# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.054 0.147 0.577 2 G 0.063 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.068 0.125 0.536 3 H 0.055 0.034 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.064 0.132 0.603 4 H 0.042 0.042 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.062 0.115 0.565 5 H 0.078 0.056 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.076 0.116 0.560 6 H 0.060 0.053 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.075 0.110 0.575 7 H 0.173 0.043 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.073 0.108 0.520 8 H 0.269 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.069 0.087 0.499 9 S 0.331 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.058 0.077 0.498 10 H 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.025 0.115 0.803 11 M 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.120 0.858 12 L 0.017 0.055 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.038 0.137 0.717 13 P 0.681 0.120 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.103 0.018 0.070 14 P 0.445 0.084 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.251 0.058 0.144 15 E 0.077 0.123 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.108 0.137 0.494 16 Q 0.112 0.042 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.167 0.111 0.441 17 W 0.039 0.093 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.162 0.133 0.483 18 S 0.022 0.499 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.058 0.061 0.298 19 H 0.016 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.017 0.091 20 T 0.009 0.175 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.694 0.024 0.055 21 T 0.006 0.877 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.076 0.006 0.027 22 V 0.010 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.008 23 R 0.005 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.008 24 N 0.013 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.003 0.017 25 A 0.007 0.856 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.003 0.013 26 L 0.006 0.970 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.005 27 K 0.013 0.935 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.021 28 D 0.016 0.874 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.006 0.031 29 L 0.034 0.856 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.007 0.024 30 L 0.094 0.459 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.017 0.113 31 K 0.164 0.211 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.046 0.521 32 D 0.105 0.199 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.081 0.568 33 M 0.044 0.091 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.332 0.087 0.422 34 N 0.109 0.307 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.140 0.073 0.344 35 Q 0.095 0.437 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.047 0.382 36 S 0.110 0.472 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.037 0.055 0.292 37 S 0.108 0.304 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.071 0.106 0.354 38 L 0.230 0.234 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.103 0.083 0.292 39 A 0.476 0.028 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.090 0.050 0.326 40 K 0.022 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.023 0.099 0.789 41 E 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.092 0.870 42 C 0.040 0.080 0.010 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.149 0.135 0.500 43 P 0.145 0.165 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.110 0.101 0.438 44 L 0.118 0.149 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.143 0.080 0.443 45 S 0.088 0.223 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.064 0.093 0.447 46 Q 0.046 0.106 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.099 0.111 0.463 47 S 0.017 0.137 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.183 0.095 0.306 48 M 0.036 0.170 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.332 0.149 0.068 0.220 49 I 0.051 0.200 0.007 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.004 0.269 0.093 0.058 0.294 50 S 0.040 0.093 0.007 0.002 0.002 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.005 0.424 0.135 0.046 0.219 51 S 0.045 0.037 0.010 0.004 0.018 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.334 0.193 0.069 0.259 52 I 0.035 0.011 0.007 0.002 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.354 0.156 0.089 0.323 53 V 0.062 0.014 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.095 0.110 0.454 54 N 0.161 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.083 0.110 0.527 55 S 0.033 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.059 0.133 0.624 56 T 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.105 0.166 0.515 57 Y 0.016 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.425 0.078 0.082 0.328 58 Y 0.019 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.006 0.002 0.011 0.005 0.003 0.003 0.382 0.112 0.087 0.338 59 A 0.006 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.010 0.011 0.004 0.420 0.040 0.074 0.350 60 N 0.024 0.231 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.005 0.353 0.068 0.058 0.240 61 V 0.020 0.145 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.242 0.113 0.097 0.366 62 S 0.054 0.694 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.064 0.022 0.101 63 A 0.125 0.611 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.081 0.026 0.126 64 A 0.022 0.691 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.047 0.028 0.173 65 K 0.039 0.680 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.093 0.025 0.133 66 C 0.070 0.663 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.136 0.018 0.073 67 Q 0.116 0.688 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.025 0.128 68 E 0.025 0.769 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.019 0.162 69 F 0.013 0.848 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.021 0.083 70 G 0.018 0.901 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.010 0.039 71 R 0.032 0.786 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.048 0.019 0.091 72 W 0.020 0.879 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.011 0.052 73 Y 0.096 0.707 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.040 0.022 0.096 74 K 0.073 0.494 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.051 0.045 0.287 75 H 0.042 0.108 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.335 0.057 0.382 76 F 0.067 0.185 0.013 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.205 0.107 0.356 77 K 0.080 0.121 0.012 0.002 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.059 0.097 0.548 78 K 0.054 0.071 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.029 0.088 0.698 79 T 0.313 0.133 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.093 0.072 0.356 80 K 0.163 0.057 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.063 0.120 0.567 81 D 0.057 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.041 0.110 0.698 82 M 0.051 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.053 0.122 0.646 83 M 0.041 0.040 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.109 0.077 0.136 0.567