# TARGET T0640 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0640.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1286 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.006 0.008 0.011 0.098 0.842 2 S 0.082 0.040 0.018 0.019 0.144 0.697 3 L 0.137 0.059 0.039 0.030 0.258 0.477 4 E 0.130 0.073 0.044 0.033 0.550 0.169 5 K 0.066 0.034 0.021 0.018 0.828 0.032 6 Q 0.038 0.005 0.007 0.004 0.920 0.026 7 K 0.039 0.003 0.002 0.001 0.921 0.034 8 G 0.527 0.009 0.001 0.001 0.313 0.150 9 L 0.959 0.006 0.001 0.001 0.008 0.027 10 A 0.983 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 11 I 0.973 0.003 0.001 0.001 0.004 0.020 12 I 0.876 0.009 0.002 0.001 0.023 0.090 13 T 0.330 0.004 0.010 0.002 0.151 0.503 14 G 0.048 0.004 0.040 0.008 0.565 0.335 15 A 0.008 0.005 0.236 0.028 0.531 0.192 16 S 0.009 0.011 0.163 0.116 0.505 0.196 17 Q 0.006 0.006 0.117 0.217 0.394 0.260 18 G 0.004 0.002 0.046 0.618 0.137 0.192 19 I 0.002 0.003 0.027 0.903 0.040 0.025 20 G 0.001 0.002 0.011 0.968 0.010 0.007 21 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 22 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 23 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 28 A 0.001 0.001 0.007 0.980 0.011 0.002 29 T 0.001 0.001 0.014 0.951 0.027 0.008 30 D 0.001 0.001 0.013 0.811 0.070 0.106 31 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.100 0.887 32 Y 0.034 0.001 0.001 0.002 0.095 0.868 33 R 0.697 0.005 0.001 0.002 0.058 0.236 34 V 0.988 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 35 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 36 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 37 I 0.941 0.001 0.002 0.001 0.013 0.043 38 A 0.691 0.003 0.007 0.002 0.119 0.176 39 R 0.138 0.031 0.010 0.004 0.345 0.472 40 S 0.072 0.026 0.004 0.012 0.370 0.517 41 K 0.003 0.001 0.073 0.708 0.187 0.028 42 Q 0.002 0.001 0.039 0.848 0.093 0.017 43 N 0.001 0.001 0.037 0.912 0.043 0.007 44 L 0.001 0.001 0.006 0.962 0.015 0.015 45 E 0.002 0.001 0.003 0.972 0.014 0.008 46 K 0.001 0.001 0.004 0.972 0.012 0.010 47 V 0.002 0.001 0.002 0.971 0.010 0.015 48 H 0.001 0.001 0.003 0.984 0.006 0.006 49 D 0.001 0.001 0.002 0.984 0.008 0.005 50 E 0.001 0.001 0.004 0.970 0.013 0.012 51 I 0.004 0.001 0.005 0.936 0.027 0.028 52 M 0.002 0.001 0.010 0.930 0.035 0.023 53 R 0.002 0.001 0.009 0.891 0.056 0.042 54 S 0.002 0.001 0.018 0.832 0.082 0.064 55 N 0.008 0.005 0.030 0.530 0.202 0.225 56 K 0.011 0.006 0.078 0.292 0.446 0.167 57 H 0.008 0.006 0.092 0.219 0.486 0.188 58 V 0.010 0.003 0.025 0.023 0.637 0.303 59 Q 0.059 0.004 0.016 0.009 0.494 0.419 60 E 0.391 0.015 0.008 0.004 0.205 0.377 61 P 0.855 0.007 0.002 0.002 0.039 0.096 62 I 0.959 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 63 V 0.963 0.002 0.001 0.001 0.005 0.029 64 L 0.916 0.002 0.001 0.001 0.012 0.068 65 P 0.874 0.005 0.001 0.002 0.020 0.098 66 L 0.671 0.017 0.005 0.003 0.084 0.221 67 D 0.377 0.021 0.009 0.003 0.407 0.183 68 I 0.119 0.010 0.026 0.008 0.650 0.188 69 T 0.048 0.046 0.020 0.010 0.645 0.232 70 D 0.032 0.017 0.011 0.030 0.534 0.376 71 C 0.002 0.001 0.084 0.693 0.160 0.062 72 T 0.003 0.003 0.070 0.756 0.136 0.033 73 K 0.001 0.001 0.067 0.849 0.067 0.016 74 A 0.001 0.001 0.014 0.941 0.022 0.022 75 D 0.001 0.001 0.005 0.972 0.015 0.007 76 T 0.001 0.001 0.004 0.976 0.013 0.006 77 E 0.001 0.001 0.004 0.982 0.007 0.006 78 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 79 K 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.004 80 D 0.001 0.001 0.002 0.985 0.010 0.003 81 I 0.001 0.001 0.004 0.974 0.019 0.003 82 H 0.001 0.001 0.018 0.908 0.066 0.007 83 Q 0.001 0.001 0.032 0.877 0.077 0.014 84 K 0.001 0.001 0.028 0.774 0.138 0.059 85 Y 0.002 0.003 0.023 0.422 0.187 0.362 86 G 0.003 0.001 0.002 0.004 0.135 0.855 87 A 0.016 0.003 0.007 0.005 0.141 0.828 88 V 0.231 0.007 0.007 0.009 0.143 0.602 89 D 0.466 0.005 0.006 0.011 0.078 0.434 90 I 0.923 0.003 0.002 0.023 0.011 0.038 91 L 0.940 0.002 0.001 0.038 0.008 0.010 92 V 0.887 0.006 0.001 0.065 0.016 0.024 93 N 0.640 0.005 0.014 0.149 0.101 0.090 94 A 0.189 0.011 0.051 0.152 0.331 0.266 95 A 0.075 0.008 0.071 0.181 0.390 0.275 96 A 0.067 0.011 0.042 0.079 0.466 0.336 97 M 0.114 0.064 0.042 0.119 0.307 0.354 98 F 0.121 0.029 0.048 0.073 0.353 0.375 99 M 0.053 0.017 0.061 0.075 0.464 0.330 100 D 0.034 0.006 0.034 0.022 0.488 0.416 101 G 0.054 0.008 0.035 0.014 0.482 0.407 102 S 0.071 0.014 0.398 0.028 0.333 0.156 103 L 0.066 0.007 0.439 0.024 0.338 0.125 104 S 0.061 0.008 0.461 0.027 0.293 0.149 105 E 0.056 0.022 0.016 0.013 0.282 0.612 106 P 0.008 0.005 0.002 0.015 0.098 0.872 107 V 0.001 0.001 0.011 0.954 0.020 0.015 108 D 0.001 0.001 0.008 0.972 0.016 0.003 109 N 0.001 0.001 0.011 0.974 0.011 0.003 110 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 111 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 113 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 114 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 116 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.007 117 N 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.012 118 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 119 I 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 120 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 121 Q 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 122 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 123 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 124 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 126 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 127 T 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 128 V 0.001 0.001 0.004 0.976 0.007 0.012 129 T 0.001 0.001 0.005 0.953 0.014 0.027 130 E 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.002 131 I 0.001 0.001 0.007 0.987 0.005 0.001 132 M 0.001 0.001 0.013 0.977 0.008 0.001 133 K 0.001 0.001 0.018 0.960 0.016 0.005 134 V 0.002 0.001 0.025 0.893 0.053 0.027 135 Q 0.004 0.001 0.013 0.754 0.125 0.103 136 K 0.009 0.005 0.005 0.083 0.253 0.645 137 N 0.056 0.032 0.005 0.033 0.379 0.494 138 G 0.166 0.003 0.014 0.030 0.376 0.411 139 Y 0.595 0.008 0.017 0.044 0.164 0.172 140 I 0.947 0.005 0.003 0.011 0.016 0.018 141 F 0.950 0.003 0.002 0.013 0.013 0.019 142 N 0.872 0.011 0.004 0.026 0.032 0.056 143 V 0.627 0.011 0.028 0.060 0.107 0.167 144 A 0.385 0.008 0.081 0.077 0.221 0.228 145 S 0.227 0.011 0.249 0.082 0.295 0.137 146 R 0.236 0.015 0.342 0.094 0.257 0.056 147 A 0.252 0.006 0.276 0.128 0.278 0.060 148 A 0.333 0.009 0.161 0.125 0.280 0.091 149 K 0.430 0.019 0.046 0.090 0.254 0.161 150 Y 0.357 0.020 0.020 0.091 0.235 0.277 151 G 0.227 0.042 0.014 0.070 0.284 0.364 152 F 0.072 0.040 0.017 0.055 0.615 0.201 153 A 0.031 0.006 0.043 0.114 0.662 0.143 154 D 0.017 0.006 0.054 0.153 0.612 0.158 155 G 0.035 0.026 0.057 0.346 0.416 0.120 156 G 0.030 0.023 0.028 0.462 0.162 0.296 157 I 0.010 0.006 0.016 0.867 0.043 0.058 158 Y 0.004 0.001 0.017 0.913 0.036 0.029 159 G 0.001 0.001 0.011 0.958 0.016 0.012 160 S 0.001 0.001 0.009 0.969 0.013 0.008 161 T 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.005 162 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 163 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 165 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 166 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 167 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 168 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 169 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.014 170 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 171 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 172 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 173 Y 0.001 0.001 0.003 0.972 0.013 0.011 174 R 0.001 0.001 0.004 0.968 0.016 0.011 175 E 0.001 0.001 0.008 0.966 0.018 0.008 176 L 0.003 0.002 0.024 0.926 0.034 0.011 177 A 0.004 0.001 0.121 0.685 0.155 0.034 178 P 0.003 0.001 0.169 0.566 0.203 0.059 179 L 0.017 0.003 0.062 0.258 0.385 0.274 180 G 0.059 0.003 0.002 0.003 0.180 0.753 181 I 0.446 0.002 0.001 0.001 0.045 0.505 182 R 0.946 0.002 0.001 0.001 0.007 0.046 183 V 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 184 T 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 185 T 0.950 0.002 0.001 0.001 0.006 0.042 186 L 0.850 0.012 0.001 0.001 0.020 0.117 187 C 0.595 0.024 0.001 0.001 0.150 0.230 188 P 0.272 0.005 0.004 0.002 0.303 0.415 189 G 0.214 0.017 0.013 0.003 0.383 0.370 190 W 0.389 0.044 0.049 0.012 0.347 0.158 191 V 0.287 0.072 0.045 0.029 0.255 0.313 192 N 0.122 0.033 0.067 0.057 0.262 0.459 193 T 0.027 0.010 0.073 0.112 0.282 0.497 194 D 0.018 0.006 0.235 0.304 0.248 0.189 195 M 0.012 0.008 0.304 0.345 0.257 0.073 196 A 0.016 0.014 0.283 0.397 0.230 0.061 197 K 0.027 0.007 0.197 0.370 0.288 0.112 198 K 0.026 0.006 0.121 0.364 0.270 0.212 199 A 0.023 0.019 0.055 0.287 0.291 0.325 200 G 0.021 0.014 0.038 0.298 0.261 0.367 201 T 0.011 0.004 0.066 0.506 0.230 0.184 202 P 0.005 0.003 0.072 0.628 0.159 0.133 203 F 0.003 0.002 0.065 0.702 0.150 0.078 204 K 0.004 0.002 0.040 0.713 0.143 0.098 205 D 0.002 0.003 0.046 0.725 0.143 0.081 206 E 0.002 0.002 0.065 0.711 0.137 0.082 207 E 0.002 0.001 0.069 0.628 0.169 0.132 208 M 0.003 0.004 0.050 0.615 0.178 0.151 209 I 0.004 0.004 0.026 0.471 0.216 0.279 210 Q 0.005 0.003 0.012 0.231 0.165 0.585 211 P 0.004 0.001 0.038 0.710 0.121 0.126 212 D 0.003 0.001 0.039 0.786 0.097 0.073 213 D 0.002 0.001 0.039 0.854 0.065 0.040 214 L 0.003 0.002 0.020 0.901 0.042 0.032 215 L 0.002 0.001 0.013 0.918 0.036 0.031 216 N 0.001 0.001 0.009 0.933 0.027 0.029 217 T 0.002 0.001 0.013 0.908 0.034 0.043 218 I 0.005 0.002 0.015 0.887 0.046 0.045 219 R 0.006 0.001 0.037 0.878 0.049 0.028 220 C 0.007 0.001 0.039 0.862 0.052 0.038 221 L 0.006 0.002 0.041 0.818 0.063 0.071 222 L 0.010 0.004 0.048 0.733 0.101 0.104 223 N 0.011 0.005 0.074 0.598 0.167 0.145 224 L 0.012 0.007 0.101 0.438 0.249 0.192 225 S 0.012 0.015 0.100 0.116 0.600 0.158 226 E 0.014 0.004 0.064 0.046 0.705 0.167 227 N 0.030 0.010 0.058 0.033 0.705 0.165 228 V 0.077 0.088 0.020 0.018 0.489 0.307 229 C 0.059 0.053 0.010 0.019 0.652 0.207 230 I 0.007 0.006 0.055 0.068 0.741 0.124 231 K 0.005 0.006 0.038 0.104 0.712 0.136 232 D 0.015 0.029 0.033 0.209 0.440 0.274 233 I 0.002 0.002 0.005 0.918 0.019 0.054 234 V 0.002 0.001 0.003 0.966 0.014 0.014 235 F 0.001 0.001 0.003 0.969 0.011 0.015 236 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 237 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 238 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 239 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 240 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 241 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 242 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 243 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 244 G 0.001 0.001 0.003 0.972 0.013 0.011 245 H 0.002 0.002 0.022 0.857 0.064 0.053 246 H 0.017 0.018 0.045 0.624 0.161 0.135 247 H 0.033 0.014 0.042 0.326 0.224 0.361 248 H 0.053 0.020 0.014 0.160 0.172 0.582 249 H 0.078 0.033 0.006 0.094 0.125 0.665 250 H 0.002 0.004 0.001 0.010 0.015 0.968