# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.199 0.097 0.108 0.126 0.126 0.121 0.088 0.051 0.035 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 2 G 0.314 0.177 0.133 0.123 0.098 0.062 0.042 0.022 0.015 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 3 H 0.203 0.115 0.127 0.132 0.127 0.103 0.082 0.049 0.029 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 4 H 0.300 0.150 0.131 0.121 0.104 0.079 0.052 0.030 0.015 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 5 H 0.296 0.163 0.152 0.128 0.106 0.063 0.041 0.024 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 6 H 0.183 0.092 0.106 0.138 0.152 0.123 0.086 0.059 0.032 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 7 H 0.379 0.177 0.136 0.115 0.087 0.045 0.027 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 8 H 0.365 0.186 0.154 0.124 0.080 0.041 0.023 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 9 S 0.256 0.122 0.129 0.141 0.133 0.102 0.056 0.028 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 10 H 0.409 0.196 0.132 0.113 0.075 0.038 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.506 0.204 0.116 0.077 0.052 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.168 0.100 0.145 0.170 0.173 0.119 0.065 0.035 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 13 P 0.345 0.141 0.140 0.123 0.113 0.065 0.035 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 14 P 0.394 0.158 0.114 0.136 0.095 0.048 0.024 0.014 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 15 E 0.539 0.218 0.097 0.070 0.037 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.324 0.169 0.162 0.115 0.099 0.060 0.033 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 17 W 0.122 0.073 0.098 0.146 0.177 0.170 0.104 0.065 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 18 S 0.273 0.153 0.135 0.134 0.130 0.079 0.043 0.024 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 19 H 0.132 0.101 0.126 0.173 0.173 0.123 0.075 0.044 0.027 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 20 T 0.419 0.201 0.117 0.098 0.067 0.044 0.025 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 21 T 0.099 0.113 0.137 0.175 0.160 0.143 0.089 0.050 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 22 V 0.019 0.015 0.027 0.061 0.129 0.200 0.217 0.155 0.125 0.035 0.013 0.003 0.001 0.001 23 R 0.058 0.124 0.217 0.202 0.178 0.119 0.060 0.024 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 24 N 0.476 0.284 0.144 0.046 0.031 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.014 0.029 0.058 0.186 0.209 0.199 0.169 0.112 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.004 0.007 0.018 0.070 0.155 0.212 0.232 0.124 0.145 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 27 K 0.206 0.312 0.226 0.150 0.065 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.493 0.351 0.130 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.014 0.018 0.047 0.147 0.293 0.258 0.120 0.074 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.025 0.046 0.068 0.237 0.298 0.135 0.102 0.043 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.665 0.246 0.060 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.503 0.299 0.138 0.035 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 M 0.108 0.082 0.132 0.199 0.249 0.125 0.061 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.433 0.253 0.163 0.062 0.046 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.237 0.111 0.123 0.153 0.179 0.103 0.046 0.022 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.195 0.153 0.135 0.190 0.158 0.083 0.045 0.020 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 37 S 0.361 0.229 0.165 0.105 0.073 0.036 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.103 0.072 0.088 0.155 0.172 0.164 0.116 0.074 0.034 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 39 A 0.070 0.051 0.079 0.128 0.167 0.176 0.146 0.090 0.055 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 40 K 0.365 0.254 0.140 0.105 0.058 0.034 0.023 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 41 E 0.317 0.227 0.178 0.103 0.082 0.045 0.024 0.009 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 42 C 0.073 0.055 0.099 0.168 0.203 0.177 0.106 0.063 0.030 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 43 P 0.189 0.118 0.126 0.135 0.168 0.105 0.068 0.042 0.031 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 44 L 0.106 0.058 0.067 0.137 0.152 0.160 0.106 0.090 0.052 0.046 0.015 0.007 0.004 0.001 45 S 0.255 0.189 0.144 0.141 0.110 0.068 0.041 0.019 0.017 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 46 Q 0.105 0.082 0.108 0.152 0.161 0.141 0.088 0.052 0.046 0.031 0.022 0.007 0.003 0.002 47 S 0.163 0.107 0.103 0.125 0.120 0.111 0.103 0.072 0.053 0.020 0.013 0.006 0.002 0.001 48 M 0.049 0.038 0.055 0.079 0.112 0.135 0.124 0.169 0.099 0.067 0.043 0.016 0.010 0.003 49 I 0.050 0.034 0.041 0.069 0.124 0.134 0.130 0.125 0.101 0.076 0.048 0.041 0.017 0.008 50 S 0.093 0.053 0.071 0.104 0.104 0.105 0.123 0.084 0.085 0.071 0.051 0.032 0.016 0.009 51 S 0.076 0.058 0.083 0.111 0.140 0.135 0.125 0.086 0.080 0.046 0.030 0.016 0.007 0.006 52 I 0.055 0.024 0.032 0.049 0.083 0.118 0.111 0.135 0.120 0.097 0.081 0.051 0.033 0.010 53 V 0.066 0.055 0.064 0.142 0.149 0.144 0.141 0.083 0.063 0.044 0.024 0.016 0.006 0.003 54 N 0.106 0.076 0.084 0.123 0.143 0.146 0.106 0.073 0.068 0.034 0.024 0.012 0.003 0.002 55 S 0.143 0.103 0.118 0.143 0.144 0.108 0.083 0.059 0.044 0.024 0.018 0.007 0.004 0.002 56 T 0.193 0.150 0.119 0.117 0.117 0.092 0.075 0.056 0.041 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 57 Y 0.080 0.041 0.064 0.089 0.133 0.149 0.124 0.095 0.082 0.068 0.040 0.020 0.010 0.005 58 Y 0.113 0.065 0.079 0.115 0.150 0.131 0.123 0.077 0.062 0.032 0.025 0.016 0.006 0.004 59 A 0.111 0.040 0.045 0.071 0.083 0.114 0.113 0.093 0.093 0.093 0.070 0.041 0.024 0.009 60 N 0.142 0.102 0.105 0.133 0.146 0.100 0.105 0.070 0.050 0.021 0.014 0.007 0.003 0.002 61 V 0.091 0.046 0.059 0.089 0.108 0.136 0.110 0.103 0.078 0.075 0.059 0.027 0.013 0.004 62 S 0.133 0.095 0.113 0.161 0.168 0.130 0.090 0.041 0.038 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 63 A 0.143 0.080 0.084 0.134 0.148 0.126 0.088 0.068 0.063 0.040 0.018 0.006 0.002 0.001 64 A 0.372 0.208 0.138 0.115 0.068 0.045 0.027 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 65 K 0.247 0.196 0.151 0.143 0.120 0.066 0.034 0.017 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 66 C 0.098 0.078 0.116 0.165 0.177 0.151 0.106 0.061 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 67 Q 0.528 0.200 0.136 0.057 0.035 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.263 0.152 0.135 0.139 0.140 0.075 0.041 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 69 F 0.083 0.065 0.079 0.144 0.188 0.185 0.121 0.065 0.039 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 70 G 0.311 0.179 0.155 0.133 0.100 0.055 0.033 0.016 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 71 R 0.425 0.202 0.146 0.097 0.055 0.034 0.021 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 72 W 0.147 0.104 0.107 0.148 0.168 0.150 0.083 0.041 0.031 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 73 Y 0.095 0.092 0.129 0.170 0.181 0.125 0.102 0.051 0.031 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 74 K 0.589 0.214 0.095 0.048 0.024 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 H 0.331 0.222 0.177 0.107 0.083 0.040 0.022 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 76 F 0.085 0.053 0.092 0.141 0.201 0.173 0.129 0.077 0.029 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 77 K 0.357 0.170 0.162 0.121 0.103 0.044 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 K 0.481 0.147 0.118 0.109 0.071 0.034 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.328 0.131 0.118 0.138 0.125 0.080 0.039 0.020 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 80 K 0.387 0.163 0.145 0.131 0.092 0.041 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.603 0.170 0.093 0.060 0.037 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 M 0.299 0.144 0.139 0.136 0.123 0.077 0.041 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 83 M 0.228 0.117 0.124 0.138 0.136 0.106 0.072 0.042 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001