(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0643
    • gi|73990524|ref|XP_542770.2|_168:250 PREDICTED: similar to DNA-binding protein SATB1 (Special AT-rich sequence binding protein 1) [Canis familiaris]
    • gi|194040793|ref|XP_001925539.1|_96:178 PREDICTED: similar to DNA-binding protein SATB1 (Special AT-rich sequence-binding protein 1), partial [Sus scrofa]
    • gi|292622728|ref|XP_001920758.2|_109:191 PREDICTED: special AT-rich sequence binding protein 1-like [Danio rerio]
                 10        20        30         40        50        60 
                 |         |         |          |         |         | 
   1 ...MGHHHHHHSHMLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
   2 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
   3 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
   4 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
   5 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
   6 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
   7 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
   8 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
   9 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  10 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  11 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  12 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  13 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  14 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  15 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  16 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  17 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  18 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  19 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  20 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  21 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  22 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  23 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  24 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  25 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  26 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWTHSTVRNALKELLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  27 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHITVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  28 tlkIQLHSCPKLEDLPAEQWSHSTVRNALKELLKDMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  29 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  30 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  31 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  32 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  33 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  34 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  35 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  36 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  37 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  38 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  39 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  40 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  41 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  42 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  43 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  44 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  45 tlkIQLHSCPKLEDLPPEQWSHTTVRNALKDLLKDMNQSS.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  46 tlkIQLQSCSKLEDLPAEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSTYYANV
  47 tlrIQLQSFAKLEDLPSEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSSYYANV
  48 tlrIQLQSFAKLEDLPSEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSSYYANV
  49 tlrIKLHSVSKLEDLPAEQWTHSTVRNALKDLLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSVVNGTYYASI
  50 tlrIQLQRYSKLEDLPCEQWNHATVRNALKELLKEMNQST.LAKECPLSQSMISSIVNSSYYANV
  51 tlqILLHSFGRLEELPSEQWSHSTVRNALKELLRDTNQST.LAKECPLSQSTISAIVNSSYYVNV
  52 ...---------------MWNMDSVKTAVIQLLKEMSQSK.LAKICPLKQSLLSTIVNNKFSGKL
  53 ...-----------------------------------SNlLSRSISLFQSMISSIVNSTYYANV


             70        80         
             |         |         
   1 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMM...
   2 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
   3 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
   4 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
   5 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
   6 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
   7 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
   8 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
   9 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  10 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  11 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  12 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  13 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  14 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  15 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  16 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  17 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  18 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  19 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  20 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  21 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  22 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMvem
  23 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMLvem
  24 SAAKCQEFGRWYKHFKKAK...DMMvem
  25 SAAKCQEFGRWYKHFKKAK...DMMvem
  26 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMIaem
  27 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...EMMvdi
  28 SAAKCQEFGRWYKHFKKNKyfkDMD...
  29 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  30 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  31 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  32 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  33 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  34 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  35 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  36 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  37 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  38 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  39 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  40 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  41 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  42 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  43 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  44 SATKCQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  45 SAAKCQEFGRWYKPFQEDK...DIDgpk
  46 SATKRQEFGRWYKKYKKIK...VERver
  47 STAKCQEFGRWYKKYKKIK...VERdni
  48 STAKCQEFGRWYKKYKKIK...GDYlwq
  49 SAARCQEFGQWYKHYKRTK...AIMgdm
  50 STIKCQEFGRWYKKYKKIK...VDYlek
  51 STSKCQEFGHWYRKYKRNK...GECien
  52 GAEKCKEFGRWFMEYRQSS...PATast
  53 SAAKCQEFGRWYKHFKKTK...DMMgkq