# This file is the result of combining several RDB files, specifically # T0642.t2k.dssp-ebghstl.rdb (weight 1.53986) # T0642.t2k.stride-ebghtl.rdb (weight 1.24869) # T0642.t2k.str.rdb (weight 1.53983) # These files were combined by translating their predictions into EHL # predictions with tables generated by compare-real, and then combining # those predictions with weights proportional to their mutual information # with the EHL alphabet. The comments from the individual files follow. # # Comments from T0642.t2k.dssp-ebghstl.rdb # ============================================ # TARGET T0642 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0642.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ # Comments from T0642.t2k.stride-ebghtl.rdb # ============================================ # TARGET T0642 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0642.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ # Comments from T0642.t2k.str.rdb # ============================================ # TARGET T0642 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0642.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # # ============================================ Pos AA E H C 10N 1S 5N 5N 5N 1 M 0.0176 0.0368 0.9456 2 D 0.0743 0.0976 0.8280 3 E 0.0719 0.2658 0.6624 4 A 0.0761 0.3457 0.5783 5 R 0.1099 0.3067 0.5834 6 C 0.1159 0.2315 0.6525 7 A 0.0940 0.1536 0.7525 8 S 0.0590 0.1016 0.8394 9 P 0.0416 0.2059 0.7525 10 E 0.0513 0.2296 0.7191 11 R 0.0680 0.2237 0.7083 12 S 0.0926 0.1682 0.7392 13 T 0.1648 0.1564 0.6788 14 E 0.2833 0.1619 0.5548 15 R 0.4019 0.1271 0.4710 16 R 0.6093 0.0862 0.3044 17 I 0.7999 0.0445 0.1557 18 F 0.8553 0.0370 0.1077 19 I 0.8363 0.0387 0.1250 20 C 0.6183 0.0488 0.3329 21 N 0.3111 0.0765 0.6124 22 E 0.2115 0.1563 0.6322 23 W 0.2382 0.1765 0.5853 24 S 0.2186 0.1940 0.5874 25 Y 0.1589 0.2521 0.5890 26 E 0.1150 0.2967 0.5883 27 S 0.0873 0.3444 0.5683 28 T 0.0775 0.3919 0.5306 29 E 0.0632 0.4861 0.4508 30 R 0.0459 0.5532 0.4009 31 D 0.0394 0.6198 0.3408 32 A 0.0451 0.6915 0.2635 33 Y 0.0536 0.7154 0.2310 34 W 0.0563 0.7399 0.2039 35 E 0.0495 0.7716 0.1789 36 R 0.0462 0.7720 0.1818 37 E 0.0548 0.7422 0.2031 38 L 0.0587 0.6725 0.2688 39 E 0.0663 0.5619 0.3718 40 A 0.0482 0.5221 0.4298 41 S 0.0439 0.4284 0.5276 42 E 0.0333 0.4650 0.5017 43 D 0.0380 0.4394 0.5226 44 T 0.0458 0.5202 0.4341 45 H 0.0596 0.5475 0.3928 46 E 0.0960 0.5381 0.3659 47 L 0.1201 0.5141 0.3657 48 A 0.1405 0.4130 0.4465 49 S 0.1350 0.3575 0.5075 50 T 0.1158 0.3726 0.5116 51 S 0.1090 0.4406 0.4504 52 E 0.1400 0.4395 0.4205 53 Q 0.1902 0.3997 0.4101 54 I 0.2300 0.3113 0.4587 55 N 0.1986 0.2499 0.5515 56 T 0.1664 0.2799 0.5537 57 H 0.1470 0.3229 0.5301 58 E 0.1377 0.3203 0.5420 59 N 0.1574 0.2572 0.5853 60 I 0.1981 0.2230 0.5789 61 N 0.1895 0.1879 0.6225 62 T 0.2130 0.2332 0.5537 63 H 0.2294 0.1990 0.5716 64 C 0.2155 0.1513 0.6333 65 A 0.1623 0.1097 0.7279 66 S 0.0955 0.0800 0.8245 67 P 0.0710 0.0939 0.8351 68 P 0.1229 0.1370 0.7400 69 L 0.1903 0.1891 0.6206 70 E 0.1982 0.1952 0.6066 71 A 0.1275 0.2357 0.6368 72 S 0.0965 0.2085 0.6951 73 E 0.0633 0.2331 0.7036 74 G 0.0593 0.1913 0.7494 75 E 0.1264 0.1818 0.6918 76 T 0.1657 0.1988 0.6355 77 R 0.1535 0.2416 0.6049 78 E 0.1250 0.2604 0.6146 79 S 0.1157 0.2505 0.6338 80 T 0.1024 0.2887 0.6088 81 E 0.0787 0.3129 0.6083 82 D 0.0641 0.2714 0.6645 83 A 0.0301 0.4935 0.4763 84 N 0.0276 0.4440 0.5285 85 D 0.0400 0.4693 0.4907 86 L 0.0478 0.5399 0.4123 87 E 0.0618 0.5134 0.4248 88 T 0.0729 0.4964 0.4308 89 A 0.0639 0.4436 0.4925 90 S 0.0627 0.3819 0.5554 91 S 0.0613 0.3796 0.5592 92 E 0.0522 0.4752 0.4726 93 S 0.0594 0.4669 0.4737 94 S 0.0651 0.4373 0.4976 95 M 0.0661 0.4324 0.5016 96 E 0.0698 0.3666 0.5637 97 N 0.0618 0.2804 0.6578 98 T 0.0490 0.2721 0.6789 99 D 0.0504 0.3204 0.6292 100 E 0.0467 0.5474 0.4059 101 T 0.0600 0.6008 0.3392 102 E 0.0809 0.6550 0.2641 103 R 0.1243 0.6395 0.2361 104 M 0.1541 0.5915 0.2544 105 I 0.1828 0.5263 0.2909 106 N 0.1431 0.4621 0.3948 107 E 0.0892 0.4828 0.4280 108 T 0.0848 0.4225 0.4927 109 H 0.0861 0.3713 0.5426 110 E 0.0776 0.3680 0.5545 111 E 0.0718 0.3588 0.5694 112 S 0.0931 0.3034 0.6036 113 T 0.1233 0.3657 0.5110 114 S 0.1929 0.3259 0.4812 115 C 0.2911 0.2911 0.4177 116 I 0.3529 0.2582 0.3889 117 E 0.3201 0.2446 0.4353 118 N 0.3286 0.1830 0.4884 119 T 0.5903 0.0833 0.3265 120 I 0.8257 0.0412 0.1331 121 F 0.9070 0.0257 0.0673 122 I 0.8945 0.0285 0.0770 123 C 0.8279 0.0297 0.1424 124 C 0.5398 0.0486 0.4116 125 E 0.2337 0.0695 0.6968 126 N 0.1268 0.0837 0.7895 127 T 0.1648 0.1007 0.7346 128 E 0.1978 0.1278 0.6744 129 R 0.2548 0.1508 0.5944 130 S 0.2818 0.1530 0.5653 131 T 0.3307 0.1562 0.5131 132 H 0.4040 0.1611 0.4349 133 I 0.4188 0.1816 0.3996 134 S 0.4080 0.1876 0.4043 135 T 0.2749 0.2346 0.4904 136 A 0.1748 0.2298 0.5954 137 R 0.1056 0.1992 0.6952 138 G 0.1017 0.1712 0.7270 139 E 0.2130 0.1723 0.6147 140 T 0.3491 0.1820 0.4689 141 I 0.2419 0.4514 0.3067 142 S 0.2148 0.4867 0.2985 143 D 0.2032 0.5598 0.2370 144 I 0.2929 0.4968 0.2103 145 F 0.3903 0.4076 0.2021 146 F 0.3909 0.3590 0.2501 147 E 0.2918 0.3531 0.3551 148 R 0.1842 0.3574 0.4584 149 E 0.1243 0.3048 0.5709 150 N 0.0888 0.2350 0.6763 151 T 0.0918 0.2103 0.6980 152 A 0.0648 0.2701 0.6651 153 N 0.0568 0.2461 0.6971 154 D 0.0576 0.2506 0.6919 155 H 0.0980 0.3093 0.5927 156 A 0.1541 0.3331 0.5128 157 S 0.2050 0.3103 0.4848 158 V 0.2147 0.3810 0.4043 159 E 0.2333 0.3411 0.4256 160 R 0.2493 0.2265 0.5243 161 Y 0.2020 0.1273 0.6707 162 S 0.1052 0.0465 0.8484 163 P 0.0688 0.2626 0.6686 164 E 0.1550 0.2845 0.5605 165 C 0.5101 0.1928 0.2971 166 I 0.7224 0.1248 0.1528 167 F 0.7814 0.1131 0.1054 168 I 0.7332 0.1159 0.1508 169 C 0.4572 0.1209 0.4219 170 S 0.1860 0.1284 0.6855 171 H 0.0971 0.1081 0.7948 172 A 0.0892 0.1041 0.8067 173 P 0.0751 0.3225 0.6025 174 E 0.1481 0.4966 0.3553 175 W 0.2709 0.5377 0.1914 176 I 0.4666 0.4033 0.1301 177 L 0.6089 0.2838 0.1073 178 L 0.5999 0.2562 0.1439 179 C 0.4661 0.2768 0.2570 180 H 0.3083 0.2989 0.3928 181 E 0.3036 0.2379 0.4585 182 C 0.4150 0.1458 0.4392 183 K 0.5544 0.0921 0.3535 184 I 0.6305 0.0963 0.2732 185 T 0.5450 0.1149 0.3402 186 A 0.4188 0.1838 0.3974 187 T 0.3114 0.2138 0.4748 188 T 0.2143 0.3456 0.4401 189 H 0.1387 0.4810 0.3804 190 E 0.1425 0.5358 0.3217 191 M 0.1138 0.5919 0.2944 192 E 0.1259 0.5909 0.2832 193 E 0.1239 0.5820 0.2941 194 T 0.1072 0.5492 0.3435 195 I 0.0936 0.4927 0.4137 196 N 0.0507 0.3178 0.6315 197 G 0.0547 0.1593 0.7861 198 I 0.1132 0.0787 0.8081 199 N 0.0829 0.0466 0.8706 200 P 0.0529 0.5801 0.3670 201 A 0.0927 0.6560 0.2512 202 C 0.2159 0.6324 0.1517 203 I 0.3790 0.5074 0.1137 204 F 0.4397 0.4487 0.1116 205 I 0.4138 0.4503 0.1358 206 C 0.2523 0.3934 0.3543 207 G 0.1542 0.2797 0.5662 208 R 0.1883 0.3033 0.5084 209 V 0.2252 0.3693 0.4055 210 E 0.2093 0.4052 0.3855 211 H 0.1475 0.4900 0.3625 212 A 0.0717 0.6585 0.2697 213 H 0.0708 0.6541 0.2751 214 A 0.0760 0.6701 0.2539 215 L 0.0783 0.6681 0.2535 216 A 0.0587 0.7091 0.2322 217 S 0.0589 0.7151 0.2260 218 T 0.0686 0.7825 0.1488 219 W 0.0954 0.7923 0.1124 220 C 0.1328 0.7668 0.1004 221 F 0.1032 0.8033 0.0935 222 I 0.0579 0.8528 0.0893 223 N 0.0478 0.8445 0.1077 224 A 0.0552 0.8160 0.1288 225 L 0.0917 0.7624 0.1459 226 I 0.1174 0.7108 0.1718 227 S 0.1086 0.6589 0.2325 228 T 0.0978 0.6467 0.2555 229 S 0.1554 0.5804 0.2642 230 I 0.1809 0.6449 0.1742 231 T 0.2130 0.6307 0.1562 232 A 0.2543 0.5964 0.1493 233 L 0.2546 0.5466 0.1988 234 Y 0.2396 0.4862 0.2742 235 A 0.1117 0.5700 0.3183 236 N 0.0732 0.4798 0.4470 237 D 0.0805 0.4353 0.4843 238 F 0.1113 0.4515 0.4372 239 R 0.1260 0.4583 0.4157 240 A 0.0923 0.4735 0.4342 241 N 0.0923 0.3723 0.5354 242 C 0.1189 0.3326 0.5485 243 E 0.1686 0.3467 0.4847 244 W 0.1868 0.3942 0.4190 245 E 0.1839 0.3711 0.4450 246 R 0.1709 0.4701 0.3590 247 E 0.1951 0.4700 0.3349 248 E 0.3163 0.4092 0.2746 249 L 0.5446 0.2635 0.1918 250 I 0.6258 0.2268 0.1473 251 M 0.6302 0.2238 0.1460 252 I 0.5549 0.2103 0.2347 253 N 0.3357 0.1874 0.4770 254 A 0.1594 0.2187 0.6218 255 T 0.1249 0.2436 0.6314 256 E 0.0968 0.2472 0.6561 257 D 0.0910 0.1932 0.7158 258 I 0.1085 0.1122 0.7793 259 N 0.0521 0.0603 0.8876 260 P 0.0244 0.5602 0.4154 261 R 0.0344 0.6632 0.3025 262 E 0.0726 0.7228 0.2046 263 L 0.1957 0.6348 0.1695 264 I 0.3308 0.5414 0.1278 265 M 0.4197 0.4683 0.1120 266 I 0.3410 0.4846 0.1744 267 N 0.2775 0.4301 0.2925 268 A 0.1304 0.6446 0.2250 269 R 0.1542 0.6193 0.2266 270 Y 0.1709 0.6290 0.2001 271 M 0.1817 0.5954 0.2229 272 A 0.1693 0.5711 0.2596 273 T 0.1433 0.5322 0.3245 274 C 0.1192 0.4319 0.4488 275 H 0.0906 0.3332 0.5762 276 E 0.0498 0.3010 0.6491 277 S 0.0365 0.2758 0.6877 278 S 0.0400 0.1972 0.7627 279 P 0.0494 0.3807 0.5700 280 A 0.0947 0.5081 0.3972 281 I 0.1648 0.5167 0.3185 282 N 0.2436 0.4623 0.2941 283 W 0.3304 0.4062 0.2634 284 I 0.3786 0.3488 0.2726 285 N 0.3251 0.3315 0.3433 286 A 0.1720 0.3660 0.4620 287 G 0.1515 0.2385 0.6101 288 A 0.2468 0.2031 0.5502 289 I 0.3213 0.1703 0.5084 290 N 0.2058 0.1688 0.6254 291 S 0.1201 0.1648 0.7150 292 T 0.0882 0.2008 0.7110 293 N 0.0731 0.2520 0.6749 294 E 0.0889 0.4015 0.5096 295 T 0.1023 0.4927 0.4050 296 H 0.0897 0.6068 0.3035 297 E 0.0981 0.6436 0.2583 298 R 0.0910 0.6320 0.2770 299 L 0.0877 0.6044 0.3079 300 A 0.0584 0.5901 0.3515 301 N 0.0364 0.5293 0.4343 302 D 0.0362 0.4821 0.4817 303 S 0.0679 0.5253 0.4068 304 I 0.1013 0.6370 0.2617 305 N 0.1191 0.6600 0.2209 306 F 0.1064 0.7575 0.1360 307 I 0.0952 0.8033 0.1015 308 N 0.1051 0.7896 0.1053 309 A 0.1102 0.7747 0.1151 310 L 0.1399 0.7130 0.1470 311 I 0.1529 0.6260 0.2211 312 N 0.1398 0.4391 0.4212 313 T 0.1123 0.3491 0.5386 314 E 0.1207 0.3635 0.5158 315 R 0.1297 0.3703 0.5000 316 E 0.1218 0.3595 0.5187 317 S 0.1620 0.2963 0.5417 318 T 0.2184 0.2450 0.5365 319 I 0.2198 0.1903 0.5899 320 N 0.1249 0.1509 0.7242 321 G 0.0889 0.1320 0.7792 322 E 0.1025 0.1947 0.7029 323 N 0.1278 0.2095 0.6627 324 D 0.1377 0.1786 0.6837 325 I 0.1383 0.1931 0.6687 326 N 0.1027 0.1809 0.7164 327 G 0.0945 0.2322 0.6733 328 H 0.1700 0.3047 0.5253 329 A 0.3043 0.3337 0.3620 330 V 0.3091 0.3788 0.3121 331 E 0.2309 0.4519 0.3172 332 A 0.1166 0.6028 0.2806 333 N 0.1161 0.5933 0.2906 334 I 0.1110 0.7050 0.1840 335 C 0.1253 0.7174 0.1573 336 E 0.0902 0.8004 0.1094 337 F 0.0648 0.8555 0.0797 338 A 0.0594 0.8609 0.0797 339 L 0.0659 0.8441 0.0900 340 L 0.0739 0.8158 0.1104 341 M 0.0729 0.7840 0.1431 342 E 0.0673 0.7477 0.1850 343 R 0.0542 0.7274 0.2184 344 R 0.0634 0.6726 0.2639 345 Y 0.0891 0.6136 0.2974 346 C 0.1106 0.5464 0.3430 347 H 0.1400 0.4924 0.3676 348 R 0.1702 0.4899 0.3399 349 I 0.1954 0.4889 0.3158 350 S 0.2239 0.4497 0.3265 351 T 0.2095 0.4380 0.3525 352 M 0.2107 0.4104 0.3789 353 A 0.1907 0.3555 0.4538 354 S 0.1629 0.2764 0.5607 355 A 0.0751 0.3060 0.6189 356 N 0.0510 0.2393 0.7098 357 D 0.0472 0.1915 0.7613 358 H 0.0527 0.1609 0.7864 359 A 0.0519 0.1065 0.8416 360 P 0.0394 0.1215 0.8391 361 P 0.0428 0.2375 0.7198 362 Y 0.0427 0.3644 0.5929 363 N 0.0443 0.4797 0.4760 364 E 0.0479 0.6205 0.3315 365 W 0.0569 0.6601 0.2830 366 Y 0.0698 0.6609 0.2693 367 E 0.0713 0.6411 0.2876 368 A 0.0616 0.6477 0.2906 369 R 0.0630 0.6257 0.3114 370 T 0.0605 0.5997 0.3398 371 A 0.0475 0.6688 0.2837 372 K 0.0560 0.6678 0.2761 373 E 0.0827 0.6545 0.2628 374 I 0.1065 0.5905 0.3030 375 T 0.1201 0.5534 0.3265 376 E 0.0995 0.6168 0.2837 377 A 0.0815 0.5868 0.3317 378 S 0.0864 0.5007 0.4129 379 Y 0.1026 0.4234 0.4741 380 A 0.0798 0.3825 0.5377 381 N 0.0536 0.3242 0.6222 382 D 0.0649 0.3391 0.5960 383 S 0.1473 0.3225 0.5301 384 M 0.2770 0.2762 0.4469 385 I 0.3225 0.2036 0.4739 386 L 0.1796 0.1276 0.6929 387 E 0.0115 0.0059 0.9826