# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.033 0.026 0.021 0.008 0.020 0.052 0.005 0.834 2 N 0.023 0.026 0.011 0.005 0.010 0.078 0.005 0.842 3 A 0.141 0.066 0.023 0.009 0.014 0.253 0.015 0.479 4 M 0.165 0.247 0.041 0.017 0.027 0.178 0.010 0.316 5 E 0.146 0.317 0.049 0.023 0.029 0.128 0.010 0.300 6 T 0.093 0.389 0.016 0.006 0.013 0.068 0.015 0.400 7 L 0.140 0.515 0.039 0.007 0.032 0.028 0.014 0.226 8 N 0.014 0.245 0.009 0.004 0.006 0.126 0.009 0.586 9 D 0.053 0.189 0.012 0.003 0.004 0.383 0.015 0.341 10 I 0.069 0.705 0.008 0.003 0.003 0.084 0.004 0.123 11 K 0.012 0.887 0.004 0.002 0.004 0.020 0.001 0.070 12 K 0.005 0.949 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.032 13 I 0.013 0.957 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.020 14 L 0.005 0.981 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 15 I 0.015 0.853 0.057 0.019 0.014 0.008 0.009 0.025 16 N 0.028 0.785 0.042 0.012 0.014 0.011 0.023 0.085 17 V 0.077 0.679 0.070 0.018 0.031 0.010 0.022 0.092 18 G 0.082 0.328 0.219 0.046 0.051 0.047 0.030 0.197 19 L 0.028 0.091 0.550 0.056 0.043 0.061 0.009 0.163 20 Y 0.037 0.160 0.246 0.083 0.158 0.059 0.010 0.247 21 Q 0.061 0.175 0.092 0.033 0.072 0.097 0.023 0.447 22 G 0.231 0.073 0.143 0.035 0.069 0.059 0.060 0.331 23 F 0.183 0.065 0.235 0.072 0.053 0.097 0.025 0.269 24 D 0.042 0.032 0.034 0.040 0.037 0.195 0.011 0.609 25 L 0.101 0.027 0.066 0.040 0.170 0.077 0.011 0.508 26 T 0.025 0.012 0.019 0.010 0.016 0.633 0.013 0.272 27 D 0.498 0.005 0.012 0.011 0.012 0.140 0.031 0.290 28 P 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.987 29 K 0.013 0.008 0.005 0.009 0.013 0.687 0.003 0.262 30 V 0.384 0.042 0.016 0.013 0.025 0.203 0.017 0.300 31 S 0.087 0.361 0.024 0.046 0.112 0.063 0.006 0.300 32 E 0.046 0.221 0.025 0.034 0.064 0.083 0.007 0.522 33 E 0.085 0.239 0.030 0.028 0.048 0.167 0.026 0.377 34 V 0.228 0.266 0.048 0.046 0.068 0.076 0.036 0.231 35 N 0.067 0.310 0.035 0.031 0.042 0.125 0.022 0.367 36 H 0.091 0.150 0.054 0.018 0.034 0.052 0.027 0.575 37 E 0.112 0.074 0.046 0.022 0.023 0.214 0.024 0.485 38 T 0.062 0.030 0.024 0.014 0.016 0.106 0.016 0.732 39 A 0.081 0.101 0.096 0.052 0.091 0.091 0.010 0.476 40 N 0.064 0.081 0.041 0.021 0.043 0.197 0.014 0.539 41 M 0.154 0.076 0.092 0.039 0.100 0.065 0.021 0.453 42 K 0.060 0.085 0.102 0.133 0.122 0.163 0.012 0.324 43 W 0.047 0.063 0.043 0.054 0.059 0.193 0.014 0.527 44 I 0.069 0.160 0.129 0.101 0.261 0.055 0.007 0.217 45 K 0.040 0.248 0.067 0.101 0.142 0.062 0.010 0.329 46 D 0.087 0.151 0.030 0.075 0.132 0.047 0.032 0.446 47 Y 0.273 0.096 0.068 0.088 0.141 0.048 0.040 0.247 48 T 0.080 0.076 0.058 0.140 0.114 0.192 0.024 0.316 49 S 0.039 0.028 0.057 0.065 0.091 0.184 0.019 0.517 50 D 0.054 0.021 0.033 0.015 0.039 0.208 0.021 0.608 51 G 0.196 0.010 0.030 0.015 0.017 0.292 0.058 0.382 52 N 0.230 0.015 0.051 0.021 0.020 0.324 0.028 0.312 53 W 0.049 0.021 0.044 0.019 0.026 0.207 0.006 0.628 54 D 0.010 0.013 0.016 0.010 0.040 0.535 0.003 0.373 55 N 0.033 0.023 0.015 0.004 0.018 0.105 0.006 0.796 56 E 0.039 0.113 0.009 0.005 0.008 0.370 0.006 0.449 57 F 0.067 0.122 0.010 0.003 0.006 0.644 0.009 0.139 58 K 0.054 0.768 0.008 0.002 0.006 0.034 0.003 0.124 59 E 0.033 0.814 0.002 0.001 0.003 0.015 0.004 0.128 60 D 0.076 0.722 0.006 0.001 0.003 0.029 0.015 0.147 61 L 0.072 0.842 0.007 0.001 0.004 0.007 0.018 0.050 62 K 0.041 0.776 0.010 0.001 0.002 0.030 0.010 0.129 63 N 0.067 0.532 0.015 0.001 0.001 0.094 0.021 0.269 64 F 0.082 0.782 0.011 0.001 0.001 0.019 0.008 0.097 65 L 0.042 0.851 0.007 0.001 0.002 0.030 0.005 0.063 66 D 0.057 0.769 0.007 0.001 0.002 0.041 0.011 0.112 67 Y 0.083 0.810 0.005 0.001 0.002 0.007 0.014 0.079 68 M 0.070 0.841 0.008 0.002 0.002 0.010 0.012 0.056 69 E 0.048 0.614 0.042 0.010 0.007 0.051 0.023 0.203 70 V 0.035 0.686 0.044 0.010 0.015 0.020 0.014 0.176 71 C 0.051 0.766 0.025 0.015 0.022 0.021 0.009 0.090 72 Q 0.035 0.669 0.054 0.033 0.030 0.032 0.010 0.137 73 L 0.044 0.666 0.048 0.042 0.040 0.015 0.012 0.132 74 A 0.113 0.424 0.050 0.068 0.140 0.014 0.020 0.172 75 L 0.120 0.386 0.057 0.110 0.103 0.028 0.028 0.166 76 N 0.074 0.149 0.043 0.095 0.069 0.078 0.031 0.461 77 D 0.067 0.078 0.058 0.026 0.079 0.048 0.019 0.624 78 K 0.051 0.028 0.024 0.008 0.012 0.392 0.024 0.461 79 N 0.281 0.010 0.020 0.005 0.008 0.385 0.056 0.236 80 F 0.162 0.120 0.090 0.023 0.034 0.157 0.011 0.404 81 K 0.029 0.097 0.077 0.059 0.073 0.236 0.004 0.425 82 I 0.029 0.130 0.030 0.014 0.031 0.181 0.005 0.580 83 A 0.113 0.394 0.052 0.020 0.069 0.060 0.011 0.281 84 S 0.108 0.457 0.036 0.018 0.053 0.070 0.019 0.239 85 N 0.076 0.312 0.053 0.009 0.020 0.053 0.024 0.454 86 S 0.078 0.318 0.018 0.005 0.011 0.104 0.020 0.445 87 L 0.071 0.392 0.020 0.007 0.010 0.245 0.012 0.243 88 F 0.029 0.633 0.034 0.009 0.013 0.123 0.004 0.154 89 M 0.022 0.834 0.009 0.004 0.009 0.026 0.003 0.093 90 A 0.019 0.916 0.004 0.003 0.005 0.005 0.003 0.045 91 M 0.014 0.956 0.003 0.003 0.004 0.002 0.003 0.016 92 I 0.019 0.922 0.013 0.010 0.009 0.002 0.004 0.021 93 Y 0.023 0.833 0.042 0.016 0.022 0.006 0.010 0.047 94 A 0.057 0.735 0.044 0.016 0.032 0.009 0.019 0.087 95 G 0.077 0.397 0.099 0.022 0.030 0.060 0.033 0.282 96 N 0.071 0.172 0.101 0.011 0.015 0.122 0.024 0.484 97 L 0.086 0.318 0.085 0.011 0.033 0.080 0.012 0.376 98 S 0.024 0.376 0.026 0.008 0.014 0.169 0.005 0.376 99 L 0.066 0.394 0.017 0.004 0.008 0.185 0.009 0.318 100 I 0.077 0.775 0.012 0.003 0.007 0.021 0.005 0.100 101 F 0.038 0.878 0.007 0.003 0.008 0.011 0.004 0.051 102 D 0.041 0.800 0.008 0.003 0.005 0.021 0.010 0.111 103 S 0.081 0.715 0.013 0.003 0.005 0.022 0.020 0.142 104 I 0.115 0.729 0.017 0.003 0.006 0.026 0.014 0.090 105 K 0.090 0.578 0.058 0.006 0.007 0.082 0.020 0.159 106 T 0.074 0.493 0.052 0.005 0.007 0.052 0.017 0.299 107 D 0.090 0.519 0.030 0.004 0.009 0.053 0.014 0.280 108 I 0.042 0.634 0.044 0.005 0.012 0.055 0.008 0.197 109 S 0.017 0.601 0.054 0.009 0.010 0.148 0.006 0.155 110 T 0.082 0.623 0.019 0.007 0.009 0.097 0.016 0.147 111 L 0.056 0.857 0.015 0.003 0.007 0.007 0.005 0.050 112 L 0.035 0.833 0.031 0.010 0.013 0.014 0.010 0.054 113 S 0.081 0.616 0.033 0.017 0.027 0.026 0.047 0.153 114 A 0.115 0.460 0.056 0.025 0.045 0.031 0.041 0.227 115 E 0.097 0.257 0.049 0.037 0.032 0.155 0.031 0.342 116 Y 0.125 0.165 0.085 0.041 0.038 0.169 0.028 0.350 117 K 0.132 0.226 0.067 0.053 0.063 0.071 0.018 0.371 118 K 0.112 0.154 0.061 0.045 0.075 0.066 0.022 0.465 119 N 0.117 0.106 0.070 0.041 0.053 0.067 0.039 0.508 120 S 0.189 0.041 0.081 0.035 0.042 0.090 0.042 0.482 121 F 0.138 0.024 0.131 0.066 0.062 0.137 0.024 0.418 122 S 0.042 0.012 0.204 0.060 0.085 0.185 0.014 0.397 123 W 0.050 0.011 0.096 0.056 0.100 0.122 0.006 0.559 124 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.988 125 S 0.026 0.004 0.033 0.026 0.079 0.147 0.006 0.680 126 L 0.313 0.010 0.048 0.023 0.038 0.066 0.013 0.489 127 D 0.056 0.023 0.024 0.044 0.053 0.302 0.006 0.493 128 E 0.038 0.012 0.016 0.009 0.023 0.070 0.005 0.828