# TARGET T0639 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0639.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.020 0.048 0.035 0.038 0.004 0.077 0.008 0.049 0.003 0.002 0.227 0.151 0.286 0.004 0.042 0.006 2 N 0.006 0.028 0.020 0.030 0.002 0.043 0.011 0.003 0.022 0.009 0.142 0.268 0.368 0.008 0.007 0.035 3 A 0.042 0.015 0.030 0.022 0.001 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.072 0.181 0.572 0.004 0.017 0.016 4 M 0.003 0.008 0.031 0.010 0.001 0.024 0.012 0.001 0.001 0.001 0.018 0.080 0.777 0.006 0.007 0.019 5 E 0.004 0.011 0.032 0.023 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.024 0.024 0.838 0.004 0.009 0.015 6 T 0.002 0.005 0.008 0.005 0.001 0.052 0.009 0.001 0.001 0.001 0.013 0.044 0.828 0.010 0.002 0.018 7 L 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.099 0.023 0.822 0.005 0.008 0.003 8 N 0.001 0.019 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 0.191 0.704 0.001 0.007 0.008 9 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.044 0.924 0.001 0.001 0.007 10 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.964 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.974 0.001 0.001 0.001 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.008 0.001 0.003 15 I 0.001 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.928 0.005 0.029 0.006 16 N 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.003 0.052 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.094 0.794 0.001 0.031 17 V 0.026 0.005 0.046 0.015 0.001 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.005 0.004 0.146 0.002 0.711 0.005 18 G 0.004 0.008 0.073 0.046 0.005 0.062 0.016 0.001 0.042 0.086 0.010 0.012 0.215 0.008 0.003 0.409 19 L 0.307 0.029 0.021 0.056 0.048 0.047 0.025 0.007 0.001 0.001 0.076 0.017 0.322 0.026 0.009 0.010 20 Y 0.001 0.076 0.047 0.041 0.227 0.032 0.157 0.023 0.004 0.005 0.014 0.043 0.043 0.274 0.006 0.007 21 Q 0.008 0.022 0.050 0.075 0.004 0.020 0.009 0.258 0.007 0.003 0.028 0.013 0.051 0.003 0.429 0.020 22 G 0.014 0.021 0.077 0.053 0.007 0.010 0.016 0.002 0.308 0.042 0.020 0.017 0.031 0.008 0.002 0.371 23 F 0.754 0.027 0.090 0.068 0.001 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.011 0.015 0.001 0.010 0.004 24 D 0.006 0.012 0.117 0.032 0.004 0.736 0.002 0.002 0.004 0.007 0.010 0.014 0.035 0.001 0.001 0.016 25 L 0.024 0.048 0.014 0.083 0.010 0.060 0.003 0.005 0.001 0.001 0.695 0.020 0.032 0.003 0.001 0.003 26 T 0.002 0.510 0.030 0.063 0.001 0.009 0.002 0.005 0.004 0.001 0.005 0.344 0.014 0.001 0.006 0.004 27 D 0.014 0.010 0.307 0.100 0.009 0.156 0.049 0.002 0.007 0.003 0.025 0.019 0.241 0.006 0.007 0.046 28 P 0.047 0.042 0.163 0.094 0.002 0.063 0.004 0.012 0.002 0.001 0.300 0.058 0.182 0.003 0.008 0.019 29 K 0.012 0.212 0.071 0.290 0.002 0.048 0.005 0.002 0.016 0.001 0.023 0.183 0.085 0.003 0.005 0.042 30 V 0.034 0.042 0.258 0.292 0.002 0.072 0.010 0.002 0.002 0.001 0.017 0.026 0.206 0.003 0.008 0.026 31 S 0.007 0.049 0.109 0.077 0.003 0.450 0.005 0.002 0.001 0.001 0.024 0.032 0.225 0.002 0.002 0.010 32 E 0.009 0.032 0.032 0.295 0.003 0.018 0.003 0.005 0.001 0.001 0.378 0.025 0.183 0.003 0.004 0.008 33 E 0.005 0.107 0.131 0.223 0.017 0.035 0.025 0.003 0.006 0.001 0.010 0.231 0.116 0.032 0.008 0.052 34 V 0.010 0.020 0.251 0.192 0.010 0.068 0.053 0.015 0.002 0.001 0.016 0.009 0.248 0.010 0.064 0.032 35 N 0.008 0.074 0.052 0.066 0.005 0.374 0.012 0.018 0.013 0.011 0.048 0.031 0.221 0.005 0.010 0.052 36 H 0.074 0.090 0.026 0.110 0.009 0.091 0.004 0.016 0.016 0.002 0.341 0.039 0.136 0.008 0.009 0.028 37 E 0.048 0.106 0.165 0.085 0.009 0.038 0.014 0.006 0.008 0.004 0.077 0.286 0.090 0.016 0.015 0.031 38 T 0.016 0.045 0.193 0.026 0.046 0.149 0.123 0.007 0.005 0.002 0.026 0.066 0.193 0.040 0.021 0.044 39 A 0.015 0.034 0.081 0.095 0.015 0.038 0.044 0.116 0.003 0.003 0.220 0.032 0.182 0.024 0.075 0.023 40 N 0.026 0.162 0.086 0.097 0.002 0.038 0.014 0.035 0.100 0.030 0.030 0.154 0.083 0.007 0.049 0.088 41 M 0.173 0.019 0.156 0.243 0.003 0.025 0.012 0.004 0.027 0.004 0.076 0.026 0.159 0.004 0.010 0.057 42 K 0.069 0.020 0.527 0.202 0.003 0.030 0.004 0.004 0.001 0.002 0.014 0.040 0.071 0.002 0.004 0.009 43 W 0.008 0.028 0.072 0.382 0.013 0.234 0.007 0.003 0.002 0.002 0.037 0.030 0.158 0.004 0.002 0.018 44 I 0.005 0.057 0.034 0.322 0.055 0.212 0.031 0.013 0.003 0.002 0.045 0.038 0.163 0.015 0.003 0.005 45 K 0.006 0.175 0.045 0.284 0.011 0.053 0.011 0.063 0.008 0.004 0.056 0.043 0.199 0.008 0.023 0.014 46 D 0.016 0.049 0.099 0.254 0.007 0.090 0.008 0.008 0.065 0.007 0.044 0.066 0.174 0.005 0.007 0.101 47 Y 0.115 0.041 0.308 0.110 0.006 0.031 0.016 0.007 0.006 0.003 0.051 0.043 0.214 0.005 0.013 0.030 48 T 0.018 0.072 0.149 0.075 0.057 0.304 0.047 0.013 0.004 0.005 0.030 0.048 0.126 0.023 0.010 0.019 49 S 0.008 0.050 0.024 0.039 0.117 0.054 0.146 0.035 0.004 0.003 0.204 0.026 0.078 0.185 0.016 0.012 50 D 0.008 0.072 0.034 0.042 0.004 0.026 0.010 0.219 0.015 0.005 0.025 0.089 0.041 0.006 0.381 0.023 51 G 0.045 0.026 0.093 0.043 0.003 0.021 0.021 0.004 0.124 0.124 0.042 0.036 0.087 0.005 0.011 0.317 52 N 0.398 0.019 0.070 0.014 0.006 0.151 0.009 0.005 0.003 0.002 0.056 0.077 0.163 0.003 0.008 0.015 53 W 0.016 0.095 0.122 0.062 0.011 0.056 0.014 0.014 0.003 0.004 0.332 0.115 0.113 0.018 0.006 0.018 54 D 0.009 0.023 0.017 0.013 0.001 0.332 0.005 0.007 0.003 0.003 0.039 0.377 0.147 0.002 0.016 0.005 55 N 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.503 0.032 0.432 0.001 0.001 0.007 56 E 0.004 0.013 0.006 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.727 0.210 0.002 0.002 0.005 57 F 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.923 0.001 0.003 0.005 58 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.976 0.001 0.001 0.003 59 E 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.944 0.003 0.002 0.004 60 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.943 0.002 0.001 0.003 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.973 0.004 0.001 0.001 62 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.916 0.004 0.012 0.003 63 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.003 64 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.985 0.002 0.001 0.003 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.983 0.002 0.002 0.001 66 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.983 0.002 0.001 0.003 68 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.980 0.004 0.001 0.002 71 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.002 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.002 73 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.003 0.002 0.004 74 A 0.001 0.005 0.024 0.019 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.853 0.030 0.006 0.032 75 L 0.004 0.009 0.039 0.029 0.014 0.030 0.070 0.006 0.001 0.001 0.012 0.006 0.628 0.079 0.038 0.036 76 N 0.012 0.032 0.032 0.014 0.007 0.077 0.032 0.030 0.005 0.003 0.060 0.022 0.480 0.037 0.065 0.089 77 D 0.035 0.023 0.013 0.006 0.014 0.079 0.054 0.012 0.015 0.008 0.176 0.072 0.298 0.116 0.031 0.047 78 K 0.036 0.055 0.033 0.008 0.001 0.012 0.012 0.031 0.004 0.002 0.222 0.152 0.230 0.016 0.164 0.022 79 N 0.022 0.099 0.141 0.026 0.001 0.011 0.017 0.003 0.037 0.003 0.015 0.167 0.146 0.008 0.027 0.277 80 F 0.222 0.006 0.317 0.044 0.001 0.025 0.020 0.001 0.002 0.001 0.020 0.020 0.268 0.003 0.020 0.031 81 K 0.012 0.048 0.404 0.089 0.002 0.051 0.009 0.002 0.001 0.002 0.019 0.037 0.297 0.002 0.004 0.022 82 I 0.007 0.017 0.025 0.373 0.022 0.116 0.013 0.003 0.002 0.001 0.050 0.027 0.326 0.006 0.002 0.009 83 A 0.003 0.034 0.055 0.116 0.038 0.097 0.033 0.021 0.002 0.002 0.059 0.102 0.396 0.026 0.006 0.009 84 S 0.002 0.014 0.009 0.038 0.011 0.180 0.017 0.040 0.004 0.006 0.102 0.066 0.475 0.010 0.022 0.005 85 N 0.005 0.025 0.011 0.015 0.001 0.027 0.003 0.008 0.009 0.005 0.272 0.129 0.465 0.002 0.007 0.016 86 S 0.023 0.006 0.010 0.008 0.001 0.022 0.003 0.001 0.002 0.001 0.070 0.325 0.517 0.002 0.004 0.006 87 L 0.003 0.001 0.011 0.003 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.095 0.074 0.799 0.001 0.002 0.002 88 F 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.924 0.001 0.001 0.001 89 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.003 91 M 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.002 0.001 0.003 92 I 0.001 0.003 0.023 0.032 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.902 0.010 0.005 0.009 93 Y 0.001 0.006 0.025 0.028 0.053 0.016 0.103 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.432 0.291 0.006 0.025 94 A 0.008 0.018 0.035 0.042 0.021 0.033 0.061 0.092 0.001 0.001 0.024 0.009 0.291 0.071 0.274 0.019 95 G 0.013 0.042 0.024 0.050 0.003 0.047 0.021 0.035 0.036 0.166 0.067 0.050 0.288 0.007 0.065 0.086 96 N 0.069 0.016 0.007 0.014 0.002 0.089 0.005 0.002 0.013 0.012 0.117 0.095 0.532 0.004 0.003 0.020 97 L 0.020 0.011 0.011 0.019 0.001 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.247 0.177 0.480 0.006 0.003 0.003 98 S 0.001 0.017 0.016 0.012 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.339 0.574 0.001 0.005 0.004 99 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.964 0.001 0.001 0.002 100 I 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.936 0.003 0.001 0.003 101 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.973 0.001 0.002 0.001 102 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.980 0.001 0.001 0.004 103 S 0.001 0.003 0.004 0.006 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.903 0.018 0.003 0.024 104 I 0.002 0.002 0.015 0.003 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.919 0.004 0.016 0.009 105 K 0.001 0.004 0.014 0.004 0.001 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.882 0.012 0.006 0.032 106 T 0.014 0.018 0.019 0.021 0.001 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.047 0.031 0.788 0.006 0.020 0.018 107 D 0.003 0.005 0.010 0.004 0.001 0.065 0.006 0.001 0.001 0.001 0.025 0.088 0.774 0.005 0.003 0.011 108 I 0.004 0.003 0.006 0.005 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.157 0.023 0.779 0.006 0.004 0.004 109 S 0.001 0.012 0.008 0.006 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.260 0.678 0.005 0.010 0.006 110 T 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.964 0.001 0.004 0.011 111 L 0.002 0.003 0.020 0.012 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.882 0.013 0.002 0.038 112 L 0.007 0.016 0.041 0.041 0.001 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.005 0.016 0.798 0.015 0.021 0.022 113 S 0.003 0.010 0.058 0.046 0.001 0.034 0.007 0.001 0.002 0.001 0.011 0.008 0.716 0.006 0.007 0.090 114 A 0.013 0.008 0.033 0.045 0.003 0.023 0.013 0.002 0.001 0.001 0.067 0.015 0.738 0.016 0.007 0.016 115 E 0.007 0.148 0.075 0.130 0.003 0.023 0.015 0.005 0.002 0.001 0.020 0.098 0.403 0.013 0.021 0.038 116 Y 0.006 0.013 0.060 0.122 0.007 0.057 0.044 0.003 0.004 0.002 0.022 0.027 0.572 0.010 0.020 0.031 117 K 0.012 0.049 0.094 0.052 0.040 0.074 0.084 0.013 0.004 0.002 0.056 0.027 0.361 0.077 0.011 0.041 118 K 0.026 0.074 0.043 0.125 0.017 0.073 0.032 0.083 0.013 0.004 0.082 0.052 0.209 0.040 0.101 0.027 119 N 0.030 0.084 0.172 0.077 0.007 0.045 0.038 0.018 0.054 0.023 0.063 0.062 0.137 0.021 0.043 0.126 120 S 0.218 0.102 0.196 0.161 0.005 0.025 0.012 0.012 0.021 0.002 0.028 0.028 0.064 0.005 0.025 0.097 121 F 0.083 0.034 0.478 0.223 0.007 0.043 0.015 0.005 0.007 0.004 0.016 0.017 0.031 0.004 0.008 0.026 122 S 0.036 0.148 0.320 0.357 0.006 0.054 0.005 0.009 0.005 0.002 0.007 0.010 0.017 0.001 0.004 0.018 123 W 0.020 0.020 0.060 0.477 0.039 0.288 0.009 0.008 0.006 0.004 0.036 0.007 0.017 0.004 0.001 0.006 124 P 0.017 0.211 0.118 0.468 0.006 0.040 0.002 0.032 0.004 0.002 0.038 0.036 0.016 0.001 0.005 0.004 125 S 0.010 0.073 0.040 0.550 0.017 0.164 0.004 0.004 0.032 0.004 0.015 0.036 0.021 0.001 0.001 0.026 126 L 0.047 0.041 0.295 0.292 0.030 0.079 0.011 0.016 0.003 0.002 0.095 0.024 0.049 0.003 0.004 0.009 127 D 0.006 0.136 0.054 0.067 0.068 0.443 0.022 0.021 0.007 0.008 0.026 0.079 0.041 0.011 0.004 0.007 128 E 0.013 0.067 0.032 0.153 0.013 0.032 0.010 0.055 0.008 0.002 0.482 0.025 0.066 0.005 0.024 0.013