# TARGET T0640 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0640.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22.1141 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.992 2 S 0.025 0.023 0.007 0.018 0.006 0.016 0.906 3 L 0.036 0.011 0.135 0.051 0.110 0.093 0.566 4 E 0.025 0.002 0.215 0.023 0.131 0.326 0.279 5 K 0.050 0.010 0.190 0.034 0.127 0.250 0.339 6 Q 0.053 0.009 0.015 0.003 0.064 0.012 0.845 7 K 0.127 0.009 0.022 0.002 0.072 0.051 0.717 8 G 0.414 0.006 0.013 0.001 0.216 0.072 0.278 9 L 0.897 0.002 0.002 0.001 0.011 0.003 0.084 10 A 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 11 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 I 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 13 T 0.628 0.004 0.001 0.002 0.039 0.007 0.318 14 G 0.122 0.005 0.031 0.013 0.225 0.162 0.442 15 A 0.046 0.010 0.128 0.049 0.177 0.332 0.256 16 S 0.018 0.016 0.216 0.111 0.149 0.307 0.183 17 Q 0.008 0.015 0.079 0.197 0.274 0.342 0.084 18 G 0.003 0.005 0.036 0.705 0.062 0.107 0.082 19 I 0.001 0.001 0.013 0.962 0.003 0.010 0.011 20 G 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.002 21 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 26 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 27 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.002 28 A 0.001 0.001 0.010 0.971 0.001 0.017 0.001 29 T 0.001 0.001 0.024 0.841 0.006 0.127 0.002 30 D 0.001 0.001 0.021 0.213 0.015 0.747 0.003 31 G 0.002 0.001 0.004 0.011 0.029 0.923 0.031 32 Y 0.042 0.002 0.001 0.001 0.059 0.007 0.888 33 R 0.786 0.004 0.002 0.001 0.057 0.005 0.147 34 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 35 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 36 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 I 0.916 0.002 0.002 0.002 0.008 0.002 0.068 38 A 0.489 0.005 0.005 0.002 0.080 0.015 0.404 39 R 0.071 0.016 0.006 0.002 0.463 0.041 0.401 40 S 0.028 0.012 0.006 0.008 0.415 0.020 0.512 41 K 0.004 0.002 0.104 0.712 0.036 0.093 0.051 42 Q 0.001 0.001 0.091 0.800 0.012 0.082 0.012 43 N 0.002 0.003 0.076 0.826 0.011 0.050 0.032 44 L 0.001 0.001 0.011 0.974 0.001 0.007 0.007 45 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 46 K 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.005 0.001 47 V 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.003 48 H 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 49 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 51 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 52 M 0.001 0.001 0.006 0.964 0.001 0.026 0.002 53 R 0.001 0.001 0.009 0.897 0.005 0.084 0.004 54 S 0.001 0.001 0.012 0.292 0.016 0.665 0.014 55 N 0.002 0.001 0.012 0.028 0.063 0.773 0.122 56 K 0.011 0.003 0.008 0.009 0.071 0.028 0.869 57 H 0.136 0.049 0.048 0.014 0.069 0.046 0.638 58 V 0.249 0.042 0.072 0.014 0.132 0.076 0.416 59 Q 0.146 0.008 0.047 0.008 0.183 0.120 0.488 60 E 0.236 0.007 0.006 0.002 0.100 0.008 0.640 61 P 0.419 0.008 0.003 0.003 0.023 0.007 0.537 62 I 0.892 0.007 0.002 0.001 0.016 0.003 0.078 63 V 0.929 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 64 L 0.906 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.073 65 P 0.797 0.005 0.003 0.004 0.020 0.005 0.166 66 L 0.425 0.019 0.006 0.003 0.085 0.017 0.444 67 D 0.271 0.019 0.009 0.003 0.085 0.028 0.585 68 I 0.102 0.014 0.037 0.015 0.168 0.218 0.444 69 T 0.070 0.038 0.023 0.028 0.279 0.242 0.320 70 D 0.030 0.015 0.011 0.038 0.489 0.053 0.364 71 C 0.003 0.002 0.038 0.800 0.025 0.067 0.066 72 T 0.001 0.001 0.029 0.917 0.009 0.033 0.010 73 K 0.002 0.003 0.037 0.910 0.006 0.020 0.022 74 A 0.001 0.001 0.009 0.966 0.003 0.012 0.010 75 D 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.010 0.003 76 T 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.011 0.002 77 E 0.001 0.001 0.003 0.979 0.002 0.008 0.007 78 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 81 I 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.006 0.002 82 H 0.001 0.001 0.005 0.982 0.002 0.008 0.002 83 Q 0.001 0.001 0.014 0.939 0.001 0.043 0.002 84 K 0.001 0.001 0.012 0.887 0.006 0.087 0.008 85 Y 0.004 0.005 0.018 0.494 0.049 0.359 0.071 86 G 0.008 0.003 0.007 0.048 0.284 0.390 0.259 87 A 0.066 0.005 0.017 0.042 0.225 0.131 0.514 88 V 0.377 0.008 0.012 0.021 0.078 0.023 0.483 89 D 0.610 0.004 0.008 0.018 0.205 0.015 0.140 90 I 0.972 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.014 91 L 0.983 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 92 V 0.983 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.009 93 N 0.877 0.002 0.002 0.004 0.008 0.006 0.102 94 A 0.521 0.009 0.006 0.005 0.056 0.026 0.377 95 A 0.231 0.011 0.037 0.030 0.108 0.150 0.433 96 A 0.155 0.011 0.120 0.045 0.192 0.207 0.270 97 M 0.315 0.034 0.122 0.091 0.110 0.108 0.219 98 F 0.309 0.022 0.068 0.123 0.074 0.088 0.315 99 M 0.269 0.042 0.063 0.083 0.146 0.130 0.266 100 D 0.079 0.015 0.060 0.054 0.209 0.374 0.209 101 G 0.038 0.004 0.059 0.024 0.251 0.401 0.222 102 S 0.085 0.030 0.127 0.028 0.136 0.213 0.380 103 L 0.131 0.048 0.091 0.022 0.193 0.213 0.302 104 S 0.083 0.031 0.051 0.011 0.302 0.176 0.346 105 E 0.028 0.025 0.001 0.001 0.524 0.004 0.418 106 P 0.009 0.008 0.002 0.001 0.019 0.004 0.957 107 V 0.004 0.007 0.543 0.279 0.016 0.088 0.064 108 D 0.001 0.002 0.562 0.336 0.013 0.071 0.015 109 N 0.001 0.003 0.428 0.487 0.009 0.041 0.031 110 F 0.001 0.001 0.047 0.898 0.006 0.024 0.023 111 R 0.001 0.001 0.032 0.937 0.004 0.020 0.006 112 K 0.003 0.001 0.031 0.935 0.003 0.023 0.005 113 I 0.010 0.002 0.029 0.924 0.004 0.024 0.009 114 M 0.020 0.003 0.017 0.919 0.011 0.021 0.008 115 E 0.013 0.001 0.008 0.933 0.007 0.031 0.006 116 I 0.011 0.001 0.006 0.927 0.010 0.031 0.014 117 N 0.022 0.003 0.006 0.897 0.011 0.031 0.030 118 V 0.019 0.002 0.008 0.896 0.007 0.047 0.020 119 I 0.012 0.001 0.008 0.922 0.012 0.034 0.012 120 A 0.011 0.001 0.007 0.933 0.010 0.023 0.015 121 Q 0.008 0.001 0.005 0.952 0.004 0.022 0.008 122 Y 0.007 0.001 0.005 0.968 0.004 0.010 0.004 123 G 0.004 0.001 0.004 0.976 0.003 0.010 0.003 124 I 0.002 0.001 0.004 0.974 0.002 0.015 0.003 125 L 0.003 0.001 0.006 0.963 0.003 0.020 0.004 126 K 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.006 0.001 127 T 0.001 0.001 0.009 0.976 0.001 0.012 0.001 128 V 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.014 0.002 129 T 0.001 0.001 0.009 0.978 0.001 0.006 0.005 130 E 0.001 0.001 0.010 0.977 0.001 0.008 0.002 131 I 0.002 0.001 0.011 0.965 0.001 0.018 0.002 132 M 0.009 0.001 0.019 0.926 0.006 0.034 0.006 133 K 0.020 0.002 0.014 0.890 0.008 0.056 0.010 134 V 0.030 0.003 0.018 0.796 0.010 0.122 0.021 135 Q 0.026 0.003 0.021 0.380 0.034 0.404 0.133 136 K 0.029 0.003 0.023 0.083 0.117 0.532 0.213 137 N 0.047 0.004 0.012 0.011 0.263 0.402 0.260 138 G 0.206 0.003 0.004 0.002 0.291 0.133 0.360 139 Y 0.682 0.004 0.001 0.002 0.123 0.010 0.178 140 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 141 F 0.990 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 142 N 0.982 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.009 143 V 0.887 0.001 0.006 0.011 0.016 0.006 0.074 144 A 0.492 0.008 0.012 0.012 0.075 0.024 0.376 145 S 0.132 0.013 0.043 0.051 0.131 0.040 0.590 146 R 0.065 0.010 0.125 0.231 0.223 0.215 0.130 147 A 0.057 0.007 0.164 0.376 0.043 0.262 0.091 148 A 0.086 0.015 0.201 0.391 0.047 0.125 0.135 149 K 0.139 0.023 0.089 0.401 0.113 0.130 0.105 150 Y 0.146 0.026 0.077 0.276 0.114 0.211 0.151 151 G 0.084 0.023 0.044 0.190 0.139 0.248 0.271 152 F 0.041 0.017 0.031 0.097 0.148 0.116 0.551 153 A 0.017 0.007 0.070 0.120 0.101 0.531 0.154 154 D 0.014 0.007 0.055 0.163 0.108 0.545 0.109 155 G 0.034 0.008 0.046 0.338 0.208 0.126 0.239 156 G 0.072 0.016 0.019 0.517 0.090 0.053 0.233 157 I 0.109 0.017 0.021 0.705 0.040 0.043 0.065 158 Y 0.073 0.010 0.026 0.763 0.028 0.047 0.053 159 G 0.018 0.003 0.017 0.880 0.017 0.041 0.023 160 S 0.010 0.002 0.027 0.887 0.009 0.033 0.032 161 T 0.008 0.002 0.023 0.885 0.008 0.034 0.040 162 K 0.001 0.001 0.008 0.979 0.002 0.008 0.003 163 F 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 164 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.004 0.001 165 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 166 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 167 G 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 168 L 0.001 0.001 0.001 0.967 0.001 0.028 0.002 169 A 0.001 0.001 0.003 0.968 0.003 0.017 0.008 170 E 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.003 0.001 171 S 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.009 0.001 172 L 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.013 0.001 173 Y 0.001 0.001 0.011 0.966 0.001 0.020 0.001 174 R 0.001 0.001 0.043 0.891 0.004 0.055 0.004 175 E 0.003 0.001 0.052 0.799 0.008 0.118 0.018 176 L 0.012 0.011 0.064 0.665 0.044 0.153 0.050 177 A 0.011 0.007 0.085 0.259 0.131 0.161 0.346 178 P 0.017 0.002 0.193 0.158 0.092 0.186 0.352 179 L 0.006 0.002 0.075 0.031 0.159 0.682 0.045 180 G 0.049 0.001 0.014 0.002 0.107 0.772 0.056 181 I 0.491 0.006 0.001 0.002 0.010 0.001 0.490 182 R 0.964 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 183 V 0.975 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.018 184 T 0.927 0.002 0.002 0.002 0.012 0.001 0.054 185 T 0.822 0.002 0.007 0.001 0.033 0.003 0.131 186 L 0.420 0.020 0.008 0.003 0.095 0.008 0.445 187 C 0.216 0.010 0.003 0.002 0.139 0.007 0.622 188 P 0.074 0.008 0.056 0.028 0.213 0.251 0.369 189 G 0.093 0.013 0.097 0.052 0.232 0.351 0.161 190 W 0.189 0.028 0.163 0.131 0.155 0.160 0.174 191 V 0.238 0.054 0.064 0.148 0.097 0.106 0.292 192 N 0.143 0.037 0.041 0.124 0.106 0.096 0.453 193 T 0.052 0.015 0.057 0.309 0.166 0.074 0.327 194 D 0.020 0.005 0.113 0.568 0.060 0.146 0.088 195 M 0.017 0.005 0.226 0.524 0.027 0.130 0.070 196 A 0.039 0.021 0.248 0.447 0.029 0.113 0.103 197 K 0.032 0.008 0.208 0.378 0.051 0.183 0.141 198 K 0.032 0.010 0.132 0.298 0.061 0.297 0.170 199 A 0.031 0.015 0.045 0.107 0.172 0.249 0.380 200 G 0.027 0.008 0.035 0.042 0.167 0.157 0.565 201 T 0.038 0.009 0.047 0.035 0.190 0.060 0.622 202 P 0.052 0.016 0.098 0.044 0.090 0.102 0.598 203 F 0.063 0.025 0.104 0.050 0.123 0.089 0.545 204 K 0.061 0.034 0.068 0.079 0.114 0.198 0.447 205 D 0.034 0.013 0.038 0.054 0.185 0.242 0.434 206 E 0.029 0.008 0.030 0.020 0.219 0.136 0.559 207 E 0.092 0.022 0.058 0.018 0.175 0.185 0.449 208 M 0.141 0.072 0.028 0.013 0.155 0.115 0.476 209 I 0.104 0.076 0.005 0.009 0.221 0.031 0.554 210 Q 0.032 0.032 0.001 0.005 0.117 0.003 0.809 211 P 0.001 0.001 0.075 0.861 0.003 0.035 0.024 212 D 0.001 0.001 0.067 0.903 0.003 0.024 0.003 213 D 0.001 0.001 0.085 0.892 0.002 0.012 0.008 214 L 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.003 0.001 215 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 216 N 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.007 0.001 217 T 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.009 0.001 218 I 0.003 0.002 0.004 0.978 0.001 0.010 0.002 219 R 0.002 0.001 0.009 0.973 0.001 0.014 0.001 220 C 0.002 0.001 0.014 0.929 0.002 0.051 0.001 221 L 0.008 0.003 0.031 0.812 0.007 0.124 0.016 222 L 0.023 0.023 0.046 0.606 0.073 0.096 0.132 223 N 0.053 0.017 0.033 0.190 0.183 0.057 0.465 224 L 0.010 0.008 0.134 0.368 0.203 0.170 0.108 225 S 0.005 0.001 0.266 0.175 0.052 0.437 0.064 226 E 0.011 0.007 0.368 0.072 0.058 0.427 0.058 227 N 0.042 0.015 0.238 0.064 0.110 0.412 0.119 228 V 0.135 0.012 0.141 0.055 0.176 0.280 0.203 229 C 0.338 0.044 0.061 0.074 0.075 0.112 0.296 230 I 0.530 0.057 0.015 0.069 0.051 0.038 0.240 231 K 0.426 0.012 0.012 0.064 0.129 0.148 0.210 232 D 0.377 0.003 0.027 0.044 0.142 0.306 0.101 233 I 0.639 0.011 0.024 0.050 0.068 0.058 0.150 234 V 0.752 0.018 0.013 0.037 0.045 0.018 0.116 235 F 0.566 0.009 0.012 0.027 0.038 0.011 0.337 236 E 0.649 0.020 0.009 0.028 0.022 0.015 0.258 237 M 0.561 0.019 0.023 0.041 0.049 0.028 0.279 238 K 0.401 0.009 0.047 0.037 0.087 0.108 0.310 239 K 0.352 0.011 0.082 0.040 0.167 0.187 0.161 240 S 0.419 0.027 0.042 0.051 0.119 0.114 0.228 241 I 0.441 0.026 0.021 0.030 0.073 0.059 0.350 242 I 0.466 0.043 0.018 0.037 0.046 0.088 0.302 243 E 0.341 0.019 0.023 0.038 0.133 0.209 0.238 244 G 0.180 0.009 0.033 0.034 0.234 0.275 0.235 245 H 0.228 0.009 0.047 0.048 0.149 0.234 0.285 246 H 0.463 0.024 0.032 0.064 0.084 0.065 0.268 247 H 0.515 0.033 0.025 0.048 0.060 0.049 0.271 248 H 0.338 0.026 0.031 0.043 0.126 0.106 0.329 249 H 0.147 0.017 0.007 0.019 0.058 0.045 0.707 250 H 0.015 0.002 0.002 0.003 0.014 0.007 0.957