# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.053 0.023 0.040 0.056 0.084 0.039 0.630 2 G 0.109 0.059 0.021 0.035 0.068 0.090 0.045 0.573 3 H 0.101 0.046 0.021 0.048 0.060 0.108 0.050 0.565 4 H 0.125 0.074 0.028 0.044 0.089 0.085 0.057 0.497 5 H 0.155 0.026 0.017 0.020 0.035 0.080 0.088 0.579 6 H 0.071 0.024 0.022 0.066 0.042 0.117 0.062 0.596 7 H 0.153 0.021 0.038 0.036 0.046 0.081 0.034 0.591 8 H 0.434 0.010 0.015 0.020 0.013 0.049 0.015 0.444 9 S 0.309 0.006 0.012 0.007 0.018 0.050 0.030 0.569 10 H 0.008 0.001 0.053 0.017 0.038 0.122 0.015 0.747 11 M 0.002 0.002 0.015 0.013 0.035 0.127 0.009 0.797 12 L 0.007 0.013 0.041 0.051 0.044 0.140 0.023 0.680 13 P 0.487 0.213 0.011 0.010 0.011 0.038 0.086 0.144 14 P 0.267 0.149 0.021 0.005 0.005 0.060 0.224 0.269 15 E 0.031 0.135 0.075 0.006 0.010 0.095 0.141 0.509 16 Q 0.102 0.166 0.052 0.008 0.020 0.107 0.204 0.342 17 W 0.035 0.136 0.028 0.016 0.013 0.150 0.207 0.414 18 S 0.015 0.613 0.011 0.007 0.010 0.059 0.076 0.208 19 H 0.012 0.829 0.004 0.003 0.005 0.022 0.030 0.094 20 T 0.005 0.624 0.020 0.019 0.009 0.027 0.225 0.071 21 T 0.003 0.891 0.006 0.002 0.004 0.005 0.069 0.019 22 V 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 23 R 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 24 N 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.008 25 A 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 26 L 0.005 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.003 27 K 0.011 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.014 28 D 0.016 0.869 0.002 0.001 0.001 0.007 0.034 0.072 29 L 0.033 0.799 0.010 0.001 0.001 0.012 0.087 0.058 30 L 0.088 0.280 0.029 0.002 0.001 0.040 0.450 0.111 31 K 0.086 0.354 0.010 0.001 0.001 0.047 0.073 0.427 32 D 0.179 0.158 0.012 0.001 0.001 0.063 0.065 0.522 33 M 0.066 0.133 0.039 0.003 0.002 0.113 0.162 0.483 34 N 0.038 0.293 0.016 0.001 0.002 0.082 0.044 0.524 35 Q 0.094 0.400 0.010 0.002 0.002 0.059 0.049 0.384 36 S 0.065 0.417 0.012 0.013 0.007 0.050 0.074 0.363 37 S 0.194 0.264 0.054 0.009 0.020 0.051 0.093 0.315 38 L 0.387 0.126 0.054 0.012 0.016 0.043 0.051 0.310 39 A 0.242 0.012 0.056 0.011 0.023 0.076 0.113 0.468 40 K 0.019 0.018 0.028 0.017 0.023 0.102 0.016 0.777 41 E 0.013 0.005 0.011 0.004 0.012 0.111 0.019 0.824 42 C 0.024 0.057 0.047 0.050 0.022 0.150 0.110 0.541 43 P 0.175 0.145 0.021 0.010 0.014 0.094 0.110 0.430 44 L 0.084 0.188 0.042 0.017 0.014 0.101 0.083 0.471 45 S 0.071 0.340 0.045 0.011 0.025 0.063 0.094 0.350 46 Q 0.045 0.182 0.077 0.029 0.045 0.083 0.260 0.279 47 S 0.023 0.172 0.098 0.073 0.125 0.072 0.244 0.191 48 M 0.050 0.178 0.112 0.068 0.204 0.057 0.140 0.191 49 I 0.024 0.113 0.093 0.162 0.162 0.085 0.109 0.252 50 S 0.013 0.062 0.108 0.137 0.288 0.078 0.107 0.206 51 S 0.020 0.039 0.135 0.125 0.232 0.078 0.113 0.259 52 I 0.029 0.016 0.122 0.122 0.134 0.104 0.213 0.259 53 V 0.037 0.028 0.081 0.113 0.127 0.117 0.093 0.404 54 N 0.084 0.047 0.056 0.034 0.082 0.113 0.072 0.512 55 S 0.030 0.050 0.045 0.068 0.087 0.149 0.086 0.486 56 T 0.023 0.037 0.054 0.079 0.162 0.118 0.119 0.409 57 Y 0.054 0.057 0.111 0.128 0.222 0.078 0.107 0.243 58 Y 0.036 0.029 0.071 0.077 0.123 0.102 0.108 0.455 59 A 0.012 0.055 0.104 0.162 0.166 0.089 0.067 0.345 60 N 0.053 0.084 0.047 0.080 0.149 0.094 0.089 0.404 61 V 0.024 0.089 0.046 0.128 0.079 0.097 0.070 0.467 62 S 0.133 0.529 0.015 0.026 0.048 0.034 0.059 0.156 63 A 0.221 0.387 0.007 0.021 0.019 0.042 0.069 0.234 64 A 0.031 0.455 0.018 0.029 0.030 0.050 0.067 0.320 65 K 0.078 0.566 0.019 0.011 0.034 0.034 0.073 0.186 66 C 0.157 0.390 0.015 0.023 0.015 0.039 0.211 0.151 67 Q 0.132 0.308 0.014 0.026 0.022 0.063 0.107 0.328 68 E 0.184 0.378 0.011 0.005 0.022 0.044 0.046 0.312 69 F 0.032 0.597 0.013 0.011 0.020 0.051 0.042 0.234 70 G 0.054 0.479 0.015 0.021 0.040 0.060 0.134 0.197 71 R 0.023 0.567 0.013 0.058 0.037 0.041 0.118 0.143 72 W 0.056 0.594 0.021 0.022 0.055 0.028 0.072 0.152 73 Y 0.066 0.584 0.017 0.076 0.039 0.029 0.097 0.091 74 K 0.084 0.459 0.021 0.033 0.069 0.039 0.096 0.200 75 H 0.032 0.217 0.049 0.054 0.108 0.063 0.190 0.287 76 F 0.031 0.229 0.047 0.117 0.111 0.071 0.127 0.268 77 K 0.054 0.145 0.051 0.099 0.088 0.084 0.101 0.377 78 K 0.070 0.103 0.022 0.039 0.036 0.064 0.046 0.620 79 T 0.224 0.127 0.032 0.023 0.030 0.067 0.112 0.386 80 K 0.211 0.046 0.028 0.020 0.020 0.075 0.080 0.521 81 D 0.136 0.023 0.013 0.010 0.024 0.073 0.039 0.682 82 M 0.051 0.023 0.027 0.027 0.049 0.111 0.040 0.673 83 M 0.070 0.019 0.027 0.038 0.068 0.116 0.050 0.612