# TARGET T0643 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0643.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.55691 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.146 0.095 0.099 0.132 0.145 0.137 0.087 0.070 0.041 0.024 0.012 0.007 0.003 0.001 2 G 0.337 0.164 0.152 0.113 0.085 0.058 0.043 0.020 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 3 H 0.207 0.117 0.123 0.138 0.132 0.102 0.073 0.046 0.030 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 4 H 0.257 0.142 0.131 0.140 0.126 0.077 0.058 0.032 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 5 H 0.287 0.162 0.141 0.131 0.108 0.075 0.045 0.023 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 6 H 0.245 0.142 0.122 0.136 0.127 0.092 0.065 0.034 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 7 H 0.466 0.163 0.117 0.096 0.068 0.039 0.028 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 8 H 0.391 0.185 0.134 0.104 0.076 0.054 0.030 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 S 0.263 0.144 0.118 0.141 0.134 0.086 0.060 0.026 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 10 H 0.493 0.159 0.118 0.084 0.058 0.038 0.030 0.008 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 11 M 0.494 0.171 0.121 0.074 0.057 0.040 0.024 0.007 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.179 0.115 0.108 0.155 0.174 0.127 0.066 0.041 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 13 P 0.289 0.153 0.152 0.138 0.115 0.067 0.044 0.017 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 14 P 0.364 0.155 0.134 0.114 0.089 0.063 0.040 0.017 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 15 E 0.443 0.153 0.133 0.094 0.070 0.047 0.031 0.012 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.336 0.174 0.135 0.112 0.093 0.073 0.038 0.017 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 17 W 0.160 0.103 0.096 0.141 0.163 0.137 0.087 0.062 0.028 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 18 S 0.310 0.131 0.122 0.113 0.104 0.092 0.059 0.025 0.027 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 19 H 0.146 0.101 0.136 0.170 0.153 0.124 0.074 0.048 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 20 T 0.346 0.192 0.142 0.114 0.089 0.050 0.033 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 21 T 0.111 0.109 0.126 0.149 0.158 0.131 0.092 0.067 0.033 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 22 V 0.020 0.018 0.022 0.059 0.108 0.177 0.223 0.200 0.095 0.039 0.028 0.006 0.004 0.002 23 R 0.071 0.142 0.169 0.224 0.177 0.116 0.054 0.025 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 24 N 0.335 0.274 0.183 0.109 0.054 0.027 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.045 0.067 0.086 0.165 0.189 0.186 0.114 0.100 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 26 L 0.005 0.010 0.021 0.071 0.142 0.209 0.284 0.156 0.081 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 27 K 0.118 0.238 0.251 0.199 0.118 0.053 0.014 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.498 0.338 0.118 0.026 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.016 0.033 0.076 0.214 0.258 0.224 0.110 0.051 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.024 0.047 0.052 0.146 0.223 0.192 0.189 0.091 0.029 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 31 K 0.440 0.233 0.167 0.085 0.040 0.025 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.580 0.180 0.152 0.043 0.019 0.018 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 M 0.113 0.093 0.145 0.210 0.218 0.133 0.059 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.351 0.192 0.172 0.113 0.082 0.048 0.027 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 Q 0.222 0.111 0.090 0.153 0.165 0.118 0.074 0.042 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.236 0.151 0.124 0.147 0.140 0.096 0.056 0.024 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 37 S 0.441 0.183 0.170 0.080 0.052 0.042 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.121 0.078 0.077 0.138 0.176 0.154 0.113 0.077 0.036 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 39 A 0.087 0.068 0.075 0.135 0.171 0.154 0.131 0.100 0.043 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 40 K 0.358 0.168 0.140 0.121 0.086 0.061 0.031 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 E 0.298 0.162 0.154 0.131 0.103 0.073 0.038 0.018 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 42 C 0.139 0.068 0.076 0.114 0.174 0.162 0.120 0.075 0.035 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 43 P 0.221 0.160 0.150 0.146 0.117 0.098 0.052 0.028 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 44 L 0.202 0.080 0.071 0.113 0.143 0.123 0.108 0.080 0.039 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 45 S 0.186 0.134 0.137 0.148 0.133 0.115 0.066 0.038 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 46 Q 0.146 0.074 0.103 0.120 0.148 0.130 0.108 0.074 0.042 0.026 0.016 0.008 0.004 0.001 47 S 0.160 0.116 0.096 0.121 0.153 0.118 0.102 0.061 0.036 0.017 0.012 0.004 0.002 0.001 48 M 0.106 0.062 0.079 0.100 0.128 0.128 0.123 0.109 0.067 0.047 0.026 0.013 0.007 0.003 49 I 0.065 0.044 0.047 0.079 0.115 0.142 0.154 0.142 0.088 0.055 0.036 0.018 0.010 0.004 50 S 0.105 0.078 0.095 0.127 0.143 0.136 0.111 0.082 0.054 0.035 0.016 0.011 0.005 0.003 51 S 0.113 0.075 0.087 0.120 0.150 0.129 0.122 0.087 0.050 0.031 0.019 0.010 0.005 0.003 52 I 0.085 0.050 0.060 0.076 0.108 0.134 0.137 0.127 0.085 0.054 0.045 0.021 0.013 0.005 53 V 0.077 0.064 0.069 0.098 0.146 0.149 0.146 0.111 0.062 0.037 0.023 0.010 0.005 0.003 54 N 0.088 0.088 0.095 0.144 0.161 0.136 0.111 0.082 0.047 0.024 0.014 0.005 0.003 0.002 55 S 0.135 0.099 0.114 0.167 0.157 0.127 0.081 0.054 0.032 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 56 T 0.139 0.110 0.143 0.150 0.152 0.118 0.080 0.047 0.033 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 57 Y 0.087 0.047 0.052 0.075 0.127 0.142 0.156 0.123 0.078 0.054 0.034 0.014 0.009 0.003 58 Y 0.085 0.066 0.072 0.103 0.134 0.138 0.132 0.115 0.069 0.043 0.023 0.011 0.006 0.003 59 A 0.075 0.033 0.037 0.057 0.082 0.104 0.130 0.127 0.109 0.099 0.067 0.048 0.023 0.008 60 N 0.091 0.081 0.090 0.128 0.144 0.132 0.107 0.088 0.061 0.035 0.021 0.013 0.005 0.004 61 V 0.086 0.038 0.051 0.057 0.092 0.102 0.137 0.124 0.096 0.079 0.081 0.033 0.018 0.007 62 S 0.093 0.076 0.084 0.119 0.154 0.146 0.121 0.086 0.061 0.031 0.018 0.006 0.003 0.002 63 A 0.115 0.069 0.083 0.111 0.133 0.129 0.115 0.096 0.063 0.041 0.024 0.012 0.006 0.002 64 A 0.253 0.144 0.114 0.131 0.122 0.090 0.065 0.038 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 65 K 0.121 0.106 0.127 0.166 0.170 0.132 0.074 0.049 0.030 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 66 C 0.106 0.058 0.054 0.093 0.155 0.151 0.146 0.111 0.058 0.031 0.022 0.008 0.004 0.002 67 Q 0.325 0.179 0.146 0.106 0.085 0.071 0.038 0.021 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 68 E 0.255 0.111 0.115 0.117 0.126 0.101 0.068 0.049 0.027 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 69 F 0.097 0.059 0.066 0.120 0.160 0.165 0.124 0.091 0.060 0.031 0.014 0.008 0.003 0.001 70 G 0.215 0.107 0.136 0.138 0.133 0.104 0.071 0.044 0.027 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 71 R 0.379 0.175 0.148 0.104 0.082 0.047 0.030 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 72 W 0.092 0.067 0.080 0.128 0.179 0.159 0.116 0.086 0.049 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 73 Y 0.075 0.065 0.080 0.132 0.166 0.159 0.132 0.094 0.053 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 74 K 0.356 0.176 0.157 0.114 0.079 0.054 0.028 0.016 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 75 H 0.209 0.171 0.191 0.159 0.116 0.079 0.036 0.019 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 76 F 0.070 0.054 0.067 0.130 0.176 0.172 0.139 0.098 0.052 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 77 K 0.297 0.188 0.168 0.137 0.089 0.065 0.029 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 78 K 0.455 0.181 0.146 0.089 0.059 0.038 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.194 0.136 0.130 0.171 0.166 0.096 0.057 0.027 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 80 K 0.408 0.168 0.156 0.114 0.069 0.043 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.759 0.116 0.065 0.024 0.015 0.009 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 M 0.355 0.163 0.131 0.108 0.097 0.069 0.041 0.017 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 83 M 0.307 0.135 0.116 0.124 0.122 0.080 0.061 0.024 0.014 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001