# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.013 0.070 0.048 0.074 0.005 0.107 0.035 0.003 0.001 0.003 0.005 0.009 0.014 0.103 0.053 0.118 0.044 0.108 0.172 0.003 2 G 0.010 0.013 0.053 0.043 0.110 0.005 0.061 0.026 0.003 0.001 0.004 0.004 0.007 0.016 0.083 0.053 0.122 0.092 0.115 0.176 0.004 3 H 0.008 0.008 0.032 0.035 0.099 0.007 0.064 0.027 0.004 0.001 0.004 0.004 0.009 0.021 0.082 0.085 0.174 0.054 0.128 0.151 0.004 4 H 0.007 0.009 0.056 0.040 0.058 0.005 0.095 0.040 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.020 0.121 0.050 0.159 0.050 0.107 0.164 0.003 5 H 0.006 0.007 0.026 0.026 0.096 0.008 0.105 0.042 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.012 0.061 0.082 0.160 0.086 0.131 0.137 0.002 6 H 0.006 0.007 0.050 0.038 0.065 0.006 0.082 0.045 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.123 0.044 0.213 0.057 0.106 0.129 0.002 7 H 0.005 0.006 0.034 0.030 0.059 0.011 0.140 0.080 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.007 0.051 0.042 0.216 0.053 0.081 0.171 0.002 8 H 0.003 0.004 0.019 0.029 0.057 0.011 0.154 0.067 0.006 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.038 0.030 0.181 0.111 0.128 0.148 0.001 9 S 0.002 0.002 0.015 0.023 0.046 0.010 0.107 0.044 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.051 0.038 0.292 0.080 0.146 0.127 0.001 10 H 0.002 0.002 0.036 0.029 0.038 0.018 0.267 0.027 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.015 0.270 0.080 0.070 0.108 0.001 11 M 0.001 0.001 0.009 0.011 0.055 0.009 0.322 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.049 0.101 0.203 0.120 0.092 0.001 12 L 0.001 0.001 0.016 0.010 0.025 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 0.022 0.063 0.174 0.644 0.001 13 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.017 0.005 0.212 0.734 0.001 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.955 0.002 0.004 0.010 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.577 0.323 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.005 0.004 0.013 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 0.003 0.350 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.028 0.083 0.029 0.028 0.001 17 W 0.002 0.003 0.014 0.011 0.046 0.003 0.134 0.333 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.027 0.218 0.057 0.055 0.066 0.001 18 S 0.007 0.006 0.033 0.042 0.059 0.007 0.219 0.202 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.010 0.133 0.058 0.067 0.116 0.001 19 H 0.003 0.004 0.011 0.014 0.055 0.006 0.123 0.236 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.312 0.086 0.036 0.074 0.001 20 T 0.001 0.001 0.011 0.008 0.005 0.015 0.069 0.531 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.230 0.045 0.027 0.039 0.001 21 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.004 0.032 0.780 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.066 0.037 0.024 0.023 0.001 22 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.008 0.852 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.092 0.006 0.007 0.011 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.977 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.025 0.943 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.857 0.031 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.012 0.002 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.765 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.012 0.004 0.010 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.088 0.762 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.011 0.001 0.004 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.158 0.571 0.063 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.025 0.012 0.008 0.001 33 M 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.003 0.100 0.345 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.219 0.128 0.074 0.088 0.001 34 N 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.010 0.102 0.385 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.127 0.100 0.089 0.133 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.013 0.052 0.240 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.504 0.058 0.029 0.041 0.001 36 S 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.017 0.091 0.654 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.121 0.014 0.020 0.048 0.001 37 S 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.024 0.084 0.626 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.149 0.048 0.020 0.014 0.001 38 L 0.001 0.002 0.004 0.006 0.015 0.009 0.081 0.660 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.011 0.118 0.025 0.016 0.024 0.001 39 A 0.004 0.005 0.011 0.012 0.029 0.015 0.163 0.465 0.019 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.013 0.134 0.033 0.024 0.036 0.001 40 K 0.006 0.009 0.040 0.046 0.026 0.046 0.195 0.238 0.042 0.014 0.002 0.001 0.003 0.003 0.016 0.008 0.193 0.032 0.030 0.049 0.002 41 E 0.004 0.004 0.007 0.011 0.093 0.013 0.303 0.057 0.017 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.021 0.216 0.117 0.059 0.052 0.001 42 C 0.002 0.003 0.046 0.024 0.023 0.002 0.035 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 0.051 0.074 0.172 0.496 0.001 43 P 0.001 0.001 0.009 0.006 0.072 0.002 0.012 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.038 0.232 0.068 0.170 0.321 0.001 44 L 0.001 0.001 0.021 0.015 0.026 0.005 0.098 0.102 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.060 0.017 0.498 0.030 0.049 0.064 0.001 45 S 0.002 0.002 0.012 0.010 0.016 0.007 0.294 0.306 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 0.013 0.179 0.041 0.032 0.053 0.001 46 Q 0.004 0.005 0.013 0.016 0.035 0.014 0.108 0.293 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.022 0.022 0.264 0.103 0.038 0.042 0.001 47 S 0.007 0.015 0.014 0.011 0.048 0.007 0.070 0.589 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.016 0.033 0.080 0.021 0.020 0.045 0.001 48 M 0.022 0.028 0.031 0.030 0.037 0.011 0.076 0.497 0.012 0.002 0.004 0.003 0.011 0.010 0.044 0.015 0.110 0.024 0.015 0.016 0.003 49 I 0.030 0.037 0.015 0.018 0.066 0.008 0.069 0.487 0.015 0.003 0.005 0.007 0.011 0.020 0.030 0.022 0.105 0.017 0.013 0.019 0.004 50 S 0.031 0.049 0.031 0.027 0.040 0.009 0.060 0.514 0.010 0.002 0.005 0.006 0.012 0.022 0.038 0.015 0.078 0.017 0.008 0.024 0.003 51 S 0.030 0.051 0.013 0.019 0.055 0.022 0.049 0.549 0.013 0.003 0.006 0.006 0.017 0.022 0.014 0.017 0.068 0.020 0.009 0.013 0.006 52 I 0.030 0.039 0.017 0.020 0.053 0.010 0.057 0.492 0.029 0.009 0.011 0.011 0.017 0.034 0.032 0.019 0.062 0.027 0.014 0.013 0.005 53 V 0.053 0.063 0.057 0.051 0.051 0.008 0.089 0.243 0.036 0.011 0.008 0.011 0.021 0.035 0.064 0.021 0.094 0.028 0.022 0.023 0.009 54 N 0.041 0.039 0.035 0.045 0.090 0.011 0.073 0.135 0.052 0.013 0.011 0.010 0.014 0.026 0.051 0.025 0.168 0.067 0.030 0.059 0.006 55 S 0.029 0.050 0.042 0.061 0.085 0.012 0.115 0.074 0.036 0.009 0.004 0.006 0.009 0.019 0.038 0.020 0.201 0.071 0.035 0.078 0.006 56 T 0.037 0.055 0.045 0.039 0.111 0.016 0.095 0.101 0.013 0.005 0.007 0.005 0.011 0.016 0.042 0.046 0.151 0.087 0.044 0.065 0.007 57 Y 0.052 0.090 0.101 0.116 0.080 0.017 0.044 0.098 0.012 0.005 0.009 0.007 0.024 0.023 0.039 0.021 0.103 0.047 0.037 0.062 0.013 58 Y 0.078 0.111 0.034 0.034 0.221 0.004 0.043 0.100 0.006 0.003 0.020 0.015 0.032 0.031 0.034 0.073 0.046 0.026 0.038 0.034 0.019 59 A 0.112 0.142 0.218 0.170 0.037 0.004 0.018 0.060 0.003 0.001 0.014 0.011 0.034 0.019 0.052 0.009 0.038 0.010 0.010 0.027 0.012 60 N 0.091 0.113 0.022 0.044 0.310 0.007 0.030 0.081 0.008 0.002 0.031 0.020 0.034 0.015 0.012 0.042 0.034 0.033 0.031 0.025 0.014 61 V 0.084 0.088 0.141 0.129 0.079 0.003 0.019 0.086 0.004 0.001 0.008 0.012 0.025 0.013 0.077 0.014 0.095 0.020 0.030 0.067 0.005 62 S 0.035 0.051 0.030 0.045 0.189 0.005 0.035 0.266 0.005 0.002 0.006 0.005 0.011 0.005 0.015 0.021 0.101 0.030 0.045 0.095 0.003 63 A 0.018 0.023 0.023 0.034 0.071 0.011 0.061 0.275 0.009 0.003 0.003 0.003 0.006 0.004 0.026 0.009 0.342 0.033 0.019 0.027 0.002 64 A 0.008 0.013 0.014 0.011 0.015 0.013 0.110 0.668 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.003 0.096 0.009 0.007 0.014 0.001 65 K 0.011 0.013 0.011 0.019 0.066 0.012 0.110 0.543 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.007 0.097 0.047 0.015 0.026 0.001 66 C 0.006 0.011 0.009 0.011 0.068 0.002 0.053 0.623 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.084 0.028 0.020 0.054 0.001 67 Q 0.005 0.006 0.022 0.020 0.007 0.020 0.043 0.639 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.169 0.014 0.011 0.018 0.001 68 E 0.004 0.003 0.005 0.008 0.044 0.035 0.086 0.578 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.132 0.025 0.012 0.018 0.001 69 F 0.001 0.003 0.005 0.007 0.034 0.001 0.065 0.646 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.089 0.026 0.021 0.086 0.001 70 G 0.001 0.002 0.003 0.003 0.013 0.003 0.024 0.763 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.120 0.022 0.010 0.027 0.001 71 R 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.023 0.021 0.883 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.003 0.002 0.003 0.001 72 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.029 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.001 0.003 0.001 73 Y 0.002 0.003 0.005 0.006 0.005 0.001 0.032 0.873 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 0.007 0.007 0.009 0.001 74 K 0.002 0.004 0.003 0.003 0.008 0.013 0.027 0.814 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.005 0.002 0.007 0.001 75 H 0.003 0.003 0.002 0.006 0.013 0.029 0.142 0.704 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.013 0.005 0.005 0.001 76 F 0.002 0.008 0.004 0.005 0.064 0.002 0.072 0.685 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.056 0.029 0.016 0.038 0.001 77 K 0.004 0.004 0.027 0.018 0.012 0.020 0.119 0.489 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.186 0.033 0.028 0.026 0.001 78 K 0.005 0.006 0.011 0.014 0.107 0.022 0.172 0.323 0.028 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.012 0.111 0.070 0.038 0.063 0.001 79 T 0.002 0.004 0.022 0.023 0.060 0.002 0.080 0.201 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.013 0.098 0.062 0.142 0.248 0.001 80 K 0.001 0.001 0.012 0.011 0.022 0.005 0.040 0.118 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.589 0.051 0.045 0.076 0.001 81 D 0.001 0.002 0.008 0.010 0.026 0.048 0.270 0.317 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.139 0.056 0.040 0.051 0.001 82 M 0.002 0.003 0.015 0.017 0.049 0.009 0.216 0.253 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.187 0.085 0.058 0.065 0.001 83 M 0.003 0.006 0.023 0.022 0.085 0.006 0.145 0.194 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.022 0.163 0.079 0.092 0.123 0.001