# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.085 0.397 0.003 0.019 0.006 0.012 0.084 0.007 0.001 0.064 0.321 2 N 0.017 0.121 0.003 0.008 0.006 0.010 0.046 0.002 0.001 0.631 0.156 3 A 0.030 0.655 0.003 0.009 0.007 0.009 0.045 0.009 0.001 0.094 0.140 4 M 0.044 0.449 0.003 0.006 0.007 0.008 0.036 0.007 0.001 0.273 0.165 5 E 0.009 0.695 0.005 0.007 0.010 0.010 0.034 0.001 0.001 0.091 0.137 6 T 0.010 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.023 0.027 7 L 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.013 0.015 8 N 0.003 0.939 0.001 0.003 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.026 0.019 9 D 0.004 0.943 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.027 0.014 10 I 0.013 0.931 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.008 0.001 0.018 0.015 11 K 0.016 0.900 0.004 0.004 0.001 0.003 0.008 0.004 0.001 0.031 0.028 12 K 0.028 0.424 0.007 0.006 0.005 0.006 0.035 0.002 0.002 0.343 0.142 13 I 0.051 0.551 0.030 0.013 0.006 0.010 0.059 0.017 0.006 0.119 0.140 14 L 0.152 0.143 0.125 0.017 0.010 0.013 0.081 0.033 0.039 0.163 0.225 15 I 0.277 0.083 0.007 0.015 0.010 0.021 0.073 0.007 0.003 0.040 0.463 16 N 0.038 0.059 0.002 0.016 0.005 0.012 0.082 0.004 0.001 0.022 0.759 17 V 0.058 0.045 0.010 0.076 0.023 0.032 0.156 0.004 0.002 0.036 0.558 18 G 0.045 0.038 0.029 0.059 0.027 0.066 0.108 0.010 0.012 0.109 0.496 19 L 0.169 0.015 0.001 0.039 0.018 0.019 0.104 0.007 0.001 0.033 0.591 20 Y 0.192 0.015 0.003 0.143 0.019 0.030 0.087 0.010 0.002 0.081 0.419 21 Q 0.024 0.007 0.001 0.097 0.011 0.036 0.105 0.002 0.001 0.037 0.679 22 G 0.020 0.006 0.001 0.068 0.012 0.038 0.107 0.002 0.001 0.076 0.668 23 F 0.021 0.004 0.001 0.081 0.145 0.092 0.116 0.004 0.001 0.058 0.477 24 D 0.147 0.004 0.001 0.100 0.027 0.062 0.099 0.002 0.001 0.095 0.462 25 L 0.010 0.004 0.001 0.048 0.029 0.055 0.161 0.001 0.001 0.035 0.655 26 T 0.014 0.018 0.001 0.039 0.014 0.029 0.123 0.002 0.001 0.020 0.740 27 D 0.419 0.083 0.002 0.009 0.014 0.015 0.069 0.021 0.001 0.134 0.234 28 P 0.065 0.075 0.001 0.015 0.011 0.015 0.130 0.005 0.001 0.064 0.618 29 K 0.036 0.107 0.003 0.016 0.019 0.030 0.097 0.003 0.001 0.058 0.629 30 V 0.071 0.216 0.002 0.029 0.027 0.038 0.106 0.011 0.001 0.052 0.447 31 S 0.187 0.220 0.006 0.015 0.014 0.022 0.077 0.023 0.002 0.181 0.254 32 E 0.077 0.143 0.005 0.015 0.040 0.046 0.081 0.008 0.001 0.114 0.468 33 E 0.075 0.090 0.004 0.017 0.018 0.033 0.100 0.006 0.001 0.080 0.575 34 V 0.042 0.047 0.006 0.029 0.032 0.048 0.151 0.008 0.002 0.166 0.471 35 N 0.095 0.086 0.004 0.019 0.019 0.028 0.125 0.008 0.002 0.085 0.528 36 H 0.105 0.046 0.007 0.011 0.019 0.025 0.117 0.007 0.003 0.080 0.580 37 E 0.058 0.052 0.002 0.017 0.011 0.016 0.109 0.004 0.001 0.025 0.705 38 T 0.227 0.118 0.003 0.014 0.011 0.020 0.101 0.010 0.001 0.028 0.466 39 A 0.038 0.100 0.002 0.013 0.013 0.012 0.113 0.004 0.001 0.024 0.679 40 N 0.066 0.433 0.002 0.016 0.014 0.028 0.061 0.012 0.001 0.034 0.334 41 M 0.119 0.325 0.002 0.028 0.031 0.043 0.078 0.010 0.001 0.055 0.308 42 K 0.046 0.200 0.024 0.075 0.077 0.082 0.071 0.007 0.005 0.113 0.301 43 W 0.169 0.136 0.007 0.044 0.045 0.089 0.069 0.016 0.002 0.076 0.347 44 I 0.220 0.058 0.007 0.037 0.032 0.048 0.091 0.021 0.002 0.141 0.344 45 K 0.051 0.023 0.003 0.044 0.044 0.072 0.114 0.005 0.001 0.087 0.557 46 D 0.022 0.012 0.002 0.026 0.017 0.051 0.126 0.003 0.001 0.054 0.687 47 Y 0.023 0.012 0.002 0.039 0.053 0.068 0.161 0.004 0.001 0.067 0.570 48 T 0.136 0.020 0.003 0.041 0.034 0.045 0.150 0.007 0.002 0.107 0.458 49 S 0.100 0.017 0.001 0.018 0.010 0.022 0.135 0.005 0.001 0.056 0.634 50 D 0.046 0.018 0.001 0.015 0.008 0.019 0.139 0.003 0.001 0.045 0.706 51 G 0.022 0.026 0.001 0.023 0.014 0.023 0.153 0.002 0.001 0.052 0.685 52 N 0.063 0.128 0.002 0.023 0.018 0.026 0.153 0.005 0.001 0.056 0.526 53 W 0.088 0.251 0.002 0.012 0.018 0.012 0.079 0.008 0.001 0.044 0.486 54 D 0.086 0.527 0.002 0.006 0.005 0.008 0.045 0.010 0.001 0.029 0.281 55 N 0.051 0.518 0.002 0.012 0.010 0.016 0.061 0.004 0.001 0.045 0.282 56 E 0.025 0.574 0.013 0.012 0.012 0.010 0.047 0.004 0.001 0.084 0.216 57 F 0.062 0.787 0.003 0.003 0.003 0.002 0.015 0.019 0.001 0.034 0.070 58 K 0.061 0.848 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.007 0.001 0.018 0.050 59 E 0.018 0.396 0.009 0.004 0.005 0.004 0.030 0.001 0.001 0.333 0.200 60 D 0.009 0.863 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.064 0.037 61 L 0.043 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 0.006 62 K 0.016 0.845 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.061 0.061 63 N 0.004 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.022 0.040 64 F 0.022 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.016 0.011 65 L 0.018 0.897 0.007 0.002 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.027 0.033 66 D 0.011 0.832 0.003 0.002 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.042 0.088 67 Y 0.014 0.858 0.003 0.003 0.001 0.002 0.017 0.004 0.001 0.052 0.045 68 M 0.018 0.883 0.005 0.003 0.002 0.003 0.014 0.007 0.001 0.034 0.029 69 E 0.018 0.887 0.004 0.004 0.003 0.006 0.010 0.003 0.001 0.015 0.048 70 V 0.034 0.729 0.007 0.007 0.007 0.009 0.024 0.005 0.001 0.037 0.140 71 C 0.050 0.638 0.009 0.026 0.016 0.045 0.037 0.014 0.002 0.047 0.116 72 Q 0.073 0.312 0.008 0.032 0.021 0.049 0.065 0.007 0.003 0.129 0.302 73 L 0.040 0.105 0.037 0.048 0.064 0.086 0.071 0.008 0.011 0.123 0.407 74 A 0.152 0.065 0.003 0.028 0.024 0.037 0.088 0.007 0.001 0.049 0.543 75 L 0.111 0.027 0.009 0.020 0.027 0.028 0.101 0.004 0.003 0.099 0.571 76 N 0.027 0.053 0.001 0.011 0.006 0.009 0.079 0.003 0.001 0.018 0.792 77 D 0.236 0.224 0.001 0.006 0.003 0.006 0.052 0.014 0.001 0.037 0.422 78 K 0.101 0.268 0.005 0.012 0.037 0.016 0.086 0.005 0.001 0.041 0.428 79 N 0.030 0.401 0.003 0.027 0.009 0.021 0.061 0.005 0.001 0.050 0.392 80 F 0.055 0.269 0.003 0.029 0.017 0.033 0.076 0.010 0.001 0.244 0.264 81 K 0.026 0.328 0.005 0.044 0.030 0.030 0.057 0.004 0.001 0.303 0.172 82 I 0.034 0.266 0.005 0.027 0.015 0.019 0.064 0.003 0.001 0.296 0.269 83 A 0.023 0.484 0.006 0.024 0.010 0.012 0.061 0.007 0.001 0.147 0.226 84 S 0.027 0.762 0.002 0.005 0.004 0.005 0.022 0.008 0.001 0.066 0.099 85 N 0.014 0.858 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 0.002 0.001 0.043 0.061 86 S 0.005 0.917 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.034 0.027 87 L 0.006 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.021 0.014 88 F 0.009 0.932 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.003 0.001 0.025 0.016 89 M 0.012 0.833 0.004 0.005 0.007 0.011 0.015 0.002 0.001 0.061 0.047 90 A 0.022 0.704 0.007 0.022 0.014 0.046 0.028 0.004 0.001 0.071 0.081 91 M 0.043 0.433 0.013 0.054 0.025 0.069 0.064 0.007 0.003 0.160 0.129 92 I 0.031 0.159 0.026 0.069 0.047 0.080 0.091 0.006 0.010 0.254 0.226 93 Y 0.093 0.178 0.009 0.044 0.046 0.059 0.081 0.008 0.002 0.078 0.402 94 A 0.091 0.102 0.006 0.027 0.020 0.033 0.102 0.006 0.001 0.111 0.501 95 G 0.015 0.132 0.006 0.042 0.020 0.034 0.120 0.003 0.001 0.054 0.572 96 N 0.045 0.649 0.002 0.009 0.004 0.007 0.038 0.008 0.001 0.045 0.191 97 L 0.064 0.716 0.002 0.004 0.006 0.005 0.024 0.017 0.001 0.038 0.125 98 S 0.034 0.641 0.004 0.011 0.008 0.010 0.028 0.004 0.001 0.093 0.167 99 L 0.024 0.291 0.004 0.029 0.006 0.018 0.050 0.002 0.001 0.454 0.121 100 I 0.024 0.585 0.010 0.009 0.007 0.006 0.036 0.011 0.001 0.216 0.093 101 F 0.051 0.827 0.004 0.004 0.003 0.004 0.012 0.012 0.001 0.026 0.056 102 D 0.028 0.279 0.005 0.009 0.004 0.006 0.036 0.002 0.001 0.498 0.132 103 S 0.009 0.501 0.014 0.013 0.003 0.004 0.054 0.005 0.001 0.302 0.095 104 I 0.048 0.784 0.005 0.003 0.002 0.002 0.017 0.024 0.001 0.043 0.072 105 K 0.039 0.443 0.006 0.005 0.002 0.004 0.030 0.006 0.001 0.343 0.122 106 T 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.933 0.026 107 D 0.017 0.748 0.008 0.003 0.002 0.002 0.020 0.011 0.001 0.129 0.060 108 I 0.082 0.812 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.001 0.014 0.050 109 S 0.033 0.365 0.008 0.008 0.003 0.007 0.051 0.003 0.002 0.286 0.233 110 T 0.025 0.474 0.005 0.012 0.005 0.014 0.070 0.004 0.001 0.163 0.227 111 L 0.077 0.510 0.014 0.012 0.009 0.011 0.062 0.015 0.002 0.055 0.234 112 L 0.055 0.462 0.019 0.023 0.016 0.025 0.068 0.009 0.004 0.056 0.262 113 S 0.072 0.529 0.006 0.011 0.010 0.017 0.059 0.009 0.002 0.047 0.239 114 A 0.121 0.307 0.010 0.020 0.022 0.033 0.080 0.016 0.002 0.085 0.304 115 E 0.078 0.129 0.020 0.034 0.033 0.060 0.094 0.010 0.005 0.188 0.349 116 Y 0.069 0.039 0.010 0.029 0.025 0.047 0.130 0.006 0.004 0.153 0.487 117 K 0.113 0.026 0.005 0.027 0.032 0.039 0.105 0.009 0.002 0.061 0.580 118 K 0.066 0.013 0.003 0.019 0.014 0.025 0.102 0.005 0.001 0.043 0.709 119 N 0.042 0.010 0.002 0.024 0.017 0.041 0.126 0.004 0.001 0.036 0.698 120 S 0.046 0.006 0.001 0.019 0.029 0.058 0.111 0.003 0.001 0.061 0.667 121 F 0.006 0.004 0.001 0.032 0.057 0.068 0.144 0.001 0.001 0.041 0.646 122 S 0.019 0.017 0.001 0.049 0.047 0.073 0.117 0.003 0.001 0.040 0.632 123 W 0.211 0.026 0.004 0.022 0.044 0.041 0.101 0.017 0.002 0.097 0.434 124 P 0.078 0.013 0.001 0.027 0.020 0.034 0.113 0.005 0.001 0.044 0.665 125 S 0.082 0.012 0.002 0.016 0.015 0.037 0.108 0.003 0.001 0.051 0.674 126 L 0.028 0.009 0.001 0.025 0.025 0.027 0.134 0.003 0.001 0.043 0.703 127 D 0.147 0.032 0.002 0.018 0.022 0.028 0.117 0.008 0.001 0.065 0.559 128 E 0.059 0.027 0.002 0.017 0.029 0.030 0.120 0.004 0.001 0.048 0.664