 0.012 0.065 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 53 V 0.422 0.229 0.097 0.151 0.014 0.046 0.012 0.001 0.028 0.001 0.001 54 N 0.140 0.087 0.107 0.306 0.047 0.096 0.158 0.008 0.049 0.002 0.001 55 S 0.478 0.088 0.082 0.197 0.053 0.026 0.050 0.015 0.007 0.003 0.001 56 T 0.425 0.215 0.126 0.138 0.048 0.020 0.012 0.001 0.013 0.001 0.001 57 Y 0.268 0.374 0.118 0.105 0.057 0.046 0.016 0.002 0.014 0.001 0.001 58 Y 0.130 0.553 0.102 0.070 0.076 0.042 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 59 A 0.103 0.521 0.134 0.037 0.154 0.024 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 60 N 0.125 0.200 0.295 0.048 0.029 0.190 0.040 0.002 0.068 0.001 0.002 61 V 0.147 0.478 0.189 0.078 0.029 0.052 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 62 S 0.253 0.260 0.207 0.064 0.145 0.042 0.005 0.001 0.019 0.005 0.001 63 A 0.760 0.042 0.090 0.041 0.035 0.020 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 64 A 0.871 0.024 0.038 0.039 0.009 0.010 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 65 K 0.753 0.037 0.041 0.127 0.012 0.013 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 66 C 0.706 0.036 0.118 0.087 0.012 0.016 0.013 0.001 0.010 0.001 0.001 67 Q 0.905 0.013 0.042 0.025 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.897 0.016 0.020 0.046 0.003 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 69 F 0.575 0.013 0.026 0.337 0.006 0.012 0.024 0.001 0.006 0.001 0.001 70 G 0.276 0.003 0.014 0.023 0.062 0.003 0.143 0.325 0.002 0.149 0.001 71 R 0.862 0.027 0.063 0.015 0.008 0.020 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 72 W 0.916 0.012 0.017 0.030 0.002 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 Y 0.923 0.017 0.016 0.028 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 K 0.969 0.003 0.010 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 H 0.901 0.008 0.008 0.068 0.002 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 76 F 0.623 0.041 0.079 0.214 0.008 0.012 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 77 K 0.725 0.049 0.120 0.054 0.007 0.018 0.017 0.001 0.009 0.001 0.001 78 K 0.552 0.071 0.116 0.170 0.012 0.049 0.016 0.003 0.011 0.001 0.001 79 T 0.361 0.116 0.180 0.254 0.028 0.028 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 80 K 0.621 0.065 0.124 0.095 0.032 0.018 0.025 0.005 0.010 0.005 0.001 81 D 0.428 0.069 0.145 0.186 0.025 0.051 0.059 0.011 0.020 0.003 0.001 82 M 0.430 0.130 0.145 0.200 0.028 0.028 0.018 0.005 0.012 0.003 0.001 83 M 0.359 0.178 0.241 0.120 0.037 0.024 0.016 0.002 0.018 0.004 0.001