# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.660 0.213 0.081 0.032 0.010 0.002 0.001 2 N 0.543 0.263 0.119 0.057 0.014 0.004 0.001 3 A 0.227 0.227 0.216 0.182 0.106 0.040 0.003 4 M 0.115 0.132 0.209 0.271 0.194 0.074 0.006 5 E 0.328 0.373 0.179 0.079 0.033 0.009 0.001 6 T 0.136 0.232 0.254 0.225 0.108 0.040 0.004 7 L 0.049 0.080 0.146 0.250 0.299 0.162 0.014 8 N 0.222 0.327 0.241 0.137 0.055 0.016 0.001 9 D 0.127 0.273 0.300 0.202 0.074 0.022 0.003 10 I 0.031 0.040 0.065 0.163 0.336 0.311 0.054 11 K 0.044 0.141 0.245 0.335 0.170 0.061 0.004 12 K 0.242 0.381 0.201 0.110 0.045 0.019 0.002 13 I 0.039 0.094 0.187 0.317 0.248 0.103 0.012 14 L 0.041 0.058 0.086 0.180 0.299 0.277 0.057 15 I 0.067 0.151 0.250 0.253 0.170 0.089 0.019 16 N 0.199 0.277 0.244 0.171 0.069 0.032 0.007 17 V 0.090 0.093 0.121 0.206 0.240 0.203 0.047 18 G 0.121 0.153 0.147 0.192 0.186 0.151 0.050 19 L 0.060 0.073 0.095 0.161 0.225 0.272 0.114 20 Y 0.093 0.141 0.176 0.204 0.196 0.138 0.053 21 Q 0.083 0.148 0.181 0.201 0.190 0.149 0.049 22 G 0.085 0.120 0.130 0.192 0.205 0.190 0.077 23 F 0.049 0.058 0.084 0.149 0.265 0.312 0.084 24 D 0.105 0.234 0.242 0.218 0.124 0.067 0.011 25 L 0.057 0.074 0.151 0.243 0.271 0.182 0.022 26 T 0.225 0.268 0.213 0.183 0.084 0.025 0.002 27 D 0.515 0.278 0.115 0.058 0.026 0.007 0.001 28 P 0.565 0.267 0.102 0.049 0.015 0.003 0.001 29 K 0.603 0.289 0.075 0.024 0.007 0.001 0.001 30 V 0.218 0.199 0.228 0.219 0.110 0.025 0.001 31 S 0.352 0.284 0.179 0.113 0.058 0.013 0.001 32 E 0.405 0.299 0.167 0.085 0.036 0.008 0.001 33 E 0.410 0.338 0.167 0.063 0.018 0.004 0.001 34 V 0.137 0.137 0.242 0.265 0.178 0.040 0.002 35 N 0.319 0.290 0.227 0.111 0.044 0.008 0.001 36 H 0.479 0.294 0.138 0.064 0.020 0.004 0.001 37 E 0.436 0.290 0.153 0.083 0.032 0.006 0.001 38 T 0.565 0.270 0.110 0.045 0.009 0.001 0.001 39 A 0.614 0.272 0.078 0.027 0.007 0.001 0.001 40 N 0.439 0.357 0.142 0.048 0.011 0.002 0.001 41 M 0.051 0.074 0.215 0.343 0.264 0.051 0.002 42 K 0.201 0.500 0.204 0.072 0.020 0.003 0.001 43 W 0.020 0.070 0.143 0.281 0.324 0.152 0.010 44 I 0.019 0.062 0.124 0.266 0.334 0.184 0.011 45 K 0.077 0.228 0.314 0.241 0.112 0.027 0.001 46 D 0.118 0.266 0.299 0.218 0.079 0.018 0.002 47 Y 0.029 0.055 0.141 0.270 0.367 0.132 0.006 48 T 0.167 0.273 0.266 0.190 0.080 0.024 0.001 49 S 0.330 0.306 0.200 0.112 0.040 0.012 0.001 50 D 0.464 0.273 0.147 0.085 0.025 0.007 0.001 51 G 0.529 0.214 0.145 0.077 0.028 0.007 0.001 52 N 0.553 0.284 0.105 0.042 0.012 0.004 0.001 53 W 0.197 0.157 0.207 0.215 0.159 0.059 0.006 54 D 0.229 0.292 0.225 0.153 0.074 0.024 0.002 55 N 0.341 0.371 0.164 0.077 0.035 0.011 0.001 56 E 0.127 0.214 0.239 0.241 0.131 0.043 0.005 57 F 0.056 0.077 0.145 0.229 0.327 0.156 0.011 58 K 0.159 0.323 0.279 0.164 0.061 0.014 0.001 59 E 0.372 0.402 0.135 0.062 0.025 0.004 0.001 60 D 0.093 0.206 0.260 0.277 0.127 0.036 0.002 61 L 0.031 0.066 0.171 0.316 0.302 0.110 0.005 62 K 0.385 0.421 0.145 0.038 0.010 0.002 0.001 63 N 0.191 0.355 0.263 0.152 0.033 0.005 0.001 64 F 0.022 0.048 0.086 0.198 0.370 0.256 0.020 65 L 0.025 0.075 0.212 0.383 0.228 0.073 0.004 66 D 0.284 0.475 0.163 0.054 0.019 0.005 0.001 67 Y 0.029 0.085 0.172 0.313 0.265 0.123 0.014 68 M 0.027 0.047 0.099 0.209 0.325 0.256 0.037 69 E 0.141 0.327 0.288 0.158 0.061 0.022 0.003 70 V 0.093 0.204 0.267 0.248 0.128 0.048 0.012 71 C 0.016 0.034 0.059 0.143 0.365 0.331 0.052 72 Q 0.036 0.140 0.207 0.280 0.212 0.114 0.012 73 L 0.023 0.080 0.161 0.236 0.298 0.183 0.019 74 A 0.030 0.094 0.194 0.281 0.262 0.127 0.012 75 L 0.031 0.060 0.144 0.251 0.328 0.169 0.016 76 N 0.227 0.389 0.224 0.109 0.040 0.010 0.001 77 D 0.328 0.296 0.194 0.137 0.036 0.008 0.001 78 K 0.574 0.286 0.091 0.037 0.010 0.002 0.001 79 N 0.328 0.385 0.179 0.081 0.021 0.006 0.001 80 F 0.077 0.067 0.131 0.252 0.357 0.106 0.010 81 K 0.137 0.324 0.280 0.178 0.059 0.020 0.001 82 I 0.145 0.185 0.205 0.203 0.167 0.083 0.011 83 A 0.090 0.127 0.159 0.234 0.195 0.155 0.041 84 S 0.104 0.133 0.183 0.210 0.203 0.128 0.038 85 N 0.189 0.232 0.226 0.181 0.092 0.059 0.022 86 S 0.128 0.154 0.162 0.188 0.191 0.130 0.046 87 L 0.046 0.048 0.065 0.145 0.199 0.293 0.205 88 F 0.037 0.054 0.081 0.143 0.210 0.283 0.192 89 M 0.051 0.086 0.126 0.169 0.196 0.220 0.153 90 A 0.034 0.049 0.066 0.113 0.190 0.286 0.262 91 M 0.024 0.028 0.035 0.092 0.131 0.315 0.375 92 I 0.025 0.026 0.038 0.095 0.167 0.307 0.342 93 Y 0.021 0.042 0.056 0.102 0.164 0.322 0.292 94 A 0.045 0.078 0.125 0.195 0.210 0.221 0.126 95 G 0.066 0.143 0.184 0.233 0.180 0.141 0.052 96 N 0.043 0.098 0.152 0.198 0.231 0.192 0.086 97 L 0.024 0.031 0.056 0.152 0.275 0.329 0.134 98 S 0.091 0.229 0.241 0.215 0.135 0.076 0.013 99 L 0.040 0.095 0.177 0.259 0.233 0.158 0.039 100 I 0.014 0.028 0.046 0.114 0.209 0.417 0.172 101 F 0.020 0.038 0.075 0.189 0.278 0.310 0.089 102 D 0.125 0.274 0.256 0.181 0.101 0.053 0.010 103 S 0.076 0.156 0.200 0.271 0.194 0.088 0.016 104 I 0.031 0.043 0.075 0.163 0.286 0.328 0.074 105 K 0.080 0.172 0.237 0.244 0.174 0.080 0.012 106 T 0.317 0.313 0.169 0.108 0.061 0.027 0.005 107 D 0.117 0.185 0.209 0.242 0.155 0.076 0.016 108 I 0.058 0.071 0.096 0.178 0.265 0.269 0.063 109 S 0.126 0.182 0.228 0.219 0.157 0.077 0.012 110 T 0.142 0.265 0.279 0.189 0.085 0.035 0.006 111 L 0.062 0.071 0.112 0.228 0.275 0.211 0.041 112 L 0.062 0.088 0.132 0.232 0.285 0.178 0.024 113 S 0.219 0.294 0.223 0.146 0.080 0.034 0.003 114 A 0.231 0.259 0.197 0.169 0.107 0.034 0.002 115 E 0.278 0.308 0.197 0.135 0.064 0.018 0.001 116 Y 0.222 0.199 0.244 0.202 0.104 0.027 0.002 117 K 0.441 0.276 0.169 0.080 0.028 0.006 0.001 118 K 0.600 0.254 0.098 0.037 0.009 0.002 0.001 119 N 0.536 0.271 0.108 0.061 0.019 0.004 0.001 120 S 0.354 0.350 0.172 0.089 0.028 0.008 0.001 121 F 0.130 0.103 0.195 0.286 0.209 0.071 0.005 122 S 0.348 0.415 0.148 0.060 0.023 0.006 0.001 123 W 0.126 0.129 0.183 0.255 0.208 0.093 0.007 124 P 0.287 0.279 0.200 0.138 0.074 0.021 0.001 125 S 0.452 0.324 0.142 0.055 0.020 0.006 0.001 126 L 0.267 0.153 0.209 0.221 0.112 0.034 0.004 127 D 0.624 0.228 0.087 0.040 0.016 0.005 0.001 128 E 0.777 0.164 0.037 0.015 0.005 0.002 0.001