# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.520 0.115 0.061 0.095 0.070 0.043 0.047 0.025 0.013 0.007 0.004 2 N 0.388 0.167 0.081 0.125 0.081 0.050 0.050 0.028 0.015 0.008 0.005 3 A 0.089 0.095 0.053 0.129 0.127 0.100 0.153 0.106 0.079 0.044 0.025 4 M 0.054 0.035 0.035 0.080 0.105 0.116 0.202 0.149 0.107 0.079 0.039 5 E 0.067 0.127 0.306 0.267 0.125 0.051 0.028 0.016 0.007 0.004 0.002 6 T 0.036 0.101 0.111 0.214 0.177 0.123 0.122 0.068 0.027 0.014 0.006 7 L 0.005 0.006 0.009 0.016 0.029 0.056 0.132 0.151 0.214 0.204 0.177 8 N 0.250 0.115 0.214 0.183 0.116 0.049 0.042 0.018 0.008 0.003 0.002 9 D 0.091 0.105 0.214 0.273 0.150 0.071 0.057 0.022 0.009 0.004 0.002 10 I 0.005 0.006 0.010 0.010 0.017 0.025 0.080 0.102 0.228 0.261 0.256 11 K 0.024 0.041 0.051 0.141 0.191 0.183 0.202 0.088 0.045 0.025 0.008 12 K 0.027 0.069 0.583 0.201 0.067 0.029 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 13 I 0.007 0.010 0.021 0.043 0.076 0.219 0.326 0.145 0.086 0.050 0.018 14 L 0.004 0.007 0.008 0.013 0.016 0.026 0.073 0.114 0.236 0.287 0.217 15 I 0.017 0.029 0.099 0.138 0.168 0.163 0.180 0.096 0.059 0.035 0.015 16 N 0.056 0.120 0.351 0.238 0.111 0.056 0.038 0.015 0.008 0.005 0.002 17 V 0.007 0.006 0.010 0.015 0.028 0.063 0.148 0.162 0.212 0.183 0.165 18 G 0.144 0.156 0.055 0.159 0.127 0.084 0.100 0.071 0.050 0.033 0.020 19 L 0.010 0.010 0.022 0.036 0.051 0.069 0.125 0.133 0.193 0.177 0.175 20 Y 0.051 0.061 0.079 0.137 0.151 0.145 0.151 0.088 0.064 0.048 0.026 21 Q 0.017 0.031 0.035 0.086 0.096 0.138 0.217 0.153 0.120 0.073 0.033 22 G 0.055 0.062 0.045 0.113 0.108 0.111 0.150 0.123 0.103 0.082 0.048 23 F 0.019 0.012 0.013 0.032 0.044 0.097 0.196 0.148 0.195 0.160 0.083 24 D 0.099 0.169 0.130 0.235 0.135 0.084 0.069 0.035 0.023 0.014 0.007 25 L 0.020 0.017 0.019 0.033 0.051 0.092 0.159 0.137 0.183 0.164 0.125 26 T 0.168 0.219 0.062 0.149 0.109 0.076 0.090 0.055 0.037 0.023 0.012 27 D 0.144 0.170 0.077 0.169 0.118 0.095 0.105 0.057 0.036 0.020 0.010 28 P 0.478 0.146 0.074 0.119 0.070 0.041 0.037 0.019 0.009 0.005 0.002 29 K 0.309 0.229 0.089 0.166 0.083 0.048 0.040 0.020 0.009 0.005 0.002 30 V 0.041 0.062 0.032 0.065 0.079 0.119 0.173 0.140 0.130 0.099 0.059 31 S 0.155 0.159 0.091 0.174 0.137 0.086 0.088 0.054 0.030 0.018 0.007 32 E 0.180 0.118 0.198 0.193 0.104 0.078 0.068 0.034 0.016 0.008 0.003 33 E 0.168 0.175 0.176 0.249 0.118 0.049 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 34 V 0.019 0.014 0.014 0.026 0.040 0.068 0.157 0.179 0.192 0.173 0.119 35 N 0.076 0.185 0.153 0.231 0.153 0.073 0.060 0.037 0.018 0.010 0.004 36 H 0.164 0.140 0.188 0.176 0.116 0.073 0.067 0.040 0.019 0.012 0.005 37 E 0.257 0.162 0.104 0.159 0.100 0.073 0.077 0.039 0.017 0.009 0.004 38 T 0.270 0.174 0.072 0.147 0.098 0.071 0.078 0.046 0.025 0.014 0.007 39 A 0.102 0.060 0.044 0.089 0.110 0.122 0.162 0.133 0.088 0.059 0.030 40 N 0.111 0.244 0.131 0.219 0.118 0.062 0.059 0.029 0.016 0.008 0.003 41 M 0.009 0.006 0.012 0.024 0.042 0.094 0.189 0.163 0.195 0.156 0.110 42 K 0.158 0.195 0.217 0.243 0.112 0.037 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 43 W 0.007 0.009 0.023 0.050 0.081 0.100 0.190 0.181 0.161 0.118 0.080 44 I 0.002 0.003 0.006 0.011 0.021 0.040 0.086 0.107 0.218 0.270 0.236 45 K 0.042 0.084 0.177 0.244 0.182 0.100 0.092 0.041 0.023 0.011 0.004 46 D 0.070 0.088 0.254 0.254 0.134 0.087 0.059 0.029 0.013 0.008 0.004 47 Y 0.008 0.007 0.009 0.016 0.023 0.065 0.146 0.136 0.216 0.212 0.162 48 T 0.124 0.114 0.053 0.141 0.129 0.099 0.129 0.094 0.060 0.038 0.019 49 S 0.107 0.125 0.127 0.153 0.114 0.106 0.104 0.065 0.047 0.033 0.019 50 D 0.203 0.133 0.074 0.152 0.122 0.092 0.108 0.057 0.031 0.018 0.010 51 G 0.420 0.119 0.042 0.094 0.067 0.060 0.084 0.054 0.033 0.018 0.010 52 N 0.242 0.181 0.063 0.162 0.119 0.076 0.067 0.042 0.025 0.014 0.010 53 W 0.044 0.077 0.029 0.066 0.079 0.097 0.173 0.139 0.130 0.104 0.063 54 D 0.156 0.130 0.067 0.171 0.159 0.114 0.108 0.050 0.026 0.013 0.006 55 N 0.559 0.115 0.127 0.103 0.045 0.020 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 56 E 0.078 0.087 0.071 0.205 0.171 0.125 0.132 0.069 0.035 0.018 0.008 57 F 0.005 0.015 0.011 0.022 0.032 0.061 0.177 0.167 0.215 0.202 0.093 58 K 0.043 0.079 0.256 0.254 0.183 0.097 0.054 0.020 0.009 0.004 0.001 59 E 0.137 0.086 0.522 0.159 0.057 0.021 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 60 D 0.015 0.060 0.064 0.111 0.116 0.169 0.234 0.121 0.063 0.037 0.009 61 L 0.004 0.006 0.006 0.012 0.023 0.074 0.230 0.181 0.223 0.171 0.071 62 K 0.186 0.091 0.532 0.142 0.036 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.041 0.062 0.372 0.206 0.137 0.085 0.068 0.020 0.005 0.002 0.001 64 F 0.003 0.006 0.011 0.013 0.023 0.045 0.127 0.162 0.245 0.226 0.138 65 L 0.010 0.008 0.020 0.040 0.079 0.175 0.314 0.167 0.100 0.065 0.020 66 D 0.012 0.051 0.752 0.138 0.033 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.005 0.008 0.029 0.039 0.082 0.134 0.325 0.200 0.095 0.058 0.025 68 M 0.008 0.008 0.012 0.019 0.029 0.061 0.158 0.157 0.226 0.203 0.120 69 E 0.079 0.102 0.311 0.234 0.135 0.058 0.046 0.020 0.008 0.004 0.002 70 V 0.015 0.020 0.109 0.129 0.154 0.153 0.197 0.108 0.059 0.040 0.016 71 C 0.002 0.004 0.008 0.011 0.019 0.055 0.163 0.146 0.245 0.226 0.122 72 Q 0.012 0.025 0.077 0.131 0.160 0.166 0.189 0.106 0.069 0.045 0.020 73 L 0.009 0.011 0.099 0.056 0.066 0.143 0.186 0.121 0.127 0.126 0.057 74 A 0.004 0.007 0.019 0.036 0.058 0.132 0.238 0.143 0.173 0.131 0.058 75 L 0.005 0.005 0.008 0.011 0.020 0.042 0.125 0.131 0.233 0.258 0.163 76 N 0.023 0.147 0.201 0.240 0.159 0.096 0.072 0.031 0.017 0.010 0.005 77 D 0.129 0.147 0.121 0.160 0.135 0.111 0.104 0.051 0.023 0.013 0.008 78 K 0.604 0.137 0.042 0.076 0.045 0.029 0.032 0.020 0.008 0.004 0.002 79 N 0.286 0.209 0.061 0.179 0.095 0.056 0.055 0.030 0.016 0.008 0.005 80 F 0.007 0.007 0.009 0.013 0.022 0.041 0.083 0.100 0.202 0.244 0.272 81 K 0.041 0.110 0.157 0.246 0.209 0.108 0.067 0.033 0.016 0.008 0.004 82 I 0.029 0.041 0.121 0.118 0.115 0.150 0.157 0.108 0.076 0.054 0.030 83 A 0.015 0.021 0.027 0.063 0.088 0.105 0.176 0.171 0.148 0.108 0.079 84 S 0.028 0.029 0.027 0.061 0.071 0.089 0.187 0.163 0.161 0.121 0.062 85 N 0.109 0.104 0.178 0.241 0.147 0.083 0.065 0.034 0.021 0.012 0.007 86 S 0.089 0.080 0.095 0.149 0.133 0.113 0.157 0.085 0.051 0.030 0.018 87 L 0.010 0.015 0.019 0.042 0.060 0.072 0.141 0.156 0.187 0.158 0.140 88 F 0.010 0.015 0.026 0.050 0.080 0.103 0.181 0.161 0.157 0.131 0.087 89 M 0.010 0.026 0.092 0.134 0.138 0.143 0.164 0.107 0.091 0.065 0.031 90 A 0.004 0.006 0.019 0.028 0.042 0.075 0.172 0.160 0.209 0.178 0.106 91 M 0.003 0.005 0.011 0.024 0.035 0.055 0.113 0.128 0.216 0.215 0.195 92 I 0.004 0.005 0.015 0.023 0.040 0.054 0.103 0.132 0.204 0.226 0.194 93 Y 0.004 0.009 0.022 0.035 0.058 0.100 0.167 0.140 0.190 0.171 0.105 94 A 0.008 0.011 0.021 0.044 0.074 0.093 0.164 0.163 0.172 0.133 0.116 95 G 0.111 0.063 0.062 0.111 0.103 0.109 0.165 0.104 0.086 0.053 0.033 96 N 0.048 0.087 0.058 0.162 0.150 0.115 0.157 0.093 0.066 0.038 0.026 97 L 0.006 0.008 0.008 0.016 0.025 0.042 0.092 0.119 0.203 0.237 0.243 98 S 0.144 0.151 0.124 0.234 0.157 0.080 0.054 0.026 0.015 0.009 0.006 99 L 0.051 0.040 0.058 0.102 0.119 0.145 0.182 0.123 0.084 0.059 0.037 100 I 0.008 0.021 0.019 0.046 0.059 0.077 0.135 0.133 0.189 0.173 0.139 101 F 0.009 0.009 0.012 0.031 0.054 0.090 0.196 0.156 0.187 0.153 0.103 102 D 0.121 0.130 0.309 0.238 0.103 0.046 0.028 0.012 0.007 0.004 0.002 103 S 0.054 0.053 0.070 0.163 0.164 0.131 0.176 0.095 0.050 0.029 0.016 104 I 0.009 0.012 0.009 0.015 0.020 0.037 0.090 0.111 0.223 0.272 0.202 105 K 0.045 0.094 0.098 0.209 0.191 0.139 0.116 0.054 0.031 0.017 0.008 106 T 0.133 0.091 0.262 0.173 0.107 0.085 0.065 0.039 0.022 0.015 0.008 107 D 0.051 0.086 0.065 0.134 0.135 0.149 0.190 0.095 0.053 0.029 0.013 108 I 0.014 0.016 0.013 0.028 0.037 0.054 0.132 0.162 0.219 0.200 0.124 109 S 0.102 0.074 0.122 0.191 0.155 0.119 0.111 0.060 0.035 0.021 0.009 110 T 0.054 0.117 0.252 0.246 0.132 0.085 0.064 0.026 0.013 0.006 0.003 111 L 0.010 0.009 0.017 0.029 0.052 0.065 0.138 0.172 0.181 0.163 0.163 112 L 0.014 0.022 0.026 0.044 0.063 0.096 0.186 0.157 0.170 0.145 0.078 113 S 0.051 0.128 0.238 0.268 0.156 0.067 0.048 0.022 0.013 0.006 0.003 114 A 0.231 0.062 0.098 0.108 0.106 0.093 0.142 0.078 0.042 0.025 0.014 115 E 0.175 0.139 0.103 0.203 0.116 0.081 0.093 0.045 0.026 0.013 0.005 116 Y 0.047 0.055 0.052 0.076 0.080 0.104 0.172 0.138 0.122 0.101 0.054 117 K 0.052 0.128 0.143 0.200 0.157 0.107 0.096 0.055 0.031 0.020 0.009 118 K 0.186 0.199 0.181 0.171 0.094 0.062 0.053 0.028 0.014 0.009 0.003 119 N 0.220 0.121 0.093 0.143 0.100 0.102 0.104 0.059 0.033 0.018 0.007 120 S 0.233 0.251 0.082 0.169 0.085 0.056 0.057 0.034 0.018 0.010 0.004 121 F 0.067 0.032 0.027 0.051 0.066 0.103 0.158 0.142 0.152 0.120 0.082 122 S 0.296 0.270 0.128 0.163 0.074 0.029 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 123 W 0.031 0.035 0.035 0.074 0.092 0.103 0.170 0.155 0.135 0.096 0.074 124 P 0.180 0.114 0.060 0.132 0.129 0.091 0.114 0.086 0.049 0.029 0.017 125 S 0.300 0.211 0.098 0.177 0.085 0.046 0.040 0.021 0.012 0.006 0.003 126 L 0.088 0.051 0.040 0.085 0.102 0.094 0.163 0.145 0.104 0.073 0.056 127 D 0.226 0.264 0.084 0.152 0.091 0.055 0.059 0.032 0.020 0.011 0.005 128 E 0.302 0.147 0.087 0.162 0.110 0.065 0.063 0.034 0.017 0.008 0.004