# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.593 0.181 0.118 0.071 0.028 0.009 0.001 2 G 0.698 0.171 0.092 0.027 0.009 0.003 0.001 3 H 0.493 0.208 0.140 0.100 0.044 0.015 0.001 4 H 0.563 0.202 0.132 0.067 0.027 0.008 0.001 5 H 0.564 0.242 0.115 0.051 0.021 0.007 0.001 6 H 0.482 0.196 0.148 0.112 0.048 0.013 0.001 7 H 0.650 0.214 0.086 0.036 0.011 0.003 0.001 8 H 0.570 0.245 0.107 0.054 0.019 0.005 0.001 9 S 0.478 0.210 0.156 0.102 0.044 0.009 0.001 10 H 0.637 0.229 0.083 0.040 0.009 0.002 0.001 11 M 0.505 0.262 0.148 0.057 0.023 0.005 0.001 12 L 0.165 0.139 0.200 0.276 0.164 0.054 0.002 13 P 0.406 0.287 0.183 0.085 0.029 0.009 0.001 14 P 0.409 0.293 0.150 0.100 0.037 0.011 0.001 15 E 0.321 0.229 0.189 0.151 0.080 0.028 0.002 16 Q 0.254 0.245 0.211 0.163 0.087 0.037 0.003 17 W 0.169 0.147 0.198 0.243 0.164 0.073 0.008 18 S 0.343 0.273 0.188 0.109 0.055 0.027 0.005 19 H 0.238 0.216 0.208 0.191 0.098 0.043 0.006 20 T 0.384 0.260 0.195 0.096 0.042 0.020 0.003 21 T 0.113 0.169 0.256 0.212 0.160 0.077 0.012 22 V 0.043 0.049 0.064 0.142 0.268 0.362 0.071 23 R 0.061 0.169 0.285 0.278 0.149 0.051 0.007 24 N 0.146 0.335 0.258 0.162 0.066 0.029 0.005 25 A 0.020 0.044 0.137 0.282 0.323 0.174 0.020 26 L 0.021 0.036 0.058 0.140 0.294 0.382 0.069 27 K 0.107 0.278 0.336 0.193 0.069 0.015 0.002 28 D 0.213 0.440 0.207 0.102 0.028 0.008 0.001 29 L 0.032 0.069 0.166 0.293 0.303 0.131 0.005 30 L 0.053 0.088 0.145 0.283 0.295 0.125 0.010 31 K 0.323 0.367 0.202 0.080 0.023 0.004 0.001 32 D 0.373 0.383 0.136 0.077 0.026 0.005 0.001 33 M 0.188 0.180 0.222 0.242 0.126 0.041 0.002 34 N 0.457 0.259 0.178 0.074 0.024 0.008 0.001 35 Q 0.289 0.234 0.201 0.164 0.085 0.025 0.002 36 S 0.310 0.234 0.212 0.154 0.068 0.021 0.001 37 S 0.554 0.285 0.114 0.034 0.009 0.004 0.001 38 L 0.231 0.174 0.173 0.217 0.151 0.051 0.004 39 A 0.256 0.208 0.198 0.190 0.106 0.040 0.003 40 K 0.439 0.244 0.167 0.099 0.037 0.011 0.001 41 E 0.567 0.242 0.115 0.051 0.019 0.006 0.001 42 C 0.252 0.192 0.181 0.195 0.125 0.050 0.005 43 P 0.459 0.269 0.161 0.071 0.025 0.013 0.002 44 L 0.176 0.143 0.157 0.227 0.186 0.096 0.015 45 S 0.268 0.233 0.198 0.154 0.085 0.050 0.012 46 Q 0.182 0.160 0.161 0.184 0.155 0.125 0.032 47 S 0.226 0.185 0.169 0.162 0.130 0.094 0.034 48 M 0.143 0.157 0.149 0.175 0.163 0.142 0.071 49 I 0.124 0.102 0.099 0.147 0.177 0.213 0.137 50 S 0.111 0.119 0.114 0.175 0.182 0.203 0.095 51 S 0.143 0.171 0.174 0.180 0.147 0.127 0.057 52 I 0.094 0.086 0.099 0.149 0.199 0.256 0.118 53 V 0.087 0.098 0.116 0.185 0.229 0.203 0.083 54 N 0.130 0.148 0.143 0.190 0.173 0.158 0.059 55 S 0.203 0.198 0.198 0.184 0.119 0.073 0.024 56 T 0.296 0.274 0.215 0.118 0.052 0.034 0.012 57 Y 0.079 0.097 0.120 0.210 0.262 0.191 0.041 58 Y 0.117 0.122 0.163 0.209 0.209 0.147 0.034 59 A 0.110 0.124 0.150 0.203 0.218 0.166 0.028 60 N 0.189 0.260 0.262 0.178 0.075 0.031 0.005 61 V 0.093 0.094 0.149 0.234 0.249 0.162 0.018 62 S 0.227 0.317 0.220 0.133 0.069 0.031 0.004 63 A 0.229 0.240 0.198 0.198 0.101 0.031 0.003 64 A 0.467 0.336 0.110 0.063 0.018 0.005 0.001 65 K 0.240 0.299 0.220 0.155 0.061 0.024 0.002 66 C 0.060 0.077 0.141 0.311 0.300 0.106 0.005 67 Q 0.229 0.337 0.249 0.132 0.038 0.013 0.001 68 E 0.100 0.127 0.194 0.231 0.230 0.106 0.012 69 F 0.095 0.126 0.160 0.253 0.203 0.145 0.017 70 G 0.254 0.275 0.248 0.146 0.053 0.021 0.003 71 R 0.344 0.341 0.205 0.070 0.027 0.011 0.002 72 W 0.056 0.083 0.156 0.270 0.282 0.141 0.012 73 Y 0.077 0.116 0.187 0.269 0.232 0.109 0.010 74 K 0.360 0.334 0.189 0.085 0.024 0.007 0.001 75 H 0.257 0.348 0.246 0.106 0.035 0.007 0.001 76 F 0.075 0.087 0.144 0.265 0.310 0.113 0.004 77 K 0.252 0.307 0.224 0.158 0.048 0.011 0.001 78 K 0.495 0.315 0.119 0.054 0.014 0.003 0.001 79 T 0.471 0.250 0.168 0.080 0.028 0.004 0.001 80 K 0.648 0.217 0.093 0.035 0.007 0.001 0.001 81 D 0.796 0.154 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 82 M 0.708 0.182 0.074 0.027 0.008 0.001 0.001 83 M 0.623 0.193 0.122 0.044 0.014 0.003 0.001