# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.053 0.442 0.002 0.005 0.005 0.012 0.058 0.005 0.001 0.068 0.349 2 N 0.031 0.350 0.006 0.016 0.009 0.020 0.060 0.006 0.001 0.227 0.274 3 A 0.046 0.505 0.005 0.013 0.013 0.022 0.061 0.016 0.002 0.117 0.199 4 M 0.106 0.284 0.008 0.014 0.011 0.011 0.049 0.009 0.003 0.310 0.194 5 E 0.018 0.396 0.012 0.014 0.015 0.023 0.062 0.007 0.002 0.083 0.368 6 T 0.051 0.758 0.002 0.002 0.001 0.004 0.019 0.009 0.001 0.040 0.113 7 L 0.064 0.829 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.002 0.021 0.054 8 N 0.012 0.899 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.015 0.056 9 D 0.014 0.903 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.003 0.001 0.019 0.048 10 I 0.010 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.017 11 K 0.015 0.910 0.003 0.001 0.003 0.005 0.005 0.003 0.001 0.029 0.026 12 K 0.064 0.694 0.010 0.003 0.003 0.009 0.014 0.004 0.003 0.111 0.086 13 I 0.079 0.657 0.012 0.015 0.011 0.014 0.033 0.011 0.003 0.063 0.102 14 L 0.077 0.295 0.086 0.016 0.012 0.026 0.041 0.070 0.036 0.140 0.200 15 I 0.333 0.291 0.007 0.010 0.020 0.022 0.039 0.008 0.003 0.028 0.239 16 N 0.038 0.322 0.003 0.007 0.008 0.017 0.032 0.004 0.001 0.018 0.550 17 V 0.032 0.185 0.013 0.023 0.020 0.032 0.114 0.010 0.004 0.072 0.496 18 G 0.192 0.092 0.046 0.069 0.052 0.076 0.078 0.021 0.018 0.136 0.219 19 L 0.145 0.032 0.005 0.041 0.031 0.032 0.079 0.008 0.003 0.037 0.587 20 Y 0.195 0.019 0.005 0.050 0.029 0.041 0.080 0.006 0.002 0.069 0.503 21 Q 0.032 0.013 0.002 0.055 0.026 0.048 0.121 0.002 0.001 0.032 0.667 22 G 0.023 0.005 0.003 0.044 0.015 0.026 0.118 0.001 0.001 0.038 0.725 23 F 0.009 0.003 0.001 0.056 0.132 0.108 0.143 0.001 0.001 0.024 0.523 24 D 0.123 0.010 0.001 0.049 0.030 0.047 0.093 0.003 0.001 0.053 0.590 25 L 0.005 0.002 0.001 0.015 0.037 0.043 0.166 0.001 0.001 0.020 0.711 26 T 0.033 0.037 0.001 0.043 0.009 0.020 0.092 0.003 0.001 0.025 0.738 27 D 0.327 0.058 0.002 0.019 0.012 0.014 0.076 0.011 0.001 0.083 0.398 28 P 0.026 0.050 0.001 0.021 0.010 0.016 0.161 0.002 0.001 0.062 0.649 29 K 0.023 0.115 0.003 0.024 0.022 0.052 0.075 0.003 0.001 0.059 0.625 30 V 0.075 0.218 0.003 0.031 0.021 0.040 0.092 0.013 0.001 0.079 0.428 31 S 0.192 0.162 0.009 0.011 0.019 0.027 0.060 0.013 0.005 0.152 0.349 32 E 0.073 0.098 0.008 0.023 0.061 0.079 0.077 0.007 0.002 0.074 0.497 33 E 0.121 0.044 0.008 0.014 0.018 0.047 0.084 0.008 0.003 0.093 0.561 34 V 0.095 0.008 0.005 0.016 0.044 0.050 0.152 0.004 0.002 0.090 0.534 35 N 0.036 0.014 0.002 0.016 0.017 0.028 0.097 0.002 0.001 0.035 0.753 36 H 0.053 0.010 0.002 0.007 0.010 0.011 0.101 0.002 0.001 0.039 0.765 37 E 0.035 0.038 0.002 0.024 0.029 0.030 0.143 0.004 0.001 0.029 0.666 38 T 0.080 0.082 0.002 0.014 0.010 0.022 0.078 0.004 0.001 0.044 0.663 39 A 0.023 0.065 0.001 0.028 0.050 0.067 0.133 0.002 0.001 0.031 0.600 40 N 0.025 0.309 0.001 0.043 0.029 0.115 0.060 0.004 0.001 0.039 0.375 41 M 0.092 0.218 0.002 0.036 0.041 0.067 0.066 0.005 0.001 0.090 0.381 42 K 0.027 0.107 0.007 0.184 0.152 0.188 0.053 0.003 0.001 0.109 0.169 43 W 0.048 0.068 0.009 0.072 0.088 0.264 0.052 0.008 0.002 0.101 0.289 44 I 0.240 0.020 0.003 0.106 0.103 0.113 0.080 0.007 0.002 0.125 0.202 45 K 0.019 0.013 0.003 0.040 0.114 0.186 0.091 0.002 0.001 0.052 0.480 46 D 0.017 0.010 0.002 0.050 0.069 0.210 0.114 0.003 0.001 0.055 0.469 47 Y 0.048 0.007 0.006 0.070 0.096 0.091 0.135 0.004 0.002 0.079 0.461 48 T 0.082 0.009 0.003 0.065 0.094 0.076 0.105 0.004 0.001 0.082 0.479 49 S 0.127 0.017 0.001 0.045 0.018 0.026 0.095 0.006 0.001 0.035 0.630 50 D 0.061 0.011 0.002 0.031 0.012 0.015 0.141 0.003 0.001 0.056 0.668 51 G 0.021 0.018 0.003 0.040 0.017 0.021 0.149 0.003 0.001 0.052 0.677 52 N 0.117 0.108 0.002 0.030 0.019 0.026 0.102 0.009 0.001 0.061 0.524 53 W 0.148 0.252 0.003 0.015 0.009 0.012 0.083 0.021 0.001 0.068 0.388 54 D 0.083 0.398 0.003 0.006 0.008 0.015 0.061 0.012 0.001 0.071 0.342 55 N 0.079 0.446 0.002 0.010 0.010 0.022 0.049 0.007 0.001 0.096 0.279 56 E 0.016 0.483 0.004 0.009 0.010 0.017 0.056 0.007 0.001 0.130 0.266 57 F 0.034 0.806 0.003 0.003 0.004 0.006 0.016 0.015 0.001 0.035 0.077 58 K 0.119 0.734 0.003 0.001 0.002 0.002 0.009 0.012 0.001 0.062 0.055 59 E 0.029 0.624 0.010 0.003 0.002 0.004 0.028 0.009 0.003 0.152 0.135 60 D 0.034 0.757 0.008 0.001 0.001 0.002 0.018 0.012 0.003 0.070 0.092 61 L 0.065 0.865 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.015 0.028 62 K 0.028 0.739 0.007 0.001 0.001 0.002 0.019 0.008 0.004 0.057 0.136 63 N 0.030 0.843 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.002 0.021 0.079 64 F 0.029 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.002 0.012 0.045 65 L 0.069 0.761 0.013 0.002 0.002 0.002 0.015 0.011 0.004 0.052 0.070 66 D 0.042 0.809 0.004 0.002 0.001 0.003 0.012 0.004 0.002 0.022 0.100 67 Y 0.022 0.858 0.004 0.003 0.001 0.002 0.012 0.005 0.001 0.015 0.077 68 M 0.030 0.823 0.011 0.003 0.003 0.006 0.014 0.011 0.003 0.026 0.071 69 E 0.073 0.808 0.003 0.003 0.005 0.010 0.011 0.003 0.001 0.027 0.058 70 V 0.021 0.786 0.003 0.005 0.005 0.012 0.013 0.003 0.001 0.020 0.130 71 C 0.045 0.615 0.010 0.013 0.037 0.066 0.033 0.011 0.002 0.047 0.121 72 Q 0.140 0.237 0.015 0.023 0.051 0.127 0.036 0.011 0.008 0.191 0.163 73 L 0.077 0.116 0.009 0.065 0.101 0.104 0.055 0.006 0.003 0.079 0.385 74 A 0.086 0.041 0.014 0.032 0.119 0.159 0.060 0.005 0.002 0.094 0.389 75 L 0.094 0.015 0.013 0.054 0.072 0.075 0.113 0.004 0.003 0.119 0.440 76 N 0.077 0.043 0.004 0.028 0.026 0.024 0.080 0.004 0.001 0.030 0.682 77 D 0.244 0.057 0.003 0.007 0.014 0.013 0.059 0.005 0.001 0.030 0.567 78 K 0.022 0.073 0.001 0.015 0.038 0.041 0.127 0.002 0.001 0.030 0.650 79 N 0.017 0.208 0.001 0.023 0.017 0.059 0.075 0.003 0.001 0.052 0.545 80 F 0.037 0.103 0.001 0.041 0.054 0.061 0.101 0.003 0.001 0.173 0.425 81 K 0.031 0.131 0.004 0.092 0.082 0.095 0.052 0.003 0.001 0.284 0.225 82 I 0.039 0.163 0.004 0.047 0.025 0.042 0.067 0.006 0.001 0.221 0.384 83 A 0.063 0.414 0.006 0.040 0.022 0.021 0.060 0.012 0.001 0.124 0.237 84 S 0.019 0.825 0.002 0.003 0.003 0.005 0.013 0.004 0.001 0.024 0.101 85 N 0.011 0.925 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.016 0.036 86 S 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.010 87 L 0.008 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.014 0.009 88 F 0.023 0.927 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.023 0.013 89 M 0.029 0.867 0.004 0.002 0.003 0.007 0.007 0.003 0.001 0.046 0.032 90 A 0.044 0.719 0.012 0.006 0.006 0.018 0.021 0.014 0.005 0.073 0.081 91 M 0.141 0.329 0.047 0.025 0.023 0.040 0.045 0.018 0.013 0.184 0.135 92 I 0.044 0.138 0.029 0.045 0.055 0.056 0.064 0.006 0.005 0.164 0.394 93 Y 0.135 0.292 0.005 0.026 0.026 0.033 0.063 0.012 0.001 0.057 0.349 94 A 0.112 0.120 0.009 0.033 0.022 0.023 0.110 0.009 0.003 0.219 0.342 95 G 0.013 0.175 0.010 0.052 0.020 0.028 0.128 0.005 0.002 0.075 0.491 96 N 0.082 0.595 0.003 0.018 0.011 0.017 0.034 0.009 0.001 0.050 0.181 97 L 0.090 0.634 0.002 0.015 0.009 0.011 0.034 0.016 0.001 0.035 0.152 98 S 0.036 0.455 0.004 0.014 0.013 0.035 0.057 0.005 0.001 0.145 0.234 99 L 0.032 0.314 0.011 0.059 0.018 0.047 0.057 0.006 0.002 0.235 0.220 100 I 0.046 0.496 0.007 0.027 0.020 0.028 0.053 0.008 0.002 0.148 0.165 101 F 0.116 0.629 0.004 0.009 0.011 0.012 0.025 0.013 0.001 0.058 0.122 102 D 0.051 0.294 0.006 0.014 0.013 0.032 0.064 0.007 0.002 0.266 0.250 103 S 0.014 0.269 0.007 0.019 0.007 0.018 0.059 0.004 0.002 0.361 0.240 104 I 0.030 0.811 0.002 0.006 0.006 0.005 0.020 0.006 0.001 0.035 0.080 105 K 0.041 0.462 0.003 0.004 0.006 0.007 0.028 0.006 0.001 0.347 0.095 106 T 0.011 0.258 0.008 0.007 0.003 0.008 0.049 0.003 0.002 0.534 0.118 107 D 0.026 0.684 0.006 0.008 0.003 0.005 0.023 0.006 0.001 0.166 0.072 108 I 0.044 0.832 0.005 0.006 0.003 0.003 0.013 0.017 0.001 0.032 0.045 109 S 0.039 0.324 0.011 0.005 0.005 0.012 0.046 0.005 0.004 0.363 0.187 110 T 0.034 0.520 0.010 0.014 0.006 0.015 0.045 0.006 0.002 0.114 0.234 111 L 0.060 0.576 0.009 0.012 0.009 0.012 0.049 0.012 0.002 0.096 0.163 112 L 0.057 0.478 0.011 0.010 0.017 0.021 0.073 0.016 0.004 0.055 0.259 113 S 0.089 0.407 0.006 0.006 0.008 0.024 0.047 0.006 0.003 0.090 0.316 114 A 0.095 0.235 0.007 0.015 0.016 0.027 0.075 0.009 0.002 0.071 0.447 115 E 0.088 0.069 0.019 0.022 0.034 0.061 0.139 0.009 0.005 0.182 0.372 116 Y 0.122 0.015 0.016 0.020 0.033 0.065 0.119 0.008 0.008 0.100 0.494 117 K 0.204 0.014 0.004 0.031 0.028 0.031 0.084 0.004 0.002 0.040 0.558 118 K 0.061 0.005 0.003 0.010 0.015 0.020 0.085 0.003 0.001 0.027 0.770 119 N 0.042 0.007 0.001 0.033 0.036 0.045 0.117 0.003 0.001 0.026 0.690 120 S 0.031 0.003 0.001 0.020 0.022 0.033 0.114 0.001 0.001 0.030 0.745 121 F 0.001 0.001 0.001 0.020 0.108 0.115 0.180 0.001 0.001 0.024 0.550 122 S 0.013 0.011 0.001 0.054 0.042 0.072 0.092 0.001 0.001 0.037 0.676 123 W 0.149 0.015 0.002 0.025 0.035 0.032 0.101 0.007 0.001 0.074 0.560 124 P 0.056 0.013 0.002 0.028 0.030 0.043 0.134 0.003 0.001 0.049 0.642 125 S 0.038 0.007 0.002 0.028 0.024 0.060 0.087 0.002 0.001 0.044 0.708 126 L 0.043 0.006 0.001 0.035 0.025 0.039 0.119 0.002 0.001 0.032 0.697 127 D 0.160 0.013 0.002 0.014 0.015 0.020 0.096 0.004 0.001 0.034 0.641 128 E 0.037 0.008 0.001 0.011 0.018 0.025 0.111 0.002 0.001 0.025 0.761