# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.522 0.091 0.157 0.115 0.037 0.023 0.031 0.005 0.012 0.006 0.001 2 N 0.517 0.036 0.086 0.129 0.056 0.027 0.083 0.035 0.008 0.023 0.001 3 A 0.619 0.076 0.080 0.159 0.024 0.016 0.012 0.003 0.008 0.002 0.001 4 M 0.675 0.111 0.099 0.057 0.017 0.015 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 5 E 0.753 0.056 0.082 0.056 0.020 0.016 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 6 T 0.620 0.096 0.079 0.128 0.027 0.024 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 7 L 0.886 0.021 0.039 0.034 0.006 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 8 N 0.933 0.005 0.011 0.034 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.946 0.003 0.006 0.034 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 I 0.986 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.976 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 L 0.972 0.004 0.007 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 I 0.915 0.013 0.006 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 N 0.765 0.018 0.043 0.111 0.021 0.011 0.014 0.001 0.015 0.001 0.001 17 V 0.427 0.057 0.087 0.387 0.011 0.005 0.016 0.001 0.008 0.001 0.001 18 G 0.160 0.021 0.053 0.037 0.084 0.015 0.176 0.289 0.005 0.162 0.001 19 L 0.350 0.247 0.266 0.072 0.019 0.034 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 20 Y 0.317 0.216 0.210 0.107 0.046 0.036 0.010 0.001 0.053 0.003 0.001 21 Q 0.167 0.129 0.281 0.215 0.048 0.026 0.100 0.003 0.025 0.004 0.002 22 G 0.026 0.018 0.040 0.035 0.115 0.009 0.079 0.515 0.004 0.160 0.001 23 F 0.112 0.346 0.333 0.088 0.065 0.025 0.006 0.003 0.016 0.005 0.001 24 D 0.058 0.168 0.451 0.061 0.035 0.134 0.026 0.001 0.058 0.006 0.001 25 L 0.590 0.074 0.166 0.101 0.019 0.023 0.005 0.001 0.009 0.002 0.009 26 T 0.322 0.115 0.110 0.338 0.039 0.033 0.019 0.006 0.013 0.003 0.001 27 D 0.054 0.124 0.393 0.021 0.057 0.024 0.034 0.002 0.278 0.011 0.001 28 P 0.699 0.004 0.248 0.019 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 29 K 0.459 0.083 0.192 0.170 0.027 0.039 0.010 0.006 0.010 0.001 0.001 30 V 0.332 0.239 0.235 0.119 0.024 0.026 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 31 S 0.329 0.216 0.244 0.082 0.051 0.028 0.013 0.002 0.033 0.002 0.001 32 E 0.661 0.114 0.098 0.053 0.039 0.013 0.005 0.001 0.014 0.002 0.001 33 E 0.415 0.161 0.177 0.141 0.032 0.043 0.010 0.001 0.020 0.001 0.001 34 V 0.259 0.266 0.192 0.189 0.026 0.027 0.013 0.002 0.025 0.001 0.001 35 N 0.152 0.085 0.225 0.130 0.065 0.081 0.187 0.019 0.028 0.025 0.001 36 H 0.380 0.132 0.127 0.227 0.063 0.020 0.019 0.006 0.016 0.007 0.002 37 E 0.388 0.198 0.178 0.125 0.040 0.031 0.011 0.003 0.023 0.003 0.001 38 T 0.277 0.184 0.325 0.087 0.021 0.067 0.012 0.001 0.022 0.001 0.003 39 A 0.345 0.187 0.225 0.120 0.033 0.039 0.022 0.004 0.020 0.003 0.001 40 N 0.196 0.125 0.237 0.164 0.071 0.091 0.067 0.008 0.033 0.007 0.001 41 M 0.546 0.140 0.160 0.087 0.023 0.016 0.012 0.002 0.011 0.002 0.001 42 K 0.567 0.184 0.119 0.061 0.030 0.017 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 43 W 0.400 0.204 0.200 0.076 0.043 0.041 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 44 I 0.501 0.197 0.182 0.059 0.015 0.020 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 45 K 0.517 0.144 0.143 0.101 0.031 0.021 0.020 0.002 0.020 0.002 0.001 46 D 0.271 0.127 0.163 0.234 0.063 0.036 0.062 0.007 0.032 0.005 0.001 47 Y 0.264 0.236 0.183 0.175 0.045 0.031 0.024 0.005 0.032 0.004 0.001 48 T 0.207 0.249 0.249 0.138 0.039 0.053 0.025 0.003 0.033 0.004 0.001 49 S 0.402 0.114 0.160 0.177 0.035 0.046 0.024 0.005 0.026 0.009 0.002 50 D 0.189 0.056 0.130 0.464 0.027 0.029 0.073 0.008 0.018 0.006 0.001 51 G 0.095 0.025 0.051 0.120 0.052 0.015 0.123 0.396 0.008 0.113 0.001 52 N 0.177 0.199 0.223 0.207 0.063 0.043 0.040 0.012 0.025 0.011 0.001 53 W 0.223 0.208 0.265 0.148 0.038 0.063 0.016 0.003 0.027 0.007 0.002 54 D 0.385 0.094 0.179 0.196 0.031 0.058 0.028 0.003 0.018 0.006 0.002 55 N 0.594 0.031 0.081 0.136 0.031 0.030 0.056 0.016 0.010 0.012 0.001 56 E 0.716 0.035 0.075 0.127 0.013 0.012 0.011 0.003 0.005 0.002 0.001 57 F 0.549 0.094 0.126 0.158 0.014 0.031 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 58 K 0.841 0.036 0.071 0.020 0.007 0.009 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 59 E 0.946 0.006 0.016 0.022 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.660 0.020 0.041 0.238 0.008 0.016 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 61 L 0.921 0.010 0.035 0.021 0.002 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 62 K 0.972 0.003 0.005 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.920 0.002 0.005 0.062 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.925 0.009 0.010 0.047 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 L 0.971 0.008 0.008 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 D 0.975 0.002 0.003 0.013 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.876 0.009 0.006 0.100 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 M 0.927 0.022 0.020 0.017 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 69 E 0.944 0.014 0.014 0.018 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.908 0.024 0.016 0.039 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 C 0.838 0.058 0.028 0.050 0.011 0.005 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 72 Q 0.796 0.061 0.047 0.044 0.023 0.009 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 73 L 0.605 0.177 0.078 0.087 0.020 0.015 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 74 A 0.416 0.226 0.147 0.099 0.042 0.036 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 75 L 0.332 0.299 0.147 0.133 0.025 0.033 0.010 0.001 0.020 0.001 0.001 76 N 0.211 0.098 0.211 0.203 0.043 0.098 0.097 0.005 0.025 0.008 0.001 77 D 0.385 0.052 0.142 0.199 0.035 0.050 0.077 0.015 0.026 0.017 0.001 78 K 0.778 0.019 0.071 0.091 0.006 0.008 0.019 0.002 0.003 0.002 0.001 79 N 0.415 0.040 0.059 0.374 0.015 0.027 0.049 0.008 0.009 0.002 0.001 80 F 0.487 0.178 0.195 0.060 0.023 0.015 0.020 0.002 0.017 0.001 0.001 81 K 0.524 0.173 0.200 0.035 0.015 0.033 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 82 I 0.541 0.212 0.124 0.055 0.028 0.019 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 83 A 0.656 0.103 0.087 0.054 0.056 0.016 0.004 0.001 0.020 0.002 0.001 84 S 0.723 0.058 0.068 0.094 0.020 0.016 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 85 N 0.765 0.024 0.047 0.087 0.023 0.012 0.028 0.006 0.005 0.004 0.001 86 S 0.825 0.031 0.037 0.065 0.015 0.011 0.009 0.002 0.005 0.001 0.001 87 L 0.915 0.026 0.022 0.024 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 88 F 0.946 0.021 0.009 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 89 M 0.954 0.014 0.006 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 90 A 0.906 0.043 0.007 0.025 0.014 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 91 M 0.812 0.109 0.026 0.020 0.017 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 92 I 0.630 0.200 0.085 0.040 0.015 0.018 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 93 Y 0.574 0.153 0.096 0.062 0.043 0.029 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 94 A 0.415 0.137 0.171 0.185 0.027 0.019 0.023 0.001 0.021 0.001 0.001 95 G 0.128 0.009 0.039 0.048 0.067 0.009 0.081 0.348 0.003 0.269 0.001 96 N 0.372 0.063 0.232 0.136 0.057 0.073 0.036 0.005 0.018 0.008 0.001 97 L 0.852 0.030 0.062 0.036 0.006 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 98 S 0.945 0.013 0.012 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.879 0.032 0.019 0.040 0.017 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 100 I 0.916 0.033 0.013 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 101 F 0.910 0.024 0.021 0.026 0.009 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 102 D 0.895 0.013 0.019 0.051 0.008 0.004 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 103 S 0.780 0.030 0.035 0.114 0.020 0.006 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 104 I 0.737 0.078 0.078 0.070 0.008 0.013 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 105 K 0.796 0.037 0.063 0.064 0.009 0.017 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 106 T 0.728 0.034 0.052 0.122 0.021 0.014 0.014 0.004 0.007 0.003 0.001 107 D 0.651 0.043 0.087 0.125 0.023 0.029 0.025 0.003 0.012 0.002 0.001 108 I 0.861 0.046 0.035 0.038 0.006 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 109 S 0.896 0.032 0.024 0.028 0.010 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 110 T 0.807 0.066 0.029 0.053 0.024 0.008 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 111 L 0.757 0.084 0.068 0.049 0.015 0.012 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 112 L 0.572 0.170 0.096 0.105 0.016 0.018 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 113 S 0.481 0.095 0.181 0.098 0.046 0.037 0.030 0.002 0.027 0.002 0.001 114 A 0.740 0.048 0.089 0.068 0.020 0.011 0.010 0.002 0.008 0.003 0.001 115 E 0.747 0.040 0.066 0.108 0.011 0.011 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 116 Y 0.446 0.101 0.117 0.246 0.028 0.021 0.017 0.002 0.020 0.001 0.001 117 K 0.402 0.163 0.220 0.088 0.026 0.029 0.035 0.003 0.031 0.003 0.001 118 K 0.376 0.125 0.236 0.156 0.023 0.037 0.027 0.002 0.014 0.002 0.002 119 N 0.245 0.107 0.170 0.251 0.060 0.036 0.065 0.027 0.023 0.015 0.001 120 S 0.212 0.171 0.243 0.201 0.056 0.035 0.045 0.010 0.020 0.006 0.001 121 F 0.168 0.359 0.184 0.150 0.054 0.033 0.027 0.004 0.017 0.003 0.001 122 S 0.131 0.326 0.279 0.115 0.040 0.061 0.020 0.004 0.019 0.003 0.002 123 W 0.022 0.313 0.371 0.007 0.043 0.015 0.005 0.001 0.220 0.003 0.001 124 P 0.244 0.009 0.648 0.019 0.004 0.025 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 125 S 0.159 0.267 0.263 0.158 0.051 0.051 0.016 0.010 0.023 0.002 0.001 126 L 0.181 0.295 0.308 0.093 0.047 0.035 0.010 0.003 0.025 0.004 0.002 127 D 0.134 0.145 0.335 0.127 0.060 0.098 0.042 0.002 0.049 0.006 0.002 128 E 0.521 0.090 0.169 0.127 0.029 0.023 0.012 0.004 0.016 0.005 0.004