# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.011 0.201 0.004 0.040 0.470 0.001 0.001 0.003 0.133 0.119 0.009 0.009 2 N 0.001 0.009 0.128 0.004 0.069 0.547 0.001 0.001 0.002 0.079 0.144 0.006 0.010 3 A 0.001 0.006 0.057 0.001 0.096 0.737 0.001 0.001 0.002 0.024 0.066 0.002 0.008 4 M 0.001 0.003 0.021 0.002 0.099 0.816 0.001 0.001 0.001 0.013 0.038 0.002 0.003 5 E 0.001 0.004 0.026 0.002 0.108 0.737 0.001 0.001 0.001 0.019 0.091 0.004 0.006 6 T 0.001 0.005 0.036 0.002 0.053 0.787 0.001 0.001 0.001 0.020 0.087 0.002 0.006 7 L 0.001 0.001 0.025 0.001 0.017 0.920 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.001 0.002 8 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.015 0.941 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.001 0.001 9 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.002 10 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.002 15 I 0.002 0.001 0.007 0.002 0.010 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.003 0.002 16 N 0.003 0.001 0.007 0.001 0.010 0.938 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.002 0.005 17 V 0.003 0.001 0.030 0.005 0.019 0.753 0.001 0.001 0.002 0.031 0.144 0.003 0.008 18 G 0.005 0.004 0.093 0.006 0.028 0.379 0.001 0.001 0.008 0.068 0.377 0.017 0.011 19 L 0.011 0.012 0.224 0.005 0.079 0.379 0.002 0.003 0.020 0.077 0.117 0.015 0.057 20 Y 0.012 0.009 0.150 0.028 0.121 0.373 0.002 0.002 0.017 0.090 0.121 0.050 0.025 21 Q 0.008 0.009 0.096 0.014 0.097 0.237 0.002 0.001 0.013 0.126 0.341 0.021 0.037 22 G 0.011 0.024 0.236 0.013 0.075 0.123 0.003 0.002 0.018 0.125 0.294 0.015 0.061 23 F 0.017 0.026 0.578 0.007 0.027 0.037 0.003 0.002 0.031 0.104 0.025 0.093 0.052 24 D 0.010 0.024 0.586 0.005 0.027 0.028 0.002 0.001 0.029 0.091 0.032 0.043 0.120 25 L 0.007 0.027 0.361 0.008 0.079 0.065 0.003 0.003 0.026 0.124 0.213 0.034 0.051 26 T 0.002 0.021 0.267 0.013 0.042 0.033 0.002 0.002 0.010 0.250 0.330 0.011 0.016 27 D 0.001 0.012 0.569 0.002 0.019 0.020 0.001 0.001 0.007 0.284 0.057 0.017 0.012 28 P 0.002 0.017 0.440 0.007 0.094 0.074 0.001 0.001 0.008 0.128 0.189 0.007 0.034 29 K 0.004 0.036 0.310 0.009 0.134 0.125 0.001 0.001 0.013 0.115 0.194 0.040 0.019 30 V 0.006 0.036 0.421 0.009 0.105 0.137 0.003 0.002 0.022 0.093 0.064 0.015 0.087 31 S 0.015 0.030 0.409 0.026 0.086 0.140 0.003 0.002 0.022 0.079 0.055 0.073 0.060 32 E 0.025 0.027 0.205 0.020 0.114 0.252 0.004 0.002 0.021 0.066 0.103 0.062 0.099 33 E 0.026 0.040 0.203 0.012 0.120 0.221 0.005 0.002 0.023 0.057 0.133 0.039 0.118 34 V 0.022 0.023 0.372 0.012 0.074 0.144 0.004 0.002 0.026 0.081 0.065 0.087 0.089 35 N 0.006 0.013 0.488 0.008 0.027 0.072 0.001 0.001 0.013 0.146 0.113 0.038 0.073 36 H 0.003 0.015 0.341 0.006 0.047 0.080 0.001 0.001 0.005 0.195 0.255 0.024 0.028 37 E 0.003 0.024 0.292 0.004 0.049 0.102 0.001 0.001 0.005 0.194 0.286 0.019 0.021 38 T 0.003 0.024 0.515 0.004 0.063 0.054 0.001 0.001 0.008 0.149 0.122 0.014 0.043 39 A 0.002 0.015 0.421 0.012 0.062 0.056 0.001 0.001 0.007 0.170 0.211 0.020 0.022 40 N 0.003 0.022 0.349 0.013 0.034 0.053 0.001 0.001 0.006 0.209 0.263 0.025 0.022 41 M 0.011 0.020 0.292 0.008 0.076 0.291 0.002 0.001 0.011 0.119 0.054 0.017 0.097 42 K 0.027 0.021 0.169 0.030 0.078 0.304 0.005 0.004 0.021 0.045 0.058 0.195 0.044 43 W 0.060 0.029 0.069 0.006 0.066 0.212 0.021 0.018 0.042 0.015 0.039 0.038 0.384 44 I 0.051 0.030 0.188 0.078 0.101 0.258 0.013 0.010 0.037 0.028 0.057 0.090 0.058 45 K 0.031 0.012 0.119 0.046 0.168 0.169 0.005 0.002 0.017 0.065 0.242 0.054 0.070 46 D 0.017 0.015 0.148 0.017 0.112 0.093 0.002 0.002 0.014 0.118 0.334 0.040 0.088 47 Y 0.012 0.024 0.309 0.008 0.040 0.043 0.003 0.003 0.015 0.229 0.183 0.032 0.098 48 T 0.007 0.035 0.553 0.004 0.014 0.022 0.002 0.002 0.024 0.140 0.080 0.083 0.033 49 S 0.003 0.042 0.440 0.004 0.021 0.041 0.001 0.002 0.017 0.191 0.165 0.020 0.052 50 D 0.001 0.018 0.279 0.005 0.028 0.045 0.001 0.001 0.006 0.274 0.322 0.010 0.011 51 G 0.001 0.015 0.167 0.003 0.025 0.047 0.001 0.001 0.002 0.328 0.398 0.005 0.008 52 N 0.002 0.031 0.482 0.002 0.025 0.033 0.001 0.001 0.003 0.255 0.135 0.012 0.018 53 W 0.002 0.032 0.381 0.002 0.041 0.157 0.001 0.001 0.004 0.183 0.169 0.009 0.019 54 D 0.001 0.020 0.234 0.003 0.052 0.360 0.001 0.001 0.002 0.133 0.182 0.006 0.006 55 N 0.001 0.007 0.085 0.003 0.069 0.652 0.001 0.001 0.001 0.074 0.100 0.003 0.005 56 E 0.002 0.008 0.070 0.002 0.081 0.744 0.001 0.001 0.001 0.027 0.047 0.007 0.011 57 F 0.002 0.005 0.043 0.001 0.067 0.824 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 0.003 0.016 58 K 0.001 0.001 0.013 0.001 0.031 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.002 0.001 59 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 60 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 62 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 63 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.914 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 64 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 66 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.016 0.911 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.001 0.001 68 M 0.001 0.001 0.010 0.001 0.008 0.949 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 69 E 0.003 0.001 0.014 0.002 0.016 0.921 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 0.004 0.006 70 V 0.006 0.001 0.010 0.002 0.009 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.003 0.012 71 C 0.007 0.001 0.010 0.003 0.009 0.941 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.006 0.006 72 Q 0.016 0.001 0.009 0.003 0.019 0.904 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.009 0.015 73 L 0.024 0.001 0.013 0.003 0.023 0.865 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.014 0.020 74 A 0.019 0.002 0.018 0.003 0.027 0.824 0.001 0.001 0.002 0.009 0.066 0.010 0.018 75 L 0.015 0.007 0.077 0.004 0.031 0.583 0.001 0.001 0.003 0.039 0.177 0.030 0.033 76 N 0.006 0.010 0.157 0.005 0.027 0.254 0.001 0.001 0.003 0.155 0.315 0.019 0.047 77 D 0.001 0.005 0.312 0.004 0.023 0.110 0.001 0.001 0.002 0.246 0.272 0.012 0.013 78 K 0.001 0.004 0.109 0.006 0.086 0.186 0.001 0.001 0.002 0.120 0.474 0.006 0.006 79 N 0.002 0.011 0.181 0.004 0.079 0.187 0.001 0.001 0.006 0.120 0.385 0.008 0.016 80 F 0.007 0.016 0.291 0.005 0.077 0.345 0.002 0.003 0.022 0.114 0.052 0.021 0.045 81 K 0.017 0.030 0.181 0.014 0.053 0.457 0.005 0.004 0.026 0.060 0.049 0.060 0.044 82 I 0.022 0.029 0.080 0.006 0.081 0.515 0.008 0.006 0.025 0.036 0.059 0.026 0.106 83 A 0.009 0.012 0.113 0.015 0.058 0.593 0.003 0.003 0.013 0.045 0.091 0.018 0.028 84 S 0.003 0.005 0.094 0.004 0.047 0.635 0.001 0.001 0.003 0.053 0.134 0.007 0.015 85 N 0.002 0.004 0.062 0.003 0.044 0.648 0.001 0.001 0.002 0.078 0.140 0.008 0.010 86 S 0.002 0.003 0.058 0.002 0.031 0.804 0.001 0.001 0.001 0.044 0.043 0.003 0.009 87 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.017 0.938 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.001 0.003 88 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.014 0.958 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.002 89 M 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 90 A 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 91 M 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 92 I 0.018 0.001 0.005 0.004 0.012 0.919 0.002 0.001 0.002 0.003 0.024 0.004 0.005 93 Y 0.022 0.002 0.018 0.004 0.020 0.800 0.002 0.002 0.005 0.021 0.082 0.009 0.015 94 A 0.009 0.003 0.055 0.005 0.023 0.651 0.001 0.001 0.005 0.055 0.168 0.006 0.020 95 G 0.003 0.004 0.089 0.003 0.013 0.378 0.001 0.001 0.005 0.159 0.323 0.015 0.007 96 N 0.002 0.007 0.156 0.003 0.017 0.516 0.001 0.001 0.004 0.140 0.134 0.005 0.015 97 L 0.001 0.002 0.035 0.001 0.013 0.903 0.001 0.001 0.002 0.022 0.018 0.001 0.003 98 S 0.001 0.001 0.005 0.002 0.029 0.936 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 99 L 0.003 0.001 0.005 0.001 0.043 0.911 0.001 0.001 0.002 0.005 0.022 0.002 0.005 100 I 0.006 0.001 0.006 0.003 0.040 0.916 0.001 0.002 0.002 0.004 0.012 0.002 0.005 101 F 0.005 0.001 0.005 0.003 0.032 0.929 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.002 0.003 102 D 0.003 0.001 0.007 0.004 0.056 0.871 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 0.002 0.003 103 S 0.003 0.001 0.010 0.002 0.037 0.868 0.001 0.001 0.001 0.014 0.054 0.002 0.008 104 I 0.002 0.002 0.042 0.001 0.014 0.843 0.001 0.001 0.002 0.029 0.052 0.005 0.006 105 K 0.001 0.003 0.043 0.001 0.013 0.840 0.001 0.001 0.001 0.019 0.070 0.004 0.005 106 T 0.001 0.002 0.026 0.001 0.009 0.888 0.001 0.001 0.001 0.029 0.040 0.002 0.003 107 D 0.001 0.001 0.030 0.002 0.009 0.880 0.001 0.001 0.001 0.037 0.035 0.002 0.003 108 I 0.002 0.001 0.022 0.001 0.022 0.886 0.001 0.001 0.002 0.013 0.038 0.002 0.010 109 S 0.007 0.001 0.022 0.007 0.051 0.833 0.001 0.001 0.002 0.011 0.048 0.008 0.007 110 T 0.013 0.002 0.015 0.002 0.041 0.843 0.001 0.001 0.003 0.009 0.046 0.009 0.014 111 L 0.020 0.003 0.021 0.005 0.039 0.826 0.002 0.001 0.003 0.010 0.043 0.006 0.020 112 L 0.032 0.006 0.057 0.010 0.030 0.706 0.003 0.001 0.006 0.033 0.054 0.032 0.028 113 S 0.021 0.006 0.152 0.012 0.043 0.530 0.002 0.001 0.007 0.042 0.097 0.021 0.067 114 A 0.012 0.004 0.105 0.010 0.067 0.541 0.001 0.001 0.004 0.051 0.152 0.030 0.024 115 E 0.010 0.006 0.094 0.006 0.078 0.514 0.001 0.001 0.005 0.048 0.182 0.022 0.032 116 Y 0.013 0.017 0.130 0.005 0.095 0.443 0.002 0.001 0.007 0.066 0.140 0.024 0.058 117 K 0.011 0.023 0.272 0.012 0.052 0.244 0.002 0.001 0.014 0.102 0.160 0.061 0.046 118 K 0.007 0.018 0.260 0.013 0.068 0.132 0.001 0.001 0.008 0.110 0.299 0.019 0.063 119 N 0.004 0.010 0.205 0.015 0.052 0.057 0.001 0.001 0.007 0.217 0.375 0.035 0.022 120 S 0.007 0.014 0.310 0.007 0.049 0.039 0.002 0.001 0.010 0.209 0.265 0.021 0.066 121 F 0.011 0.033 0.455 0.006 0.026 0.021 0.004 0.002 0.025 0.182 0.102 0.072 0.060 122 S 0.007 0.050 0.546 0.005 0.009 0.011 0.003 0.002 0.022 0.181 0.058 0.044 0.061 123 W 0.003 0.029 0.703 0.004 0.013 0.012 0.001 0.001 0.011 0.136 0.030 0.023 0.034 124 P 0.003 0.021 0.498 0.013 0.090 0.046 0.001 0.001 0.009 0.137 0.138 0.016 0.026 125 S 0.004 0.031 0.355 0.005 0.167 0.048 0.001 0.001 0.009 0.110 0.221 0.019 0.028 126 L 0.004 0.034 0.543 0.003 0.099 0.040 0.001 0.001 0.009 0.136 0.075 0.016 0.038 127 D 0.002 0.022 0.638 0.003 0.044 0.027 0.001 0.001 0.007 0.150 0.064 0.022 0.020 128 E 0.002 0.026 0.374 0.004 0.098 0.085 0.001 0.001 0.006 0.171 0.199 0.011 0.023