# TARGET T0640 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0640.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1286 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 S 0.186 0.018 0.006 0.028 0.005 0.018 0.738 3 L 0.359 0.028 0.010 0.056 0.095 0.031 0.421 4 E 0.306 0.043 0.012 0.047 0.028 0.044 0.520 5 K 0.186 0.011 0.056 0.049 0.051 0.133 0.514 6 Q 0.015 0.005 0.116 0.015 0.095 0.730 0.024 7 K 0.005 0.001 0.048 0.004 0.089 0.839 0.015 8 G 0.207 0.003 0.010 0.005 0.106 0.082 0.587 9 L 0.878 0.011 0.001 0.001 0.023 0.002 0.085 10 A 0.985 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 11 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 12 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 13 T 0.687 0.001 0.001 0.002 0.066 0.018 0.224 14 G 0.165 0.003 0.007 0.004 0.394 0.081 0.347 15 A 0.025 0.006 0.042 0.026 0.453 0.212 0.235 16 S 0.013 0.010 0.094 0.037 0.279 0.168 0.399 17 Q 0.008 0.005 0.060 0.174 0.349 0.196 0.207 18 G 0.006 0.005 0.017 0.484 0.158 0.124 0.206 19 I 0.001 0.001 0.003 0.953 0.013 0.010 0.019 20 G 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.005 0.009 21 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.004 0.002 22 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 0.002 23 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 24 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 26 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 28 A 0.001 0.001 0.004 0.975 0.001 0.016 0.003 29 T 0.001 0.001 0.017 0.809 0.005 0.161 0.006 30 D 0.001 0.001 0.010 0.132 0.014 0.837 0.006 31 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.052 0.815 0.123 32 Y 0.027 0.001 0.001 0.001 0.087 0.001 0.884 33 R 0.495 0.001 0.001 0.001 0.367 0.001 0.137 34 V 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 35 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 38 A 0.595 0.002 0.004 0.001 0.104 0.010 0.284 39 R 0.070 0.005 0.003 0.001 0.418 0.010 0.493 40 S 0.013 0.007 0.001 0.002 0.171 0.006 0.800 41 K 0.001 0.002 0.137 0.708 0.052 0.069 0.030 42 Q 0.001 0.001 0.064 0.835 0.038 0.048 0.013 43 N 0.001 0.001 0.045 0.901 0.010 0.030 0.014 44 L 0.001 0.001 0.003 0.975 0.006 0.008 0.007 45 E 0.001 0.001 0.001 0.974 0.005 0.013 0.006 46 K 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.015 0.004 47 V 0.001 0.001 0.001 0.975 0.004 0.012 0.007 48 H 0.001 0.001 0.001 0.978 0.004 0.011 0.004 49 D 0.001 0.001 0.001 0.965 0.004 0.024 0.005 50 E 0.001 0.001 0.002 0.951 0.005 0.031 0.010 51 I 0.001 0.002 0.005 0.915 0.014 0.033 0.029 52 M 0.002 0.001 0.014 0.866 0.016 0.077 0.022 53 R 0.003 0.002 0.019 0.756 0.027 0.148 0.045 54 S 0.004 0.004 0.034 0.582 0.071 0.211 0.095 55 N 0.008 0.006 0.053 0.362 0.107 0.321 0.144 56 K 0.009 0.005 0.090 0.192 0.170 0.277 0.256 57 H 0.012 0.008 0.093 0.124 0.162 0.432 0.170 58 V 0.022 0.002 0.042 0.028 0.159 0.467 0.281 59 Q 0.117 0.030 0.031 0.017 0.241 0.070 0.493 60 E 0.421 0.027 0.011 0.005 0.071 0.023 0.442 61 P 0.615 0.004 0.003 0.002 0.025 0.006 0.345 62 I 0.886 0.002 0.001 0.001 0.041 0.002 0.067 63 V 0.966 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 64 L 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 65 P 0.866 0.003 0.001 0.004 0.012 0.002 0.113 66 L 0.508 0.006 0.004 0.007 0.080 0.013 0.382 67 D 0.336 0.011 0.014 0.011 0.193 0.053 0.383 68 I 0.183 0.024 0.044 0.024 0.170 0.183 0.373 69 T 0.064 0.040 0.023 0.019 0.364 0.110 0.381 70 D 0.024 0.006 0.004 0.019 0.399 0.022 0.526 71 C 0.001 0.001 0.059 0.786 0.052 0.054 0.048 72 T 0.001 0.001 0.029 0.906 0.023 0.033 0.008 73 K 0.001 0.001 0.017 0.951 0.005 0.021 0.006 74 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.002 75 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 76 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 77 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 79 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 80 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 81 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 82 H 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.008 0.002 83 Q 0.001 0.001 0.004 0.970 0.001 0.024 0.001 84 K 0.001 0.001 0.005 0.865 0.004 0.124 0.002 85 Y 0.001 0.001 0.007 0.374 0.061 0.509 0.047 86 G 0.030 0.006 0.004 0.069 0.257 0.189 0.444 87 A 0.147 0.046 0.006 0.013 0.106 0.050 0.631 88 V 0.238 0.002 0.001 0.002 0.042 0.002 0.712 89 D 0.382 0.001 0.001 0.001 0.455 0.001 0.161 90 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 91 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 93 N 0.960 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.029 94 A 0.375 0.004 0.018 0.011 0.122 0.031 0.438 95 A 0.170 0.006 0.060 0.040 0.264 0.072 0.388 96 A 0.088 0.037 0.224 0.126 0.128 0.172 0.225 97 M 0.140 0.043 0.183 0.128 0.132 0.202 0.172 98 F 0.149 0.028 0.137 0.101 0.125 0.250 0.209 99 M 0.088 0.025 0.133 0.105 0.152 0.235 0.263 100 D 0.083 0.012 0.207 0.119 0.129 0.259 0.191 101 G 0.103 0.011 0.250 0.120 0.125 0.197 0.193 102 S 0.168 0.017 0.190 0.098 0.105 0.143 0.279 103 L 0.269 0.010 0.104 0.080 0.171 0.129 0.237 104 S 0.293 0.040 0.044 0.067 0.108 0.102 0.346 105 E 0.167 0.043 0.005 0.016 0.209 0.019 0.541 106 P 0.072 0.013 0.001 0.009 0.102 0.006 0.796 107 V 0.001 0.001 0.035 0.921 0.012 0.022 0.009 108 D 0.001 0.001 0.049 0.912 0.008 0.026 0.004 109 N 0.001 0.001 0.054 0.909 0.005 0.023 0.007 110 F 0.003 0.001 0.012 0.958 0.004 0.015 0.007 111 R 0.006 0.001 0.011 0.934 0.008 0.031 0.010 112 K 0.004 0.001 0.010 0.937 0.005 0.038 0.006 113 I 0.006 0.001 0.007 0.958 0.004 0.016 0.008 114 M 0.013 0.001 0.004 0.962 0.003 0.012 0.006 115 E 0.006 0.001 0.003 0.969 0.004 0.011 0.007 116 I 0.003 0.001 0.003 0.971 0.005 0.011 0.006 117 N 0.002 0.001 0.002 0.974 0.003 0.015 0.004 118 V 0.001 0.001 0.002 0.973 0.002 0.017 0.004 119 I 0.001 0.001 0.002 0.983 0.004 0.009 0.002 120 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.009 0.002 121 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 122 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 123 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 124 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 125 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.007 0.001 126 K 0.001 0.001 0.004 0.974 0.001 0.019 0.001 127 T 0.001 0.001 0.007 0.925 0.003 0.060 0.004 128 V 0.001 0.002 0.006 0.926 0.012 0.039 0.014 129 T 0.002 0.001 0.007 0.940 0.012 0.014 0.024 130 E 0.001 0.001 0.006 0.976 0.004 0.011 0.003 131 I 0.001 0.001 0.007 0.974 0.002 0.014 0.002 132 M 0.001 0.001 0.006 0.977 0.002 0.010 0.003 133 K 0.003 0.001 0.009 0.955 0.003 0.024 0.006 134 V 0.006 0.001 0.015 0.830 0.009 0.130 0.008 135 Q 0.005 0.002 0.023 0.386 0.048 0.499 0.038 136 K 0.007 0.006 0.013 0.045 0.182 0.582 0.166 137 N 0.041 0.003 0.009 0.011 0.212 0.324 0.400 138 G 0.302 0.003 0.002 0.003 0.218 0.038 0.434 139 Y 0.782 0.003 0.001 0.002 0.064 0.003 0.146 140 I 0.972 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 141 F 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.027 142 N 0.914 0.001 0.002 0.005 0.009 0.002 0.067 143 V 0.694 0.008 0.008 0.027 0.032 0.011 0.219 144 A 0.402 0.013 0.027 0.083 0.107 0.026 0.342 145 S 0.203 0.013 0.064 0.175 0.133 0.071 0.340 146 R 0.123 0.023 0.092 0.326 0.108 0.161 0.167 147 A 0.072 0.013 0.110 0.398 0.084 0.192 0.131 148 A 0.101 0.010 0.100 0.362 0.100 0.197 0.129 149 K 0.116 0.017 0.080 0.324 0.095 0.210 0.157 150 Y 0.123 0.028 0.043 0.227 0.170 0.243 0.165 151 G 0.076 0.038 0.026 0.218 0.116 0.322 0.204 152 F 0.023 0.009 0.016 0.021 0.154 0.077 0.700 153 A 0.002 0.001 0.030 0.024 0.079 0.842 0.022 154 D 0.003 0.001 0.017 0.016 0.043 0.904 0.017 155 G 0.034 0.023 0.104 0.359 0.095 0.211 0.175 156 G 0.107 0.023 0.039 0.559 0.045 0.087 0.140 157 I 0.061 0.006 0.049 0.716 0.035 0.077 0.056 158 Y 0.028 0.002 0.025 0.845 0.017 0.050 0.032 159 G 0.012 0.004 0.011 0.860 0.016 0.071 0.027 160 S 0.004 0.001 0.006 0.917 0.016 0.035 0.022 161 T 0.001 0.001 0.002 0.966 0.008 0.011 0.012 162 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.005 0.002 163 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 164 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 165 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 166 L 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.015 0.002 167 G 0.001 0.001 0.001 0.968 0.002 0.025 0.003 168 L 0.001 0.001 0.001 0.974 0.005 0.010 0.009 169 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.006 0.004 170 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.010 0.001 171 S 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.014 0.002 172 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.002 173 Y 0.001 0.001 0.003 0.978 0.003 0.013 0.003 174 R 0.001 0.001 0.007 0.956 0.003 0.030 0.004 175 E 0.001 0.001 0.009 0.909 0.006 0.067 0.008 176 L 0.003 0.003 0.013 0.867 0.023 0.067 0.024 177 A 0.007 0.004 0.054 0.723 0.035 0.101 0.077 178 P 0.011 0.003 0.086 0.466 0.076 0.272 0.086 179 L 0.003 0.003 0.053 0.137 0.059 0.720 0.024 180 G 0.007 0.001 0.007 0.006 0.049 0.841 0.089 181 I 0.139 0.005 0.001 0.001 0.075 0.005 0.774 182 R 0.747 0.005 0.001 0.001 0.044 0.001 0.202 183 V 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 184 T 0.982 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 185 T 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 186 L 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 187 C 0.770 0.002 0.001 0.001 0.023 0.002 0.203 188 P 0.276 0.003 0.015 0.004 0.179 0.097 0.425 189 G 0.110 0.009 0.025 0.006 0.443 0.117 0.290 190 W 0.215 0.013 0.069 0.055 0.229 0.079 0.339 191 V 0.283 0.081 0.050 0.088 0.086 0.051 0.361 192 N 0.275 0.051 0.028 0.100 0.117 0.064 0.365 193 T 0.130 0.010 0.033 0.221 0.139 0.062 0.405 194 D 0.036 0.006 0.080 0.527 0.087 0.150 0.115 195 M 0.030 0.008 0.099 0.589 0.055 0.123 0.095 196 A 0.021 0.008 0.136 0.592 0.040 0.095 0.107 197 K 0.025 0.006 0.097 0.576 0.085 0.123 0.089 198 K 0.019 0.005 0.078 0.599 0.065 0.144 0.090 199 A 0.009 0.009 0.041 0.468 0.141 0.164 0.167 200 G 0.008 0.007 0.030 0.265 0.123 0.211 0.356 201 T 0.008 0.007 0.055 0.350 0.139 0.176 0.265 202 P 0.006 0.005 0.066 0.449 0.112 0.162 0.200 203 F 0.004 0.005 0.073 0.506 0.089 0.095 0.228 204 K 0.006 0.005 0.076 0.540 0.072 0.104 0.197 205 D 0.008 0.005 0.111 0.548 0.060 0.138 0.131 206 E 0.008 0.005 0.135 0.502 0.064 0.152 0.135 207 E 0.008 0.005 0.135 0.451 0.058 0.199 0.142 208 M 0.014 0.006 0.107 0.407 0.088 0.161 0.217 209 I 0.012 0.015 0.086 0.414 0.128 0.118 0.228 210 Q 0.005 0.009 0.023 0.382 0.128 0.055 0.397 211 P 0.001 0.001 0.026 0.824 0.025 0.039 0.084 212 D 0.001 0.001 0.020 0.909 0.012 0.041 0.017 213 D 0.001 0.001 0.022 0.917 0.007 0.038 0.016 214 L 0.001 0.001 0.010 0.944 0.007 0.024 0.014 215 L 0.001 0.001 0.005 0.939 0.009 0.035 0.011 216 N 0.004 0.001 0.007 0.914 0.008 0.052 0.015 217 T 0.004 0.001 0.008 0.915 0.014 0.032 0.026 218 I 0.008 0.003 0.010 0.931 0.010 0.020 0.018 219 R 0.007 0.001 0.022 0.921 0.008 0.029 0.014 220 C 0.004 0.001 0.033 0.879 0.009 0.066 0.009 221 L 0.005 0.001 0.040 0.837 0.016 0.082 0.019 222 L 0.011 0.006 0.065 0.733 0.034 0.098 0.053 223 N 0.014 0.004 0.069 0.557 0.074 0.194 0.088 224 L 0.012 0.004 0.082 0.370 0.147 0.239 0.146 225 S 0.013 0.009 0.120 0.198 0.150 0.155 0.355 226 E 0.012 0.009 0.161 0.110 0.145 0.295 0.267 227 N 0.014 0.007 0.117 0.094 0.164 0.338 0.265 228 V 0.016 0.027 0.048 0.075 0.223 0.108 0.502 229 C 0.014 0.025 0.022 0.054 0.138 0.036 0.711 230 I 0.007 0.006 0.065 0.153 0.110 0.418 0.240 231 K 0.007 0.004 0.041 0.108 0.178 0.486 0.176 232 D 0.011 0.019 0.009 0.146 0.173 0.024 0.618 233 I 0.003 0.005 0.015 0.871 0.012 0.024 0.071 234 V 0.002 0.001 0.011 0.949 0.006 0.017 0.014 235 F 0.004 0.001 0.009 0.959 0.006 0.015 0.007 236 E 0.002 0.001 0.003 0.976 0.005 0.007 0.007 237 M 0.002 0.001 0.002 0.981 0.002 0.006 0.006 238 K 0.002 0.001 0.001 0.986 0.003 0.005 0.002 239 K 0.005 0.001 0.001 0.983 0.003 0.006 0.003 240 S 0.004 0.001 0.001 0.980 0.003 0.008 0.004 241 I 0.004 0.001 0.002 0.975 0.004 0.008 0.007 242 I 0.003 0.001 0.003 0.962 0.005 0.021 0.005 243 E 0.003 0.001 0.005 0.828 0.011 0.142 0.009 244 G 0.004 0.003 0.009 0.576 0.046 0.304 0.058 245 H 0.007 0.007 0.023 0.305 0.152 0.220 0.285 246 H 0.012 0.010 0.077 0.200 0.184 0.126 0.392 247 H 0.015 0.008 0.123 0.155 0.207 0.240 0.251 248 H 0.021 0.010 0.102 0.131 0.179 0.302 0.253 249 H 0.020 0.024 0.044 0.095 0.037 0.175 0.606 250 H 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.002 0.984