# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.019 0.116 0.052 0.044 0.040 0.038 0.063 0.433 0.120 0.056 0.020 2 N 0.027 0.048 0.036 0.029 0.036 0.020 0.029 0.408 0.148 0.171 0.047 3 A 0.052 0.076 0.012 0.002 0.077 0.004 0.014 0.502 0.129 0.111 0.021 4 M 0.036 0.029 0.008 0.005 0.047 0.008 0.021 0.623 0.166 0.039 0.018 5 E 0.011 0.021 0.009 0.004 0.018 0.009 0.042 0.746 0.116 0.018 0.006 6 T 0.021 0.026 0.008 0.002 0.023 0.004 0.042 0.624 0.105 0.132 0.013 7 L 0.025 0.039 0.011 0.004 0.032 0.004 0.010 0.661 0.136 0.060 0.018 8 N 0.004 0.008 0.005 0.004 0.006 0.008 0.018 0.801 0.130 0.011 0.004 9 D 0.008 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.008 0.844 0.057 0.060 0.005 10 I 0.010 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.815 0.127 0.015 0.007 11 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.915 0.059 0.004 0.002 12 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.938 0.041 0.007 0.001 13 I 0.005 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.909 0.037 0.020 0.002 14 L 0.018 0.007 0.001 0.001 0.014 0.001 0.013 0.824 0.089 0.024 0.006 15 I 0.007 0.017 0.005 0.002 0.013 0.006 0.029 0.810 0.092 0.016 0.004 16 N 0.058 0.020 0.015 0.006 0.052 0.008 0.070 0.566 0.079 0.106 0.021 17 V 0.029 0.299 0.083 0.013 0.085 0.018 0.046 0.275 0.083 0.051 0.018 18 G 0.060 0.062 0.039 0.042 0.073 0.033 0.056 0.249 0.133 0.163 0.091 19 L 0.111 0.061 0.033 0.005 0.121 0.006 0.043 0.331 0.150 0.102 0.038 20 Y 0.060 0.065 0.048 0.056 0.084 0.068 0.123 0.280 0.099 0.077 0.039 21 Q 0.031 0.313 0.122 0.081 0.074 0.088 0.145 0.076 0.026 0.029 0.014 22 G 0.045 0.028 0.037 0.076 0.035 0.021 0.013 0.035 0.039 0.438 0.231 23 F 0.105 0.335 0.096 0.013 0.290 0.010 0.015 0.045 0.034 0.037 0.022 24 D 0.142 0.217 0.051 0.013 0.343 0.012 0.022 0.068 0.047 0.034 0.051 25 L 0.165 0.064 0.023 0.010 0.172 0.019 0.063 0.211 0.135 0.077 0.061 26 T 0.069 0.152 0.067 0.044 0.160 0.071 0.095 0.117 0.048 0.137 0.040 27 D 0.195 0.204 0.097 0.012 0.356 0.005 0.006 0.036 0.020 0.042 0.028 28 P 0.030 0.092 0.039 0.012 0.071 0.018 0.036 0.353 0.291 0.036 0.023 29 K 0.068 0.084 0.035 0.008 0.107 0.013 0.066 0.343 0.118 0.125 0.034 30 V 0.100 0.187 0.035 0.006 0.170 0.010 0.022 0.193 0.081 0.145 0.051 31 S 0.086 0.167 0.062 0.017 0.171 0.017 0.021 0.255 0.102 0.065 0.037 32 E 0.033 0.049 0.015 0.005 0.062 0.009 0.026 0.516 0.233 0.041 0.011 33 E 0.069 0.043 0.015 0.003 0.098 0.006 0.068 0.419 0.149 0.110 0.022 34 V 0.083 0.175 0.041 0.007 0.161 0.015 0.040 0.253 0.095 0.095 0.035 35 N 0.116 0.111 0.051 0.022 0.170 0.026 0.050 0.188 0.083 0.113 0.071 36 H 0.099 0.100 0.057 0.020 0.137 0.023 0.037 0.246 0.120 0.122 0.040 37 E 0.054 0.190 0.091 0.018 0.143 0.022 0.060 0.217 0.101 0.079 0.026 38 T 0.138 0.070 0.032 0.012 0.147 0.013 0.030 0.230 0.122 0.130 0.076 39 A 0.048 0.241 0.074 0.013 0.139 0.024 0.047 0.260 0.084 0.045 0.025 40 N 0.116 0.100 0.032 0.014 0.158 0.016 0.034 0.246 0.070 0.138 0.077 41 M 0.167 0.120 0.025 0.005 0.252 0.007 0.018 0.227 0.100 0.037 0.042 42 K 0.071 0.148 0.028 0.009 0.199 0.023 0.047 0.351 0.083 0.024 0.017 43 W 0.190 0.092 0.008 0.001 0.214 0.004 0.026 0.313 0.054 0.070 0.028 44 I 0.169 0.068 0.014 0.007 0.201 0.015 0.041 0.266 0.096 0.065 0.057 45 K 0.060 0.085 0.037 0.046 0.102 0.077 0.123 0.287 0.108 0.041 0.033 46 D 0.126 0.090 0.054 0.016 0.182 0.012 0.039 0.167 0.063 0.188 0.065 47 Y 0.098 0.167 0.058 0.008 0.219 0.010 0.027 0.132 0.082 0.141 0.057 48 T 0.089 0.212 0.156 0.023 0.159 0.016 0.036 0.147 0.056 0.055 0.050 49 S 0.060 0.068 0.064 0.048 0.064 0.051 0.075 0.341 0.109 0.085 0.036 50 D 0.027 0.226 0.113 0.081 0.061 0.055 0.094 0.185 0.072 0.070 0.016 51 G 0.027 0.044 0.041 0.098 0.032 0.043 0.034 0.140 0.134 0.317 0.089 52 N 0.067 0.132 0.105 0.024 0.119 0.016 0.037 0.212 0.092 0.145 0.051 53 W 0.069 0.135 0.066 0.022 0.106 0.022 0.039 0.265 0.112 0.118 0.044 54 D 0.047 0.193 0.081 0.031 0.095 0.025 0.040 0.309 0.103 0.054 0.023 55 N 0.012 0.022 0.020 0.018 0.015 0.019 0.020 0.531 0.233 0.087 0.022 56 E 0.023 0.064 0.020 0.003 0.043 0.004 0.017 0.625 0.096 0.090 0.014 57 F 0.050 0.060 0.011 0.002 0.065 0.004 0.017 0.590 0.111 0.069 0.021 58 K 0.017 0.022 0.008 0.004 0.023 0.005 0.012 0.752 0.120 0.026 0.012 59 E 0.003 0.014 0.004 0.002 0.006 0.004 0.012 0.876 0.066 0.011 0.002 60 D 0.011 0.022 0.006 0.001 0.014 0.002 0.013 0.779 0.070 0.076 0.007 61 L 0.006 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.769 0.184 0.022 0.005 62 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.896 0.082 0.003 0.001 63 N 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.019 0.861 0.078 0.028 0.001 64 F 0.004 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.819 0.088 0.060 0.003 65 L 0.007 0.005 0.001 0.001 0.008 0.003 0.014 0.797 0.151 0.009 0.004 66 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 0.829 0.119 0.012 0.001 67 Y 0.010 0.019 0.004 0.001 0.013 0.001 0.025 0.757 0.072 0.092 0.007 68 M 0.041 0.051 0.014 0.003 0.060 0.005 0.017 0.626 0.132 0.031 0.019 69 E 0.012 0.014 0.003 0.001 0.017 0.003 0.015 0.829 0.084 0.016 0.007 70 V 0.023 0.014 0.002 0.001 0.021 0.001 0.021 0.792 0.087 0.031 0.008 71 C 0.037 0.036 0.005 0.001 0.054 0.005 0.028 0.696 0.100 0.024 0.013 72 Q 0.043 0.018 0.003 0.002 0.048 0.006 0.024 0.697 0.119 0.029 0.011 73 L 0.028 0.050 0.007 0.001 0.057 0.003 0.024 0.677 0.105 0.041 0.008 74 A 0.087 0.038 0.011 0.004 0.108 0.007 0.077 0.428 0.101 0.105 0.035 75 L 0.077 0.122 0.053 0.025 0.126 0.033 0.066 0.293 0.075 0.093 0.038 76 N 0.076 0.099 0.082 0.070 0.114 0.052 0.077 0.150 0.060 0.172 0.046 77 D 0.127 0.105 0.092 0.020 0.206 0.009 0.014 0.178 0.115 0.096 0.036 78 K 0.012 0.050 0.020 0.008 0.030 0.017 0.064 0.469 0.288 0.033 0.011 79 N 0.074 0.063 0.025 0.009 0.087 0.012 0.051 0.279 0.103 0.228 0.069 80 F 0.141 0.171 0.032 0.005 0.225 0.008 0.015 0.219 0.088 0.054 0.044 81 K 0.088 0.105 0.026 0.010 0.182 0.020 0.035 0.398 0.078 0.033 0.025 82 I 0.121 0.079 0.018 0.004 0.152 0.007 0.027 0.445 0.066 0.057 0.025 83 A 0.060 0.080 0.021 0.009 0.094 0.017 0.046 0.476 0.082 0.080 0.034 84 S 0.049 0.078 0.031 0.031 0.068 0.028 0.040 0.501 0.090 0.056 0.029 85 N 0.021 0.025 0.022 0.027 0.025 0.022 0.028 0.557 0.163 0.086 0.024 86 S 0.024 0.057 0.018 0.003 0.040 0.004 0.011 0.664 0.094 0.071 0.013 87 L 0.018 0.017 0.002 0.001 0.018 0.002 0.011 0.773 0.118 0.031 0.012 88 F 0.012 0.010 0.002 0.001 0.014 0.004 0.015 0.838 0.086 0.010 0.008 89 M 0.021 0.007 0.001 0.001 0.016 0.003 0.013 0.841 0.085 0.007 0.005 90 A 0.017 0.019 0.002 0.001 0.020 0.002 0.009 0.864 0.042 0.021 0.004 91 M 0.042 0.032 0.003 0.001 0.053 0.002 0.013 0.770 0.056 0.021 0.007 92 I 0.029 0.039 0.005 0.002 0.053 0.005 0.030 0.745 0.058 0.024 0.010 93 Y 0.087 0.053 0.019 0.011 0.098 0.014 0.066 0.441 0.076 0.095 0.040 94 A 0.042 0.064 0.045 0.068 0.056 0.048 0.066 0.371 0.097 0.101 0.042 95 G 0.014 0.042 0.069 0.158 0.025 0.079 0.085 0.329 0.080 0.097 0.020 96 N 0.084 0.085 0.040 0.008 0.120 0.006 0.018 0.279 0.117 0.198 0.045 97 L 0.039 0.036 0.005 0.002 0.046 0.004 0.017 0.493 0.310 0.027 0.021 98 S 0.011 0.013 0.005 0.006 0.018 0.019 0.049 0.736 0.123 0.012 0.007 99 L 0.022 0.021 0.004 0.001 0.024 0.002 0.011 0.806 0.067 0.036 0.006 100 I 0.021 0.021 0.002 0.001 0.024 0.001 0.011 0.794 0.059 0.056 0.009 101 F 0.018 0.018 0.006 0.005 0.026 0.007 0.016 0.770 0.108 0.019 0.008 102 D 0.007 0.008 0.003 0.002 0.009 0.004 0.019 0.757 0.172 0.014 0.004 103 S 0.017 0.018 0.006 0.001 0.020 0.002 0.027 0.714 0.110 0.079 0.007 104 I 0.027 0.084 0.012 0.002 0.048 0.004 0.022 0.621 0.104 0.062 0.014 105 K 0.042 0.018 0.007 0.010 0.034 0.014 0.050 0.586 0.130 0.081 0.029 106 T 0.017 0.105 0.051 0.017 0.044 0.017 0.030 0.586 0.091 0.033 0.009 107 D 0.038 0.031 0.018 0.006 0.047 0.007 0.032 0.556 0.117 0.118 0.031 108 I 0.049 0.041 0.006 0.001 0.054 0.003 0.015 0.539 0.216 0.052 0.023 109 S 0.029 0.034 0.006 0.005 0.049 0.016 0.060 0.629 0.137 0.025 0.011 110 T 0.044 0.046 0.012 0.003 0.066 0.007 0.033 0.606 0.127 0.042 0.013 111 L 0.068 0.053 0.010 0.002 0.091 0.005 0.046 0.540 0.080 0.083 0.022 112 L 0.092 0.169 0.044 0.013 0.185 0.020 0.041 0.284 0.057 0.061 0.034 113 S 0.104 0.120 0.052 0.019 0.153 0.017 0.030 0.278 0.098 0.076 0.054 114 A 0.034 0.092 0.035 0.007 0.074 0.010 0.035 0.448 0.198 0.048 0.017 115 E 0.062 0.077 0.023 0.006 0.110 0.009 0.066 0.362 0.150 0.106 0.028 116 Y 0.122 0.149 0.040 0.006 0.177 0.009 0.032 0.253 0.082 0.093 0.038 117 K 0.075 0.097 0.062 0.034 0.109 0.043 0.071 0.299 0.097 0.069 0.045 118 K 0.074 0.117 0.064 0.058 0.095 0.056 0.104 0.214 0.088 0.093 0.036 119 N 0.044 0.133 0.099 0.084 0.077 0.045 0.047 0.116 0.081 0.212 0.061 120 S 0.115 0.121 0.058 0.023 0.191 0.016 0.025 0.080 0.074 0.196 0.101 121 F 0.152 0.211 0.063 0.014 0.303 0.014 0.026 0.068 0.045 0.059 0.046 122 S 0.130 0.184 0.087 0.035 0.231 0.036 0.058 0.055 0.040 0.085 0.059 123 W 0.146 0.260 0.123 0.020 0.295 0.012 0.014 0.032 0.025 0.038 0.035 124 P 0.076 0.282 0.113 0.023 0.197 0.027 0.046 0.100 0.073 0.036 0.028 125 S 0.106 0.195 0.093 0.019 0.198 0.014 0.031 0.097 0.072 0.113 0.061 126 L 0.110 0.212 0.055 0.012 0.215 0.016 0.027 0.116 0.089 0.100 0.049 127 D 0.079 0.186 0.126 0.030 0.170 0.023 0.036 0.146 0.096 0.069 0.038 128 E 0.062 0.098 0.042 0.012 0.105 0.017 0.046 0.292 0.214 0.084 0.028