# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.577 0.190 0.113 0.072 0.035 0.011 0.001 2 G 0.593 0.228 0.106 0.050 0.017 0.006 0.001 3 H 0.430 0.208 0.171 0.120 0.052 0.018 0.002 4 H 0.482 0.235 0.142 0.089 0.037 0.013 0.001 5 H 0.507 0.252 0.122 0.071 0.033 0.013 0.001 6 H 0.403 0.207 0.167 0.133 0.066 0.023 0.002 7 H 0.553 0.249 0.115 0.054 0.022 0.007 0.001 8 H 0.463 0.260 0.143 0.085 0.035 0.012 0.001 9 S 0.371 0.192 0.169 0.149 0.086 0.029 0.003 10 H 0.529 0.273 0.116 0.053 0.022 0.007 0.001 11 M 0.443 0.300 0.150 0.072 0.026 0.008 0.001 12 L 0.198 0.141 0.206 0.236 0.160 0.054 0.005 13 P 0.399 0.282 0.159 0.094 0.050 0.015 0.001 14 P 0.524 0.270 0.117 0.060 0.022 0.007 0.001 15 E 0.464 0.260 0.129 0.086 0.048 0.012 0.001 16 Q 0.426 0.348 0.137 0.060 0.022 0.006 0.001 17 W 0.134 0.120 0.227 0.277 0.185 0.053 0.005 18 S 0.357 0.307 0.194 0.092 0.037 0.012 0.001 19 H 0.269 0.231 0.222 0.170 0.080 0.026 0.002 20 T 0.481 0.316 0.126 0.054 0.018 0.005 0.001 21 T 0.149 0.225 0.246 0.227 0.112 0.038 0.005 22 V 0.050 0.056 0.091 0.162 0.314 0.280 0.048 23 R 0.077 0.210 0.294 0.252 0.124 0.041 0.002 24 N 0.234 0.390 0.211 0.106 0.044 0.013 0.001 25 A 0.020 0.053 0.127 0.269 0.305 0.197 0.028 26 L 0.021 0.042 0.083 0.165 0.318 0.322 0.049 27 K 0.138 0.298 0.288 0.186 0.068 0.020 0.002 28 D 0.271 0.423 0.182 0.085 0.031 0.007 0.001 29 L 0.025 0.049 0.100 0.253 0.330 0.223 0.020 30 L 0.054 0.085 0.179 0.276 0.285 0.112 0.009 31 K 0.332 0.361 0.182 0.082 0.032 0.010 0.001 32 D 0.417 0.302 0.142 0.083 0.042 0.012 0.001 33 M 0.244 0.194 0.196 0.204 0.113 0.044 0.005 34 N 0.392 0.294 0.158 0.087 0.050 0.017 0.002 35 Q 0.336 0.231 0.171 0.142 0.079 0.035 0.006 36 S 0.309 0.184 0.191 0.161 0.109 0.041 0.005 37 S 0.425 0.321 0.156 0.067 0.022 0.008 0.001 38 L 0.169 0.133 0.170 0.229 0.194 0.093 0.013 39 A 0.254 0.200 0.192 0.172 0.121 0.054 0.007 40 K 0.372 0.272 0.167 0.111 0.052 0.022 0.003 41 E 0.492 0.267 0.121 0.072 0.032 0.014 0.002 42 C 0.234 0.142 0.162 0.216 0.154 0.078 0.013 43 P 0.493 0.274 0.116 0.060 0.035 0.017 0.004 44 L 0.212 0.133 0.175 0.212 0.152 0.091 0.025 45 S 0.346 0.262 0.152 0.104 0.078 0.046 0.012 46 Q 0.235 0.152 0.138 0.167 0.140 0.122 0.046 47 S 0.273 0.153 0.129 0.136 0.133 0.118 0.058 48 M 0.158 0.133 0.148 0.177 0.154 0.144 0.086 49 I 0.129 0.080 0.082 0.123 0.168 0.231 0.187 50 S 0.187 0.165 0.130 0.138 0.152 0.148 0.080 51 S 0.155 0.149 0.136 0.168 0.161 0.151 0.080 52 I 0.092 0.078 0.098 0.176 0.192 0.242 0.122 53 V 0.088 0.103 0.123 0.190 0.222 0.202 0.073 54 N 0.132 0.144 0.174 0.195 0.173 0.134 0.048 55 S 0.249 0.235 0.186 0.167 0.097 0.054 0.013 56 T 0.315 0.316 0.196 0.108 0.040 0.020 0.005 57 Y 0.066 0.077 0.114 0.229 0.288 0.191 0.035 58 Y 0.087 0.154 0.186 0.232 0.181 0.136 0.025 59 A 0.077 0.083 0.123 0.238 0.238 0.206 0.034 60 N 0.200 0.330 0.262 0.133 0.054 0.019 0.002 61 V 0.061 0.068 0.105 0.234 0.279 0.219 0.035 62 S 0.168 0.269 0.217 0.166 0.124 0.051 0.005 63 A 0.169 0.212 0.223 0.243 0.110 0.040 0.003 64 A 0.579 0.310 0.069 0.025 0.014 0.003 0.001 65 K 0.232 0.270 0.226 0.181 0.064 0.023 0.003 66 C 0.107 0.093 0.192 0.238 0.274 0.088 0.008 67 Q 0.432 0.364 0.133 0.050 0.017 0.004 0.001 68 E 0.309 0.243 0.184 0.143 0.086 0.032 0.003 69 F 0.152 0.159 0.184 0.215 0.177 0.102 0.011 70 G 0.327 0.268 0.200 0.124 0.063 0.016 0.001 71 R 0.377 0.364 0.165 0.070 0.019 0.004 0.001 72 W 0.074 0.112 0.171 0.244 0.279 0.113 0.008 73 Y 0.066 0.107 0.196 0.311 0.238 0.079 0.003 74 K 0.395 0.420 0.131 0.038 0.013 0.002 0.001 75 H 0.193 0.304 0.298 0.168 0.032 0.005 0.001 76 F 0.081 0.077 0.180 0.301 0.288 0.072 0.001 77 K 0.503 0.339 0.115 0.034 0.008 0.001 0.001 78 K 0.691 0.250 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 79 T 0.603 0.236 0.100 0.046 0.013 0.001 0.001 80 K 0.734 0.188 0.055 0.018 0.004 0.001 0.001 81 D 0.836 0.144 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 82 M 0.595 0.216 0.114 0.057 0.014 0.003 0.001 83 M 0.651 0.198 0.090 0.040 0.016 0.004 0.001