# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.020 0.065 0.042 0.066 0.005 0.104 0.008 0.034 0.007 0.004 0.195 0.190 0.225 0.004 0.024 0.009 2 N 0.007 0.054 0.031 0.029 0.002 0.073 0.005 0.005 0.009 0.006 0.143 0.241 0.355 0.003 0.006 0.031 3 A 0.017 0.025 0.022 0.025 0.001 0.027 0.005 0.002 0.002 0.001 0.094 0.146 0.606 0.004 0.005 0.017 4 M 0.006 0.015 0.059 0.017 0.002 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.025 0.074 0.753 0.006 0.005 0.010 5 E 0.004 0.018 0.037 0.031 0.001 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 0.029 0.813 0.003 0.007 0.020 6 T 0.004 0.012 0.020 0.015 0.005 0.068 0.013 0.003 0.002 0.002 0.027 0.054 0.715 0.022 0.005 0.033 7 L 0.005 0.005 0.016 0.005 0.003 0.026 0.015 0.003 0.001 0.001 0.120 0.034 0.732 0.014 0.016 0.006 8 N 0.002 0.013 0.007 0.003 0.001 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.055 0.157 0.726 0.001 0.011 0.008 9 D 0.003 0.007 0.004 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.084 0.810 0.001 0.001 0.032 10 I 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.043 0.900 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.947 0.001 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.977 0.007 0.001 0.001 15 I 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.957 0.001 0.014 0.005 16 N 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.002 0.039 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.239 0.646 0.001 0.048 17 V 0.018 0.003 0.027 0.005 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.005 0.002 0.181 0.001 0.731 0.006 18 G 0.003 0.013 0.043 0.016 0.005 0.017 0.022 0.001 0.023 0.042 0.005 0.021 0.236 0.039 0.003 0.512 19 L 0.589 0.013 0.025 0.033 0.006 0.012 0.006 0.010 0.001 0.001 0.038 0.010 0.221 0.009 0.019 0.008 20 Y 0.002 0.069 0.135 0.047 0.130 0.035 0.207 0.007 0.007 0.006 0.014 0.047 0.081 0.186 0.007 0.020 21 Q 0.052 0.033 0.050 0.167 0.005 0.071 0.019 0.194 0.004 0.003 0.039 0.013 0.146 0.002 0.181 0.021 22 G 0.015 0.055 0.113 0.128 0.013 0.019 0.014 0.003 0.175 0.081 0.028 0.034 0.048 0.006 0.003 0.266 23 F 0.480 0.016 0.085 0.289 0.001 0.011 0.003 0.006 0.002 0.002 0.012 0.045 0.036 0.002 0.006 0.004 24 D 0.003 0.023 0.101 0.044 0.003 0.732 0.002 0.003 0.003 0.002 0.005 0.015 0.055 0.001 0.001 0.008 25 L 0.012 0.052 0.014 0.084 0.005 0.054 0.004 0.002 0.001 0.001 0.709 0.008 0.046 0.001 0.001 0.008 26 T 0.005 0.303 0.069 0.113 0.001 0.011 0.002 0.008 0.003 0.001 0.009 0.436 0.025 0.001 0.007 0.006 27 D 0.007 0.006 0.104 0.072 0.006 0.373 0.038 0.001 0.006 0.003 0.015 0.022 0.314 0.005 0.005 0.023 28 P 0.020 0.035 0.071 0.032 0.002 0.023 0.002 0.011 0.001 0.001 0.566 0.024 0.194 0.002 0.005 0.010 29 K 0.008 0.185 0.022 0.092 0.002 0.050 0.005 0.002 0.009 0.001 0.019 0.483 0.093 0.007 0.004 0.017 30 V 0.014 0.030 0.262 0.119 0.001 0.022 0.008 0.002 0.002 0.001 0.025 0.021 0.448 0.002 0.014 0.030 31 S 0.005 0.018 0.053 0.040 0.002 0.358 0.007 0.001 0.002 0.001 0.010 0.035 0.450 0.004 0.002 0.011 32 E 0.013 0.036 0.027 0.060 0.001 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.490 0.018 0.323 0.001 0.004 0.009 33 E 0.005 0.074 0.064 0.089 0.013 0.044 0.025 0.002 0.004 0.001 0.007 0.383 0.198 0.064 0.003 0.024 34 V 0.010 0.015 0.213 0.094 0.005 0.014 0.049 0.010 0.001 0.001 0.023 0.005 0.447 0.011 0.084 0.019 35 N 0.007 0.044 0.062 0.066 0.008 0.223 0.028 0.016 0.010 0.011 0.015 0.038 0.352 0.017 0.018 0.086 36 H 0.122 0.100 0.053 0.089 0.012 0.028 0.021 0.012 0.014 0.004 0.215 0.023 0.206 0.015 0.022 0.064 37 E 0.042 0.058 0.192 0.120 0.010 0.071 0.031 0.015 0.012 0.006 0.037 0.211 0.133 0.015 0.019 0.029 38 T 0.046 0.061 0.274 0.090 0.024 0.104 0.071 0.015 0.008 0.004 0.052 0.028 0.141 0.026 0.023 0.033 39 A 0.033 0.087 0.123 0.269 0.005 0.050 0.008 0.051 0.010 0.007 0.116 0.060 0.118 0.002 0.038 0.024 40 N 0.032 0.076 0.101 0.202 0.003 0.215 0.008 0.003 0.026 0.011 0.018 0.098 0.139 0.001 0.002 0.064 41 M 0.053 0.017 0.100 0.127 0.004 0.089 0.005 0.003 0.002 0.001 0.315 0.026 0.249 0.001 0.003 0.005 42 K 0.004 0.221 0.111 0.215 0.002 0.025 0.001 0.004 0.002 0.001 0.023 0.262 0.121 0.001 0.002 0.006 43 W 0.005 0.013 0.026 0.276 0.004 0.109 0.006 0.001 0.002 0.001 0.013 0.018 0.509 0.002 0.001 0.014 44 I 0.006 0.024 0.116 0.105 0.017 0.037 0.022 0.004 0.001 0.001 0.049 0.016 0.578 0.011 0.005 0.008 45 K 0.008 0.061 0.039 0.225 0.005 0.046 0.010 0.034 0.005 0.003 0.022 0.071 0.420 0.013 0.024 0.012 46 D 0.013 0.059 0.081 0.159 0.005 0.063 0.013 0.007 0.025 0.007 0.021 0.020 0.337 0.014 0.021 0.156 47 Y 0.060 0.043 0.230 0.153 0.013 0.038 0.064 0.005 0.007 0.004 0.046 0.019 0.192 0.031 0.021 0.076 48 T 0.027 0.076 0.148 0.053 0.033 0.266 0.062 0.015 0.003 0.002 0.031 0.032 0.185 0.015 0.030 0.022 49 S 0.005 0.028 0.021 0.023 0.197 0.032 0.144 0.023 0.002 0.006 0.164 0.016 0.044 0.279 0.007 0.011 50 D 0.011 0.046 0.022 0.020 0.005 0.014 0.009 0.252 0.014 0.003 0.024 0.055 0.024 0.008 0.484 0.008 51 G 0.013 0.016 0.051 0.023 0.003 0.018 0.015 0.006 0.128 0.111 0.039 0.031 0.084 0.004 0.015 0.444 52 N 0.553 0.033 0.049 0.016 0.005 0.097 0.010 0.007 0.006 0.003 0.037 0.064 0.079 0.008 0.008 0.024 53 W 0.025 0.089 0.207 0.043 0.004 0.051 0.012 0.010 0.004 0.004 0.295 0.088 0.130 0.004 0.017 0.018 54 D 0.009 0.060 0.046 0.030 0.003 0.231 0.004 0.007 0.006 0.004 0.022 0.327 0.231 0.003 0.006 0.011 55 N 0.011 0.017 0.021 0.024 0.001 0.035 0.004 0.002 0.002 0.001 0.386 0.045 0.429 0.001 0.003 0.018 56 E 0.008 0.048 0.034 0.021 0.001 0.026 0.006 0.001 0.002 0.001 0.050 0.453 0.333 0.003 0.003 0.010 57 F 0.002 0.004 0.028 0.012 0.001 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.033 0.065 0.817 0.001 0.003 0.003 58 K 0.001 0.006 0.009 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.042 0.894 0.002 0.001 0.004 59 E 0.001 0.006 0.005 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.051 0.888 0.001 0.001 0.004 60 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.962 0.001 0.001 0.003 61 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.968 0.002 0.001 0.001 62 K 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.081 0.902 0.003 0.003 0.001 63 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.978 0.001 0.001 0.010 64 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.972 0.003 0.001 0.006 65 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.970 0.001 0.002 0.001 66 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.006 67 Y 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.953 0.003 0.001 0.013 68 M 0.001 0.002 0.030 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.940 0.001 0.003 0.003 69 E 0.001 0.003 0.013 0.009 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.938 0.002 0.001 0.007 70 V 0.002 0.003 0.008 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.941 0.002 0.001 0.003 71 C 0.001 0.003 0.008 0.009 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.943 0.002 0.001 0.003 72 Q 0.001 0.003 0.004 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.949 0.002 0.002 0.004 73 L 0.002 0.005 0.014 0.018 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.894 0.005 0.007 0.014 74 A 0.006 0.010 0.029 0.038 0.009 0.010 0.026 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.704 0.069 0.004 0.073 75 L 0.014 0.030 0.110 0.061 0.004 0.027 0.035 0.011 0.001 0.001 0.011 0.010 0.529 0.023 0.095 0.038 76 N 0.008 0.068 0.094 0.035 0.006 0.097 0.018 0.014 0.011 0.015 0.019 0.027 0.313 0.021 0.032 0.223 77 D 0.054 0.019 0.019 0.011 0.009 0.302 0.025 0.005 0.006 0.003 0.182 0.033 0.244 0.036 0.017 0.033 78 K 0.014 0.158 0.051 0.009 0.001 0.012 0.005 0.009 0.001 0.001 0.461 0.110 0.115 0.005 0.033 0.016 79 N 0.020 0.156 0.067 0.033 0.001 0.050 0.014 0.003 0.015 0.003 0.014 0.341 0.186 0.006 0.019 0.074 80 F 0.037 0.007 0.295 0.039 0.001 0.014 0.013 0.001 0.001 0.001 0.047 0.014 0.493 0.001 0.010 0.026 81 K 0.016 0.051 0.233 0.094 0.003 0.049 0.004 0.004 0.001 0.001 0.019 0.135 0.372 0.002 0.003 0.012 82 I 0.008 0.020 0.047 0.214 0.006 0.094 0.007 0.002 0.002 0.001 0.047 0.030 0.508 0.003 0.002 0.011 83 A 0.003 0.035 0.067 0.105 0.007 0.062 0.010 0.004 0.001 0.001 0.037 0.051 0.600 0.003 0.003 0.010 84 S 0.002 0.010 0.010 0.023 0.002 0.155 0.005 0.004 0.001 0.002 0.038 0.049 0.690 0.002 0.003 0.004 85 N 0.002 0.022 0.012 0.010 0.001 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.206 0.062 0.651 0.001 0.003 0.011 86 S 0.002 0.004 0.004 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.380 0.537 0.001 0.001 0.004 87 L 0.001 0.004 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.032 0.880 0.001 0.001 0.002 88 F 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.114 0.869 0.001 0.001 0.001 89 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 91 M 0.001 0.001 0.013 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.001 0.001 0.002 92 I 0.001 0.003 0.018 0.047 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.915 0.002 0.001 0.004 93 Y 0.001 0.003 0.008 0.027 0.061 0.029 0.037 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.586 0.229 0.001 0.008 94 A 0.010 0.019 0.018 0.029 0.006 0.013 0.013 0.080 0.002 0.001 0.036 0.011 0.395 0.021 0.335 0.012 95 G 0.004 0.023 0.018 0.036 0.001 0.026 0.005 0.006 0.028 0.087 0.022 0.074 0.393 0.004 0.019 0.253 96 N 0.079 0.008 0.011 0.007 0.002 0.177 0.003 0.001 0.002 0.002 0.040 0.068 0.569 0.004 0.003 0.023 97 L 0.003 0.007 0.010 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.556 0.042 0.358 0.001 0.002 0.002 98 S 0.001 0.020 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.600 0.351 0.001 0.001 0.002 99 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.968 0.001 0.001 0.004 100 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.976 0.001 0.001 0.003 101 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 102 D 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.979 0.001 0.001 0.003 103 S 0.001 0.005 0.006 0.009 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.883 0.010 0.001 0.060 104 I 0.004 0.002 0.052 0.004 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.895 0.002 0.010 0.008 105 K 0.002 0.015 0.047 0.011 0.003 0.021 0.021 0.002 0.001 0.001 0.014 0.026 0.775 0.029 0.005 0.028 106 T 0.012 0.014 0.018 0.031 0.001 0.017 0.002 0.007 0.001 0.001 0.049 0.040 0.773 0.004 0.017 0.013 107 D 0.001 0.011 0.011 0.006 0.001 0.089 0.003 0.001 0.002 0.001 0.021 0.059 0.764 0.003 0.002 0.028 108 I 0.008 0.010 0.010 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.038 0.729 0.001 0.004 0.006 109 S 0.001 0.009 0.018 0.008 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.243 0.700 0.003 0.001 0.003 110 T 0.001 0.003 0.010 0.011 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.952 0.001 0.001 0.008 111 L 0.002 0.010 0.040 0.031 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.834 0.006 0.002 0.030 112 L 0.006 0.016 0.088 0.069 0.003 0.014 0.018 0.002 0.001 0.001 0.007 0.011 0.734 0.010 0.007 0.015 113 S 0.004 0.017 0.050 0.076 0.002 0.099 0.007 0.005 0.002 0.001 0.010 0.014 0.665 0.008 0.013 0.027 114 A 0.021 0.040 0.044 0.080 0.003 0.031 0.007 0.003 0.004 0.002 0.146 0.028 0.507 0.010 0.010 0.064 115 E 0.044 0.121 0.123 0.145 0.005 0.024 0.019 0.004 0.003 0.001 0.018 0.125 0.285 0.029 0.014 0.038 116 Y 0.017 0.032 0.298 0.147 0.008 0.053 0.036 0.006 0.003 0.001 0.014 0.014 0.295 0.011 0.029 0.037 117 K 0.017 0.058 0.123 0.129 0.029 0.172 0.046 0.017 0.005 0.004 0.039 0.021 0.254 0.027 0.011 0.048 118 K 0.041 0.136 0.070 0.181 0.025 0.090 0.031 0.046 0.014 0.005 0.108 0.049 0.119 0.025 0.038 0.024 119 N 0.029 0.104 0.107 0.192 0.010 0.095 0.024 0.031 0.036 0.011 0.062 0.093 0.105 0.013 0.043 0.046 120 S 0.104 0.117 0.224 0.205 0.005 0.039 0.017 0.011 0.027 0.006 0.028 0.027 0.068 0.005 0.019 0.099 121 F 0.100 0.040 0.326 0.283 0.008 0.073 0.018 0.007 0.007 0.004 0.025 0.024 0.050 0.007 0.010 0.017 122 S 0.025 0.177 0.262 0.424 0.002 0.033 0.003 0.010 0.005 0.001 0.006 0.009 0.019 0.001 0.005 0.018 123 W 0.015 0.015 0.108 0.536 0.016 0.228 0.008 0.002 0.008 0.004 0.015 0.009 0.026 0.002 0.001 0.007 124 P 0.020 0.093 0.150 0.459 0.022 0.080 0.004 0.023 0.001 0.001 0.080 0.025 0.034 0.002 0.002 0.003 125 S 0.005 0.124 0.025 0.469 0.018 0.207 0.007 0.014 0.014 0.004 0.024 0.051 0.027 0.003 0.003 0.006 126 L 0.020 0.079 0.094 0.288 0.024 0.089 0.024 0.019 0.010 0.006 0.171 0.037 0.108 0.004 0.009 0.017 127 D 0.013 0.103 0.047 0.095 0.051 0.268 0.043 0.029 0.010 0.008 0.051 0.131 0.110 0.020 0.008 0.012 128 E 0.020 0.064 0.046 0.076 0.033 0.040 0.037 0.056 0.011 0.007 0.378 0.046 0.104 0.023 0.040 0.018