# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.030 0.034 0.043 0.044 0.003 0.086 0.008 0.025 0.005 0.005 0.152 0.174 0.354 0.004 0.025 0.009 2 N 0.010 0.032 0.033 0.032 0.001 0.060 0.005 0.007 0.008 0.007 0.109 0.216 0.441 0.004 0.007 0.028 3 A 0.017 0.017 0.022 0.024 0.001 0.026 0.002 0.002 0.002 0.001 0.065 0.140 0.663 0.002 0.005 0.012 4 M 0.003 0.003 0.022 0.009 0.001 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.036 0.051 0.836 0.002 0.002 0.004 5 E 0.002 0.015 0.013 0.017 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.045 0.873 0.001 0.003 0.005 6 T 0.001 0.002 0.004 0.007 0.001 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.031 0.868 0.016 0.002 0.016 7 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.037 0.007 0.911 0.003 0.009 0.002 8 N 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.097 0.852 0.001 0.003 0.005 9 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.025 0.943 0.002 0.001 0.007 10 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.972 0.001 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.002 14 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.006 0.001 0.002 15 I 0.001 0.006 0.007 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.951 0.001 0.014 0.004 16 N 0.002 0.002 0.004 0.009 0.011 0.003 0.033 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.250 0.602 0.003 0.074 17 V 0.013 0.009 0.059 0.014 0.001 0.002 0.004 0.033 0.001 0.001 0.005 0.005 0.247 0.002 0.600 0.006 18 G 0.004 0.009 0.046 0.032 0.004 0.031 0.015 0.001 0.025 0.030 0.017 0.012 0.385 0.011 0.002 0.376 19 L 0.363 0.022 0.029 0.066 0.009 0.031 0.011 0.005 0.001 0.001 0.044 0.047 0.353 0.004 0.008 0.007 20 Y 0.004 0.062 0.091 0.051 0.109 0.025 0.126 0.006 0.004 0.003 0.010 0.029 0.057 0.397 0.006 0.021 21 Q 0.009 0.023 0.055 0.110 0.004 0.021 0.012 0.188 0.003 0.002 0.010 0.008 0.058 0.002 0.485 0.009 22 G 0.011 0.061 0.110 0.092 0.006 0.019 0.013 0.003 0.141 0.046 0.018 0.007 0.038 0.006 0.003 0.427 23 F 0.643 0.026 0.088 0.176 0.002 0.008 0.006 0.004 0.002 0.001 0.005 0.017 0.013 0.001 0.005 0.006 24 D 0.007 0.029 0.139 0.066 0.006 0.679 0.005 0.003 0.003 0.007 0.007 0.018 0.024 0.001 0.002 0.005 25 L 0.010 0.084 0.021 0.104 0.019 0.125 0.007 0.007 0.002 0.001 0.575 0.013 0.024 0.003 0.001 0.005 26 T 0.005 0.500 0.061 0.161 0.001 0.007 0.001 0.010 0.004 0.001 0.006 0.227 0.007 0.001 0.007 0.002 27 D 0.013 0.010 0.211 0.134 0.003 0.372 0.009 0.003 0.013 0.016 0.014 0.019 0.144 0.001 0.005 0.034 28 P 0.026 0.060 0.126 0.063 0.001 0.055 0.004 0.003 0.001 0.001 0.542 0.017 0.096 0.001 0.001 0.005 29 K 0.012 0.173 0.047 0.234 0.002 0.054 0.003 0.003 0.004 0.001 0.016 0.396 0.045 0.002 0.001 0.006 30 V 0.008 0.037 0.153 0.320 0.004 0.151 0.009 0.004 0.002 0.001 0.028 0.027 0.239 0.002 0.006 0.009 31 S 0.004 0.087 0.117 0.163 0.003 0.197 0.008 0.005 0.003 0.001 0.050 0.041 0.304 0.002 0.004 0.011 32 E 0.009 0.035 0.036 0.221 0.002 0.035 0.003 0.006 0.002 0.001 0.288 0.049 0.297 0.002 0.003 0.010 33 E 0.022 0.055 0.134 0.251 0.023 0.029 0.027 0.004 0.006 0.001 0.014 0.090 0.231 0.070 0.006 0.036 34 V 0.008 0.031 0.213 0.259 0.017 0.037 0.066 0.012 0.001 0.001 0.010 0.008 0.235 0.020 0.060 0.022 35 N 0.006 0.051 0.104 0.156 0.010 0.270 0.018 0.039 0.008 0.014 0.027 0.017 0.200 0.005 0.023 0.052 36 H 0.052 0.052 0.026 0.091 0.010 0.124 0.010 0.015 0.017 0.012 0.355 0.034 0.159 0.008 0.005 0.031 37 E 0.055 0.211 0.093 0.087 0.005 0.024 0.012 0.013 0.008 0.003 0.091 0.256 0.095 0.013 0.017 0.019 38 T 0.018 0.040 0.188 0.071 0.017 0.149 0.071 0.005 0.005 0.004 0.024 0.073 0.255 0.017 0.029 0.035 39 A 0.019 0.094 0.183 0.103 0.005 0.058 0.018 0.041 0.004 0.003 0.195 0.028 0.187 0.005 0.024 0.033 40 N 0.024 0.221 0.068 0.134 0.001 0.101 0.004 0.009 0.023 0.009 0.019 0.199 0.145 0.002 0.010 0.032 41 M 0.055 0.009 0.094 0.085 0.003 0.146 0.010 0.002 0.006 0.004 0.181 0.035 0.343 0.005 0.003 0.017 42 K 0.011 0.153 0.151 0.137 0.002 0.036 0.005 0.005 0.001 0.001 0.065 0.162 0.260 0.002 0.006 0.005 43 W 0.007 0.029 0.045 0.216 0.009 0.093 0.014 0.003 0.006 0.002 0.020 0.070 0.425 0.015 0.004 0.042 44 I 0.006 0.030 0.202 0.105 0.036 0.064 0.106 0.005 0.001 0.001 0.035 0.021 0.344 0.024 0.010 0.010 45 K 0.005 0.112 0.122 0.182 0.008 0.033 0.027 0.094 0.005 0.003 0.025 0.027 0.258 0.014 0.049 0.036 46 D 0.022 0.041 0.083 0.250 0.007 0.084 0.018 0.014 0.070 0.027 0.025 0.022 0.174 0.012 0.020 0.130 47 Y 0.092 0.077 0.259 0.156 0.010 0.041 0.032 0.007 0.007 0.004 0.060 0.024 0.152 0.008 0.014 0.057 48 T 0.030 0.070 0.204 0.126 0.029 0.261 0.021 0.011 0.005 0.005 0.032 0.078 0.099 0.007 0.007 0.015 49 S 0.009 0.042 0.043 0.039 0.231 0.081 0.142 0.014 0.004 0.005 0.136 0.027 0.055 0.157 0.005 0.010 50 D 0.006 0.154 0.033 0.045 0.008 0.029 0.017 0.185 0.013 0.003 0.051 0.084 0.043 0.012 0.303 0.013 51 G 0.017 0.025 0.075 0.047 0.006 0.017 0.027 0.014 0.150 0.126 0.043 0.063 0.093 0.008 0.029 0.260 52 N 0.398 0.035 0.074 0.032 0.011 0.091 0.022 0.011 0.008 0.009 0.047 0.098 0.112 0.006 0.012 0.034 53 W 0.031 0.059 0.177 0.042 0.023 0.069 0.039 0.031 0.004 0.008 0.215 0.085 0.128 0.045 0.019 0.028 54 D 0.012 0.029 0.033 0.028 0.002 0.291 0.004 0.044 0.008 0.012 0.046 0.224 0.164 0.002 0.093 0.008 55 N 0.008 0.015 0.011 0.008 0.001 0.032 0.001 0.002 0.010 0.010 0.499 0.063 0.310 0.001 0.002 0.028 56 E 0.052 0.019 0.014 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.643 0.191 0.002 0.001 0.006 57 F 0.002 0.002 0.056 0.005 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.070 0.803 0.001 0.004 0.003 58 K 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.014 0.919 0.001 0.001 0.002 59 E 0.001 0.006 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.072 0.887 0.001 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.955 0.003 0.001 0.006 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 62 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.045 0.933 0.003 0.002 0.002 63 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.984 0.001 0.002 0.003 64 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.980 0.001 0.001 0.007 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.984 0.001 0.001 0.001 66 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.979 0.001 0.001 0.005 68 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.978 0.001 0.001 0.002 70 V 0.001 0.006 0.002 0.009 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.940 0.002 0.002 0.004 71 C 0.001 0.003 0.022 0.006 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.939 0.001 0.006 0.006 72 Q 0.001 0.004 0.011 0.019 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.909 0.009 0.002 0.009 73 L 0.004 0.009 0.019 0.046 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.857 0.004 0.011 0.010 74 A 0.006 0.010 0.061 0.063 0.015 0.014 0.069 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.485 0.119 0.010 0.135 75 L 0.017 0.044 0.153 0.116 0.055 0.027 0.130 0.023 0.001 0.001 0.011 0.007 0.229 0.057 0.086 0.044 76 N 0.007 0.036 0.061 0.036 0.016 0.226 0.019 0.148 0.009 0.040 0.032 0.014 0.208 0.014 0.067 0.065 77 D 0.028 0.022 0.008 0.006 0.009 0.133 0.022 0.012 0.015 0.031 0.485 0.039 0.133 0.024 0.009 0.024 78 K 0.041 0.108 0.016 0.007 0.001 0.011 0.004 0.021 0.006 0.002 0.250 0.376 0.080 0.005 0.063 0.011 79 N 0.028 0.056 0.133 0.020 0.001 0.013 0.007 0.001 0.029 0.003 0.010 0.278 0.200 0.003 0.025 0.193 80 F 0.093 0.007 0.289 0.029 0.001 0.033 0.013 0.001 0.002 0.001 0.040 0.023 0.432 0.002 0.003 0.033 81 K 0.012 0.091 0.251 0.096 0.003 0.038 0.015 0.002 0.001 0.001 0.030 0.060 0.387 0.003 0.002 0.008 82 I 0.005 0.029 0.033 0.228 0.010 0.107 0.018 0.003 0.002 0.001 0.020 0.045 0.478 0.004 0.003 0.013 83 A 0.003 0.043 0.078 0.088 0.031 0.074 0.047 0.006 0.002 0.002 0.044 0.043 0.500 0.015 0.006 0.017 84 S 0.004 0.012 0.018 0.020 0.005 0.173 0.008 0.030 0.002 0.004 0.070 0.064 0.556 0.004 0.019 0.010 85 N 0.005 0.029 0.015 0.012 0.001 0.015 0.001 0.005 0.007 0.007 0.226 0.109 0.543 0.001 0.005 0.018 86 S 0.014 0.003 0.004 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.219 0.682 0.001 0.001 0.005 87 L 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.056 0.875 0.001 0.001 0.001 88 F 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.087 0.891 0.001 0.001 0.001 89 M 0.001 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.974 0.001 0.001 0.001 90 A 0.001 0.002 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 91 M 0.001 0.002 0.006 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.946 0.001 0.001 0.002 92 I 0.001 0.004 0.008 0.051 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.915 0.001 0.002 0.002 93 Y 0.001 0.005 0.007 0.036 0.095 0.017 0.059 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.372 0.366 0.005 0.029 94 A 0.005 0.016 0.014 0.027 0.015 0.019 0.017 0.093 0.001 0.001 0.015 0.005 0.317 0.024 0.414 0.017 95 G 0.008 0.025 0.020 0.026 0.001 0.018 0.003 0.030 0.041 0.143 0.053 0.030 0.356 0.003 0.022 0.222 96 N 0.191 0.009 0.005 0.011 0.001 0.083 0.002 0.002 0.004 0.007 0.064 0.168 0.438 0.001 0.002 0.012 97 L 0.005 0.003 0.011 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.289 0.110 0.547 0.001 0.001 0.001 98 S 0.001 0.011 0.003 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.470 0.483 0.001 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.966 0.001 0.001 0.003 100 I 0.001 0.003 0.007 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.957 0.001 0.001 0.003 101 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.962 0.003 0.002 0.002 102 D 0.001 0.007 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.008 0.944 0.001 0.004 0.004 103 S 0.003 0.003 0.003 0.005 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.869 0.013 0.003 0.053 104 I 0.003 0.001 0.028 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.928 0.001 0.007 0.005 105 K 0.001 0.009 0.017 0.004 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.890 0.012 0.002 0.019 106 T 0.004 0.010 0.008 0.017 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.040 0.867 0.001 0.013 0.004 107 D 0.001 0.007 0.010 0.006 0.001 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.037 0.860 0.001 0.001 0.021 108 I 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.037 0.874 0.001 0.001 0.001 109 S 0.001 0.008 0.008 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.096 0.861 0.001 0.002 0.002 110 T 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.973 0.001 0.001 0.004 111 L 0.002 0.007 0.031 0.013 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.856 0.015 0.003 0.034 112 L 0.003 0.029 0.079 0.053 0.001 0.012 0.014 0.003 0.001 0.001 0.004 0.012 0.737 0.006 0.031 0.015 113 S 0.003 0.007 0.048 0.041 0.001 0.098 0.007 0.003 0.002 0.002 0.011 0.006 0.715 0.006 0.010 0.041 114 A 0.012 0.015 0.018 0.023 0.002 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 0.323 0.013 0.541 0.008 0.004 0.014 115 E 0.014 0.090 0.056 0.047 0.004 0.018 0.025 0.005 0.003 0.001 0.028 0.244 0.356 0.066 0.016 0.028 116 Y 0.007 0.025 0.151 0.061 0.005 0.031 0.053 0.005 0.002 0.001 0.009 0.024 0.508 0.011 0.068 0.039 117 K 0.011 0.042 0.149 0.048 0.021 0.070 0.077 0.011 0.004 0.005 0.046 0.014 0.349 0.025 0.014 0.114 118 K 0.073 0.104 0.097 0.099 0.016 0.061 0.050 0.049 0.010 0.006 0.081 0.053 0.154 0.059 0.051 0.037 119 N 0.031 0.108 0.130 0.085 0.006 0.095 0.045 0.026 0.031 0.018 0.052 0.070 0.146 0.019 0.076 0.064 120 S 0.076 0.164 0.215 0.140 0.002 0.024 0.017 0.007 0.022 0.004 0.042 0.044 0.099 0.005 0.024 0.113 121 F 0.108 0.036 0.377 0.230 0.006 0.056 0.020 0.003 0.007 0.003 0.022 0.032 0.049 0.004 0.004 0.042 122 S 0.016 0.140 0.445 0.353 0.001 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.001 0.003 0.008 123 W 0.007 0.007 0.074 0.415 0.008 0.445 0.004 0.002 0.003 0.005 0.006 0.003 0.017 0.001 0.001 0.004 124 P 0.016 0.210 0.109 0.344 0.006 0.060 0.004 0.009 0.001 0.001 0.203 0.011 0.021 0.001 0.001 0.003 125 S 0.008 0.107 0.023 0.444 0.014 0.191 0.004 0.005 0.015 0.003 0.018 0.141 0.015 0.003 0.001 0.006 126 L 0.009 0.094 0.299 0.407 0.012 0.030 0.013 0.011 0.003 0.002 0.043 0.015 0.045 0.002 0.008 0.008 127 D 0.005 0.026 0.036 0.070 0.034 0.657 0.018 0.008 0.005 0.010 0.016 0.050 0.050 0.004 0.002 0.007 128 E 0.010 0.054 0.022 0.040 0.025 0.031 0.015 0.031 0.003 0.003 0.671 0.017 0.049 0.016 0.006 0.007