# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.209 0.091 0.043 0.083 0.081 0.077 0.118 0.095 0.089 0.067 0.046 2 G 0.227 0.151 0.061 0.156 0.117 0.076 0.086 0.052 0.037 0.022 0.014 3 H 0.107 0.073 0.049 0.103 0.101 0.103 0.143 0.107 0.098 0.072 0.045 4 H 0.110 0.100 0.059 0.151 0.142 0.115 0.129 0.084 0.056 0.034 0.021 5 H 0.125 0.169 0.090 0.176 0.126 0.089 0.096 0.057 0.037 0.023 0.012 6 H 0.083 0.049 0.044 0.102 0.110 0.119 0.171 0.113 0.097 0.071 0.040 7 H 0.228 0.181 0.116 0.172 0.099 0.070 0.060 0.031 0.021 0.015 0.006 8 H 0.079 0.146 0.099 0.198 0.136 0.115 0.105 0.055 0.036 0.022 0.009 9 S 0.115 0.088 0.049 0.095 0.095 0.110 0.148 0.108 0.087 0.069 0.035 10 H 0.230 0.156 0.117 0.184 0.111 0.074 0.061 0.033 0.019 0.010 0.004 11 M 0.162 0.160 0.136 0.188 0.117 0.088 0.074 0.037 0.021 0.011 0.006 12 L 0.020 0.022 0.020 0.034 0.049 0.075 0.148 0.156 0.181 0.156 0.137 13 P 0.199 0.246 0.100 0.172 0.109 0.059 0.054 0.030 0.018 0.009 0.005 14 P 0.260 0.121 0.110 0.169 0.114 0.072 0.068 0.040 0.025 0.014 0.008 15 E 0.271 0.129 0.078 0.154 0.112 0.079 0.085 0.048 0.024 0.013 0.007 16 Q 0.115 0.109 0.069 0.174 0.141 0.105 0.127 0.079 0.044 0.024 0.013 17 W 0.038 0.032 0.041 0.062 0.084 0.103 0.170 0.165 0.129 0.105 0.070 18 S 0.073 0.208 0.166 0.214 0.130 0.072 0.065 0.034 0.021 0.012 0.005 19 H 0.096 0.056 0.076 0.128 0.133 0.132 0.171 0.095 0.061 0.036 0.017 20 T 0.404 0.149 0.125 0.142 0.071 0.042 0.034 0.017 0.009 0.005 0.003 21 T 0.062 0.097 0.071 0.182 0.165 0.109 0.139 0.088 0.048 0.025 0.014 22 V 0.004 0.007 0.012 0.015 0.029 0.042 0.115 0.162 0.217 0.222 0.175 23 R 0.035 0.055 0.187 0.220 0.196 0.139 0.105 0.035 0.018 0.008 0.003 24 N 0.050 0.063 0.451 0.219 0.108 0.056 0.034 0.011 0.004 0.002 0.001 25 A 0.003 0.004 0.014 0.020 0.041 0.078 0.196 0.192 0.204 0.149 0.099 26 L 0.003 0.008 0.019 0.022 0.034 0.053 0.180 0.168 0.221 0.203 0.087 27 K 0.008 0.026 0.428 0.219 0.156 0.091 0.047 0.014 0.007 0.003 0.001 28 D 0.061 0.077 0.600 0.154 0.065 0.024 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 29 L 0.005 0.004 0.016 0.019 0.038 0.071 0.227 0.236 0.186 0.122 0.076 30 L 0.013 0.019 0.047 0.042 0.055 0.078 0.185 0.166 0.162 0.160 0.072 31 K 0.007 0.043 0.576 0.189 0.099 0.049 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 32 D 0.076 0.108 0.472 0.155 0.089 0.046 0.035 0.012 0.004 0.002 0.001 33 M 0.071 0.031 0.058 0.074 0.091 0.126 0.233 0.161 0.083 0.048 0.024 34 N 0.216 0.234 0.189 0.137 0.078 0.050 0.049 0.026 0.013 0.007 0.003 35 Q 0.021 0.024 0.117 0.104 0.130 0.116 0.201 0.136 0.078 0.050 0.025 36 S 0.161 0.130 0.298 0.147 0.084 0.064 0.061 0.028 0.016 0.009 0.004 37 S 0.125 0.161 0.237 0.217 0.122 0.066 0.045 0.016 0.008 0.003 0.002 38 L 0.032 0.015 0.042 0.047 0.082 0.053 0.150 0.258 0.135 0.100 0.086 39 A 0.024 0.040 0.095 0.119 0.115 0.108 0.152 0.116 0.102 0.087 0.042 40 K 0.052 0.090 0.337 0.213 0.140 0.071 0.053 0.022 0.013 0.006 0.003 41 E 0.129 0.166 0.201 0.202 0.123 0.074 0.058 0.026 0.012 0.007 0.004 42 C 0.023 0.017 0.024 0.034 0.047 0.067 0.172 0.174 0.189 0.147 0.106 43 P 0.393 0.239 0.114 0.128 0.055 0.027 0.021 0.010 0.007 0.004 0.002 44 L 0.048 0.034 0.068 0.096 0.105 0.111 0.169 0.124 0.114 0.075 0.055 45 S 0.184 0.213 0.122 0.161 0.103 0.068 0.068 0.035 0.024 0.013 0.007 46 Q 0.018 0.019 0.029 0.068 0.090 0.102 0.194 0.173 0.143 0.094 0.070 47 S 0.078 0.091 0.137 0.157 0.123 0.108 0.105 0.077 0.056 0.040 0.027 48 M 0.016 0.026 0.040 0.091 0.116 0.108 0.206 0.159 0.121 0.072 0.045 49 I 0.011 0.012 0.025 0.033 0.045 0.045 0.107 0.160 0.203 0.204 0.155 50 S 0.019 0.036 0.064 0.112 0.102 0.092 0.134 0.120 0.141 0.114 0.065 51 S 0.037 0.051 0.073 0.135 0.125 0.119 0.147 0.110 0.095 0.065 0.043 52 I 0.012 0.010 0.019 0.029 0.050 0.048 0.111 0.182 0.178 0.168 0.192 53 V 0.010 0.014 0.025 0.045 0.064 0.066 0.136 0.176 0.181 0.168 0.115 54 N 0.018 0.029 0.055 0.088 0.095 0.099 0.159 0.123 0.144 0.117 0.073 55 S 0.065 0.077 0.088 0.166 0.137 0.125 0.150 0.076 0.063 0.035 0.018 56 T 0.177 0.132 0.098 0.195 0.131 0.091 0.083 0.039 0.028 0.017 0.011 57 Y 0.029 0.026 0.027 0.050 0.067 0.089 0.169 0.159 0.154 0.126 0.104 58 Y 0.032 0.075 0.049 0.140 0.154 0.130 0.148 0.104 0.077 0.056 0.036 59 A 0.029 0.016 0.028 0.036 0.050 0.074 0.169 0.157 0.182 0.144 0.116 60 N 0.170 0.206 0.140 0.253 0.119 0.052 0.033 0.012 0.008 0.004 0.003 61 V 0.014 0.010 0.013 0.019 0.034 0.041 0.103 0.144 0.204 0.189 0.230 62 S 0.094 0.254 0.085 0.199 0.143 0.077 0.065 0.037 0.023 0.013 0.008 63 A 0.068 0.032 0.056 0.108 0.130 0.135 0.191 0.112 0.086 0.047 0.036 64 A 0.349 0.166 0.190 0.153 0.071 0.033 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 65 K 0.019 0.054 0.066 0.186 0.166 0.127 0.182 0.098 0.061 0.029 0.012 66 C 0.009 0.008 0.019 0.023 0.036 0.063 0.156 0.160 0.189 0.195 0.141 67 Q 0.040 0.088 0.424 0.247 0.118 0.048 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 68 E 0.020 0.041 0.185 0.132 0.141 0.153 0.165 0.093 0.038 0.024 0.010 69 F 0.009 0.016 0.028 0.039 0.051 0.071 0.172 0.183 0.195 0.156 0.082 70 G 0.146 0.064 0.095 0.113 0.101 0.116 0.188 0.085 0.054 0.028 0.011 71 R 0.087 0.105 0.475 0.208 0.076 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 72 W 0.015 0.015 0.040 0.050 0.091 0.116 0.272 0.205 0.103 0.061 0.031 73 Y 0.012 0.020 0.040 0.054 0.071 0.101 0.204 0.171 0.152 0.119 0.057 74 K 0.037 0.057 0.379 0.186 0.135 0.087 0.069 0.026 0.014 0.007 0.003 75 H 0.059 0.085 0.343 0.241 0.133 0.064 0.047 0.017 0.007 0.003 0.001 76 F 0.012 0.008 0.026 0.026 0.041 0.059 0.193 0.191 0.189 0.156 0.100 77 K 0.081 0.107 0.231 0.178 0.132 0.094 0.090 0.041 0.024 0.016 0.006 78 K 0.040 0.096 0.406 0.224 0.117 0.058 0.034 0.013 0.006 0.003 0.001 79 T 0.090 0.129 0.156 0.107 0.093 0.105 0.146 0.081 0.046 0.033 0.014 80 K 0.230 0.178 0.107 0.163 0.104 0.072 0.075 0.037 0.020 0.009 0.004 81 D 0.514 0.189 0.140 0.089 0.032 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 82 M 0.131 0.116 0.119 0.168 0.139 0.108 0.113 0.055 0.029 0.014 0.007 83 M 0.243 0.154 0.088 0.109 0.091 0.074 0.104 0.069 0.038 0.021 0.011