# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.035 0.009 0.061 0.042 0.065 0.103 0.002 0.001 0.005 0.560 2 G 0.029 0.015 0.002 0.042 0.028 0.047 0.083 0.001 0.001 0.002 0.752 3 H 0.060 0.019 0.004 0.061 0.031 0.067 0.074 0.001 0.001 0.003 0.680 4 H 0.074 0.041 0.003 0.074 0.041 0.088 0.130 0.002 0.001 0.005 0.543 5 H 0.079 0.026 0.004 0.037 0.024 0.049 0.109 0.002 0.001 0.004 0.667 6 H 0.118 0.045 0.008 0.052 0.020 0.050 0.083 0.003 0.001 0.005 0.616 7 H 0.091 0.050 0.006 0.038 0.016 0.038 0.145 0.002 0.001 0.005 0.609 8 H 0.097 0.040 0.003 0.043 0.016 0.028 0.124 0.002 0.001 0.003 0.643 9 S 0.109 0.050 0.008 0.028 0.020 0.029 0.058 0.003 0.001 0.004 0.693 10 H 0.140 0.069 0.009 0.037 0.025 0.043 0.131 0.005 0.001 0.007 0.534 11 M 0.324 0.037 0.027 0.048 0.013 0.026 0.076 0.012 0.001 0.009 0.427 12 L 0.350 0.072 0.092 0.047 0.023 0.037 0.063 0.009 0.001 0.005 0.302 13 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.982 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 15 E 0.029 0.005 0.001 0.018 0.007 0.043 0.252 0.001 0.001 0.004 0.641 16 Q 0.782 0.012 0.001 0.003 0.002 0.003 0.058 0.001 0.001 0.007 0.133 17 W 0.556 0.199 0.015 0.011 0.006 0.009 0.026 0.004 0.001 0.002 0.172 18 S 0.142 0.241 0.016 0.024 0.024 0.028 0.099 0.007 0.001 0.003 0.416 19 H 0.045 0.145 0.003 0.017 0.006 0.012 0.050 0.003 0.001 0.002 0.717 20 T 0.053 0.222 0.004 0.013 0.020 0.030 0.225 0.004 0.001 0.006 0.423 21 T 0.058 0.162 0.009 0.006 0.005 0.007 0.333 0.002 0.001 0.003 0.415 22 V 0.014 0.719 0.015 0.006 0.004 0.008 0.081 0.002 0.001 0.001 0.151 23 R 0.007 0.785 0.002 0.004 0.005 0.011 0.056 0.001 0.001 0.001 0.128 24 N 0.010 0.841 0.001 0.002 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.119 25 A 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.024 26 L 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 27 K 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 28 D 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 29 L 0.018 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.019 30 L 0.020 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.013 31 K 0.013 0.951 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.011 32 D 0.061 0.872 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.024 33 M 0.090 0.833 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.029 34 N 0.105 0.515 0.020 0.004 0.003 0.004 0.027 0.058 0.001 0.001 0.263 35 Q 0.140 0.340 0.186 0.010 0.003 0.005 0.046 0.032 0.001 0.004 0.234 36 S 0.115 0.349 0.030 0.018 0.004 0.007 0.079 0.010 0.001 0.005 0.384 37 S 0.032 0.084 0.007 0.011 0.003 0.003 0.174 0.002 0.001 0.002 0.683 38 L 0.082 0.264 0.010 0.018 0.009 0.019 0.105 0.004 0.001 0.005 0.484 39 A 0.126 0.339 0.010 0.022 0.010 0.028 0.104 0.006 0.001 0.006 0.349 40 K 0.136 0.532 0.009 0.017 0.008 0.014 0.053 0.011 0.001 0.003 0.216 41 E 0.185 0.519 0.018 0.009 0.005 0.010 0.019 0.025 0.001 0.002 0.208 42 C 0.239 0.421 0.025 0.016 0.019 0.025 0.024 0.023 0.001 0.002 0.206 43 P 0.003 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.977 44 L 0.041 0.050 0.016 0.019 0.015 0.039 0.086 0.003 0.001 0.002 0.729 45 S 0.134 0.137 0.010 0.029 0.009 0.016 0.165 0.003 0.001 0.012 0.485 46 Q 0.196 0.220 0.012 0.025 0.013 0.022 0.112 0.004 0.001 0.005 0.391 47 S 0.070 0.388 0.021 0.038 0.013 0.020 0.084 0.004 0.001 0.003 0.359 48 M 0.054 0.405 0.006 0.051 0.019 0.034 0.064 0.004 0.001 0.002 0.362 49 I 0.036 0.694 0.004 0.048 0.021 0.033 0.025 0.004 0.001 0.001 0.133 50 S 0.051 0.560 0.005 0.057 0.056 0.080 0.026 0.009 0.001 0.002 0.155 51 S 0.068 0.615 0.017 0.026 0.037 0.045 0.024 0.013 0.001 0.002 0.153 52 I 0.072 0.560 0.025 0.024 0.048 0.081 0.019 0.015 0.001 0.001 0.155 53 V 0.064 0.352 0.010 0.044 0.090 0.167 0.044 0.020 0.001 0.002 0.207 54 N 0.132 0.284 0.023 0.045 0.093 0.122 0.041 0.030 0.001 0.005 0.227 55 S 0.081 0.222 0.034 0.040 0.056 0.078 0.071 0.014 0.001 0.008 0.395 56 T 0.072 0.079 0.031 0.027 0.028 0.049 0.299 0.005 0.001 0.014 0.397 57 Y 0.181 0.083 0.029 0.045 0.064 0.071 0.229 0.005 0.001 0.019 0.276 58 Y 0.090 0.133 0.024 0.055 0.093 0.125 0.116 0.005 0.001 0.007 0.353 59 A 0.042 0.136 0.013 0.078 0.175 0.187 0.068 0.004 0.001 0.004 0.294 60 N 0.039 0.073 0.006 0.057 0.117 0.191 0.066 0.003 0.001 0.003 0.444 61 V 0.040 0.120 0.006 0.081 0.130 0.220 0.086 0.002 0.001 0.004 0.311 62 S 0.022 0.096 0.003 0.031 0.085 0.148 0.250 0.002 0.001 0.003 0.359 63 A 0.053 0.147 0.006 0.018 0.036 0.096 0.099 0.002 0.001 0.004 0.538 64 A 0.036 0.293 0.007 0.012 0.018 0.048 0.156 0.002 0.001 0.005 0.424 65 K 0.136 0.267 0.004 0.006 0.009 0.016 0.223 0.005 0.001 0.004 0.331 66 C 0.107 0.700 0.010 0.002 0.006 0.012 0.020 0.008 0.001 0.001 0.133 67 Q 0.025 0.747 0.013 0.003 0.012 0.020 0.017 0.007 0.001 0.001 0.156 68 E 0.035 0.634 0.005 0.002 0.003 0.005 0.027 0.008 0.001 0.001 0.279 69 F 0.091 0.763 0.005 0.002 0.004 0.006 0.015 0.008 0.001 0.001 0.104 70 G 0.085 0.653 0.016 0.003 0.012 0.017 0.026 0.014 0.001 0.001 0.173 71 R 0.023 0.715 0.047 0.002 0.008 0.007 0.038 0.005 0.001 0.001 0.153 72 W 0.024 0.566 0.004 0.003 0.011 0.022 0.037 0.004 0.001 0.001 0.328 73 Y 0.028 0.759 0.005 0.004 0.018 0.034 0.023 0.005 0.001 0.001 0.124 74 K 0.018 0.818 0.006 0.003 0.014 0.023 0.013 0.004 0.001 0.001 0.101 75 H 0.033 0.756 0.005 0.004 0.011 0.016 0.027 0.006 0.001 0.001 0.142 76 F 0.103 0.752 0.007 0.003 0.010 0.017 0.008 0.013 0.001 0.001 0.086 77 K 0.061 0.736 0.014 0.004 0.018 0.031 0.013 0.019 0.001 0.001 0.103 78 K 0.092 0.569 0.020 0.006 0.012 0.021 0.033 0.029 0.001 0.002 0.217 79 T 0.237 0.381 0.029 0.009 0.016 0.023 0.028 0.032 0.001 0.003 0.244 80 K 0.149 0.205 0.025 0.008 0.014 0.018 0.047 0.013 0.001 0.003 0.519 81 D 0.039 0.059 0.016 0.010 0.007 0.012 0.236 0.003 0.001 0.006 0.613 82 M 0.318 0.086 0.021 0.012 0.015 0.024 0.136 0.005 0.001 0.011 0.371 83 M 0.153 0.263 0.018 0.021 0.021 0.030 0.143 0.007 0.001 0.007 0.337