# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.543 0.191 0.100 0.069 0.045 0.024 0.014 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 N 0.461 0.187 0.121 0.094 0.064 0.035 0.019 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 A 0.171 0.103 0.131 0.163 0.166 0.123 0.073 0.037 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 4 M 0.146 0.094 0.117 0.152 0.185 0.133 0.085 0.046 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 5 E 0.501 0.220 0.109 0.071 0.042 0.025 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 T 0.203 0.149 0.149 0.156 0.138 0.089 0.055 0.030 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 7 L 0.049 0.040 0.067 0.128 0.221 0.186 0.136 0.086 0.048 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 8 N 0.367 0.187 0.147 0.110 0.075 0.055 0.030 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 D 0.232 0.234 0.180 0.142 0.096 0.051 0.032 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 10 I 0.037 0.026 0.038 0.084 0.184 0.189 0.153 0.142 0.089 0.038 0.012 0.006 0.002 0.001 11 K 0.108 0.169 0.194 0.213 0.145 0.098 0.041 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 K 0.518 0.269 0.108 0.049 0.023 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.059 0.059 0.104 0.187 0.241 0.165 0.085 0.055 0.027 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 14 L 0.050 0.033 0.056 0.104 0.185 0.199 0.152 0.119 0.063 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 15 I 0.165 0.164 0.150 0.149 0.130 0.098 0.067 0.040 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 16 N 0.284 0.261 0.172 0.113 0.069 0.039 0.029 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 17 V 0.057 0.036 0.054 0.103 0.188 0.167 0.145 0.106 0.071 0.032 0.019 0.015 0.005 0.001 18 G 0.092 0.085 0.112 0.157 0.175 0.132 0.102 0.067 0.039 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 19 L 0.089 0.035 0.042 0.067 0.106 0.127 0.133 0.143 0.098 0.070 0.045 0.027 0.012 0.005 20 Y 0.074 0.055 0.064 0.095 0.127 0.132 0.113 0.107 0.088 0.059 0.046 0.024 0.009 0.005 21 Q 0.050 0.035 0.047 0.080 0.103 0.116 0.121 0.120 0.112 0.086 0.066 0.040 0.015 0.008 22 G 0.054 0.047 0.051 0.081 0.113 0.118 0.123 0.120 0.100 0.081 0.058 0.031 0.013 0.009 23 F 0.056 0.043 0.053 0.059 0.083 0.101 0.119 0.118 0.116 0.095 0.077 0.049 0.024 0.008 24 D 0.093 0.077 0.104 0.157 0.182 0.121 0.095 0.071 0.051 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 25 L 0.040 0.031 0.056 0.092 0.132 0.154 0.140 0.125 0.103 0.064 0.035 0.017 0.007 0.003 26 T 0.142 0.120 0.137 0.151 0.143 0.118 0.098 0.045 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 27 D 0.348 0.275 0.153 0.091 0.051 0.031 0.024 0.010 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 28 P 0.324 0.195 0.145 0.113 0.102 0.055 0.034 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.307 0.219 0.152 0.124 0.097 0.048 0.029 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.138 0.084 0.130 0.176 0.182 0.131 0.078 0.046 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 31 S 0.295 0.156 0.137 0.140 0.117 0.068 0.046 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 32 E 0.424 0.165 0.119 0.112 0.077 0.048 0.026 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 33 E 0.427 0.221 0.127 0.090 0.059 0.032 0.027 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 V 0.108 0.062 0.111 0.160 0.203 0.157 0.088 0.058 0.030 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 35 N 0.284 0.145 0.145 0.155 0.121 0.071 0.045 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 36 H 0.392 0.156 0.126 0.121 0.087 0.052 0.032 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 37 E 0.341 0.174 0.135 0.127 0.095 0.061 0.035 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 T 0.307 0.187 0.144 0.112 0.096 0.064 0.047 0.020 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 39 A 0.151 0.101 0.120 0.171 0.167 0.121 0.073 0.046 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 40 N 0.159 0.128 0.133 0.154 0.154 0.104 0.085 0.041 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 41 M 0.074 0.047 0.069 0.099 0.153 0.158 0.128 0.110 0.075 0.041 0.024 0.013 0.006 0.002 42 K 0.303 0.191 0.134 0.116 0.087 0.057 0.049 0.027 0.020 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 43 W 0.062 0.040 0.072 0.129 0.157 0.158 0.116 0.108 0.068 0.040 0.024 0.016 0.007 0.002 44 I 0.043 0.042 0.063 0.091 0.143 0.162 0.153 0.126 0.076 0.054 0.026 0.012 0.005 0.002 45 K 0.225 0.195 0.159 0.138 0.097 0.069 0.048 0.030 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 46 D 0.276 0.218 0.140 0.119 0.095 0.056 0.039 0.024 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 47 Y 0.076 0.054 0.095 0.146 0.192 0.167 0.123 0.079 0.036 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 48 T 0.199 0.151 0.152 0.157 0.137 0.090 0.053 0.029 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 49 S 0.365 0.162 0.121 0.105 0.090 0.063 0.042 0.025 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 50 D 0.374 0.215 0.131 0.108 0.070 0.043 0.031 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 51 G 0.335 0.161 0.141 0.124 0.106 0.063 0.038 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 52 N 0.449 0.194 0.120 0.090 0.068 0.036 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 W 0.170 0.094 0.131 0.165 0.164 0.122 0.077 0.044 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 54 D 0.385 0.204 0.126 0.111 0.083 0.041 0.027 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 N 0.503 0.175 0.114 0.085 0.058 0.033 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.258 0.199 0.174 0.153 0.098 0.060 0.037 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.062 0.046 0.086 0.140 0.217 0.188 0.137 0.076 0.029 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 58 K 0.425 0.230 0.133 0.099 0.061 0.025 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.698 0.162 0.072 0.039 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 D 0.268 0.172 0.169 0.159 0.110 0.057 0.048 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.039 0.033 0.077 0.149 0.255 0.200 0.131 0.070 0.031 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 62 K 0.620 0.214 0.089 0.044 0.018 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 N 0.411 0.297 0.165 0.070 0.030 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 F 0.032 0.026 0.053 0.119 0.249 0.224 0.148 0.092 0.040 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 65 L 0.100 0.101 0.133 0.180 0.221 0.134 0.074 0.034 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 66 D 0.718 0.180 0.063 0.022 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.080 0.069 0.122 0.213 0.248 0.140 0.060 0.039 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 68 M 0.073 0.052 0.076 0.144 0.196 0.203 0.137 0.071 0.030 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 69 E 0.342 0.310 0.175 0.079 0.040 0.024 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.213 0.104 0.111 0.151 0.162 0.113 0.054 0.046 0.029 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 71 C 0.055 0.030 0.046 0.096 0.163 0.179 0.192 0.115 0.061 0.033 0.016 0.009 0.003 0.001 72 Q 0.124 0.098 0.117 0.161 0.167 0.117 0.080 0.062 0.037 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 73 L 0.187 0.085 0.087 0.097 0.115 0.115 0.089 0.083 0.060 0.039 0.023 0.012 0.005 0.002 74 A 0.108 0.073 0.109 0.165 0.166 0.142 0.096 0.067 0.039 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 75 L 0.060 0.040 0.060 0.124 0.192 0.176 0.136 0.097 0.064 0.027 0.013 0.007 0.003 0.001 76 N 0.275 0.178 0.150 0.132 0.091 0.075 0.062 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 77 D 0.353 0.242 0.169 0.105 0.057 0.032 0.023 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 K 0.481 0.223 0.112 0.083 0.052 0.024 0.013 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.234 0.176 0.170 0.148 0.129 0.072 0.042 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 80 F 0.071 0.045 0.084 0.125 0.167 0.174 0.160 0.100 0.041 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 81 K 0.267 0.205 0.155 0.136 0.109 0.058 0.030 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 82 I 0.224 0.085 0.099 0.119 0.131 0.123 0.080 0.060 0.039 0.019 0.011 0.006 0.003 0.001 83 A 0.076 0.063 0.081 0.127 0.162 0.159 0.132 0.099 0.050 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 84 S 0.094 0.072 0.085 0.124 0.164 0.150 0.110 0.095 0.054 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 85 N 0.234 0.183 0.144 0.134 0.111 0.081 0.051 0.029 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 86 S 0.155 0.127 0.141 0.150 0.137 0.116 0.076 0.049 0.025 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 87 L 0.054 0.030 0.045 0.082 0.136 0.179 0.172 0.153 0.080 0.038 0.018 0.009 0.003 0.001 88 F 0.087 0.067 0.081 0.110 0.151 0.152 0.135 0.107 0.057 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 89 M 0.153 0.112 0.127 0.151 0.133 0.113 0.078 0.061 0.035 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 90 A 0.082 0.046 0.065 0.100 0.130 0.147 0.148 0.112 0.079 0.045 0.024 0.014 0.006 0.003 91 M 0.103 0.059 0.078 0.104 0.129 0.149 0.138 0.103 0.064 0.036 0.020 0.010 0.005 0.003 92 I 0.136 0.067 0.075 0.086 0.113 0.133 0.124 0.106 0.068 0.041 0.026 0.015 0.007 0.004 93 Y 0.094 0.059 0.068 0.097 0.125 0.149 0.137 0.117 0.066 0.042 0.025 0.012 0.005 0.003 94 A 0.092 0.059 0.076 0.109 0.150 0.143 0.120 0.099 0.067 0.039 0.025 0.013 0.005 0.003 95 G 0.159 0.112 0.118 0.131 0.141 0.118 0.090 0.059 0.034 0.019 0.010 0.006 0.003 0.001 96 N 0.107 0.096 0.120 0.155 0.154 0.141 0.103 0.061 0.033 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 97 L 0.060 0.040 0.056 0.089 0.141 0.169 0.171 0.127 0.078 0.039 0.018 0.007 0.003 0.001 98 S 0.241 0.187 0.161 0.142 0.115 0.071 0.040 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 99 L 0.182 0.093 0.120 0.139 0.140 0.128 0.081 0.055 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 100 I 0.045 0.033 0.048 0.090 0.136 0.185 0.187 0.141 0.076 0.036 0.015 0.005 0.002 0.001 101 F 0.058 0.067 0.094 0.142 0.197 0.159 0.117 0.081 0.049 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 102 D 0.454 0.233 0.137 0.075 0.043 0.026 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 S 0.100 0.104 0.148 0.183 0.185 0.131 0.076 0.042 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 104 I 0.038 0.024 0.033 0.070 0.142 0.191 0.199 0.173 0.083 0.033 0.009 0.004 0.001 0.001 105 K 0.106 0.169 0.183 0.198 0.167 0.094 0.045 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 106 T 0.410 0.182 0.138 0.105 0.068 0.045 0.025 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 107 D 0.083 0.103 0.138 0.202 0.205 0.126 0.079 0.037 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 108 I 0.047 0.026 0.040 0.081 0.146 0.192 0.172 0.153 0.090 0.036 0.012 0.004 0.002 0.001 109 S 0.144 0.168 0.161 0.161 0.146 0.106 0.058 0.030 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 110 T 0.324 0.204 0.158 0.117 0.077 0.050 0.032 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 111 L 0.052 0.035 0.063 0.113 0.188 0.187 0.141 0.110 0.060 0.025 0.013 0.008 0.003 0.001 112 L 0.087 0.056 0.069 0.110 0.168 0.163 0.137 0.110 0.056 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 113 S 0.290 0.216 0.150 0.129 0.083 0.053 0.042 0.018 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 114 A 0.213 0.099 0.130 0.155 0.165 0.105 0.058 0.035 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 115 E 0.279 0.195 0.154 0.152 0.100 0.056 0.036 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.193 0.102 0.148 0.173 0.158 0.111 0.055 0.030 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 117 K 0.380 0.177 0.128 0.115 0.085 0.055 0.039 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 K 0.398 0.199 0.134 0.101 0.072 0.043 0.029 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 119 N 0.372 0.178 0.142 0.115 0.082 0.052 0.030 0.013 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 120 S 0.320 0.190 0.132 0.121 0.097 0.057 0.043 0.019 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 121 F 0.119 0.059 0.092 0.124 0.174 0.154 0.112 0.078 0.045 0.021 0.011 0.007 0.003 0.001 122 S 0.268 0.157 0.135 0.138 0.122 0.067 0.055 0.028 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 123 W 0.108 0.066 0.089 0.131 0.152 0.140 0.101 0.091 0.059 0.033 0.018 0.008 0.004 0.001 124 P 0.199 0.117 0.123 0.133 0.134 0.111 0.081 0.046 0.027 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 125 S 0.298 0.213 0.150 0.118 0.088 0.052 0.036 0.020 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 126 L 0.103 0.058 0.083 0.137 0.201 0.164 0.106 0.074 0.040 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 127 D 0.319 0.168 0.148 0.131 0.100 0.060 0.042 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 128 E 0.507 0.187 0.102 0.084 0.053 0.028 0.017 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001