# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.347 0.280 0.089 0.055 0.020 0.028 0.002 0.033 0.002 0.001 2 G 0.159 0.081 0.258 0.045 0.138 0.047 0.061 0.089 0.016 0.098 0.006 3 H 0.187 0.270 0.241 0.172 0.051 0.036 0.017 0.004 0.019 0.002 0.002 4 H 0.156 0.280 0.216 0.154 0.094 0.038 0.024 0.008 0.023 0.005 0.002 5 H 0.156 0.272 0.241 0.115 0.089 0.045 0.039 0.008 0.028 0.005 0.002 6 H 0.229 0.289 0.234 0.112 0.062 0.029 0.018 0.004 0.019 0.003 0.002 7 H 0.319 0.193 0.186 0.146 0.061 0.039 0.026 0.006 0.020 0.004 0.002 8 H 0.405 0.195 0.154 0.108 0.056 0.025 0.023 0.005 0.024 0.003 0.002 9 S 0.544 0.154 0.142 0.091 0.018 0.016 0.014 0.003 0.014 0.002 0.002 10 H 0.507 0.137 0.088 0.208 0.016 0.012 0.018 0.002 0.009 0.001 0.002 11 M 0.137 0.095 0.122 0.484 0.017 0.036 0.090 0.005 0.012 0.001 0.002 12 L 0.014 0.250 0.424 0.007 0.055 0.011 0.007 0.001 0.228 0.004 0.001 13 P 0.007 0.001 0.950 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.007 0.003 0.010 14 P 0.613 0.003 0.341 0.021 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 15 E 0.587 0.108 0.151 0.116 0.006 0.012 0.009 0.002 0.007 0.001 0.001 16 Q 0.235 0.295 0.177 0.157 0.072 0.024 0.015 0.003 0.020 0.001 0.001 17 W 0.239 0.263 0.272 0.095 0.056 0.037 0.008 0.002 0.024 0.003 0.001 18 S 0.314 0.135 0.197 0.173 0.050 0.073 0.028 0.004 0.021 0.004 0.001 19 H 0.671 0.052 0.095 0.115 0.023 0.020 0.012 0.004 0.006 0.002 0.001 20 T 0.826 0.045 0.045 0.061 0.007 0.006 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 21 T 0.797 0.065 0.059 0.037 0.014 0.019 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 22 V 0.965 0.016 0.007 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 R 0.989 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.975 0.002 0.003 0.013 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.989 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.986 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.986 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.834 0.004 0.008 0.144 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 M 0.667 0.012 0.039 0.257 0.004 0.004 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 34 N 0.469 0.025 0.063 0.278 0.015 0.028 0.096 0.014 0.007 0.005 0.001 35 Q 0.609 0.044 0.068 0.217 0.012 0.020 0.020 0.004 0.005 0.001 0.001 36 S 0.770 0.053 0.081 0.059 0.008 0.010 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 37 S 0.870 0.026 0.032 0.048 0.005 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 38 L 0.895 0.012 0.016 0.068 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 39 A 0.901 0.025 0.029 0.025 0.004 0.002 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 40 K 0.883 0.030 0.029 0.033 0.007 0.003 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 41 E 0.651 0.040 0.069 0.212 0.006 0.009 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 42 C 0.112 0.157 0.386 0.013 0.039 0.019 0.014 0.001 0.254 0.004 0.001 43 P 0.615 0.002 0.333 0.013 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 44 L 0.645 0.055 0.116 0.148 0.009 0.009 0.006 0.003 0.006 0.001 0.001 45 S 0.616 0.061 0.101 0.142 0.019 0.018 0.024 0.009 0.006 0.002 0.001 46 Q 0.395 0.236 0.118 0.159 0.026 0.026 0.023 0.002 0.015 0.001 0.001 47 S 0.470 0.158 0.225 0.044 0.030 0.042 0.015 0.002 0.011 0.002 0.001 48 M 0.721 0.078 0.071 0.082 0.011 0.026 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 49 I 0.815 0.093 0.036 0.033 0.006 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 50 S 0.806 0.055 0.040 0.059 0.018 0.010 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 51 S 0.735 0.118 0.045 0.035 0.041 0.007 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 52 I 0.726 0.172 0.038 0.012 0.002 0.029 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 53 V 0.475 0.300 0.111 0.045 0.025 0.019 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 54 N 0.203 0.082 0.183 0.295 0.069 0.066 0.053 0.008 0.026 0.012 0.002 55 S 0.349 0.118 0.110 0.201 0.109 0.030 0.039 0.020 0.015 0.008 0.001 56 T 0.388 0.280 0.104 0.134 0.047 0.016 0.015 0.001 0.013 0.001 0.001 57 Y 0.206 0.410 0.161 0.084 0.069 0.027 0.018 0.001 0.024 0.001 0.001 58 Y 0.103 0.524 0.160 0.062 0.059 0.033 0.029 0.001 0.028 0.001 0.001 59 A 0.111 0.440 0.186 0.034 0.186 0.018 0.007 0.002 0.013 0.004 0.001 60 N 0.144 0.192 0.291 0.057 0.042 0.187 0.060 0.006 0.017 0.002 0.003 61 V 0.221 0.542 0.129 0.027 0.022 0.028 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 62 S 0.300 0.212 0.270 0.047 0.042 0.074 0.010 0.001 0.038 0.005 0.001 63 A 0.799 0.028 0.088 0.054 0.010 0.010 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 64 A 0.908 0.029 0.024 0.024 0.003 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 65 K 0.829 0.027 0.027 0.081 0.014 0.009 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 66 C 0.862 0.014 0.042 0.062 0.004 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 67 Q 0.958 0.009 0.016 0.010 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.958 0.011 0.006 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 F 0.743 0.011 0.029 0.202 0.004 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 70 G 0.728 0.009 0.039 0.032 0.021 0.007 0.050 0.088 0.003 0.023 0.001 71 R 0.945 0.026 0.012 0.005 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 72 W 0.898 0.018 0.042 0.019 0.004 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 73 Y 0.873 0.023 0.024 0.062 0.004 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 74 K 0.961 0.015 0.009 0.007 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 75 H 0.832 0.023 0.014 0.108 0.011 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 76 F 0.501 0.064 0.115 0.245 0.020 0.015 0.020 0.003 0.015 0.001 0.001 77 K 0.607 0.117 0.123 0.071 0.019 0.015 0.028 0.003 0.012 0.002 0.001 78 K 0.487 0.150 0.156 0.112 0.024 0.034 0.019 0.002 0.012 0.002 0.001 79 T 0.295 0.153 0.190 0.243 0.027 0.047 0.015 0.003 0.026 0.001 0.001 80 K 0.541 0.111 0.159 0.099 0.024 0.014 0.026 0.005 0.014 0.004 0.002 81 D 0.411 0.106 0.158 0.149 0.037 0.039 0.064 0.014 0.014 0.006 0.002 82 M 0.337 0.161 0.185 0.229 0.027 0.026 0.018 0.003 0.013 0.001 0.001 83 M 0.246 0.273 0.254 0.099 0.044 0.024 0.025 0.004 0.026 0.003 0.001