# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.238 0.072 0.029 0.237 0.029 0.044 0.086 0.050 0.059 0.045 2 G 0.132 0.153 0.098 0.050 0.203 0.034 0.037 0.084 0.050 0.083 0.076 3 H 0.150 0.136 0.046 0.020 0.219 0.024 0.040 0.123 0.086 0.096 0.059 4 H 0.102 0.175 0.073 0.032 0.205 0.035 0.048 0.123 0.071 0.083 0.052 5 H 0.135 0.148 0.064 0.022 0.215 0.023 0.037 0.136 0.067 0.086 0.066 6 H 0.093 0.143 0.052 0.021 0.152 0.026 0.038 0.197 0.098 0.125 0.056 7 H 0.068 0.172 0.091 0.031 0.148 0.035 0.053 0.196 0.074 0.091 0.042 8 H 0.152 0.173 0.053 0.015 0.205 0.013 0.021 0.143 0.079 0.091 0.056 9 S 0.050 0.072 0.021 0.014 0.081 0.024 0.030 0.324 0.293 0.067 0.023 10 H 0.031 0.073 0.025 0.017 0.066 0.040 0.095 0.331 0.219 0.083 0.020 11 M 0.075 0.045 0.025 0.011 0.085 0.010 0.056 0.111 0.060 0.466 0.055 12 L 0.021 0.431 0.380 0.023 0.073 0.006 0.010 0.012 0.006 0.020 0.017 13 P 0.031 0.538 0.291 0.010 0.097 0.002 0.002 0.011 0.006 0.003 0.010 14 P 0.012 0.041 0.008 0.002 0.027 0.008 0.025 0.429 0.428 0.014 0.005 15 E 0.008 0.020 0.012 0.004 0.015 0.012 0.085 0.511 0.247 0.079 0.007 16 Q 0.047 0.029 0.012 0.004 0.048 0.008 0.041 0.329 0.119 0.328 0.034 17 W 0.067 0.141 0.051 0.018 0.112 0.030 0.042 0.296 0.106 0.096 0.042 18 S 0.050 0.130 0.063 0.020 0.084 0.026 0.036 0.413 0.090 0.061 0.027 19 H 0.021 0.024 0.013 0.004 0.029 0.005 0.013 0.711 0.122 0.047 0.013 20 T 0.006 0.015 0.007 0.002 0.012 0.004 0.009 0.875 0.053 0.013 0.004 21 T 0.009 0.024 0.006 0.001 0.016 0.001 0.003 0.891 0.038 0.006 0.004 22 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.947 0.041 0.004 0.001 23 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.001 0.001 24 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.009 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.013 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.003 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.041 0.001 0.001 28 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.988 0.006 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.050 0.005 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.885 0.109 0.003 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.824 0.136 0.021 0.001 32 D 0.007 0.006 0.004 0.001 0.005 0.001 0.111 0.755 0.052 0.055 0.002 33 M 0.027 0.189 0.037 0.005 0.086 0.010 0.047 0.405 0.122 0.055 0.017 34 N 0.055 0.040 0.020 0.006 0.041 0.010 0.031 0.539 0.112 0.115 0.031 35 Q 0.016 0.029 0.009 0.003 0.023 0.005 0.009 0.530 0.238 0.125 0.013 36 S 0.008 0.023 0.009 0.003 0.012 0.009 0.040 0.766 0.104 0.021 0.005 37 S 0.005 0.022 0.007 0.001 0.008 0.003 0.012 0.828 0.087 0.024 0.004 38 L 0.004 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.007 0.738 0.174 0.057 0.004 39 A 0.007 0.013 0.004 0.002 0.010 0.005 0.011 0.770 0.158 0.016 0.004 40 K 0.003 0.011 0.006 0.003 0.008 0.012 0.054 0.677 0.159 0.062 0.004 41 E 0.019 0.024 0.018 0.005 0.020 0.009 0.101 0.420 0.106 0.263 0.014 42 C 0.043 0.393 0.113 0.016 0.147 0.009 0.017 0.152 0.047 0.043 0.022 43 P 0.043 0.077 0.035 0.012 0.047 0.012 0.029 0.515 0.169 0.040 0.021 44 L 0.022 0.036 0.015 0.004 0.035 0.008 0.029 0.586 0.197 0.053 0.013 45 S 0.027 0.047 0.014 0.007 0.046 0.013 0.047 0.603 0.132 0.052 0.013 46 Q 0.029 0.022 0.009 0.006 0.040 0.010 0.027 0.599 0.161 0.078 0.018 47 S 0.030 0.053 0.012 0.006 0.072 0.007 0.032 0.665 0.089 0.025 0.009 48 M 0.083 0.028 0.008 0.005 0.076 0.006 0.030 0.609 0.095 0.044 0.017 49 I 0.078 0.042 0.017 0.010 0.088 0.012 0.030 0.551 0.118 0.030 0.021 50 S 0.043 0.034 0.016 0.014 0.070 0.020 0.041 0.586 0.117 0.037 0.022 51 S 0.079 0.077 0.014 0.008 0.233 0.008 0.041 0.392 0.097 0.032 0.018 52 I 0.350 0.047 0.007 0.006 0.199 0.004 0.082 0.216 0.030 0.033 0.026 53 V 0.130 0.172 0.068 0.015 0.314 0.022 0.048 0.101 0.032 0.030 0.067 54 N 0.182 0.121 0.044 0.031 0.224 0.028 0.026 0.115 0.064 0.077 0.090 55 S 0.063 0.085 0.026 0.017 0.130 0.024 0.044 0.242 0.246 0.093 0.031 56 T 0.130 0.096 0.036 0.015 0.176 0.024 0.068 0.179 0.121 0.108 0.045 57 Y 0.139 0.164 0.047 0.016 0.295 0.018 0.045 0.119 0.051 0.052 0.052 58 Y 0.273 0.064 0.024 0.023 0.220 0.025 0.030 0.095 0.058 0.095 0.092 59 A 0.072 0.297 0.064 0.028 0.235 0.036 0.056 0.103 0.044 0.035 0.032 60 N 0.240 0.112 0.032 0.008 0.321 0.007 0.015 0.077 0.025 0.063 0.099 61 V 0.116 0.266 0.034 0.008 0.316 0.013 0.021 0.119 0.041 0.029 0.036 62 S 0.101 0.270 0.097 0.012 0.202 0.014 0.016 0.165 0.041 0.033 0.049 63 A 0.045 0.038 0.010 0.004 0.063 0.005 0.007 0.607 0.175 0.029 0.017 64 A 0.011 0.023 0.010 0.005 0.020 0.009 0.026 0.766 0.114 0.012 0.004 65 K 0.031 0.026 0.008 0.003 0.031 0.003 0.032 0.711 0.086 0.054 0.013 66 C 0.026 0.032 0.008 0.003 0.068 0.003 0.010 0.745 0.079 0.018 0.008 67 Q 0.008 0.010 0.006 0.004 0.011 0.006 0.024 0.823 0.095 0.009 0.004 68 E 0.014 0.008 0.004 0.005 0.006 0.004 0.095 0.793 0.040 0.026 0.004 69 F 0.018 0.274 0.075 0.019 0.068 0.014 0.024 0.385 0.057 0.052 0.014 70 G 0.018 0.020 0.017 0.025 0.016 0.019 0.013 0.603 0.121 0.089 0.060 71 R 0.013 0.077 0.033 0.004 0.036 0.005 0.020 0.693 0.087 0.020 0.011 72 W 0.029 0.036 0.008 0.002 0.025 0.003 0.018 0.755 0.079 0.038 0.008 73 Y 0.024 0.025 0.008 0.004 0.038 0.006 0.011 0.754 0.110 0.012 0.007 74 K 0.009 0.012 0.006 0.004 0.014 0.008 0.035 0.791 0.106 0.012 0.003 75 H 0.033 0.017 0.008 0.006 0.025 0.005 0.081 0.659 0.083 0.073 0.010 76 F 0.065 0.137 0.024 0.008 0.154 0.010 0.025 0.390 0.109 0.053 0.025 77 K 0.056 0.079 0.025 0.010 0.100 0.014 0.044 0.474 0.124 0.041 0.033 78 K 0.076 0.082 0.041 0.012 0.081 0.013 0.090 0.365 0.076 0.121 0.042 79 T 0.065 0.284 0.101 0.023 0.153 0.017 0.030 0.170 0.060 0.064 0.033 80 K 0.030 0.066 0.030 0.023 0.046 0.036 0.063 0.447 0.186 0.053 0.021 81 D 0.034 0.064 0.037 0.014 0.055 0.020 0.050 0.368 0.175 0.149 0.034 82 M 0.064 0.084 0.028 0.010 0.097 0.013 0.041 0.305 0.143 0.176 0.039 83 M 0.080 0.165 0.057 0.020 0.131 0.024 0.038 0.266 0.099 0.078 0.040