# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.046 0.030 0.003 0.017 0.013 0.034 0.098 0.001 0.001 0.004 0.754 2 N 0.041 0.037 0.003 0.016 0.010 0.018 0.190 0.001 0.001 0.013 0.670 3 A 0.104 0.094 0.010 0.018 0.007 0.017 0.251 0.002 0.001 0.009 0.489 4 M 0.097 0.375 0.006 0.028 0.011 0.029 0.113 0.002 0.001 0.005 0.336 5 E 0.051 0.512 0.004 0.007 0.008 0.010 0.090 0.003 0.001 0.003 0.313 6 T 0.073 0.660 0.004 0.005 0.004 0.008 0.038 0.008 0.001 0.001 0.198 7 L 0.073 0.786 0.010 0.007 0.002 0.007 0.006 0.008 0.001 0.001 0.102 8 N 0.016 0.779 0.005 0.003 0.004 0.003 0.015 0.003 0.001 0.001 0.171 9 D 0.040 0.659 0.008 0.002 0.001 0.002 0.041 0.007 0.001 0.002 0.239 10 I 0.040 0.873 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.066 11 K 0.011 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.050 12 K 0.018 0.891 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.075 13 I 0.025 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.019 14 L 0.013 0.962 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 15 I 0.014 0.936 0.003 0.005 0.010 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 0.017 16 N 0.066 0.814 0.005 0.006 0.007 0.004 0.005 0.038 0.001 0.001 0.055 17 V 0.214 0.561 0.009 0.025 0.012 0.015 0.008 0.055 0.001 0.001 0.100 18 G 0.107 0.198 0.055 0.075 0.025 0.034 0.059 0.057 0.001 0.005 0.385 19 L 0.092 0.084 0.207 0.239 0.042 0.041 0.062 0.009 0.001 0.005 0.220 20 Y 0.031 0.074 0.014 0.261 0.104 0.084 0.107 0.004 0.001 0.007 0.313 21 Q 0.030 0.049 0.005 0.130 0.056 0.062 0.129 0.006 0.001 0.005 0.528 22 G 0.113 0.036 0.007 0.123 0.046 0.103 0.090 0.009 0.001 0.011 0.461 23 F 0.180 0.029 0.023 0.110 0.066 0.084 0.121 0.004 0.001 0.007 0.376 24 D 0.046 0.018 0.005 0.088 0.105 0.113 0.099 0.003 0.001 0.010 0.514 25 L 0.048 0.023 0.006 0.089 0.062 0.110 0.099 0.002 0.001 0.004 0.558 26 T 0.044 0.037 0.005 0.077 0.043 0.094 0.348 0.002 0.001 0.015 0.335 27 D 0.148 0.024 0.003 0.051 0.032 0.062 0.111 0.003 0.001 0.020 0.546 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.988 29 K 0.027 0.006 0.003 0.020 0.016 0.030 0.406 0.001 0.001 0.008 0.485 30 V 0.341 0.065 0.005 0.018 0.009 0.020 0.100 0.002 0.001 0.008 0.433 31 S 0.113 0.273 0.005 0.041 0.033 0.087 0.040 0.003 0.001 0.005 0.400 32 E 0.065 0.186 0.003 0.041 0.037 0.044 0.051 0.003 0.001 0.007 0.562 33 E 0.077 0.155 0.003 0.014 0.017 0.024 0.166 0.007 0.001 0.004 0.533 34 V 0.337 0.283 0.007 0.015 0.016 0.033 0.082 0.012 0.001 0.005 0.210 35 N 0.107 0.421 0.011 0.022 0.026 0.038 0.061 0.017 0.001 0.007 0.288 36 H 0.133 0.153 0.019 0.024 0.027 0.051 0.049 0.027 0.001 0.014 0.503 37 E 0.157 0.070 0.026 0.018 0.013 0.018 0.262 0.020 0.001 0.006 0.410 38 T 0.221 0.062 0.009 0.014 0.021 0.022 0.174 0.016 0.001 0.012 0.448 39 A 0.054 0.019 0.011 0.009 0.013 0.018 0.050 0.004 0.001 0.004 0.817 40 N 0.036 0.009 0.009 0.032 0.026 0.042 0.433 0.003 0.001 0.009 0.401 41 M 0.352 0.012 0.009 0.036 0.016 0.034 0.071 0.001 0.001 0.012 0.458 42 K 0.033 0.040 0.004 0.137 0.170 0.132 0.309 0.001 0.001 0.017 0.158 43 W 0.022 0.018 0.002 0.061 0.031 0.047 0.217 0.002 0.001 0.003 0.597 44 I 0.045 0.072 0.001 0.256 0.160 0.363 0.018 0.001 0.001 0.004 0.079 45 K 0.029 0.119 0.003 0.087 0.167 0.182 0.152 0.003 0.001 0.006 0.251 46 D 0.051 0.106 0.005 0.067 0.136 0.154 0.068 0.015 0.001 0.006 0.392 47 Y 0.156 0.061 0.008 0.056 0.070 0.234 0.068 0.016 0.001 0.004 0.327 48 T 0.168 0.045 0.022 0.056 0.084 0.109 0.174 0.008 0.001 0.009 0.324 49 S 0.051 0.019 0.006 0.027 0.027 0.049 0.130 0.008 0.001 0.016 0.669 50 D 0.132 0.029 0.011 0.030 0.020 0.041 0.275 0.007 0.001 0.020 0.436 51 G 0.237 0.014 0.008 0.022 0.009 0.013 0.207 0.008 0.001 0.074 0.407 52 N 0.139 0.009 0.062 0.016 0.010 0.010 0.400 0.004 0.001 0.011 0.340 53 W 0.060 0.006 0.011 0.021 0.012 0.026 0.196 0.002 0.001 0.005 0.661 54 D 0.103 0.022 0.007 0.061 0.046 0.191 0.210 0.001 0.001 0.005 0.355 55 N 0.056 0.032 0.002 0.026 0.010 0.024 0.239 0.001 0.001 0.017 0.593 56 E 0.078 0.049 0.005 0.013 0.005 0.008 0.525 0.001 0.001 0.012 0.304 57 F 0.128 0.239 0.008 0.017 0.007 0.021 0.327 0.003 0.001 0.011 0.239 58 K 0.060 0.544 0.009 0.019 0.011 0.026 0.101 0.003 0.001 0.004 0.225 59 E 0.022 0.533 0.004 0.003 0.006 0.008 0.061 0.004 0.001 0.002 0.358 60 D 0.113 0.641 0.005 0.003 0.002 0.007 0.047 0.011 0.001 0.002 0.170 61 L 0.064 0.867 0.008 0.003 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.045 62 K 0.011 0.868 0.008 0.002 0.002 0.002 0.013 0.002 0.001 0.001 0.092 63 N 0.050 0.752 0.004 0.001 0.001 0.001 0.036 0.009 0.001 0.001 0.143 64 F 0.112 0.822 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.041 65 L 0.016 0.932 0.015 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.027 66 D 0.014 0.860 0.010 0.002 0.002 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.096 67 Y 0.039 0.887 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.054 68 M 0.042 0.893 0.004 0.002 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.046 69 E 0.020 0.861 0.008 0.002 0.004 0.003 0.016 0.005 0.001 0.001 0.080 70 V 0.022 0.794 0.007 0.002 0.003 0.003 0.010 0.008 0.001 0.001 0.151 71 C 0.039 0.882 0.005 0.002 0.002 0.006 0.004 0.008 0.001 0.001 0.053 72 Q 0.023 0.911 0.005 0.003 0.011 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.031 73 L 0.025 0.843 0.007 0.006 0.019 0.012 0.004 0.011 0.001 0.001 0.073 74 A 0.085 0.763 0.005 0.010 0.022 0.022 0.005 0.023 0.001 0.001 0.066 75 L 0.106 0.665 0.007 0.013 0.044 0.034 0.014 0.033 0.001 0.001 0.083 76 N 0.085 0.379 0.029 0.018 0.044 0.056 0.064 0.065 0.001 0.002 0.257 77 D 0.229 0.080 0.020 0.032 0.020 0.043 0.029 0.024 0.001 0.011 0.511 78 K 0.038 0.019 0.037 0.009 0.004 0.005 0.402 0.004 0.001 0.009 0.473 79 N 0.072 0.009 0.015 0.009 0.002 0.003 0.574 0.002 0.001 0.023 0.290 80 F 0.259 0.098 0.040 0.047 0.010 0.027 0.140 0.002 0.001 0.021 0.358 81 K 0.047 0.174 0.013 0.065 0.026 0.038 0.306 0.001 0.001 0.010 0.319 82 I 0.040 0.191 0.005 0.030 0.019 0.024 0.164 0.003 0.001 0.004 0.520 83 A 0.070 0.598 0.003 0.029 0.023 0.050 0.029 0.005 0.001 0.002 0.191 84 S 0.061 0.612 0.005 0.022 0.015 0.030 0.055 0.005 0.001 0.002 0.193 85 N 0.081 0.529 0.007 0.014 0.007 0.013 0.029 0.009 0.001 0.003 0.308 86 S 0.134 0.432 0.014 0.009 0.003 0.007 0.071 0.010 0.001 0.005 0.315 87 L 0.123 0.513 0.030 0.009 0.002 0.004 0.077 0.007 0.001 0.003 0.232 88 F 0.032 0.725 0.012 0.007 0.003 0.007 0.049 0.004 0.001 0.001 0.161 89 M 0.017 0.854 0.005 0.004 0.003 0.004 0.019 0.002 0.001 0.001 0.092 90 A 0.017 0.914 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.050 91 M 0.017 0.949 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 92 I 0.013 0.953 0.002 0.003 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 93 Y 0.019 0.906 0.005 0.005 0.017 0.009 0.003 0.009 0.001 0.001 0.028 94 A 0.072 0.753 0.008 0.016 0.016 0.022 0.005 0.024 0.001 0.001 0.085 95 G 0.099 0.392 0.015 0.018 0.014 0.023 0.028 0.039 0.001 0.001 0.371 96 N 0.120 0.156 0.073 0.029 0.010 0.016 0.130 0.023 0.001 0.003 0.440 97 L 0.092 0.219 0.058 0.071 0.012 0.029 0.063 0.005 0.001 0.003 0.448 98 S 0.027 0.266 0.012 0.050 0.015 0.022 0.165 0.002 0.001 0.007 0.434 99 L 0.065 0.320 0.009 0.016 0.008 0.011 0.154 0.003 0.001 0.005 0.408 100 I 0.071 0.747 0.005 0.013 0.006 0.014 0.024 0.005 0.001 0.001 0.114 101 F 0.028 0.802 0.007 0.014 0.014 0.017 0.015 0.003 0.001 0.001 0.100 102 D 0.027 0.765 0.004 0.007 0.012 0.013 0.013 0.005 0.001 0.001 0.152 103 S 0.123 0.678 0.004 0.007 0.005 0.007 0.022 0.017 0.001 0.001 0.136 104 I 0.131 0.732 0.012 0.008 0.005 0.007 0.015 0.018 0.001 0.001 0.072 105 K 0.082 0.639 0.033 0.024 0.010 0.015 0.036 0.012 0.001 0.002 0.148 106 T 0.044 0.558 0.025 0.016 0.009 0.009 0.035 0.011 0.001 0.002 0.291 107 D 0.090 0.412 0.013 0.019 0.008 0.016 0.071 0.014 0.001 0.005 0.352 108 I 0.081 0.605 0.030 0.023 0.008 0.014 0.067 0.006 0.001 0.002 0.163 109 S 0.029 0.680 0.009 0.014 0.014 0.016 0.075 0.003 0.001 0.003 0.157 110 T 0.065 0.719 0.004 0.008 0.009 0.012 0.052 0.006 0.001 0.002 0.124 111 L 0.075 0.853 0.005 0.005 0.005 0.007 0.006 0.007 0.001 0.001 0.035 112 L 0.028 0.866 0.011 0.006 0.017 0.014 0.013 0.006 0.001 0.001 0.039 113 S 0.047 0.705 0.015 0.007 0.015 0.019 0.021 0.015 0.001 0.001 0.154 114 A 0.079 0.588 0.008 0.009 0.014 0.034 0.011 0.023 0.001 0.001 0.233 115 E 0.092 0.497 0.018 0.009 0.015 0.025 0.075 0.021 0.001 0.002 0.246 116 Y 0.143 0.422 0.020 0.013 0.021 0.024 0.057 0.022 0.001 0.004 0.275 117 K 0.111 0.481 0.018 0.017 0.028 0.037 0.029 0.026 0.001 0.002 0.252 118 K 0.167 0.248 0.022 0.022 0.023 0.032 0.051 0.024 0.001 0.004 0.407 119 N 0.179 0.180 0.019 0.026 0.037 0.043 0.068 0.021 0.001 0.006 0.421 120 S 0.180 0.066 0.012 0.030 0.022 0.028 0.052 0.014 0.001 0.012 0.584 121 F 0.150 0.043 0.036 0.058 0.032 0.048 0.122 0.006 0.001 0.006 0.499 122 S 0.058 0.018 0.010 0.055 0.024 0.051 0.240 0.004 0.001 0.007 0.534 123 W 0.061 0.013 0.004 0.049 0.029 0.043 0.087 0.003 0.001 0.003 0.709 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.984 125 S 0.021 0.003 0.001 0.022 0.022 0.042 0.210 0.001 0.001 0.003 0.676 126 L 0.385 0.021 0.003 0.031 0.018 0.034 0.075 0.001 0.001 0.009 0.424 127 D 0.106 0.047 0.004 0.039 0.041 0.063 0.194 0.001 0.001 0.014 0.492 128 E 0.057 0.028 0.002 0.025 0.019 0.026 0.135 0.001 0.001 0.017 0.690