# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.035 0.028 0.031 0.014 0.030 0.099 0.006 0.757 2 N 0.063 0.060 0.025 0.015 0.025 0.189 0.009 0.613 3 A 0.145 0.117 0.019 0.010 0.025 0.282 0.010 0.391 4 M 0.146 0.366 0.022 0.014 0.032 0.137 0.010 0.274 5 E 0.113 0.499 0.019 0.014 0.020 0.129 0.012 0.194 6 T 0.084 0.633 0.011 0.007 0.009 0.045 0.011 0.201 7 L 0.073 0.757 0.016 0.006 0.014 0.012 0.009 0.112 8 N 0.033 0.680 0.013 0.007 0.010 0.063 0.011 0.184 9 D 0.084 0.569 0.007 0.004 0.007 0.069 0.015 0.244 10 I 0.054 0.820 0.007 0.002 0.004 0.026 0.006 0.081 11 K 0.009 0.915 0.007 0.002 0.003 0.017 0.003 0.044 12 K 0.006 0.932 0.003 0.001 0.002 0.008 0.003 0.045 13 I 0.016 0.941 0.004 0.002 0.002 0.004 0.004 0.027 14 L 0.013 0.945 0.006 0.003 0.004 0.003 0.005 0.021 15 I 0.012 0.924 0.010 0.005 0.007 0.005 0.008 0.030 16 N 0.034 0.812 0.020 0.009 0.008 0.009 0.021 0.086 17 V 0.087 0.671 0.061 0.031 0.020 0.011 0.038 0.082 18 G 0.144 0.267 0.115 0.066 0.045 0.039 0.075 0.249 19 L 0.041 0.061 0.503 0.053 0.065 0.042 0.020 0.215 20 Y 0.029 0.111 0.252 0.157 0.131 0.075 0.012 0.233 21 Q 0.057 0.048 0.273 0.083 0.143 0.099 0.016 0.280 22 G 0.050 0.035 0.192 0.071 0.094 0.059 0.015 0.484 23 F 0.079 0.015 0.417 0.090 0.098 0.060 0.012 0.228 24 D 0.032 0.015 0.084 0.101 0.105 0.118 0.012 0.533 25 L 0.067 0.014 0.108 0.047 0.178 0.070 0.008 0.508 26 T 0.036 0.013 0.033 0.025 0.065 0.568 0.013 0.245 27 D 0.204 0.013 0.021 0.020 0.030 0.242 0.016 0.455 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 29 K 0.020 0.008 0.011 0.018 0.039 0.470 0.006 0.429 30 V 0.308 0.043 0.028 0.018 0.035 0.125 0.012 0.432 31 S 0.061 0.216 0.026 0.053 0.125 0.081 0.005 0.432 32 E 0.073 0.106 0.036 0.042 0.085 0.087 0.009 0.561 33 E 0.107 0.121 0.024 0.026 0.045 0.230 0.017 0.430 34 V 0.250 0.215 0.034 0.045 0.069 0.116 0.024 0.248 35 N 0.061 0.386 0.035 0.058 0.063 0.079 0.017 0.302 36 H 0.075 0.146 0.043 0.043 0.075 0.054 0.025 0.540 37 E 0.111 0.061 0.024 0.019 0.038 0.307 0.022 0.417 38 T 0.181 0.074 0.017 0.024 0.036 0.161 0.026 0.481 39 A 0.042 0.058 0.022 0.019 0.022 0.074 0.008 0.755 40 N 0.030 0.039 0.020 0.021 0.034 0.229 0.014 0.614 41 M 0.188 0.038 0.030 0.025 0.058 0.092 0.015 0.554 42 K 0.087 0.083 0.043 0.090 0.106 0.255 0.011 0.324 43 W 0.039 0.033 0.017 0.024 0.060 0.114 0.006 0.707 44 I 0.077 0.193 0.055 0.136 0.279 0.058 0.007 0.195 45 K 0.029 0.127 0.035 0.122 0.151 0.100 0.011 0.424 46 D 0.062 0.112 0.035 0.115 0.150 0.050 0.019 0.456 47 Y 0.290 0.062 0.038 0.062 0.115 0.071 0.024 0.338 48 T 0.081 0.053 0.045 0.107 0.136 0.232 0.021 0.324 49 S 0.047 0.035 0.039 0.043 0.066 0.129 0.019 0.621 50 D 0.052 0.029 0.024 0.020 0.029 0.328 0.017 0.502 51 G 0.255 0.036 0.033 0.018 0.014 0.129 0.049 0.466 52 N 0.178 0.018 0.059 0.015 0.026 0.413 0.012 0.280 53 W 0.044 0.015 0.036 0.027 0.046 0.184 0.005 0.644 54 D 0.034 0.027 0.024 0.028 0.099 0.403 0.005 0.379 55 N 0.082 0.027 0.014 0.013 0.031 0.176 0.007 0.651 56 E 0.038 0.029 0.004 0.005 0.010 0.672 0.003 0.240 57 F 0.119 0.163 0.006 0.007 0.024 0.374 0.007 0.300 58 K 0.040 0.620 0.008 0.007 0.022 0.074 0.004 0.224 59 E 0.023 0.550 0.006 0.005 0.011 0.096 0.005 0.303 60 D 0.044 0.747 0.002 0.002 0.004 0.033 0.007 0.160 61 L 0.058 0.848 0.003 0.002 0.005 0.005 0.007 0.071 62 K 0.025 0.780 0.007 0.002 0.004 0.067 0.009 0.106 63 N 0.085 0.665 0.003 0.001 0.002 0.094 0.013 0.136 64 F 0.043 0.911 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.036 65 L 0.004 0.955 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.029 66 D 0.012 0.887 0.003 0.001 0.002 0.017 0.007 0.072 67 Y 0.030 0.931 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.027 68 M 0.022 0.943 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.020 69 E 0.026 0.863 0.008 0.004 0.003 0.016 0.013 0.067 70 V 0.013 0.890 0.009 0.004 0.004 0.008 0.004 0.067 71 C 0.011 0.929 0.008 0.008 0.009 0.005 0.005 0.024 72 Q 0.016 0.858 0.015 0.019 0.020 0.009 0.007 0.056 73 L 0.012 0.822 0.025 0.025 0.026 0.011 0.006 0.074 74 A 0.051 0.761 0.029 0.038 0.046 0.018 0.012 0.044 75 L 0.069 0.716 0.032 0.055 0.040 0.011 0.015 0.062 76 N 0.073 0.478 0.051 0.065 0.076 0.032 0.035 0.190 77 D 0.146 0.159 0.056 0.032 0.061 0.043 0.047 0.456 78 K 0.100 0.055 0.019 0.011 0.017 0.319 0.028 0.451 79 N 0.112 0.032 0.011 0.007 0.008 0.520 0.032 0.278 80 F 0.258 0.190 0.061 0.023 0.023 0.100 0.018 0.326 81 K 0.040 0.177 0.115 0.034 0.056 0.188 0.008 0.381 82 I 0.032 0.125 0.042 0.028 0.067 0.122 0.007 0.577 83 A 0.060 0.487 0.057 0.044 0.089 0.078 0.008 0.177 84 S 0.059 0.463 0.035 0.028 0.051 0.078 0.016 0.270 85 N 0.120 0.308 0.029 0.012 0.026 0.065 0.025 0.415 86 S 0.113 0.308 0.016 0.008 0.011 0.170 0.018 0.357 87 L 0.087 0.490 0.011 0.007 0.012 0.134 0.016 0.243 88 F 0.039 0.706 0.009 0.006 0.013 0.070 0.008 0.150 89 M 0.015 0.870 0.005 0.004 0.006 0.027 0.003 0.069 90 A 0.008 0.956 0.004 0.003 0.003 0.004 0.002 0.020 91 M 0.019 0.935 0.005 0.005 0.006 0.004 0.007 0.020 92 I 0.014 0.926 0.013 0.010 0.010 0.003 0.006 0.018 93 Y 0.022 0.884 0.019 0.015 0.016 0.006 0.011 0.028 94 A 0.024 0.820 0.041 0.018 0.019 0.006 0.013 0.059 95 G 0.053 0.566 0.046 0.029 0.026 0.023 0.033 0.224 96 N 0.126 0.162 0.049 0.016 0.019 0.071 0.035 0.521 97 L 0.105 0.244 0.084 0.026 0.037 0.061 0.020 0.424 98 S 0.081 0.200 0.049 0.021 0.032 0.251 0.017 0.348 99 L 0.133 0.211 0.021 0.014 0.022 0.290 0.018 0.290 100 I 0.081 0.685 0.025 0.012 0.018 0.036 0.006 0.137 101 F 0.016 0.756 0.032 0.016 0.028 0.026 0.006 0.119 102 D 0.034 0.667 0.015 0.013 0.021 0.035 0.012 0.203 103 S 0.085 0.649 0.016 0.010 0.016 0.027 0.017 0.180 104 I 0.093 0.715 0.015 0.010 0.014 0.023 0.017 0.112 105 K 0.044 0.685 0.043 0.012 0.014 0.036 0.017 0.150 106 T 0.028 0.619 0.020 0.009 0.011 0.044 0.010 0.260 107 D 0.061 0.614 0.012 0.006 0.008 0.048 0.017 0.234 108 I 0.045 0.767 0.022 0.005 0.007 0.041 0.010 0.102 109 S 0.018 0.817 0.015 0.006 0.007 0.059 0.008 0.068 110 T 0.040 0.855 0.007 0.004 0.006 0.022 0.008 0.057 111 L 0.023 0.934 0.007 0.004 0.006 0.006 0.003 0.017 112 L 0.019 0.921 0.007 0.011 0.012 0.007 0.006 0.017 113 S 0.050 0.827 0.012 0.017 0.020 0.009 0.019 0.045 114 A 0.162 0.567 0.027 0.026 0.042 0.019 0.032 0.125 115 E 0.159 0.458 0.022 0.031 0.039 0.084 0.035 0.172 116 Y 0.175 0.395 0.039 0.033 0.042 0.054 0.043 0.219 117 K 0.123 0.419 0.066 0.042 0.049 0.055 0.030 0.217 118 K 0.074 0.211 0.100 0.042 0.054 0.058 0.030 0.431 119 N 0.091 0.143 0.078 0.053 0.059 0.069 0.035 0.473 120 S 0.110 0.036 0.054 0.023 0.033 0.060 0.027 0.657 121 F 0.160 0.033 0.138 0.063 0.073 0.136 0.028 0.369 122 S 0.119 0.018 0.070 0.035 0.075 0.279 0.023 0.382 123 W 0.083 0.017 0.049 0.046 0.085 0.058 0.005 0.658 124 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.001 0.982 125 S 0.022 0.005 0.015 0.030 0.053 0.123 0.005 0.747 126 L 0.287 0.018 0.039 0.026 0.066 0.076 0.009 0.479 127 D 0.095 0.033 0.022 0.048 0.102 0.203 0.008 0.490 128 E 0.062 0.024 0.018 0.017 0.039 0.090 0.006 0.744