# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.041 0.058 0.055 0.089 0.050 0.009 0.641 2 G 0.033 0.018 0.030 0.027 0.055 0.092 0.006 0.740 3 H 0.053 0.023 0.044 0.042 0.071 0.081 0.006 0.679 4 H 0.089 0.047 0.077 0.063 0.104 0.130 0.010 0.480 5 H 0.063 0.031 0.032 0.021 0.036 0.092 0.007 0.717 6 H 0.079 0.059 0.053 0.036 0.076 0.094 0.011 0.593 7 H 0.078 0.046 0.031 0.027 0.046 0.143 0.010 0.620 8 H 0.087 0.057 0.025 0.025 0.042 0.125 0.013 0.627 9 S 0.132 0.097 0.039 0.029 0.044 0.102 0.020 0.537 10 H 0.166 0.118 0.038 0.032 0.029 0.142 0.027 0.447 11 M 0.286 0.068 0.025 0.020 0.029 0.083 0.036 0.453 12 L 0.215 0.079 0.106 0.033 0.058 0.078 0.027 0.403 13 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.012 0.001 0.978 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 E 0.034 0.009 0.028 0.021 0.049 0.258 0.004 0.597 16 Q 0.710 0.008 0.004 0.006 0.006 0.060 0.006 0.200 17 W 0.285 0.229 0.045 0.027 0.049 0.047 0.010 0.309 18 S 0.121 0.240 0.059 0.045 0.078 0.089 0.015 0.354 19 H 0.149 0.213 0.041 0.023 0.039 0.041 0.021 0.473 20 T 0.129 0.219 0.028 0.024 0.027 0.142 0.019 0.413 21 T 0.060 0.155 0.018 0.009 0.012 0.209 0.009 0.528 22 V 0.037 0.352 0.034 0.018 0.044 0.109 0.006 0.400 23 R 0.020 0.479 0.014 0.005 0.010 0.217 0.003 0.254 24 N 0.025 0.647 0.005 0.001 0.002 0.066 0.002 0.252 25 A 0.013 0.955 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 26 L 0.010 0.960 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 27 K 0.046 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.021 28 D 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 29 L 0.035 0.861 0.001 0.001 0.001 0.011 0.021 0.069 30 L 0.036 0.924 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 31 K 0.048 0.886 0.017 0.001 0.001 0.009 0.010 0.029 32 D 0.114 0.804 0.003 0.001 0.001 0.004 0.025 0.050 33 M 0.128 0.737 0.013 0.001 0.001 0.005 0.028 0.088 34 N 0.071 0.592 0.019 0.002 0.001 0.088 0.033 0.195 35 Q 0.159 0.361 0.054 0.004 0.003 0.054 0.032 0.333 36 S 0.111 0.423 0.090 0.005 0.003 0.051 0.015 0.302 37 S 0.045 0.378 0.022 0.004 0.002 0.123 0.008 0.417 38 L 0.068 0.550 0.015 0.002 0.004 0.102 0.011 0.248 39 A 0.156 0.590 0.017 0.003 0.005 0.072 0.018 0.139 40 K 0.168 0.626 0.021 0.007 0.005 0.035 0.029 0.110 41 E 0.235 0.425 0.031 0.004 0.006 0.023 0.049 0.227 42 C 0.221 0.303 0.109 0.019 0.016 0.055 0.029 0.248 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 44 L 0.021 0.018 0.027 0.011 0.023 0.043 0.003 0.853 45 S 0.118 0.063 0.047 0.012 0.014 0.308 0.012 0.425 46 Q 0.255 0.125 0.029 0.013 0.015 0.070 0.015 0.477 47 S 0.101 0.237 0.089 0.013 0.017 0.104 0.008 0.431 48 M 0.058 0.314 0.046 0.022 0.021 0.129 0.008 0.402 49 I 0.037 0.629 0.022 0.015 0.056 0.056 0.006 0.179 50 S 0.055 0.714 0.017 0.023 0.044 0.028 0.008 0.111 51 S 0.047 0.786 0.022 0.014 0.018 0.016 0.012 0.086 52 I 0.090 0.706 0.019 0.013 0.018 0.012 0.021 0.121 53 V 0.035 0.783 0.035 0.031 0.042 0.010 0.009 0.054 54 N 0.047 0.536 0.052 0.074 0.094 0.020 0.023 0.153 55 S 0.128 0.389 0.053 0.038 0.048 0.038 0.036 0.271 56 T 0.139 0.185 0.068 0.022 0.026 0.136 0.048 0.376 57 Y 0.130 0.175 0.117 0.070 0.065 0.094 0.033 0.316 58 Y 0.044 0.131 0.171 0.061 0.077 0.166 0.012 0.339 59 A 0.056 0.133 0.135 0.109 0.134 0.092 0.007 0.334 60 N 0.050 0.132 0.111 0.046 0.096 0.071 0.009 0.485 61 V 0.073 0.156 0.086 0.056 0.080 0.117 0.006 0.426 62 S 0.036 0.224 0.040 0.034 0.071 0.262 0.008 0.325 63 A 0.069 0.252 0.018 0.013 0.037 0.066 0.010 0.535 64 A 0.025 0.349 0.015 0.005 0.011 0.181 0.007 0.408 65 K 0.051 0.351 0.004 0.002 0.003 0.356 0.010 0.224 66 C 0.067 0.834 0.008 0.002 0.005 0.006 0.005 0.073 67 Q 0.018 0.927 0.012 0.002 0.003 0.005 0.003 0.031 68 E 0.036 0.842 0.002 0.001 0.002 0.015 0.009 0.094 69 F 0.028 0.931 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 0.024 70 G 0.084 0.778 0.009 0.003 0.004 0.005 0.040 0.077 71 R 0.068 0.618 0.062 0.018 0.008 0.039 0.014 0.173 72 W 0.026 0.577 0.021 0.010 0.009 0.036 0.008 0.313 73 Y 0.040 0.784 0.012 0.022 0.040 0.011 0.006 0.085 74 K 0.027 0.815 0.028 0.014 0.017 0.014 0.004 0.080 75 H 0.054 0.651 0.010 0.012 0.020 0.024 0.014 0.214 76 F 0.090 0.739 0.014 0.015 0.031 0.009 0.013 0.089 77 K 0.050 0.636 0.018 0.033 0.041 0.020 0.015 0.187 78 K 0.074 0.395 0.024 0.027 0.043 0.049 0.018 0.370 79 T 0.109 0.440 0.032 0.021 0.035 0.049 0.023 0.291 80 K 0.080 0.254 0.022 0.015 0.020 0.037 0.016 0.555 81 D 0.046 0.174 0.026 0.012 0.016 0.127 0.012 0.587 82 M 0.199 0.272 0.028 0.018 0.023 0.138 0.028 0.294 83 M 0.179 0.411 0.036 0.023 0.034 0.054 0.021 0.241