# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.040 0.004 0.041 0.041 0.039 0.141 0.006 0.002 0.044 0.599 2 G 0.062 0.056 0.003 0.036 0.040 0.076 0.106 0.011 0.001 0.045 0.563 3 H 0.079 0.076 0.003 0.030 0.041 0.041 0.083 0.010 0.001 0.043 0.593 4 H 0.075 0.086 0.004 0.064 0.062 0.066 0.090 0.010 0.002 0.060 0.480 5 H 0.077 0.086 0.002 0.046 0.032 0.052 0.123 0.008 0.001 0.079 0.495 6 H 0.083 0.108 0.005 0.049 0.032 0.035 0.119 0.008 0.002 0.093 0.465 7 H 0.135 0.123 0.010 0.031 0.036 0.041 0.091 0.010 0.004 0.055 0.463 8 H 0.366 0.082 0.006 0.010 0.016 0.031 0.052 0.022 0.002 0.040 0.372 9 S 0.425 0.010 0.002 0.011 0.019 0.027 0.042 0.015 0.001 0.041 0.407 10 H 0.047 0.004 0.001 0.035 0.022 0.032 0.101 0.002 0.001 0.021 0.735 11 M 0.003 0.002 0.001 0.029 0.017 0.025 0.151 0.001 0.001 0.009 0.763 12 L 0.009 0.014 0.002 0.012 0.025 0.018 0.179 0.004 0.001 0.016 0.720 13 P 0.614 0.139 0.001 0.007 0.009 0.010 0.040 0.016 0.001 0.035 0.129 14 P 0.301 0.115 0.001 0.014 0.008 0.008 0.055 0.006 0.001 0.060 0.431 15 E 0.049 0.136 0.003 0.042 0.010 0.018 0.092 0.003 0.001 0.099 0.548 16 Q 0.067 0.114 0.004 0.035 0.010 0.027 0.102 0.006 0.001 0.165 0.469 17 W 0.039 0.109 0.004 0.030 0.027 0.021 0.092 0.006 0.001 0.173 0.498 18 S 0.027 0.466 0.001 0.018 0.024 0.025 0.034 0.006 0.001 0.065 0.333 19 H 0.007 0.842 0.001 0.005 0.011 0.005 0.011 0.001 0.001 0.021 0.097 20 T 0.010 0.533 0.001 0.009 0.013 0.017 0.023 0.003 0.001 0.296 0.093 21 T 0.006 0.895 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.056 0.026 22 V 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 23 R 0.012 0.923 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.028 0.025 24 N 0.008 0.902 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.050 0.026 25 A 0.006 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 0.012 26 L 0.010 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 27 K 0.022 0.926 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.016 0.024 28 D 0.020 0.870 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.047 0.043 29 L 0.050 0.769 0.012 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.006 0.079 0.062 30 L 0.194 0.307 0.022 0.003 0.001 0.002 0.030 0.018 0.022 0.204 0.196 31 K 0.130 0.290 0.012 0.005 0.002 0.002 0.035 0.008 0.011 0.064 0.443 32 D 0.051 0.092 0.003 0.006 0.003 0.003 0.054 0.006 0.003 0.128 0.651 33 M 0.044 0.040 0.006 0.011 0.003 0.003 0.127 0.007 0.005 0.294 0.460 34 N 0.071 0.268 0.007 0.018 0.003 0.004 0.100 0.007 0.005 0.055 0.462 35 Q 0.067 0.456 0.002 0.007 0.002 0.003 0.048 0.007 0.001 0.019 0.387 36 S 0.077 0.514 0.005 0.012 0.005 0.008 0.046 0.010 0.003 0.058 0.263 37 S 0.216 0.317 0.015 0.013 0.006 0.013 0.064 0.017 0.006 0.106 0.228 38 L 0.436 0.181 0.012 0.009 0.007 0.009 0.042 0.021 0.005 0.045 0.235 39 A 0.294 0.028 0.002 0.010 0.006 0.010 0.056 0.009 0.002 0.044 0.540 40 K 0.021 0.024 0.001 0.015 0.010 0.013 0.070 0.002 0.001 0.025 0.817 41 E 0.009 0.023 0.001 0.010 0.013 0.014 0.110 0.003 0.001 0.049 0.768 42 C 0.076 0.127 0.003 0.014 0.023 0.019 0.146 0.008 0.001 0.136 0.446 43 P 0.143 0.088 0.002 0.018 0.008 0.009 0.084 0.006 0.001 0.279 0.362 44 L 0.063 0.248 0.006 0.025 0.009 0.009 0.070 0.005 0.002 0.115 0.449 45 S 0.063 0.528 0.002 0.015 0.005 0.008 0.030 0.004 0.001 0.035 0.306 46 Q 0.071 0.208 0.003 0.019 0.010 0.017 0.047 0.009 0.002 0.299 0.314 47 S 0.019 0.174 0.008 0.021 0.022 0.022 0.099 0.004 0.003 0.371 0.257 48 M 0.044 0.477 0.012 0.023 0.018 0.021 0.061 0.007 0.003 0.132 0.203 49 I 0.076 0.495 0.010 0.032 0.031 0.028 0.038 0.011 0.003 0.095 0.181 50 S 0.039 0.249 0.006 0.041 0.045 0.096 0.069 0.007 0.002 0.147 0.298 51 S 0.018 0.098 0.010 0.088 0.081 0.109 0.068 0.004 0.003 0.227 0.295 52 I 0.017 0.021 0.018 0.091 0.077 0.088 0.137 0.004 0.006 0.347 0.193 53 V 0.043 0.033 0.028 0.085 0.070 0.061 0.127 0.008 0.007 0.117 0.420 54 N 0.201 0.040 0.004 0.051 0.043 0.051 0.092 0.013 0.002 0.075 0.429 55 S 0.077 0.046 0.002 0.050 0.055 0.084 0.108 0.005 0.001 0.067 0.506 56 T 0.015 0.031 0.003 0.065 0.072 0.115 0.094 0.003 0.001 0.053 0.549 57 Y 0.038 0.031 0.002 0.071 0.123 0.339 0.071 0.008 0.001 0.053 0.263 58 Y 0.017 0.013 0.001 0.045 0.204 0.172 0.085 0.003 0.001 0.074 0.384 59 A 0.008 0.026 0.001 0.069 0.310 0.234 0.069 0.002 0.001 0.032 0.248 60 N 0.022 0.079 0.002 0.064 0.173 0.267 0.060 0.004 0.001 0.037 0.292 61 V 0.042 0.171 0.010 0.029 0.175 0.139 0.064 0.008 0.003 0.039 0.320 62 S 0.122 0.573 0.005 0.007 0.026 0.043 0.033 0.015 0.002 0.021 0.151 63 A 0.184 0.652 0.002 0.004 0.010 0.015 0.015 0.011 0.001 0.020 0.084 64 A 0.038 0.612 0.004 0.011 0.023 0.028 0.038 0.005 0.002 0.042 0.198 65 K 0.017 0.643 0.016 0.011 0.020 0.030 0.030 0.006 0.003 0.062 0.161 66 C 0.110 0.316 0.057 0.013 0.042 0.052 0.053 0.034 0.018 0.147 0.158 67 Q 0.288 0.253 0.022 0.011 0.033 0.034 0.043 0.016 0.011 0.078 0.211 68 E 0.082 0.188 0.004 0.014 0.021 0.018 0.050 0.007 0.002 0.046 0.569 69 F 0.020 0.320 0.004 0.015 0.025 0.028 0.068 0.006 0.002 0.038 0.474 70 G 0.038 0.346 0.004 0.018 0.037 0.084 0.063 0.008 0.002 0.074 0.326 71 R 0.034 0.381 0.005 0.019 0.062 0.068 0.057 0.007 0.001 0.097 0.268 72 W 0.029 0.470 0.005 0.016 0.060 0.056 0.043 0.008 0.002 0.077 0.232 73 Y 0.139 0.475 0.007 0.017 0.042 0.059 0.025 0.008 0.005 0.067 0.157 74 K 0.091 0.243 0.005 0.018 0.051 0.076 0.033 0.005 0.003 0.068 0.407 75 H 0.037 0.088 0.003 0.012 0.051 0.091 0.064 0.006 0.002 0.124 0.522 76 F 0.084 0.102 0.006 0.019 0.060 0.083 0.094 0.006 0.004 0.113 0.429 77 K 0.071 0.060 0.005 0.024 0.052 0.064 0.105 0.004 0.002 0.064 0.550 78 K 0.038 0.054 0.002 0.008 0.022 0.037 0.091 0.004 0.001 0.032 0.710 79 T 0.270 0.085 0.003 0.008 0.021 0.033 0.076 0.008 0.002 0.055 0.439 80 K 0.241 0.036 0.003 0.012 0.021 0.031 0.079 0.005 0.001 0.052 0.519 81 D 0.057 0.017 0.001 0.008 0.012 0.028 0.084 0.002 0.001 0.030 0.761 82 M 0.032 0.016 0.001 0.011 0.027 0.038 0.099 0.002 0.001 0.030 0.744 83 M 0.025 0.017 0.001 0.019 0.057 0.079 0.134 0.002 0.001 0.046 0.619