# TARGET T0640 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0640.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22.1141 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.733 0.198 0.052 0.014 0.003 0.001 0.001 2 S 0.641 0.234 0.081 0.033 0.009 0.001 0.001 3 L 0.305 0.251 0.220 0.163 0.051 0.009 0.001 4 E 0.754 0.183 0.040 0.016 0.005 0.001 0.001 5 K 0.695 0.190 0.075 0.032 0.007 0.001 0.001 6 Q 0.302 0.323 0.250 0.103 0.020 0.001 0.001 7 K 0.317 0.410 0.185 0.072 0.014 0.002 0.001 8 G 0.041 0.173 0.289 0.312 0.160 0.024 0.001 9 L 0.002 0.008 0.048 0.204 0.446 0.271 0.022 10 A 0.001 0.001 0.003 0.019 0.110 0.530 0.336 11 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.242 0.719 12 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.153 0.821 13 T 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.212 0.746 14 G 0.001 0.002 0.006 0.022 0.076 0.295 0.598 15 A 0.001 0.004 0.012 0.041 0.122 0.346 0.475 16 S 0.006 0.022 0.044 0.097 0.191 0.349 0.290 17 Q 0.017 0.056 0.107 0.168 0.207 0.260 0.185 18 G 0.019 0.037 0.066 0.122 0.211 0.328 0.216 19 I 0.014 0.023 0.038 0.069 0.142 0.358 0.356 20 G 0.008 0.014 0.020 0.052 0.127 0.371 0.409 21 A 0.009 0.049 0.124 0.255 0.265 0.215 0.083 22 V 0.010 0.037 0.094 0.188 0.294 0.273 0.104 23 I 0.002 0.007 0.013 0.029 0.097 0.427 0.425 24 A 0.001 0.002 0.005 0.025 0.129 0.526 0.311 25 A 0.003 0.045 0.178 0.361 0.277 0.114 0.021 26 G 0.002 0.024 0.110 0.323 0.347 0.178 0.015 27 L 0.001 0.001 0.002 0.016 0.135 0.631 0.214 28 A 0.002 0.026 0.117 0.335 0.380 0.135 0.005 29 T 0.080 0.411 0.322 0.141 0.040 0.005 0.001 30 D 0.035 0.167 0.341 0.336 0.107 0.012 0.001 31 G 0.034 0.236 0.323 0.227 0.120 0.054 0.006 32 Y 0.001 0.005 0.020 0.110 0.391 0.442 0.031 33 R 0.004 0.035 0.185 0.391 0.308 0.071 0.007 34 V 0.001 0.001 0.007 0.039 0.173 0.624 0.154 35 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.069 0.554 0.366 36 L 0.001 0.001 0.003 0.017 0.120 0.510 0.349 37 I 0.001 0.009 0.034 0.134 0.330 0.378 0.113 38 A 0.003 0.038 0.112 0.268 0.342 0.217 0.020 39 R 0.022 0.160 0.309 0.324 0.151 0.032 0.002 40 S 0.225 0.420 0.236 0.091 0.024 0.003 0.001 41 K 0.598 0.261 0.101 0.032 0.007 0.001 0.001 42 Q 0.672 0.250 0.060 0.015 0.003 0.001 0.001 43 N 0.279 0.345 0.224 0.120 0.029 0.003 0.001 44 L 0.030 0.080 0.211 0.428 0.221 0.030 0.001 45 E 0.314 0.482 0.166 0.033 0.004 0.001 0.001 46 K 0.232 0.446 0.237 0.073 0.011 0.001 0.001 47 V 0.008 0.021 0.072 0.272 0.448 0.175 0.004 48 H 0.017 0.102 0.306 0.381 0.171 0.022 0.001 49 D 0.350 0.480 0.135 0.029 0.005 0.001 0.001 50 E 0.082 0.255 0.359 0.237 0.059 0.008 0.001 51 I 0.030 0.062 0.157 0.345 0.318 0.086 0.001 52 M 0.230 0.365 0.256 0.117 0.029 0.003 0.001 53 R 0.660 0.230 0.075 0.027 0.007 0.001 0.001 54 S 0.620 0.228 0.095 0.043 0.012 0.002 0.001 55 N 0.814 0.128 0.035 0.017 0.005 0.001 0.001 56 K 0.850 0.107 0.027 0.012 0.004 0.001 0.001 57 H 0.692 0.207 0.069 0.024 0.006 0.001 0.001 58 V 0.514 0.264 0.123 0.071 0.023 0.005 0.001 59 Q 0.295 0.270 0.218 0.147 0.056 0.012 0.001 60 E 0.256 0.281 0.226 0.154 0.064 0.017 0.002 61 P 0.137 0.142 0.169 0.243 0.204 0.091 0.014 62 I 0.059 0.126 0.200 0.262 0.213 0.117 0.022 63 V 0.044 0.073 0.116 0.187 0.233 0.257 0.089 64 L 0.032 0.050 0.092 0.176 0.265 0.295 0.091 65 P 0.087 0.188 0.220 0.206 0.158 0.109 0.032 66 L 0.038 0.074 0.129 0.214 0.268 0.227 0.050 67 D 0.070 0.159 0.225 0.233 0.186 0.109 0.018 68 I 0.055 0.059 0.093 0.193 0.302 0.260 0.040 69 T 0.130 0.195 0.216 0.235 0.158 0.057 0.008 70 D 0.263 0.354 0.223 0.110 0.039 0.011 0.002 71 C 0.205 0.296 0.263 0.167 0.053 0.014 0.001 72 T 0.657 0.232 0.067 0.029 0.012 0.003 0.001 73 K 0.398 0.325 0.173 0.075 0.024 0.005 0.001 74 A 0.068 0.092 0.183 0.340 0.252 0.062 0.002 75 D 0.321 0.407 0.201 0.059 0.011 0.002 0.001 76 T 0.455 0.425 0.099 0.018 0.003 0.001 0.001 77 E 0.047 0.126 0.254 0.358 0.186 0.029 0.001 78 I 0.021 0.044 0.132 0.383 0.346 0.072 0.002 79 K 0.275 0.497 0.187 0.037 0.004 0.001 0.001 80 D 0.246 0.486 0.211 0.051 0.006 0.001 0.001 81 I 0.016 0.039 0.110 0.350 0.385 0.099 0.002 82 H 0.050 0.194 0.342 0.295 0.105 0.013 0.001 83 Q 0.535 0.354 0.085 0.021 0.005 0.001 0.001 84 K 0.252 0.391 0.234 0.099 0.022 0.003 0.001 85 Y 0.030 0.116 0.257 0.376 0.187 0.032 0.001 86 G 0.059 0.254 0.294 0.240 0.125 0.027 0.002 87 A 0.022 0.154 0.337 0.319 0.136 0.028 0.004 88 V 0.001 0.001 0.006 0.044 0.248 0.590 0.111 89 D 0.001 0.004 0.019 0.104 0.378 0.406 0.088 90 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.047 0.325 0.615 91 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.156 0.828 92 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.122 0.857 93 N 0.001 0.001 0.002 0.010 0.039 0.160 0.788 94 A 0.001 0.002 0.004 0.012 0.036 0.245 0.700 95 A 0.002 0.005 0.011 0.036 0.105 0.351 0.490 96 A 0.005 0.021 0.045 0.098 0.203 0.404 0.223 97 M 0.020 0.032 0.053 0.133 0.263 0.366 0.132 98 F 0.024 0.057 0.110 0.198 0.271 0.282 0.058 99 M 0.055 0.129 0.203 0.267 0.223 0.110 0.013 100 D 0.169 0.217 0.226 0.194 0.128 0.056 0.010 101 G 0.376 0.255 0.176 0.117 0.058 0.017 0.002 102 S 0.391 0.257 0.166 0.113 0.054 0.018 0.002 103 L 0.182 0.181 0.205 0.236 0.152 0.041 0.003 104 S 0.408 0.283 0.179 0.089 0.034 0.007 0.001 105 E 0.642 0.261 0.071 0.021 0.004 0.001 0.001 106 P 0.606 0.237 0.092 0.047 0.015 0.003 0.001 107 V 0.653 0.207 0.082 0.038 0.015 0.004 0.001 108 D 0.736 0.188 0.053 0.018 0.005 0.001 0.001 109 N 0.572 0.267 0.105 0.044 0.010 0.002 0.001 110 F 0.165 0.153 0.245 0.278 0.136 0.022 0.001 111 R 0.379 0.336 0.199 0.069 0.015 0.002 0.001 112 K 0.387 0.363 0.165 0.066 0.016 0.002 0.001 113 I 0.112 0.152 0.219 0.250 0.201 0.061 0.005 114 M 0.066 0.090 0.147 0.264 0.268 0.148 0.016 115 E 0.109 0.349 0.310 0.169 0.048 0.013 0.002 116 I 0.041 0.067 0.111 0.220 0.295 0.224 0.042 117 N 0.036 0.127 0.175 0.234 0.232 0.157 0.038 118 V 0.024 0.045 0.074 0.168 0.280 0.314 0.095 119 I 0.045 0.186 0.268 0.283 0.140 0.058 0.020 120 A 0.018 0.042 0.084 0.167 0.253 0.322 0.114 121 Q 0.024 0.083 0.139 0.198 0.224 0.241 0.091 122 Y 0.025 0.038 0.079 0.175 0.292 0.296 0.094 123 G 0.050 0.152 0.238 0.281 0.173 0.085 0.023 124 I 0.043 0.043 0.061 0.132 0.247 0.365 0.110 125 L 0.026 0.064 0.089 0.168 0.241 0.319 0.093 126 K 0.060 0.183 0.270 0.265 0.149 0.060 0.012 127 T 0.035 0.093 0.198 0.319 0.235 0.105 0.015 128 V 0.021 0.030 0.038 0.085 0.232 0.469 0.125 129 T 0.030 0.077 0.145 0.257 0.284 0.187 0.021 130 E 0.098 0.350 0.311 0.175 0.053 0.011 0.001 131 I 0.024 0.071 0.160 0.339 0.296 0.103 0.008 132 M 0.012 0.036 0.082 0.237 0.391 0.224 0.018 133 K 0.124 0.360 0.294 0.156 0.056 0.010 0.001 134 V 0.393 0.402 0.154 0.044 0.007 0.001 0.001 135 Q 0.224 0.282 0.263 0.170 0.054 0.007 0.001 136 K 0.445 0.319 0.154 0.064 0.017 0.002 0.001 137 N 0.371 0.375 0.175 0.064 0.013 0.002 0.001 138 G 0.014 0.054 0.145 0.335 0.334 0.112 0.006 139 Y 0.003 0.018 0.063 0.206 0.386 0.290 0.034 140 I 0.001 0.002 0.005 0.020 0.100 0.472 0.400 141 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.038 0.254 0.697 142 N 0.001 0.002 0.007 0.024 0.063 0.217 0.687 143 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.040 0.213 0.734 144 A 0.001 0.002 0.005 0.017 0.055 0.276 0.645 145 S 0.001 0.004 0.013 0.053 0.149 0.357 0.423 146 R 0.009 0.035 0.066 0.139 0.234 0.314 0.203 147 A 0.034 0.053 0.069 0.117 0.186 0.305 0.235 148 A 0.042 0.067 0.093 0.143 0.183 0.278 0.194 149 K 0.127 0.156 0.168 0.186 0.151 0.135 0.078 150 Y 0.153 0.146 0.138 0.166 0.164 0.149 0.085 151 G 0.255 0.151 0.113 0.122 0.133 0.139 0.087 152 F 0.228 0.157 0.148 0.139 0.125 0.123 0.080 153 A 0.171 0.151 0.144 0.165 0.145 0.132 0.092 154 D 0.250 0.203 0.145 0.140 0.126 0.082 0.055 155 G 0.132 0.129 0.143 0.160 0.179 0.163 0.095 156 G 0.054 0.058 0.100 0.137 0.172 0.243 0.236 157 I 0.042 0.054 0.082 0.127 0.185 0.268 0.242 158 Y 0.035 0.031 0.043 0.089 0.161 0.290 0.350 159 G 0.058 0.057 0.070 0.115 0.142 0.233 0.325 160 S 0.043 0.063 0.092 0.111 0.105 0.210 0.376 161 T 0.017 0.017 0.026 0.066 0.136 0.298 0.440 162 K 0.029 0.048 0.065 0.102 0.161 0.282 0.314 163 F 0.064 0.095 0.106 0.153 0.148 0.213 0.221 164 A 0.038 0.036 0.049 0.078 0.134 0.287 0.377 165 L 0.017 0.032 0.035 0.062 0.112 0.335 0.407 166 L 0.024 0.050 0.132 0.264 0.229 0.193 0.108 167 G 0.063 0.130 0.145 0.196 0.181 0.204 0.080 168 L 0.021 0.019 0.030 0.085 0.210 0.382 0.252 169 A 0.038 0.077 0.115 0.202 0.210 0.281 0.077 170 E 0.148 0.230 0.222 0.211 0.119 0.054 0.017 171 S 0.176 0.179 0.210 0.230 0.126 0.070 0.008 172 L 0.139 0.134 0.144 0.174 0.174 0.186 0.048 173 Y 0.215 0.148 0.123 0.183 0.175 0.135 0.021 174 R 0.323 0.314 0.200 0.107 0.041 0.013 0.002 175 E 0.313 0.226 0.153 0.146 0.104 0.052 0.006 176 L 0.233 0.217 0.199 0.168 0.109 0.063 0.012 177 A 0.164 0.187 0.204 0.207 0.169 0.064 0.005 178 P 0.462 0.301 0.155 0.065 0.015 0.002 0.001 179 L 0.297 0.361 0.188 0.107 0.040 0.006 0.001 180 G 0.309 0.352 0.244 0.079 0.013 0.001 0.001 181 I 0.007 0.018 0.049 0.200 0.437 0.273 0.016 182 R 0.022 0.075 0.188 0.305 0.292 0.100 0.019 183 V 0.002 0.004 0.009 0.041 0.151 0.555 0.238 184 T 0.002 0.008 0.018 0.065 0.176 0.389 0.341 185 T 0.001 0.005 0.012 0.036 0.090 0.335 0.520 186 L 0.001 0.004 0.010 0.035 0.101 0.287 0.563 187 C 0.002 0.012 0.024 0.067 0.139 0.372 0.384 188 P 0.008 0.029 0.050 0.103 0.185 0.321 0.304 189 G 0.011 0.042 0.076 0.138 0.210 0.351 0.172 190 W 0.013 0.045 0.096 0.176 0.255 0.296 0.118 191 V 0.009 0.018 0.038 0.102 0.238 0.430 0.166 192 N 0.028 0.097 0.175 0.242 0.226 0.180 0.052 193 T 0.043 0.076 0.112 0.190 0.261 0.249 0.068 194 D 0.164 0.257 0.198 0.159 0.111 0.079 0.031 195 M 0.055 0.081 0.141 0.267 0.285 0.151 0.020 196 A 0.159 0.184 0.222 0.232 0.146 0.051 0.005 197 K 0.355 0.336 0.192 0.087 0.025 0.005 0.001 198 K 0.431 0.326 0.159 0.063 0.017 0.003 0.001 199 A 0.152 0.167 0.239 0.265 0.147 0.030 0.001 200 G 0.379 0.301 0.181 0.096 0.035 0.008 0.001 201 T 0.639 0.236 0.082 0.032 0.009 0.002 0.001 202 P 0.641 0.247 0.074 0.028 0.008 0.001 0.001 203 F 0.242 0.266 0.262 0.177 0.047 0.005 0.001 204 K 0.532 0.297 0.115 0.043 0.011 0.001 0.001 205 D 0.684 0.233 0.065 0.014 0.002 0.001 0.001 206 E 0.609 0.233 0.101 0.044 0.011 0.001 0.001 207 E 0.321 0.322 0.183 0.123 0.041 0.010 0.001 208 M 0.169 0.220 0.246 0.225 0.108 0.030 0.002 209 I 0.112 0.115 0.171 0.256 0.244 0.095 0.008 210 Q 0.172 0.391 0.245 0.105 0.056 0.027 0.004 211 P 0.042 0.102 0.207 0.344 0.235 0.066 0.004 212 D 0.291 0.436 0.193 0.057 0.018 0.005 0.001 213 D 0.019 0.125 0.318 0.366 0.149 0.022 0.001 214 L 0.003 0.006 0.014 0.093 0.356 0.468 0.060 215 L 0.005 0.054 0.178 0.381 0.282 0.093 0.007 216 N 0.024 0.204 0.290 0.290 0.141 0.047 0.004 217 T 0.002 0.006 0.037 0.161 0.370 0.368 0.057 218 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.060 0.455 0.474 219 R 0.002 0.028 0.119 0.278 0.343 0.199 0.031 220 C 0.003 0.015 0.064 0.212 0.395 0.283 0.027 221 L 0.001 0.004 0.007 0.027 0.147 0.634 0.180 222 L 0.001 0.009 0.033 0.161 0.375 0.376 0.044 223 N 0.079 0.297 0.329 0.200 0.077 0.015 0.002 224 L 0.148 0.374 0.276 0.157 0.038 0.006 0.001 225 S 0.726 0.178 0.049 0.029 0.013 0.005 0.001 226 E 0.543 0.297 0.118 0.033 0.008 0.001 0.001 227 N 0.278 0.271 0.232 0.146 0.058 0.014 0.001 228 V 0.255 0.312 0.205 0.134 0.068 0.022 0.003 229 C 0.109 0.203 0.249 0.226 0.140 0.062 0.011 230 I 0.050 0.067 0.111 0.242 0.296 0.202 0.032 231 K 0.089 0.232 0.292 0.219 0.108 0.049 0.010 232 D 0.049 0.071 0.114 0.200 0.275 0.235 0.056 233 I 0.091 0.187 0.236 0.223 0.163 0.083 0.016 234 V 0.054 0.114 0.167 0.227 0.251 0.161 0.026 235 F 0.044 0.076 0.126 0.238 0.296 0.194 0.025 236 E 0.171 0.254 0.249 0.199 0.098 0.027 0.002 237 M 0.270 0.300 0.240 0.139 0.042 0.007 0.001 238 K 0.600 0.271 0.089 0.031 0.008 0.001 0.001 239 K 0.534 0.265 0.129 0.055 0.015 0.002 0.001 240 S 0.396 0.344 0.173 0.066 0.017 0.003 0.001 241 I 0.152 0.235 0.245 0.224 0.114 0.028 0.002 242 I 0.077 0.084 0.133 0.252 0.274 0.161 0.020 243 E 0.204 0.296 0.227 0.161 0.071 0.035 0.006 244 G 0.279 0.192 0.145 0.154 0.128 0.088 0.014 245 H 0.290 0.217 0.164 0.147 0.103 0.067 0.013 246 H 0.239 0.172 0.170 0.177 0.138 0.086 0.018 247 H 0.341 0.235 0.174 0.133 0.076 0.036 0.005 248 H 0.392 0.214 0.164 0.127 0.075 0.025 0.003 249 H 0.552 0.225 0.131 0.063 0.022 0.006 0.001 250 H 0.696 0.193 0.073 0.027 0.008 0.002 0.001